data_1KB4 # _model_server_result.job_id CQVCk-vfcJBM68U26f2TpA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 15:23:46' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1kb4 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":350}' # _entry.id 1KB4 # _exptl.entry_id 1KB4 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1KB4 _cell.length_a 61.5 _cell.length_b 61.5 _cell.length_c 241.97 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1KB4 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 C SG CYS 9 A CYS 24 1_555 E ZN ZN . A ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc2 C SG CYS 12 A CYS 27 1_555 E ZN ZN . A ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc3 C SG CYS 26 A CYS 41 1_555 E ZN ZN . A ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc4 C SG CYS 29 A CYS 44 1_555 E ZN ZN . A ZN 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc5 C SG CYS 45 A CYS 60 1_555 F ZN ZN . A ZN 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 51 A CYS 66 1_555 F ZN ZN . A ZN 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc7 C SG CYS 61 A CYS 76 1_555 F ZN ZN . A ZN 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc8 C SG CYS 64 A CYS 79 1_555 F ZN ZN . A ZN 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc9 D SG CYS 9 B CYS 224 1_555 G ZN ZN . B ZN 350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc10 D SG CYS 12 B CYS 227 1_555 G ZN ZN . B ZN 350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc11 D SG CYS 26 B CYS 241 1_555 G ZN ZN . B ZN 350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc12 D SG CYS 29 B CYS 244 1_555 G ZN ZN . B ZN 350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc13 D SG CYS 45 B CYS 260 1_555 H ZN ZN . B ZN 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc14 D SG CYS 51 B CYS 266 1_555 H ZN ZN . B ZN 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc15 D SG CYS 61 B CYS 276 1_555 H ZN ZN . B ZN 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc16 D SG CYS 64 B CYS 279 1_555 H ZN ZN . B ZN 351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DC 1 C DC 401 1_555 B N1 DG 18 D DG 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 DC 1 C DC 401 1_555 B O6 DG 18 D DG 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 DC 1 C DC 401 1_555 B N2 DG 18 D DG 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 DA 2 C DA 402 1_555 B N3 DT 17 D DT 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N6 DA 2 C DA 402 1_555 B O4 DT 17 D DT 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N3 DC 3 C DC 403 1_555 B N1 DG 16 D DG 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N4 DC 3 C DC 403 1_555 B O6 DG 16 D DG 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O2 DC 3 C DC 403 1_555 B N2 DG 16 D DG 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N1 DA 4 C DA 404 1_555 B N3 DT 15 D DT 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N6 DA 4 C DA 404 1_555 B O4 DT 15 D DT 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 DG 5 C DG 405 1_555 B N3 DC 14 D DC 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 DG 5 C DG 405 1_555 B O2 DC 14 D DC 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 DG 5 C DG 405 1_555 B N4 DC 14 D DC 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N1 DG 6 C DG 406 1_555 B N3 DC 13 D DC 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N2 DG 6 C DG 406 1_555 B O2 DC 13 D DC 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O6 DG 6 C DG 406 1_555 B N4 DC 13 D DC 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 DT 7 C DT 407 1_555 B N1 DA 12 D DA 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O4 DT 7 C DT 407 1_555 B N6 DA 12 D DA 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N3 DC 8 C DC 408 1_555 B N1 DG 11 D DG 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N4 DC 8 C DC 408 1_555 B O6 DG 11 D DG 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O2 DC 8 C DC 408 1_555 B N2 DG 11 D DG 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N1 DA 9 C DA 409 1_555 B N3 DT 10 D DT 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N6 DA 9 C DA 409 1_555 B O4 DT 10 D DT 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N3 DC 10 C DC 410 1_555 B N1 DG 9 D DG 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N4 DC 10 C DC 410 1_555 B O6 DG 9 D DG 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O2 DC 10 C DC 410 1_555 B N2 DG 9 D DG 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N1 DG 11 C DG 411 1_555 B N3 DC 8 D DC 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N2 DG 11 C DG 411 1_555 B O2 DC 8 D DC 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O6 DG 11 C DG 411 1_555 B N4 DC 8 D DC 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N1 DA 12 C DA 412 1_555 B N3 DT 7 D DT 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N6 DA 12 C DA 412 1_555 B O4 DT 7 D DT 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N1 DA 13 C DA 413 1_555 B N3 DT 6 D DT 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N6 DA 13 C DA 413 1_555 B O4 DT 6 D DT 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N1 DG 14 C DG 414 1_555 B N3 DC 5 D DC 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N2 DG 14 C DG 414 1_555 B O2 DC 5 D DC 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A O6 DG 14 C DG 414 1_555 B N4 DC 5 D DC 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N1 DG 15 C DG 415 1_555 B N3 DC 4 D DC 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N2 DG 15 C DG 415 1_555 B O2 DC 4 D DC 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A O6 DG 15 C DG 415 1_555 B N4 DC 4 D DC 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N3 DT 16 C DT 416 1_555 B N1 DA 3 D DA 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A O4 DT 16 C DT 416 1_555 B N6 DA 3 D DA 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N3 DC 17 C DC 417 1_555 B N1 DG 2 D DG 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N4 DC 17 C DC 417 1_555 B O6 DG 2 D DG 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A O2 DC 17 C DC 417 1_555 B N2 DG 2 D DG 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N1 DA 18 C DA 418 1_555 B N3 DT 1 D DT 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N6 DA 18 C DA 418 1_555 B O4 DT 1 D DT 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1KB4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016261 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016261 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004133 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 ZN A 1 150 150 ZN ZN . F 4 ZN A 1 151 151 ZN ZN . G 4 ZN B 1 350 350 ZN ZN . H 4 ZN B 1 351 351 ZN ZN . I 5 HOH C 1 607 607 HOH WAT . I 5 HOH C 2 613 613 HOH WAT . I 5 HOH C 3 620 620 HOH WAT . I 5 HOH C 4 624 624 HOH WAT . I 5 HOH C 5 626 626 HOH WAT . I 5 HOH C 6 628 628 HOH WAT . I 5 HOH C 7 629 629 HOH WAT . J 5 HOH D 1 617 617 HOH WAT . J 5 HOH D 2 622 622 HOH WAT . J 5 HOH D 3 627 627 HOH WAT . K 5 HOH A 1 601 601 HOH WAT . K 5 HOH A 2 603 603 HOH WAT . K 5 HOH A 3 604 604 HOH WAT . K 5 HOH A 4 605 605 HOH WAT . K 5 HOH A 5 608 608 HOH WAT . K 5 HOH A 6 609 609 HOH WAT . K 5 HOH A 7 612 612 HOH WAT . K 5 HOH A 8 614 614 HOH WAT . K 5 HOH A 9 615 615 HOH WAT . K 5 HOH A 10 616 616 HOH WAT . K 5 HOH A 11 618 618 HOH WAT . K 5 HOH A 12 623 623 HOH WAT . K 5 HOH A 13 625 625 HOH WAT . L 5 HOH B 1 602 602 HOH WAT . L 5 HOH B 2 606 606 HOH WAT . L 5 HOH B 3 610 610 HOH WAT . L 5 HOH B 4 611 611 HOH WAT . L 5 HOH B 5 619 619 HOH WAT . L 5 HOH B 6 621 621 HOH WAT . L 5 HOH B 7 630 630 HOH WAT . L 5 HOH B 8 631 631 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x -10.769 _atom_site.Cartn_y 32.286 _atom_site.Cartn_z 62.776 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 67.69 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 350 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 293 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #