data_1K93 # _model_server_result.job_id 9mqwA6WLWyjLoPLiTtYG7w _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 23:25:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1k93 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":805}' # _entry.id 1K93 # _exptl.entry_id 1K93 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1K93 _cell.length_a 116.73 _cell.length_b 167.311 _cell.length_c 344.296 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1K93 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,G,I,J 1 1 B,E,K,L 2 1 C,F,H,M,N 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N ? 4 M N N ? 4 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 D OD1 ASP 89 D ASP 93 1_555 J CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? metalc ? metalc2 D OD1 ASP 91 D ASP 95 1_555 J CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc3 D ND2 ASN 93 D ASN 97 1_555 J CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.224 ? metalc ? metalc4 D OD1 ASN 93 D ASN 97 1_555 J CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc5 D O TYR 95 D TYR 99 1_555 J CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc6 D OE1 GLU 100 D GLU 104 1_555 J CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc7 D OE2 GLU 100 D GLU 104 1_555 J CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? metalc ? metalc8 D OD1 ASP 127 D ASP 131 1_555 I CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc9 D OD1 ASP 129 D ASP 133 1_555 I CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.786 ? metalc ? metalc10 D OD2 ASP 129 D ASP 133 1_555 I CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc11 D O GLN 131 D GLN 135 1_555 I CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc12 D OE1 GLU 136 D GLU 140 1_555 I CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc13 D OE2 GLU 136 D GLU 140 1_555 I CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc14 E OD1 ASP 89 E ASP 93 1_555 L CA CA . E CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? metalc ? metalc15 E OD2 ASP 91 E ASP 95 1_555 L CA CA . E CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.125 ? metalc ? metalc16 E OD1 ASP 91 E ASP 95 1_555 L CA CA . E CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? metalc ? metalc17 E OD1 ASN 93 E ASN 97 1_555 L CA CA . E CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc18 E ND2 ASN 93 E ASN 97 1_555 L CA CA . E CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.216 ? metalc ? metalc19 E O TYR 95 E TYR 99 1_555 L CA CA . E CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc20 E OE1 GLU 100 E GLU 104 1_555 L CA CA . E CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc21 E OE2 GLU 100 E GLU 104 1_555 L CA CA . E CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc22 E OD1 ASP 129 E ASP 133 1_555 K CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc23 E OD2 ASP 129 E ASP 133 1_555 K CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc24 E O GLN 131 E GLN 135 1_555 K CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? metalc ? metalc25 E OE1 GLU 136 E GLU 140 1_555 K CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc26 E OE2 GLU 136 E GLU 140 1_555 K CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc27 F OD1 ASP 89 F ASP 93 1_555 N CA CA . F CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc28 F OD1 ASP 91 F ASP 95 1_555 N CA CA . F CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc29 F OD1 ASN 93 F ASN 97 1_555 N CA CA . F CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? metalc ? metalc30 F ND2 ASN 93 F ASN 97 1_555 N CA CA . F CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.007 ? metalc ? metalc31 F O TYR 95 F TYR 99 1_555 N CA CA . F CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc32 F OE1 GLU 100 F GLU 104 1_555 N CA CA . F CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc33 F OE2 GLU 100 F GLU 104 1_555 N CA CA . F CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? metalc ? metalc34 F OD1 ASP 127 F ASP 131 1_555 M CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.817 ? metalc ? metalc35 F OD2 ASP 129 F ASP 133 1_555 M CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.768 ? metalc ? metalc36 F OD1 ASP 129 F ASP 133 1_555 M CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc37 F O GLN 131 F GLN 135 1_555 M CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc38 F OE1 GLU 136 F GLU 140 1_555 M CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc39 F OE2 GLU 136 F GLU 140 1_555 M CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1K93 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008567 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005977 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002904 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 SO4 A 1 1001 1 SO4 SO4 . H 3 SO4 C 1 1003 3 SO4 SO4 . I 4 CA D 1 801 801 CA CA2 . J 4 CA D 1 802 802 CA CA2 . K 4 CA E 1 803 803 CA CA2 . L 4 CA E 1 804 804 CA CA2 . M 4 CA F 1 805 805 CA CA2 . N 4 CA F 1 806 806 CA CA2 . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 42.248 _atom_site.Cartn_y 53.652 _atom_site.Cartn_z 85.518 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 66.73 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 805 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 24 _model_server_stats.query_time_ms 308 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #