data_1K23 # _model_server_result.job_id UDMAyf5uOWQ1mVzgcVJOVw _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 18:57:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1k23 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":407}' # _entry.id 1K23 # _exptl.entry_id 1K23 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1K23 _cell.length_a 80.29 _cell.length_b 130.56 _cell.length_c 150.47 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1K23 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,M,N 1 1 C,D,I,J,K,L,O,P 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C MSE 1 A MSE 1 1_555 A N GLU 2 A GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale2 A C LYS 125 A LYS 125 1_555 A N MSE 126 A MSE 126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale3 A C MSE 126 A MSE 126 1_555 A N TYR 127 A TYR 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale4 A C LEU 141 A LEU 141 1_555 A N MSE 142 A MSE 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale5 A C MSE 142 A MSE 142 1_555 A N LEU 143 A LEU 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale6 A C ASN 183 A ASN 183 1_555 A N MSE 184 A MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale7 A C MSE 184 A MSE 184 1_555 A N LEU 185 A LEU 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale8 A C ALA 306 A ALA 306 1_555 A N MSE 307 A MSE 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale9 B C MSE 1 B MSE 1 1_555 B N GLU 2 B GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale10 B C LYS 125 B LYS 125 1_555 B N MSE 126 B MSE 126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale11 B C MSE 126 B MSE 126 1_555 B N TYR 127 B TYR 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale12 B C LEU 141 B LEU 141 1_555 B N MSE 142 B MSE 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale13 B C MSE 142 B MSE 142 1_555 B N LEU 143 B LEU 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale14 B C ASN 183 B ASN 183 1_555 B N MSE 184 B MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale15 B C MSE 184 B MSE 184 1_555 B N LEU 185 B LEU 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale16 B C ALA 306 B ALA 306 1_555 B N MSE 307 B MSE 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale17 C C MSE 1 C MSE 1 1_555 C N GLU 2 C GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale18 C C LYS 125 C LYS 125 1_555 C N MSE 126 C MSE 126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale19 C C MSE 126 C MSE 126 1_555 C N TYR 127 C TYR 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale20 C C LEU 141 C LEU 141 1_555 C N MSE 142 C MSE 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale21 C C MSE 142 C MSE 142 1_555 C N LEU 143 C LEU 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale22 C C ASN 183 C ASN 183 1_555 C N MSE 184 C MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale23 C C MSE 184 C MSE 184 1_555 C N LEU 185 C LEU 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale24 C C ALA 306 C ALA 306 1_555 C N MSE 307 C MSE 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale25 C C MSE 307 C MSE 307 1_555 C N ALA 308 C ALA 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale26 D C MSE 1 D MSE 1 1_555 D N GLU 2 D GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale27 D C LYS 125 D LYS 125 1_555 D N MSE 126 D MSE 126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale28 D C MSE 126 D MSE 126 1_555 D N TYR 127 D TYR 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale29 D C LEU 141 D LEU 141 1_555 D N MSE 142 D MSE 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale30 D C MSE 142 D MSE 142 1_555 D N LEU 143 D LEU 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale31 D C ASN 183 D ASN 183 1_555 D N MSE 184 D MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale32 D C MSE 184 D MSE 184 1_555 D N LEU 185 D LEU 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale33 D C ALA 306 D ALA 306 1_555 D N MSE 307 D MSE 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? metalc ? metalc1 A NE2 HIS 9 A HIS 9 1_555 E MN MN . A MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 13 A ASP 13 1_555 E MN MN . A MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.864 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 15 A ASP 15 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 75 A ASP 75 1_555 E MN MN . A MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 75 A ASP 75 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc6 A NE2 HIS 97 A HIS 97 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 149 A ASP 149 1_555 F MN MN . A MN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc8 E MN MN . A MN 401 1_555 M O HOH . A HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? metalc ? metalc9 F MN MN . A MN 402 1_555 M O HOH . A HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc10 B NE2 HIS 9 B HIS 9 1_555 G MN MN . B MN 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc11 B OD1 ASP 13 B ASP 13 1_555 G MN MN . B MN 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 15 B ASP 15 1_555 H MN MN . B MN 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 75 B ASP 75 1_555 G MN MN . B MN 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 75 B ASP 75 1_555 H MN MN . B MN 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc15 B NE2 HIS 97 B HIS 97 1_555 H MN MN . B MN 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 149 B ASP 149 1_555 H MN MN . B MN 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc17 G MN MN . B MN 403 1_555 N O HOH . B HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc18 H MN MN . B MN 404 1_555 N O HOH . B HOH 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.84 ? metalc ? metalc19 C NE2 HIS 9 C HIS 9 1_555 I MN MN . C MN 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc20 C OD1 ASP 13 C ASP 13 1_555 I MN MN . C MN 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASP 15 C ASP 15 1_555 J MN MN . C MN 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc22 C OD2 ASP 75 C ASP 75 1_555 I MN MN . C MN 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 75 C ASP 75 1_555 J MN MN . C MN 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc24 C NE2 HIS 97 C HIS 97 1_555 J MN MN . C MN 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc25 C OD2 ASP 149 C ASP 149 1_555 J MN MN . C MN 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? metalc ? metalc26 I MN MN . C MN 405 1_555 O O HOH . C HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc27 J MN MN . C MN 406 1_555 O O HOH . C HOH 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.785 ? metalc ? metalc28 D NE2 HIS 9 D HIS 9 1_555 K MN MN . D MN 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc29 D OD1 ASP 13 D ASP 13 1_555 K MN MN . D MN 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.787 ? metalc ? metalc30 D OD1 ASP 15 D ASP 15 1_555 L MN MN . D MN 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? metalc ? metalc31 D OD2 ASP 75 D ASP 75 1_555 K MN MN . D MN 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? metalc ? metalc32 D OD1 ASP 75 D ASP 75 1_555 L MN MN . D MN 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? metalc ? metalc33 D NE2 HIS 97 D HIS 97 1_555 L MN MN . D MN 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc34 D OD2 ASP 149 D ASP 149 1_555 L MN MN . D MN 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc35 L MN MN . D MN 408 1_555 P O HOH . D HOH 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.692 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1K23 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012455 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007659 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006646 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 MN A 1 401 401 MN MN . F 2 MN A 1 402 402 MN MN . G 2 MN B 1 403 403 MN MN . H 2 MN B 1 404 404 MN MN . I 2 MN C 1 405 405 MN MN . J 2 MN C 1 406 406 MN MN . K 2 MN D 1 407 407 MN MN . L 2 MN D 1 408 408 MN MN . M 3 HOH A 1 403 1 HOH WAT . M 3 HOH A 2 404 4 HOH WAT . M 3 HOH A 3 405 9 HOH WAT . M 3 HOH A 4 406 13 HOH WAT . M 3 HOH A 5 407 16 HOH WAT . M 3 HOH A 6 408 18 HOH WAT . M 3 HOH A 7 409 19 HOH WAT . M 3 HOH A 8 410 24 HOH WAT . M 3 HOH A 9 411 25 HOH WAT . M 3 HOH A 10 412 26 HOH WAT . M 3 HOH A 11 413 27 HOH WAT . M 3 HOH A 12 414 31 HOH WAT . M 3 HOH A 13 415 33 HOH WAT . M 3 HOH A 14 416 35 HOH WAT . M 3 HOH A 15 417 39 HOH WAT . M 3 HOH A 16 418 41 HOH WAT . M 3 HOH A 17 419 43 HOH WAT . M 3 HOH A 18 420 46 HOH WAT . M 3 HOH A 19 421 48 HOH WAT . M 3 HOH A 20 422 49 HOH WAT . M 3 HOH A 21 423 51 HOH WAT . M 3 HOH A 22 424 52 HOH WAT . M 3 HOH A 23 425 55 HOH WAT . M 3 HOH A 24 426 56 HOH WAT . N 3 HOH B 1 405 2 HOH WAT . N 3 HOH B 2 406 7 HOH WAT . N 3 HOH B 3 407 17 HOH WAT . N 3 HOH B 4 408 22 HOH WAT . N 3 HOH B 5 409 30 HOH WAT . N 3 HOH B 6 410 42 HOH WAT . N 3 HOH B 7 411 50 HOH WAT . N 3 HOH B 8 412 53 HOH WAT . N 3 HOH B 9 413 58 HOH WAT . O 3 HOH C 1 407 3 HOH WAT . O 3 HOH C 2 408 6 HOH WAT . O 3 HOH C 3 409 12 HOH WAT . O 3 HOH C 4 410 20 HOH WAT . O 3 HOH C 5 411 21 HOH WAT . O 3 HOH C 6 412 23 HOH WAT . O 3 HOH C 7 413 28 HOH WAT . O 3 HOH C 8 414 29 HOH WAT . O 3 HOH C 9 415 32 HOH WAT . O 3 HOH C 10 416 40 HOH WAT . O 3 HOH C 11 417 45 HOH WAT . O 3 HOH C 12 418 47 HOH WAT . O 3 HOH C 13 419 54 HOH WAT . P 3 HOH D 1 409 5 HOH WAT . P 3 HOH D 2 410 8 HOH WAT . P 3 HOH D 3 411 10 HOH WAT . P 3 HOH D 4 412 11 HOH WAT . P 3 HOH D 5 413 14 HOH WAT . P 3 HOH D 6 414 15 HOH WAT . P 3 HOH D 7 415 34 HOH WAT . P 3 HOH D 8 416 36 HOH WAT . P 3 HOH D 9 417 37 HOH WAT . P 3 HOH D 10 418 38 HOH WAT . P 3 HOH D 11 419 44 HOH WAT . P 3 HOH D 12 420 57 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 2.625 _atom_site.Cartn_y 64.609 _atom_site.Cartn_z 60.615 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 46.19 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 407 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 301 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #