data_1KZJ
#
_model_server_result.job_id            '_Y-8nvSqXIxGO1zoDHlR-w' 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 11:03:16' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1kzj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":309}' 
#
_entry.id    1KZJ 
#
_exptl.entry_id    1KZJ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              477.469 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          111.37 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1KZJ 
_cell.length_a            95.545 
_cell.length_b            84.574 
_cell.length_c            111.522 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1KZJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,H,I,J,S,T 1 1 
C,D,K,L,M,N,U,V 2 1 
E,F,O,P,Q,R,W,X 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 J N N 
? 3 L N N 
? 3 N N N 
? 3 P N N 
? 3 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C CXM 1 A CXM 1 1_555 A N LYS 2 A LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale2 A SG CYS 146 A CYS 146 1_555 G C6 UMP . A UMP 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.715 ? 
covale ? covale3 B C CXM 1 B CXM 1 1_555 B N LYS 2 B LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale4 B SG CYS 146 B CYS 146 1_555 I C6 UMP . B UMP 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.783 ? 
covale ? covale5 C C CXM 1 C CXM 1 1_555 C N LYS 2 C LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale6 C SG CYS 146 C CYS 146 1_555 K C6 UMP . C UMP 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.744 ? 
covale ? covale7 D C CXM 1 D CXM 1 1_555 D N LYS 2 D LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale8 E C CXM 1 E CXM 1 1_555 E N LYS 2 E LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale9 F C CXM 1 F CXM 1 1_555 F N LYS 2 F LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale10 F SG CYS 146 F CYS 146 1_555 Q C6 UMP . F UMP 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.878 ? 
#
_chem_comp.formula           'C24 H23 N5 O6' 
_chem_comp.formula_weight    477.469 
_chem_comp.id                CB3 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 CB3 sing 70 n y 
N1 C8A CB3 sing 71 n y 
N1 HN1 CB3 sing 72 n n 
C2 NA2 CB3 sing 73 n n 
C2 N3 CB3 doub 74 n y 
NA2 HN21 CB3 sing 75 n n 
NA2 HN22 CB3 sing 76 n n 
N3 C4 CB3 sing 77 n y 
C4 O4 CB3 doub 78 n n 
C4 C4A CB3 sing 79 n y 
C4A C5 CB3 doub 80 n y 
C4A C8A CB3 sing 81 n y 
C5 C6 CB3 sing 82 n y 
C5 H5 CB3 sing 83 n n 
C6 C7 CB3 doub 84 n y 
C6 C9 CB3 sing 85 n n 
C7 C8 CB3 sing 86 n y 
C7 H7 CB3 sing 87 n n 
C8 C8A CB3 doub 88 n y 
C8 H8 CB3 sing 89 n n 
C9 N10 CB3 sing 90 n n 
C9 H91 CB3 sing 91 n n 
C9 H92 CB3 sing 92 n n 
N10 C14 CB3 sing 93 n n 
N10 CP1 CB3 sing 94 n n 
C11 C12 CB3 doub 95 n y 
C11 C16 CB3 sing 96 n y 
C11 C CB3 sing 97 n n 
C12 C13 CB3 sing 98 n y 
C12 H12 CB3 sing 99 n n 
C13 C14 CB3 doub 100 n y 
C13 H13 CB3 sing 101 n n 
C14 C15 CB3 sing 102 n y 
C15 C16 CB3 doub 103 n y 
C15 H15 CB3 sing 104 n n 
C16 H16 CB3 sing 105 n n 
C O CB3 doub 106 n n 
C N CB3 sing 107 n n 
N CA CB3 sing 108 n n 
N HN CB3 sing 109 n n 
CA CB CB3 sing 110 n n 
CA CT CB3 sing 111 n n 
CA HA CB3 sing 112 n n 
CB CG CB3 sing 113 n n 
CB HB1 CB3 sing 114 n n 
CB HB2 CB3 sing 115 n n 
CG CD CB3 sing 116 n n 
CG HG1 CB3 sing 117 n n 
CG HG2 CB3 sing 118 n n 
CD OE1 CB3 doub 119 n n 
CD OE2 CB3 sing 120 n n 
OE2 HOE2 CB3 sing 121 n n 
CT O1 CB3 doub 122 n n 
CT O2 CB3 sing 123 n n 
O2 HO2 CB3 sing 124 n n 
CP1 CP2 CB3 sing 125 n n 
CP1 HP11 CB3 sing 126 n n 
CP1 HP12 CB3 sing 127 n n 
CP2 CP3 CB3 trip 128 n n 
CP3 HP3 CB3 sing 129 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1KZJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010466 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004095 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011824 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009629 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 UMP A 1 300 300 UMP UMP . 
H 3 CB3 A 1 301 301 CB3 CB3 . 
I 2 UMP B 1 302 302 UMP UMP . 
J 3 CB3 B 1 303 303 CB3 CB3 . 
K 2 UMP C 1 304 304 UMP UMP . 
L 3 CB3 C 1 305 305 CB3 CB3 . 
M 2 UMP D 1 306 306 UMP UMP . 
N 3 CB3 D 1 307 307 CB3 CB3 . 
O 2 UMP E 1 308 308 UMP UMP . 
P 3 CB3 E 1 309 309 CB3 CB3 . 
Q 2 UMP F 1 310 310 UMP UMP . 
R 3 CB3 F 1 311 311 CB3 CB3 . 
S 4 HOH A 1 409 409 HOH WAT . 
S 4 HOH A 2 412 412 HOH WAT . 
S 4 HOH A 3 413 413 HOH WAT . 
S 4 HOH A 4 417 417 HOH WAT . 
S 4 HOH A 5 418 418 HOH WAT . 
S 4 HOH A 6 420 420 HOH WAT . 
S 4 HOH A 7 424 424 HOH WAT . 
S 4 HOH A 8 427 427 HOH WAT . 
S 4 HOH A 9 431 431 HOH WAT . 
S 4 HOH A 10 432 432 HOH WAT . 
S 4 HOH A 11 435 435 HOH WAT . 
S 4 HOH A 12 436 436 HOH WAT . 
S 4 HOH A 13 442 442 HOH WAT . 
S 4 HOH A 14 447 447 HOH WAT . 
S 4 HOH A 15 453 453 HOH WAT . 
S 4 HOH A 16 457 457 HOH WAT . 
S 4 HOH A 17 459 459 HOH WAT . 
S 4 HOH A 18 469 469 HOH WAT . 
S 4 HOH A 19 472 472 HOH WAT . 
S 4 HOH A 20 477 477 HOH WAT . 
S 4 HOH A 21 479 479 HOH WAT . 
S 4 HOH A 22 494 494 HOH WAT . 
S 4 HOH A 23 495 495 HOH WAT . 
S 4 HOH A 24 499 499 HOH WAT . 
S 4 HOH A 25 503 503 HOH WAT . 
S 4 HOH A 26 506 506 HOH WAT . 
S 4 HOH A 27 507 507 HOH WAT . 
S 4 HOH A 28 520 520 HOH WAT . 
S 4 HOH A 29 521 521 HOH WAT . 
S 4 HOH A 30 526 526 HOH WAT . 
S 4 HOH A 31 541 541 HOH WAT . 
S 4 HOH A 32 544 544 HOH WAT . 
S 4 HOH A 33 554 554 HOH WAT . 
S 4 HOH A 34 555 555 HOH WAT . 
S 4 HOH A 35 558 558 HOH WAT . 
S 4 HOH A 36 559 559 HOH WAT . 
S 4 HOH A 37 566 566 HOH WAT . 
S 4 HOH A 38 569 569 HOH WAT . 
S 4 HOH A 39 575 575 HOH WAT . 
S 4 HOH A 40 576 576 HOH WAT . 
S 4 HOH A 41 592 592 HOH WAT . 
S 4 HOH A 42 593 593 HOH WAT . 
S 4 HOH A 43 599 599 HOH WAT . 
S 4 HOH A 44 600 600 HOH WAT . 
S 4 HOH A 45 601 601 HOH WAT . 
S 4 HOH A 46 602 602 HOH WAT . 
S 4 HOH A 47 656 656 HOH WAT . 
S 4 HOH A 48 657 657 HOH WAT . 
S 4 HOH A 49 685 685 HOH WAT . 
S 4 HOH A 50 686 686 HOH WAT . 
S 4 HOH A 51 687 687 HOH WAT . 
S 4 HOH A 52 688 688 HOH WAT . 
S 4 HOH A 53 689 689 HOH WAT . 
S 4 HOH A 54 690 690 HOH WAT . 
T 4 HOH B 1 403 403 HOH WAT . 
T 4 HOH B 2 405 405 HOH WAT . 
T 4 HOH B 3 408 408 HOH WAT . 
T 4 HOH B 4 416 416 HOH WAT . 
T 4 HOH B 5 419 419 HOH WAT . 
T 4 HOH B 6 437 437 HOH WAT . 
T 4 HOH B 7 443 443 HOH WAT . 
T 4 HOH B 8 448 448 HOH WAT . 
T 4 HOH B 9 454 454 HOH WAT . 
T 4 HOH B 10 467 467 HOH WAT . 
T 4 HOH B 11 473 473 HOH WAT . 
T 4 HOH B 12 476 476 HOH WAT . 
T 4 HOH B 13 478 478 HOH WAT . 
T 4 HOH B 14 481 481 HOH WAT . 
T 4 HOH B 15 492 492 HOH WAT . 
T 4 HOH B 16 501 501 HOH WAT . 
T 4 HOH B 17 502 502 HOH WAT . 
T 4 HOH B 18 508 508 HOH WAT . 
T 4 HOH B 19 514 514 HOH WAT . 
T 4 HOH B 20 515 515 HOH WAT . 
T 4 HOH B 21 516 516 HOH WAT . 
T 4 HOH B 22 527 527 HOH WAT . 
T 4 HOH B 23 529 529 HOH WAT . 
T 4 HOH B 24 535 535 HOH WAT . 
T 4 HOH B 25 545 545 HOH WAT . 
T 4 HOH B 26 548 548 HOH WAT . 
T 4 HOH B 27 550 550 HOH WAT . 
T 4 HOH B 28 552 552 HOH WAT . 
T 4 HOH B 29 556 556 HOH WAT . 
T 4 HOH B 30 557 557 HOH WAT . 
T 4 HOH B 31 562 562 HOH WAT . 
T 4 HOH B 32 563 563 HOH WAT . 
T 4 HOH B 33 573 573 HOH WAT . 
T 4 HOH B 34 574 574 HOH WAT . 
T 4 HOH B 35 582 582 HOH WAT . 
T 4 HOH B 36 585 585 HOH WAT . 
T 4 HOH B 37 588 588 HOH WAT . 
T 4 HOH B 38 607 607 HOH WAT . 
T 4 HOH B 39 608 608 HOH WAT . 
T 4 HOH B 40 609 609 HOH WAT . 
T 4 HOH B 41 610 610 HOH WAT . 
T 4 HOH B 42 611 611 HOH WAT . 
T 4 HOH B 43 612 612 HOH WAT . 
T 4 HOH B 44 613 613 HOH WAT . 
T 4 HOH B 45 614 614 HOH WAT . 
T 4 HOH B 46 615 615 HOH WAT . 
T 4 HOH B 47 617 617 HOH WAT . 
T 4 HOH B 48 653 653 HOH WAT . 
T 4 HOH B 49 654 654 HOH WAT . 
T 4 HOH B 50 655 655 HOH WAT . 
T 4 HOH B 51 658 658 HOH WAT . 
T 4 HOH B 52 659 659 HOH WAT . 
T 4 HOH B 53 672 672 HOH WAT . 
T 4 HOH B 54 673 673 HOH WAT . 
U 4 HOH C 1 401 401 HOH WAT . 
U 4 HOH C 2 402 402 HOH WAT . 
U 4 HOH C 3 406 406 HOH WAT . 
U 4 HOH C 4 407 407 HOH WAT . 
U 4 HOH C 5 414 414 HOH WAT . 
U 4 HOH C 6 438 438 HOH WAT . 
U 4 HOH C 7 441 441 HOH WAT . 
U 4 HOH C 8 444 444 HOH WAT . 
U 4 HOH C 9 445 445 HOH WAT . 
U 4 HOH C 10 451 451 HOH WAT . 
U 4 HOH C 11 452 452 HOH WAT . 
U 4 HOH C 12 455 455 HOH WAT . 
U 4 HOH C 13 456 456 HOH WAT . 
U 4 HOH C 14 463 463 HOH WAT . 
U 4 HOH C 15 465 465 HOH WAT . 
U 4 HOH C 16 470 470 HOH WAT . 
U 4 HOH C 17 471 471 HOH WAT . 
U 4 HOH C 18 480 480 HOH WAT . 
U 4 HOH C 19 482 482 HOH WAT . 
U 4 HOH C 20 485 485 HOH WAT . 
U 4 HOH C 21 487 487 HOH WAT . 
U 4 HOH C 22 488 488 HOH WAT . 
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