data_1KGW # _model_server_result.job_id l1eFYRRck58IMwMhIA5alA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 18:46:26' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1kgw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":497}' # _entry.id 1KGW # _exptl.entry_id 1KGW _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1KGW _cell.length_a 52.943 _cell.length_b 74.934 _cell.length_c 137.051 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1KGW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 28 A CYS 28 1_555 A SG CYS 86 A CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 70 A CYS 70 1_555 A SG CYS 115 A CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 141 A CYS 141 1_555 A SG CYS 160 A CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 378 A CYS 378 1_555 A SG CYS 384 A CYS 384 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 450 A CYS 450 1_555 A SG CYS 462 A CYS 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? covale ? covale1 A C PCA 1 A PCA 1 1_555 A N TYR 2 A TYR 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 461 A ASN 461 1_555 B C1 NAG . A NAG 497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.47 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 100 A ASN 100 1_555 C CA CA . A CA 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc2 A O ARG 158 A ARG 158 1_555 C CA CA . A CA 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 167 A ASP 167 1_555 C CA CA . A CA 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 167 A ASP 167 1_555 C CA CA . A CA 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc5 A O HIS 201 A HIS 201 1_555 C CA CA . A CA 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc6 C CA CA . A CA 498 1_555 D O HOH . A HOH 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc7 C CA CA . A CA 498 1_555 D O HOH . A HOH 532 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc8 C CA CA . A CA 498 1_555 D O HOH . A HOH 541 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 237 n n C1 O1 NAG sing 238 n n C1 O5 NAG sing 239 n n C1 H1 NAG sing 240 n n C2 C3 NAG sing 241 n n C2 N2 NAG sing 242 n n C2 H2 NAG sing 243 n n C3 C4 NAG sing 244 n n C3 O3 NAG sing 245 n n C3 H3 NAG sing 246 n n C4 C5 NAG sing 247 n n C4 O4 NAG sing 248 n n C4 H4 NAG sing 249 n n C5 C6 NAG sing 250 n n C5 O5 NAG sing 251 n n C5 H5 NAG sing 252 n n C6 O6 NAG sing 253 n n C6 H61 NAG sing 254 n n C6 H62 NAG sing 255 n n C7 C8 NAG sing 256 n n C7 N2 NAG sing 257 n n C7 O7 NAG doub 258 n n C8 H81 NAG sing 259 n n C8 H82 NAG sing 260 n n C8 H83 NAG sing 261 n n N2 HN2 NAG sing 262 n n O1 HO1 NAG sing 263 n n O3 HO3 NAG sing 264 n n O4 HO4 NAG sing 265 n n O6 HO6 NAG sing 266 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 1KGW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.018888 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013345 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007297 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NAG A 1 497 497 NAG NAG . C 3 CA A 1 498 498 CA CAL . D 4 HOH A 1 499 2 HOH WAT . D 4 HOH A 2 500 3 HOH WAT . D 4 HOH A 3 501 4 HOH WAT . D 4 HOH A 4 502 6 HOH WAT . D 4 HOH A 5 503 7 HOH WAT . D 4 HOH A 6 504 8 HOH WAT . D 4 HOH A 7 505 9 HOH WAT . D 4 HOH A 8 506 10 HOH WAT . D 4 HOH A 9 507 11 HOH WAT . D 4 HOH A 10 508 12 HOH WAT . D 4 HOH A 11 509 13 HOH WAT . D 4 HOH A 12 510 14 HOH WAT . D 4 HOH A 13 511 15 HOH WAT . D 4 HOH A 14 512 16 HOH WAT . D 4 HOH A 15 513 17 HOH WAT . D 4 HOH A 16 514 19 HOH WAT . D 4 HOH A 17 515 20 HOH WAT . D 4 HOH A 18 516 22 HOH WAT . D 4 HOH A 19 517 23 HOH WAT . D 4 HOH A 20 518 24 HOH WAT . D 4 HOH A 21 519 26 HOH WAT . D 4 HOH A 22 520 27 HOH WAT . D 4 HOH A 23 521 30 HOH WAT . D 4 HOH A 24 522 31 HOH WAT . D 4 HOH A 25 523 32 HOH WAT . D 4 HOH A 26 524 34 HOH WAT . D 4 HOH A 27 525 35 HOH WAT . D 4 HOH A 28 526 36 HOH WAT . D 4 HOH A 29 527 37 HOH WAT . D 4 HOH A 30 528 38 HOH WAT . D 4 HOH A 31 529 40 HOH WAT . D 4 HOH A 32 530 41 HOH WAT . D 4 HOH A 33 531 42 HOH WAT . D 4 HOH A 34 532 44 HOH WAT . D 4 HOH A 35 533 45 HOH WAT . D 4 HOH A 36 534 46 HOH WAT . D 4 HOH A 37 535 47 HOH WAT . D 4 HOH A 38 536 48 HOH WAT . D 4 HOH A 39 537 49 HOH WAT . D 4 HOH A 40 538 50 HOH WAT . D 4 HOH A 41 539 51 HOH WAT . D 4 HOH A 42 540 52 HOH WAT . D 4 HOH A 43 541 53 HOH WAT . D 4 HOH A 44 542 54 HOH WAT . D 4 HOH A 45 543 55 HOH WAT . D 4 HOH A 46 544 56 HOH WAT . D 4 HOH A 47 545 58 HOH WAT . D 4 HOH A 48 546 59 HOH WAT . D 4 HOH A 49 547 60 HOH WAT . D 4 HOH A 50 548 61 HOH WAT . D 4 HOH A 51 549 63 HOH WAT . D 4 HOH A 52 550 67 HOH WAT . D 4 HOH A 53 551 68 HOH WAT . D 4 HOH A 54 552 69 HOH WAT . D 4 HOH A 55 553 71 HOH WAT . D 4 HOH A 56 554 73 HOH WAT . D 4 HOH A 57 555 74 HOH WAT . D 4 HOH A 58 556 77 HOH WAT . D 4 HOH A 59 557 78 HOH WAT . D 4 HOH A 60 558 80 HOH WAT . D 4 HOH A 61 559 81 HOH WAT . D 4 HOH A 62 560 82 HOH WAT . D 4 HOH A 63 561 87 HOH WAT . D 4 HOH A 64 562 88 HOH WAT . D 4 HOH A 65 563 89 HOH WAT . D 4 HOH A 66 564 90 HOH WAT . D 4 HOH A 67 565 91 HOH WAT . D 4 HOH A 68 566 92 HOH WAT . D 4 HOH A 69 567 93 HOH WAT . D 4 HOH A 70 568 94 HOH WAT . D 4 HOH A 71 569 97 HOH WAT . D 4 HOH A 72 570 99 HOH WAT . D 4 HOH A 73 571 100 HOH WAT . D 4 HOH A 74 572 101 HOH WAT . D 4 HOH A 75 573 103 HOH WAT . D 4 HOH A 76 574 107 HOH WAT . D 4 HOH A 77 575 108 HOH WAT . D 4 HOH A 78 576 109 HOH WAT . D 4 HOH A 79 577 110 HOH WAT . D 4 HOH A 80 578 112 HOH WAT . D 4 HOH A 81 579 115 HOH WAT . D 4 HOH A 82 580 116 HOH WAT . D 4 HOH A 83 581 120 HOH WAT . D 4 HOH A 84 582 121 HOH WAT . D 4 HOH A 85 583 122 HOH WAT . D 4 HOH A 86 584 125 HOH WAT . D 4 HOH A 87 585 126 HOH WAT . D 4 HOH A 88 586 131 HOH WAT . D 4 HOH A 89 587 132 HOH WAT . D 4 HOH A 90 588 133 HOH WAT . D 4 HOH A 91 589 135 HOH WAT . D 4 HOH A 92 590 136 HOH WAT . D 4 HOH A 93 591 138 HOH WAT . D 4 HOH A 94 592 142 HOH WAT . D 4 HOH A 95 593 145 HOH WAT . D 4 HOH A 96 594 151 HOH WAT . D 4 HOH A 97 595 152 HOH WAT . D 4 HOH A 98 596 153 HOH WAT . D 4 HOH A 99 597 160 HOH WAT . D 4 HOH A 100 598 162 HOH WAT . D 4 HOH A 101 599 167 HOH WAT . D 4 HOH A 102 600 168 HOH WAT . D 4 HOH A 103 601 175 HOH WAT . D 4 HOH A 104 602 178 HOH WAT . D 4 HOH A 105 603 180 HOH WAT . D 4 HOH A 106 604 185 HOH WAT . D 4 HOH A 107 605 189 HOH WAT . D 4 HOH A 108 606 192 HOH WAT . D 4 HOH A 109 607 196 HOH WAT . D 4 HOH A 110 608 200 HOH WAT . D 4 HOH A 111 609 202 HOH WAT . D 4 HOH A 112 610 205 HOH WAT . D 4 HOH A 113 611 207 HOH WAT . D 4 HOH A 114 612 212 HOH WAT . D 4 HOH A 115 613 215 HOH WAT . D 4 HOH A 116 614 217 HOH WAT . D 4 HOH A 117 615 220 HOH WAT . D 4 HOH A 118 616 224 HOH WAT . D 4 HOH A 119 617 225 HOH WAT . D 4 HOH A 120 618 229 HOH WAT . D 4 HOH A 121 619 232 HOH WAT . D 4 HOH A 122 620 233 HOH WAT . D 4 HOH A 123 621 239 HOH WAT . D 4 HOH A 124 622 240 HOH WAT . D 4 HOH A 125 623 244 HOH WAT . D 4 HOH A 126 624 247 HOH WAT . D 4 HOH A 127 625 248 HOH WAT . D 4 HOH A 128 626 256 HOH WAT . D 4 HOH A 129 627 259 HOH WAT . D 4 HOH A 130 628 261 HOH WAT . D 4 HOH A 131 629 262 HOH WAT . D 4 HOH A 132 630 266 HOH WAT . D 4 HOH A 133 631 274 HOH WAT . D 4 HOH A 134 632 277 HOH WAT . D 4 HOH A 135 633 278 HOH WAT . D 4 HOH A 136 634 280 HOH WAT . D 4 HOH A 137 635 282 HOH WAT . D 4 HOH A 138 636 284 HOH WAT . D 4 HOH A 139 637 287 HOH WAT . D 4 HOH A 140 638 288 HOH WAT . D 4 HOH A 141 639 292 HOH WAT . D 4 HOH A 142 640 294 HOH WAT . D 4 HOH A 143 641 297 HOH WAT . D 4 HOH A 144 642 313 HOH WAT . D 4 HOH A 145 643 314 HOH WAT . D 4 HOH A 146 644 318 HOH WAT . D 4 HOH A 147 645 320 HOH WAT . D 4 HOH A 148 646 321 HOH WAT . D 4 HOH A 149 647 324 HOH WAT . D 4 HOH A 150 648 331 HOH WAT . D 4 HOH A 151 649 334 HOH WAT . D 4 HOH A 152 650 348 HOH WAT . D 4 HOH A 153 651 363 HOH WAT . D 4 HOH A 154 652 377 HOH WAT . D 4 HOH A 155 653 396 HOH WAT . D 4 HOH A 156 654 413 HOH WAT . D 4 HOH A 157 655 415 HOH WAT . D 4 HOH A 158 656 428 HOH WAT . D 4 HOH A 159 657 432 HOH WAT . D 4 HOH A 160 658 442 HOH WAT . D 4 HOH A 161 659 443 HOH WAT . D 4 HOH A 162 660 444 HOH WAT . D 4 HOH A 163 661 463 HOH WAT . D 4 HOH A 164 662 467 HOH WAT . D 4 HOH A 165 663 469 HOH WAT . D 4 HOH A 166 664 471 HOH WAT . D 4 HOH A 167 665 476 HOH WAT . D 4 HOH A 168 666 485 HOH WAT . D 4 HOH A 169 667 490 HOH WAT . D 4 HOH A 170 668 494 HOH WAT . D 4 HOH A 171 669 500 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . B 2 21.84 -19.564 28.8 0.4 61.18 ? C1 NAG 497 A 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . B 2 21.546 -21.022 28.36 0.4 61.11 ? C2 NAG 497 A 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . B 2 21.923 -22.093 29.41 0.4 61.46 ? C3 NAG 497 A 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . B 2 23.363 -21.968 29.708 0.4 62.36 ? C4 NAG 497 A 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . B 2 23.695 -20.522 30.164 0.4 63.31 ? C5 NAG 497 A 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . B 2 25.186 -20.297 30.331 0.4 65.5 ? C6 NAG 497 A 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . B 2 19.843 -21.212 26.678 0.4 59.1 ? C7 NAG 497 A 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . B 2 18.372 -21.444 26.462 0.4 58.87 ? C8 NAG 497 A 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . B 2 20.164 -21.21 27.967 0.4 59.25 ? N2 NAG 497 A 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . B 2 21.631 -23.408 28.865 0.4 62.61 ? O3 NAG 497 A 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . B 2 23.759 -22.896 30.742 0.4 63 ? O4 NAG 497 A 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . B 2 23.225 -19.509 29.208 0.4 62.38 ? O5 NAG 497 A 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . B 2 25.52 -18.965 30.722 0.4 67.57 ? O6 NAG 497 A 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . B 2 20.637 -21.056 25.743 0.4 57.8 ? O7 NAG 497 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 323 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 14 #