data_1KTG
#
_model_server_result.job_id            rXRY5CDqobna_Z1ZCirnew 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 18:48:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1ktg 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":701}' 
#
_entry.id    1KTG 
#
_exptl.entry_id    1KTG 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              347.221 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ADENOSINE MONOPHOSPHATE' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.16 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1KTG 
_cell.length_a            57.563 
_cell.length_b            36.758 
_cell.length_c            68.941 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1KTG 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,I,J,Q 1 1 
B,K,L,M,N,O,P,R 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      5 
_struct_asym.id                             J 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O LYS 36 A LYS 36 1_555 F MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 52 A GLU 52 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLU 52 A GLU 52 1_555 I MG MG . A MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc4 A OE2 GLU 56 A GLU 56 1_555 F MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 56 A GLU 56 1_555 I MG MG . A MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 103 A GLU 103 1_555 H MG MG . A MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLU 103 A GLU 103 1_555 I MG MG . A MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc8 A OE2 GLU 111 A GLU 111 1_555 E MG MG . A MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc9 C O1 PO4 . A PO4 402 1_555 F MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc10 C O3 PO4 . A PO4 402 1_555 G MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? 
metalc ? metalc11 C O2 PO4 . A PO4 402 1_555 H MG MG . A MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? 
metalc ? metalc12 C O1 PO4 . A PO4 402 1_555 I MG MG . A MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc13 E MG MG . A MG 501 1_555 Q O HOH . A HOH 729 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc14 E MG MG . A MG 501 1_555 Q O HOH . A HOH 737 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc15 E MG MG . A MG 501 1_555 R O HOH . B HOH 616 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc16 E MG MG . A MG 501 1_555 R O HOH . B HOH 638 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc17 E MG MG . A MG 501 1_555 R O HOH . B HOH 644 1_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc18 F MG MG . A MG 502 1_555 I MG MG . A MG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? 
metalc ? metalc19 F MG MG . A MG 502 1_555 Q O HOH . A HOH 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc20 F MG MG . A MG 502 1_555 Q O HOH . A HOH 732 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc21 F MG MG . A MG 502 1_555 Q O HOH . A HOH 734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc22 G MG MG . A MG 503 1_555 H MG MG . A MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.103 ? 
metalc ? metalc23 G MG MG . A MG 503 1_555 D O OH . A OH 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc24 G MG MG . A MG 503 1_555 Q O HOH . A HOH 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc25 G MG MG . A MG 503 1_555 Q O HOH . A HOH 752 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc26 G MG MG . A MG 503 1_555 Q O HOH . A HOH 756 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? 
metalc ? metalc27 H MG MG . A MG 504 1_555 D O OH . A OH 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? 
metalc ? metalc28 H MG MG . A MG 504 1_555 Q O HOH . A HOH 742 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc29 H MG MG . A MG 504 1_555 Q O HOH . A HOH 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc30 H MG MG . A MG 504 1_555 Q O HOH . A HOH 756 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc31 I MG MG . A MG 505 1_555 D O OH . A OH 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc32 I MG MG . A MG 505 1_555 Q O HOH . A HOH 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
metalc ? metalc33 B O LYS 36 B LYS 36 1_555 N MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc34 B OE1 GLU 52 B GLU 52 1_555 O MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc35 B OE2 GLU 52 B GLU 52 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc36 B OE2 GLU 56 B GLU 56 1_555 N MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc37 B OE2 GLU 56 B GLU 56 1_555 O MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc38 B OE2 GLU 103 B GLU 103 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? 
metalc ? metalc39 B OE1 GLU 103 B GLU 103 1_555 O MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc40 K O4 PO4 . B PO4 401 1_555 M MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc41 K O3 PO4 . B PO4 401 1_555 N MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc42 K O3 PO4 . B PO4 401 1_555 O MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc43 K O1 PO4 . B PO4 401 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc44 M MG MG . B MG 601 1_555 P MG MG . B MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.088 ? 
metalc ? metalc45 M MG MG . B MG 601 1_555 L O OH . B OH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? 
metalc ? metalc46 M MG MG . B MG 601 1_555 R O HOH . B HOH 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc47 M MG MG . B MG 601 1_555 R O HOH . B HOH 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? 
metalc ? metalc48 M MG MG . B MG 601 1_555 R O HOH . B HOH 672 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc49 N MG MG . B MG 602 1_555 R O HOH . B HOH 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc50 N MG MG . B MG 602 1_555 R O HOH . B HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc51 N MG MG . B MG 602 1_555 R O HOH . B HOH 669 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc52 O MG MG . B MG 603 1_555 L O OH . B OH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc53 O MG MG . B MG 603 1_555 R O HOH . B HOH 650 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc54 P MG MG . B MG 604 1_555 L O OH . B OH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? 
metalc ? metalc55 P MG MG . B MG 604 1_555 R O HOH . B HOH 633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc56 P MG MG . B MG 604 1_555 R O HOH . B HOH 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
metalc ? metalc57 P MG MG . B MG 604 1_555 R O HOH . B HOH 654 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H14 N5 O7 P' 
_chem_comp.formula_weight    347.221 
_chem_comp.id                AMP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ADENOSINE MONOPHOSPHATE' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
P O1P AMP doub 13 n n 
P O2P AMP sing 14 n n 
P O3P AMP sing 15 n n 
P O5' AMP sing 16 n n 
O2P HOP2 AMP sing 17 n n 
O3P HOP3 AMP sing 18 n n 
O5' C5' AMP sing 19 n n 
C5' C4' AMP sing 20 n n 
C5' "H5'1" AMP sing 21 n n 
C5' "H5'2" AMP sing 22 n n 
C4' O4' AMP sing 23 n n 
C4' C3' AMP sing 24 n n 
C4' H4' AMP sing 25 n n 
O4' C1' AMP sing 26 n n 
C3' O3' AMP sing 27 n n 
C3' C2' AMP sing 28 n n 
C3' H3' AMP sing 29 n n 
O3' HO3' AMP sing 30 n n 
C2' O2' AMP sing 31 n n 
C2' C1' AMP sing 32 n n 
C2' H2' AMP sing 33 n n 
O2' HO2' AMP sing 34 n n 
C1' N9 AMP sing 35 n n 
C1' H1' AMP sing 36 n n 
N9 C8 AMP sing 37 n y 
N9 C4 AMP sing 38 n y 
C8 N7 AMP doub 39 n y 
C8 H8 AMP sing 40 n n 
N7 C5 AMP sing 41 n y 
C5 C6 AMP sing 42 n y 
C5 C4 AMP doub 43 n y 
C6 N6 AMP sing 44 n n 
C6 N1 AMP doub 45 n y 
N6 HN61 AMP sing 46 n n 
N6 HN62 AMP sing 47 n n 
N1 C2 AMP sing 48 n y 
C2 N3 AMP doub 49 n y 
C2 H2 AMP sing 50 n n 
N3 C4 AMP sing 51 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1KTG 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.017372 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.007793 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.027205 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.015898 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 PO4 A 1 402 402 PO4 PO4 . 
D 3 OH A 1 506 506 OH OH . 
E 4 MG A 1 501 501 MG MG . 
F 4 MG A 1 502 502 MG MG . 
G 4 MG A 1 503 503 MG MG . 
H 4 MG A 1 504 504 MG MG . 
I 4 MG A 1 505 505 MG MG . 
J 5 AMP A 1 701 701 AMP AMP . 
K 2 PO4 B 1 401 401 PO4 PO4 . 
L 3 OH B 1 605 605 OH OH . 
M 4 MG B 1 601 601 MG MG . 
N 4 MG B 1 602 602 MG MG . 
O 4 MG B 1 603 603 MG MG . 
P 4 MG B 1 604 604 MG MG . 
Q 6 HOH A 1 702 3 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 2 703 4 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 3 704 6 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 4 705 8 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 5 706 10 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 6 707 12 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 7 708 14 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 8 709 16 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 9 710 17 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 10 711 20 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 11 712 21 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 12 713 24 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 13 714 26 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 14 715 27 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 15 716 28 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 16 717 33 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 17 718 37 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 18 719 42 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 19 720 45 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 20 721 47 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 21 722 49 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 22 723 50 HOH HOH . 
Q 6 HOH A 23 724 51 HOH HOH . 
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HETATM 15 C C8 AMP . . . J 5 22.012 4.928 26.135 1 21.33 ? C8 AMP 701 A 1 
HETATM 16 N N7 AMP . . . J 5 22.543 5.491 25.021 1 21.61 ? N7 AMP 701 A 1 
HETATM 17 C C5 AMP . . . J 5 23.229 6.572 25.38 1 22.2 ? C5 AMP 701 A 1 
HETATM 18 C C6 AMP . . . J 5 24.023 7.601 24.679 1 22.09 ? C6 AMP 701 A 1 
HETATM 19 N N6 AMP . . . J 5 24.17 7.555 23.332 1 21.16 ? N6 AMP 701 A 1 
HETATM 20 N N1 AMP . . . J 5 24.58 8.576 25.414 1 22.63 ? N1 AMP 701 A 1 
HETATM 21 C C2 AMP . . . J 5 24.435 8.626 26.756 1 23.35 ? C2 AMP 701 A 1 
HETATM 22 N N3 AMP . . . J 5 23.721 7.711 27.45 1 22.72 ? N3 AMP 701 A 1 
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