data_1JYS # _model_server_result.job_id xsQkR612gRF0V0VOgvsnTg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 20:49:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1jys # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":233}' # _entry.id 1JYS # _exptl.entry_id 1JYS _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 135.127 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description ADENINE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1JYS _cell.length_a 51.08 _cell.length_b 133.03 _cell.length_c 70.85 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1JYS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # _chem_comp.formula 'C5 H5 N5' _chem_comp.formula_weight 135.127 _chem_comp.id ADE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name ADENINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N9 C8 ADE sing 1 n y N9 C4 ADE sing 2 n y N9 HN9 ADE sing 3 n n C8 N7 ADE doub 4 n y C8 H8 ADE sing 5 n n N7 C5 ADE sing 6 n y C5 C6 ADE sing 7 n y C5 C4 ADE doub 8 n y C6 N6 ADE sing 9 n n C6 N1 ADE doub 10 n y N6 HN61 ADE sing 11 n n N6 HN62 ADE sing 12 n n N1 C2 ADE sing 13 n y C2 N3 ADE doub 14 n y C2 H2 ADE sing 15 n n N3 C4 ADE sing 16 n y # _atom_sites.entry_id 1JYS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.019577 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007517 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014114 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 ADE A 1 233 231 ADE ADE . D 2 ADE B 1 234 231 ADE ADE . E 3 HOH A 1 234 1 HOH WAT . E 3 HOH A 2 235 2 HOH WAT . E 3 HOH A 3 236 3 HOH WAT . E 3 HOH A 4 237 4 HOH WAT . E 3 HOH A 5 238 7 HOH WAT . E 3 HOH A 6 239 13 HOH WAT . E 3 HOH A 7 240 15 HOH WAT . E 3 HOH A 8 241 16 HOH WAT . E 3 HOH A 9 242 17 HOH WAT . E 3 HOH A 10 243 18 HOH WAT . E 3 HOH A 11 244 20 HOH WAT . E 3 HOH A 12 245 21 HOH WAT . E 3 HOH A 13 246 23 HOH WAT . E 3 HOH A 14 247 25 HOH WAT . E 3 HOH A 15 248 27 HOH WAT . E 3 HOH A 16 249 30 HOH WAT . E 3 HOH A 17 250 31 HOH WAT . E 3 HOH A 18 251 33 HOH WAT . E 3 HOH A 19 252 37 HOH WAT . E 3 HOH A 20 253 38 HOH WAT . E 3 HOH A 21 254 39 HOH WAT . E 3 HOH A 22 255 40 HOH WAT . E 3 HOH A 23 256 41 HOH WAT . E 3 HOH A 24 257 42 HOH WAT . E 3 HOH A 25 258 44 HOH WAT . E 3 HOH A 26 259 48 HOH WAT . E 3 HOH A 27 260 49 HOH WAT . E 3 HOH A 28 261 52 HOH WAT . E 3 HOH A 29 262 53 HOH WAT . E 3 HOH A 30 263 54 HOH WAT . E 3 HOH A 31 264 55 HOH WAT . E 3 HOH A 32 265 56 HOH WAT . E 3 HOH A 33 266 57 HOH WAT . E 3 HOH A 34 267 60 HOH WAT . E 3 HOH A 35 268 61 HOH WAT . E 3 HOH A 36 269 62 HOH WAT . E 3 HOH A 37 270 65 HOH WAT . E 3 HOH A 38 271 67 HOH WAT . E 3 HOH A 39 272 68 HOH WAT . E 3 HOH A 40 273 73 HOH WAT . E 3 HOH A 41 274 76 HOH WAT . E 3 HOH A 42 275 78 HOH WAT . E 3 HOH A 43 276 79 HOH WAT . E 3 HOH A 44 277 81 HOH WAT . E 3 HOH A 45 278 82 HOH WAT . E 3 HOH A 46 279 83 HOH WAT . E 3 HOH A 47 280 86 HOH WAT . E 3 HOH A 48 281 87 HOH WAT . E 3 HOH A 49 282 89 HOH WAT . E 3 HOH A 50 283 90 HOH WAT . E 3 HOH A 51 284 92 HOH WAT . E 3 HOH A 52 285 96 HOH WAT . E 3 HOH A 53 286 98 HOH WAT . E 3 HOH A 54 287 99 HOH WAT . E 3 HOH A 55 288 103 HOH WAT . E 3 HOH A 56 289 104 HOH WAT . E 3 HOH A 57 290 106 HOH WAT . E 3 HOH A 58 291 107 HOH WAT . E 3 HOH A 59 292 109 HOH WAT . E 3 HOH A 60 293 110 HOH WAT . E 3 HOH A 61 294 112 HOH WAT . E 3 HOH A 62 295 113 HOH WAT . E 3 HOH A 63 296 114 HOH WAT . E 3 HOH A 64 297 115 HOH WAT . E 3 HOH A 65 298 116 HOH WAT . E 3 HOH A 66 299 119 HOH WAT . E 3 HOH A 67 300 121 HOH WAT . E 3 HOH A 68 301 122 HOH WAT . E 3 HOH A 69 302 125 HOH WAT . E 3 HOH A 70 303 126 HOH WAT . E 3 HOH A 71 304 129 HOH WAT . E 3 HOH A 72 305 130 HOH WAT . E 3 HOH A 73 306 135 HOH WAT . E 3 HOH A 74 307 136 HOH WAT . E 3 HOH A 75 308 138 HOH WAT . E 3 HOH A 76 309 142 HOH WAT . E 3 HOH A 77 310 146 HOH WAT . E 3 HOH A 78 311 147 HOH WAT . E 3 HOH A 79 312 151 HOH WAT . E 3 HOH A 80 313 154 HOH WAT . E 3 HOH A 81 314 155 HOH WAT . E 3 HOH A 82 315 159 HOH WAT . E 3 HOH A 83 316 160 HOH WAT . E 3 HOH A 84 317 163 HOH WAT . E 3 HOH A 85 318 165 HOH WAT . E 3 HOH A 86 319 177 HOH WAT . E 3 HOH A 87 320 178 HOH WAT . E 3 HOH A 88 321 179 HOH WAT . E 3 HOH A 89 322 180 HOH WAT . E 3 HOH A 90 323 181 HOH WAT . E 3 HOH A 91 324 183 HOH WAT . E 3 HOH A 92 325 184 HOH WAT . E 3 HOH A 93 326 187 HOH WAT . E 3 HOH A 94 327 188 HOH WAT . E 3 HOH A 95 328 189 HOH WAT . E 3 HOH A 96 329 190 HOH WAT . E 3 HOH A 97 330 191 HOH WAT . E 3 HOH A 98 331 194 HOH WAT . E 3 HOH A 99 332 198 HOH WAT . E 3 HOH A 100 333 199 HOH WAT . E 3 HOH A 101 334 201 HOH WAT . E 3 HOH A 102 335 203 HOH WAT . E 3 HOH A 103 336 208 HOH WAT . E 3 HOH A 104 337 209 HOH WAT . E 3 HOH A 105 338 210 HOH WAT . E 3 HOH A 106 339 211 HOH WAT . E 3 HOH A 107 340 212 HOH WAT . E 3 HOH A 108 341 214 HOH WAT . E 3 HOH A 109 342 215 HOH WAT . F 3 HOH B 1 235 5 HOH WAT . F 3 HOH B 2 236 6 HOH WAT . F 3 HOH B 3 237 8 HOH WAT . F 3 HOH B 4 238 9 HOH WAT . F 3 HOH B 5 239 10 HOH WAT . F 3 HOH B 6 240 11 HOH WAT . F 3 HOH B 7 241 12 HOH WAT . F 3 HOH B 8 242 14 HOH WAT . F 3 HOH B 9 243 19 HOH WAT . F 3 HOH B 10 244 22 HOH WAT . F 3 HOH B 11 245 24 HOH WAT . F 3 HOH B 12 246 26 HOH WAT . F 3 HOH B 13 247 28 HOH WAT . F 3 HOH B 14 248 29 HOH WAT . F 3 HOH B 15 249 32 HOH WAT . F 3 HOH B 16 250 34 HOH WAT . F 3 HOH B 17 251 35 HOH WAT . F 3 HOH B 18 252 36 HOH WAT . F 3 HOH B 19 253 43 HOH WAT . F 3 HOH B 20 254 45 HOH WAT . F 3 HOH B 21 255 46 HOH WAT . F 3 HOH B 22 256 47 HOH WAT . F 3 HOH B 23 257 50 HOH WAT . F 3 HOH B 24 258 51 HOH WAT . F 3 HOH B 25 259 58 HOH WAT . F 3 HOH B 26 260 59 HOH WAT . F 3 HOH B 27 261 63 HOH WAT . F 3 HOH B 28 262 64 HOH WAT . F 3 HOH B 29 263 66 HOH WAT . F 3 HOH B 30 264 69 HOH WAT . F 3 HOH B 31 265 70 HOH WAT . F 3 HOH B 32 266 71 HOH WAT . F 3 HOH B 33 267 72 HOH WAT . F 3 HOH B 34 268 74 HOH WAT . F 3 HOH B 35 269 75 HOH WAT . F 3 HOH B 36 270 77 HOH WAT . F 3 HOH B 37 271 80 HOH WAT . F 3 HOH B 38 272 84 HOH WAT . F 3 HOH B 39 273 85 HOH WAT . F 3 HOH B 40 274 88 HOH WAT . F 3 HOH B 41 275 91 HOH WAT . F 3 HOH B 42 276 93 HOH WAT . F 3 HOH B 43 277 94 HOH WAT . F 3 HOH B 44 278 95 HOH WAT . F 3 HOH B 45 279 97 HOH WAT . F 3 HOH B 46 280 100 HOH WAT . F 3 HOH B 47 281 101 HOH WAT . F 3 HOH B 48 282 102 HOH WAT . F 3 HOH B 49 283 105 HOH WAT . F 3 HOH B 50 284 108 HOH WAT . F 3 HOH B 51 285 111 HOH WAT . F 3 HOH B 52 286 117 HOH WAT . F 3 HOH B 53 287 118 HOH WAT . F 3 HOH B 54 288 120 HOH WAT . F 3 HOH B 55 289 123 HOH WAT . F 3 HOH B 56 290 124 HOH WAT . F 3 HOH B 57 291 127 HOH WAT . F 3 HOH B 58 292 128 HOH WAT . F 3 HOH B 59 293 131 HOH WAT . F 3 HOH B 60 294 132 HOH WAT . F 3 HOH B 61 295 133 HOH WAT . F 3 HOH B 62 296 134 HOH WAT . F 3 HOH B 63 297 137 HOH WAT . F 3 HOH B 64 298 139 HOH WAT . F 3 HOH B 65 299 140 HOH WAT . F 3 HOH B 66 300 141 HOH WAT . F 3 HOH B 67 301 143 HOH WAT . F 3 HOH B 68 302 144 HOH WAT . F 3 HOH B 69 303 145 HOH WAT . F 3 HOH B 70 304 148 HOH WAT . F 3 HOH B 71 305 149 HOH WAT . F 3 HOH B 72 306 150 HOH WAT . F 3 HOH B 73 307 152 HOH WAT . F 3 HOH B 74 308 153 HOH WAT . F 3 HOH B 75 309 156 HOH WAT . F 3 HOH B 76 310 157 HOH WAT . F 3 HOH B 77 311 158 HOH WAT . F 3 HOH B 78 312 161 HOH WAT . F 3 HOH B 79 313 162 HOH WAT . F 3 HOH B 80 314 164 HOH WAT . F 3 HOH B 81 315 166 HOH WAT . F 3 HOH B 82 316 167 HOH WAT . F 3 HOH B 83 317 168 HOH WAT . F 3 HOH B 84 318 169 HOH WAT . F 3 HOH B 85 319 170 HOH WAT . F 3 HOH B 86 320 171 HOH WAT . F 3 HOH B 87 321 172 HOH WAT . F 3 HOH B 88 322 173 HOH WAT . F 3 HOH B 89 323 174 HOH WAT . F 3 HOH B 90 324 175 HOH WAT . F 3 HOH B 91 325 176 HOH WAT . F 3 HOH B 92 326 182 HOH WAT . F 3 HOH B 93 327 185 HOH WAT . F 3 HOH B 94 328 186 HOH WAT . F 3 HOH B 95 329 192 HOH WAT . F 3 HOH B 96 330 193 HOH WAT . F 3 HOH B 97 331 195 HOH WAT . F 3 HOH B 98 332 196 HOH WAT . F 3 HOH B 99 333 197 HOH WAT . F 3 HOH B 100 334 200 HOH WAT . F 3 HOH B 101 335 202 HOH WAT . F 3 HOH B 102 336 204 HOH WAT . F 3 HOH B 103 337 205 HOH WAT . F 3 HOH B 104 338 206 HOH WAT . F 3 HOH B 105 339 207 HOH WAT . F 3 HOH B 106 340 213 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N9 ADE . . . C 2 -7.269 -38.516 -0.556 0.82 53.72 ? N9 ADE 233 A 1 HETATM 2 C C8 ADE . . . C 2 -7.153 -37.96 -1.775 1.51 53.5 ? C8 ADE 233 A 1 HETATM 3 N N7 ADE . . . C 2 -6.174 -37.053 -1.872 1.04 53.8 ? N7 ADE 233 A 1 HETATM 4 C C5 ADE . . . C 2 -5.632 -37.038 -0.611 0.44 53.15 ? C5 ADE 233 A 1 HETATM 5 C C6 ADE . . . C 2 -4.568 -36.311 -0.017 0.5 52.87 ? C6 ADE 233 A 1 HETATM 6 N N6 ADE . . . C 2 -3.859 -35.422 -0.711 0.97 53.66 ? N6 ADE 233 A 1 HETATM 7 N N1 ADE . . . C 2 -4.292 -36.562 1.321 1.23 52.24 ? N1 ADE 233 A 1 HETATM 8 C C2 ADE . . . C 2 -5.026 -37.471 2.01 0.82 51.9 ? C2 ADE 233 A 1 HETATM 9 N N3 ADE . . . C 2 -6.059 -38.214 1.536 0.69 52.49 ? N3 ADE 233 A 1 HETATM 10 C C4 ADE . . . C 2 -6.3 -37.938 0.212 1.12 53.16 ? C4 ADE 233 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 28 _model_server_stats.query_time_ms 381 _model_server_stats.encode_time_ms 16 _model_server_stats.element_count 10 #