data_1KDW # _model_server_result.job_id MIgEYchDCcD-pKUAeWz0xg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 22:08:02' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1kdw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":1}' # _entry.id 1KDW # _exptl.entry_id 1KDW _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 94.971 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 115.3 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1KDW _cell.length_a 118.55 _cell.length_b 77.38 _cell.length_c 97.33 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1KDW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,F 1 1 B,E,G 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A OG SER 61 A SER 64 1_555 D B 4CB . A 4CB 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.664 ? covale ? covale2 B OG SER 61 B SER 64 1_555 E B 4CB . B 4CB 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.638 ? # _chem_comp.formula 'O4 P -3' _chem_comp.formula_weight 94.971 _chem_comp.id PO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P O1 PO4 doub 266 n n P O2 PO4 sing 267 n n P O3 PO4 sing 268 n n P O4 PO4 sing 269 n n # _atom_sites.entry_id 1KDW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008435 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003987 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012923 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011364 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 PO4 A 1 1 1 PO4 PO4 . D 3 4CB A 1 364 364 4CB 4CB . E 3 4CB B 1 364 364 4CB 4CB . F 4 HOH A 1 402 402 HOH WAT . F 4 HOH A 2 403 403 HOH WAT . F 4 HOH A 3 404 404 HOH WAT . F 4 HOH A 4 405 405 HOH WAT . F 4 HOH A 5 409 409 HOH WAT . F 4 HOH A 6 410 410 HOH WAT . F 4 HOH A 7 411 411 HOH WAT . F 4 HOH A 8 413 413 HOH WAT . F 4 HOH A 9 414 414 HOH WAT . F 4 HOH A 10 415 415 HOH WAT . F 4 HOH A 11 416 416 HOH WAT . F 4 HOH A 12 418 418 HOH WAT . F 4 HOH A 13 420 420 HOH WAT . F 4 HOH A 14 422 422 HOH WAT . F 4 HOH A 15 423 423 HOH WAT . F 4 HOH A 16 424 424 HOH WAT . F 4 HOH A 17 425 425 HOH WAT . F 4 HOH A 18 426 426 HOH WAT . F 4 HOH A 19 428 428 HOH WAT . F 4 HOH A 20 429 429 HOH WAT . F 4 HOH A 21 433 433 HOH WAT . F 4 HOH A 22 435 435 HOH WAT . F 4 HOH A 23 436 436 HOH WAT . F 4 HOH A 24 437 437 HOH WAT . F 4 HOH A 25 438 438 HOH WAT . F 4 HOH A 26 439 439 HOH WAT . F 4 HOH A 27 443 443 HOH WAT . F 4 HOH A 28 449 449 HOH WAT . F 4 HOH A 29 451 451 HOH WAT . F 4 HOH A 30 452 452 HOH WAT . F 4 HOH A 31 453 453 HOH WAT . F 4 HOH A 32 454 454 HOH WAT . F 4 HOH A 33 456 456 HOH WAT . F 4 HOH A 34 457 457 HOH WAT . F 4 HOH A 35 458 458 HOH WAT . F 4 HOH A 36 460 460 HOH WAT . F 4 HOH A 37 462 462 HOH WAT . F 4 HOH A 38 466 466 HOH WAT . F 4 HOH A 39 471 471 HOH WAT . F 4 HOH A 40 473 473 HOH WAT . F 4 HOH A 41 474 474 HOH WAT . F 4 HOH A 42 475 475 HOH WAT . F 4 HOH A 43 476 476 HOH WAT . F 4 HOH A 44 478 478 HOH WAT . F 4 HOH A 45 479 479 HOH WAT . F 4 HOH A 46 480 480 HOH WAT . F 4 HOH A 47 481 481 HOH WAT . F 4 HOH A 48 482 482 HOH WAT . F 4 HOH A 49 489 489 HOH WAT . F 4 HOH A 50 490 490 HOH WAT . F 4 HOH A 51 493 493 HOH WAT . F 4 HOH A 52 494 494 HOH WAT . F 4 HOH A 53 495 495 HOH WAT . F 4 HOH A 54 496 496 HOH WAT . F 4 HOH A 55 497 497 HOH WAT . F 4 HOH A 56 498 498 HOH WAT . F 4 HOH A 57 499 499 HOH WAT . F 4 HOH A 58 501 501 HOH WAT . F 4 HOH A 59 503 503 HOH WAT . F 4 HOH A 60 504 504 HOH WAT . F 4 HOH A 61 508 508 HOH WAT . F 4 HOH A 62 509 509 HOH WAT . F 4 HOH A 63 515 515 HOH WAT . F 4 HOH A 64 517 517 HOH WAT . F 4 HOH A 65 519 519 HOH WAT . F 4 HOH A 66 526 526 HOH WAT . F 4 HOH A 67 528 528 HOH WAT . F 4 HOH A 68 529 529 HOH WAT . F 4 HOH A 69 530 530 HOH WAT . F 4 HOH A 70 531 531 HOH WAT . F 4 HOH A 71 532 532 HOH WAT . F 4 HOH A 72 533 533 HOH WAT . F 4 HOH A 73 534 534 HOH WAT . F 4 HOH A 74 538 538 HOH WAT . F 4 HOH A 75 539 539 HOH WAT . F 4 HOH A 76 540 540 HOH WAT . F 4 HOH A 77 541 541 HOH WAT . F 4 HOH A 78 542 542 HOH WAT . F 4 HOH A 79 551 551 HOH WAT . F 4 HOH A 80 553 553 HOH WAT . F 4 HOH A 81 554 554 HOH WAT . F 4 HOH A 82 556 556 HOH WAT . F 4 HOH A 83 558 558 HOH WAT . F 4 HOH A 84 564 564 HOH WAT . F 4 HOH A 85 565 565 HOH WAT . F 4 HOH A 86 566 566 HOH WAT . F 4 HOH A 87 567 567 HOH WAT . F 4 HOH A 88 568 568 HOH WAT . F 4 HOH A 89 570 570 HOH WAT . F 4 HOH A 90 571 571 HOH WAT . F 4 HOH A 91 572 572 HOH WAT . F 4 HOH A 92 573 573 HOH WAT . F 4 HOH A 93 574 574 HOH WAT . F 4 HOH A 94 576 576 HOH WAT . F 4 HOH A 95 577 577 HOH WAT . F 4 HOH A 96 578 578 HOH WAT . F 4 HOH A 97 579 579 HOH WAT . F 4 HOH A 98 580 580 HOH WAT . F 4 HOH A 99 582 582 HOH WAT . F 4 HOH A 100 585 585 HOH WAT . F 4 HOH A 101 587 587 HOH WAT . F 4 HOH A 102 591 591 HOH WAT . F 4 HOH A 103 593 593 HOH WAT . F 4 HOH A 104 594 594 HOH WAT . F 4 HOH A 105 596 596 HOH WAT . F 4 HOH A 106 597 597 HOH WAT . F 4 HOH A 107 598 598 HOH WAT . F 4 HOH A 108 600 600 HOH WAT . F 4 HOH A 109 601 601 HOH WAT . F 4 HOH A 110 605 605 HOH WAT . F 4 HOH A 111 609 609 HOH WAT . F 4 HOH A 112 612 612 HOH WAT . F 4 HOH A 113 613 613 HOH WAT . F 4 HOH A 114 615 615 HOH WAT . F 4 HOH A 115 616 616 HOH WAT . F 4 HOH A 116 617 617 HOH WAT . F 4 HOH A 117 620 620 HOH WAT . F 4 HOH A 118 622 622 HOH WAT . F 4 HOH A 119 624 624 HOH WAT . F 4 HOH A 120 625 625 HOH WAT . F 4 HOH A 121 628 628 HOH WAT . F 4 HOH A 122 629 629 HOH WAT . F 4 HOH A 123 631 631 HOH WAT . F 4 HOH A 124 633 633 HOH WAT . F 4 HOH A 125 634 634 HOH WAT . F 4 HOH A 126 636 636 HOH WAT . F 4 HOH A 127 639 639 HOH WAT . F 4 HOH A 128 643 643 HOH WAT . F 4 HOH A 129 644 644 HOH WAT . F 4 HOH A 130 645 645 HOH WAT . F 4 HOH A 131 646 646 HOH WAT . F 4 HOH A 132 649 649 HOH WAT . F 4 HOH A 133 650 650 HOH WAT . F 4 HOH A 134 651 651 HOH WAT . F 4 HOH A 135 652 652 HOH WAT . F 4 HOH A 136 653 653 HOH WAT . F 4 HOH A 137 654 654 HOH WAT . F 4 HOH A 138 660 660 HOH WAT . F 4 HOH A 139 662 662 HOH WAT . G 4 HOH B 1 400 400 HOH WAT . G 4 HOH B 2 401 401 HOH WAT . G 4 HOH B 3 406 406 HOH WAT . G 4 HOH B 4 407 407 HOH WAT . G 4 HOH B 5 408 408 HOH WAT . G 4 HOH B 6 412 412 HOH WAT . G 4 HOH B 7 417 417 HOH WAT . G 4 HOH B 8 419 419 HOH WAT . G 4 HOH B 9 421 421 HOH WAT . G 4 HOH B 10 427 427 HOH WAT . G 4 HOH B 11 430 430 HOH WAT . G 4 HOH B 12 431 431 HOH WAT . G 4 HOH B 13 432 432 HOH WAT . G 4 HOH B 14 434 434 HOH WAT . G 4 HOH B 15 440 440 HOH WAT . G 4 HOH B 16 441 441 HOH WAT . G 4 HOH B 17 442 442 HOH WAT . G 4 HOH B 18 444 444 HOH WAT . G 4 HOH B 19 445 445 HOH WAT . G 4 HOH B 20 446 446 HOH WAT . G 4 HOH B 21 447 447 HOH WAT . G 4 HOH B 22 448 448 HOH WAT . G 4 HOH B 23 450 450 HOH WAT . G 4 HOH B 24 455 455 HOH WAT . G 4 HOH B 25 459 459 HOH WAT . G 4 HOH B 26 461 461 HOH WAT . G 4 HOH B 27 463 463 HOH WAT . G 4 HOH B 28 464 464 HOH WAT . G 4 HOH B 29 465 465 HOH WAT . G 4 HOH B 30 467 467 HOH WAT . G 4 HOH B 31 468 468 HOH WAT . G 4 HOH B 32 469 469 HOH WAT . G 4 HOH B 33 470 470 HOH WAT . G 4 HOH B 34 472 472 HOH WAT . G 4 HOH B 35 477 477 HOH WAT . G 4 HOH B 36 483 483 HOH WAT . G 4 HOH B 37 484 484 HOH WAT . G 4 HOH B 38 485 485 HOH WAT . G 4 HOH B 39 486 486 HOH WAT . G 4 HOH B 40 487 487 HOH WAT . G 4 HOH B 41 488 488 HOH WAT . G 4 HOH B 42 491 491 HOH WAT . G 4 HOH B 43 492 492 HOH WAT . G 4 HOH B 44 500 500 HOH WAT . G 4 HOH B 45 502 502 HOH WAT . G 4 HOH B 46 505 505 HOH WAT . G 4 HOH B 47 506 506 HOH WAT . G 4 HOH B 48 507 507 HOH WAT . G 4 HOH B 49 510 510 HOH WAT . G 4 HOH B 50 511 511 HOH WAT . G 4 HOH B 51 512 512 HOH WAT . G 4 HOH B 52 513 513 HOH WAT . G 4 HOH B 53 514 514 HOH WAT . G 4 HOH B 54 516 516 HOH WAT . G 4 HOH B 55 518 518 HOH WAT . G 4 HOH B 56 520 520 HOH WAT . G 4 HOH B 57 521 521 HOH WAT . G 4 HOH B 58 522 522 HOH WAT . G 4 HOH B 59 523 523 HOH WAT . G 4 HOH B 60 524 524 HOH WAT . G 4 HOH B 61 525 525 HOH WAT . G 4 HOH B 62 527 527 HOH WAT . G 4 HOH B 63 535 535 HOH WAT . G 4 HOH B 64 536 536 HOH WAT . G 4 HOH B 65 537 537 HOH WAT . G 4 HOH B 66 543 543 HOH WAT . G 4 HOH B 67 544 544 HOH WAT . G 4 HOH B 68 545 545 HOH WAT . G 4 HOH B 69 546 546 HOH WAT . G 4 HOH B 70 547 547 HOH WAT . G 4 HOH B 71 548 548 HOH WAT . G 4 HOH B 72 549 549 HOH WAT . G 4 HOH B 73 550 550 HOH WAT . G 4 HOH B 74 552 552 HOH WAT . G 4 HOH B 75 555 555 HOH WAT . G 4 HOH B 76 557 557 HOH WAT . G 4 HOH B 77 559 559 HOH WAT . G 4 HOH B 78 560 560 HOH WAT . G 4 HOH B 79 561 561 HOH WAT . G 4 HOH B 80 562 562 HOH WAT . G 4 HOH B 81 563 563 HOH WAT . G 4 HOH B 82 569 569 HOH WAT . G 4 HOH B 83 575 575 HOH WAT . G 4 HOH B 84 581 581 HOH WAT . G 4 HOH B 85 583 583 HOH WAT . G 4 HOH B 86 584 584 HOH WAT . G 4 HOH B 87 586 586 HOH WAT . G 4 HOH B 88 588 588 HOH WAT . G 4 HOH B 89 589 589 HOH WAT . G 4 HOH B 90 590 590 HOH WAT . G 4 HOH B 91 592 592 HOH WAT . G 4 HOH B 92 595 595 HOH WAT . G 4 HOH B 93 599 599 HOH WAT . G 4 HOH B 94 602 602 HOH WAT . G 4 HOH B 95 603 603 HOH WAT . G 4 HOH B 96 604 604 HOH WAT . G 4 HOH B 97 606 606 HOH WAT . G 4 HOH B 98 607 607 HOH WAT . G 4 HOH B 99 608 608 HOH WAT . G 4 HOH B 100 610 610 HOH WAT . G 4 HOH B 101 611 611 HOH WAT . G 4 HOH B 102 614 614 HOH WAT . G 4 HOH B 103 618 618 HOH WAT . G 4 HOH B 104 619 619 HOH WAT . G 4 HOH B 105 621 621 HOH WAT . G 4 HOH B 106 623 623 HOH WAT . G 4 HOH B 107 626 626 HOH WAT . G 4 HOH B 108 627 627 HOH WAT . G 4 HOH B 109 630 630 HOH WAT . G 4 HOH B 110 632 632 HOH WAT . G 4 HOH B 111 635 635 HOH WAT . G 4 HOH B 112 637 637 HOH WAT . G 4 HOH B 113 638 638 HOH WAT . G 4 HOH B 114 640 640 HOH WAT . G 4 HOH B 115 641 641 HOH WAT . G 4 HOH B 116 642 642 HOH WAT . G 4 HOH B 117 647 647 HOH WAT . G 4 HOH B 118 648 648 HOH WAT . G 4 HOH B 119 655 655 HOH WAT . G 4 HOH B 120 656 656 HOH WAT . G 4 HOH B 121 657 657 HOH WAT . G 4 HOH B 122 658 658 HOH WAT . G 4 HOH B 123 659 659 HOH WAT . G 4 HOH B 124 661 661 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P PO4 . . . C 2 25.786 -22.786 11.159 1 51.53 ? P PO4 1 A 1 HETATM 2 O O1 PO4 . . . C 2 27.283 -22.866 10.808 1 52 ? O1 PO4 1 A 1 HETATM 3 O O2 PO4 . . . C 2 25.231 -21.403 10.761 1 49.58 ? O2 PO4 1 A 1 HETATM 4 O O3 PO4 . . . C 2 25.021 -23.879 10.384 1 53.46 ? O3 PO4 1 A 1 HETATM 5 O O4 PO4 . . . C 2 25.605 -23.005 12.671 1 50.7 ? O4 PO4 1 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 247 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 5 #