data_1L3F # _model_server_result.job_id UNTxEjS0CeQuEm8JNUtk0Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 06:57:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1l3f # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":320}' # _entry.id 1L3F # _exptl.entry_id 1L3F _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1L3F _cell.length_a 97.052 _cell.length_b 97.052 _cell.length_c 106.583 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1L3F _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 92 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 57 E ASP 57 1_555 D CA CA . E CA 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 57 E ASP 57 1_555 D CA CA . E CA 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 59 E ASP 59 1_555 D CA CA . E CA 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 59 E ASP 59 1_555 D CA CA . E CA 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.386 ? metalc ? metalc5 A O GLN 61 E GLN 61 1_555 D CA CA . E CA 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 138 E ASP 138 1_555 B CA CA . E CA 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc7 A NE2 HIS 142 E HIS 142 1_555 F ZN ZN . E ZN 321 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc8 A NE2 HIS 146 E HIS 146 1_555 F ZN ZN . E ZN 321 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.925 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 166 E GLU 166 1_555 F ZN ZN . E ZN 321 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.736 ? metalc ? metalc10 A OE2 GLU 177 E GLU 177 1_555 B CA CA . E CA 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLU 177 E GLU 177 1_555 B CA CA . E CA 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 177 E GLU 177 1_555 C CA CA . E CA 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.896 ? metalc ? metalc13 A OE1 GLU 177 E GLU 177 1_555 C CA CA . E CA 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.185 ? metalc ? metalc14 A O ASN 183 E ASN 183 1_555 C CA CA . E CA 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc15 A ND2 ASN 183 E ASN 183 1_555 C CA CA . E CA 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.39 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 185 E ASP 185 1_555 B CA CA . E CA 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 185 E ASP 185 1_555 C CA CA . E CA 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.748 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 185 E ASP 185 1_555 C CA CA . E CA 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.231 ? metalc ? metalc19 A O GLU 187 E GLU 187 1_555 B CA CA . E CA 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc20 A OE2 GLU 190 E GLU 190 1_555 B CA CA . E CA 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc21 A OE1 GLU 190 E GLU 190 1_555 B CA CA . E CA 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc22 A OE2 GLU 190 E GLU 190 1_555 C CA CA . E CA 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.616 ? metalc ? metalc23 A O TYR 193 E TYR 193 1_555 E CA CA . E CA 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc24 A O THR 194 E THR 194 1_555 E CA CA . E CA 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? metalc ? metalc25 A OG1 THR 194 E THR 194 1_555 E CA CA . E CA 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc26 A O ILE 197 E ILE 197 1_555 E CA CA . E CA 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc27 A OD1 ASP 200 E ASP 200 1_555 E CA CA . E CA 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? metalc ? metalc28 A OD2 ASP 200 E ASP 200 1_555 E CA CA . E CA 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.32 ? metalc ? metalc29 A NE2 HIS 231 E HIS 231 1_555 G ZN ZN . E ZN 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? metalc ? metalc30 A ND1 HIS 250 E HIS 250 1_555 H ZN ZN . E ZN 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc31 B CA CA . E CA 317 1_555 I O HOH . E HOH 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc32 C CA CA . E CA 318 1_555 I O HOH . E HOH 353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.816 ? metalc ? metalc33 C CA CA . E CA 318 1_555 I O HOH . E HOH 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.595 ? metalc ? metalc34 D CA CA . E CA 319 1_555 I O HOH . E HOH 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc35 D CA CA . E CA 319 1_555 I O HOH . E HOH 482 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.892 ? metalc ? metalc36 D CA CA . E CA 319 1_555 I O HOH . E HOH 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.873 ? metalc ? metalc37 E CA CA . E CA 320 1_555 I O HOH . E HOH 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? metalc ? metalc38 F ZN ZN . E ZN 321 1_555 I O HOH . E HOH 392 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc39 G ZN ZN . E ZN 322 1_555 I O HOH . E HOH 392 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? metalc ? metalc40 G ZN ZN . E ZN 322 1_555 I O HOH . E HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc41 G ZN ZN . E ZN 322 1_555 I O HOH . E HOH 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc42 H ZN ZN . E ZN 330 1_555 I O HOH . E HOH 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? metalc ? metalc43 H ZN ZN . E ZN 330 1_555 I O HOH . E HOH 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc44 H ZN ZN . E ZN 330 1_555 I O HOH . E HOH 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1L3F _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010304 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010304 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009382 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CA E 1 317 317 CA CA . C 2 CA E 1 318 318 CA CA . D 2 CA E 1 319 319 CA CA . E 2 CA E 1 320 320 CA CA . F 3 ZN E 1 321 321 ZN ZN . G 3 ZN E 1 322 322 ZN ZN . H 3 ZN E 1 330 330 ZN ZN . I 4 HOH E 1 331 331 HOH HOH . I 4 HOH E 2 334 334 HOH HOH . I 4 HOH E 3 335 335 HOH HOH . I 4 HOH E 4 337 337 HOH HOH . I 4 HOH E 5 338 338 HOH HOH . I 4 HOH E 6 339 339 HOH HOH . I 4 HOH E 7 340 340 HOH HOH . I 4 HOH E 8 342 342 HOH HOH . I 4 HOH E 9 343 343 HOH HOH . I 4 HOH E 10 344 344 HOH HOH . I 4 HOH E 11 346 346 HOH HOH . I 4 HOH E 12 348 348 HOH HOH . I 4 HOH E 13 349 349 HOH HOH . I 4 HOH E 14 351 351 HOH HOH . I 4 HOH E 15 352 352 HOH HOH . I 4 HOH E 16 353 353 HOH HOH . I 4 HOH E 17 354 354 HOH HOH . I 4 HOH E 18 356 356 HOH HOH . I 4 HOH E 19 361 361 HOH HOH . I 4 HOH E 20 368 368 HOH HOH . I 4 HOH E 21 371 371 HOH HOH . I 4 HOH E 22 373 373 HOH HOH . I 4 HOH E 23 374 374 HOH HOH . I 4 HOH E 24 377 377 HOH HOH . I 4 HOH E 25 380 380 HOH HOH . I 4 HOH E 26 386 386 HOH HOH . I 4 HOH E 27 387 387 HOH HOH . I 4 HOH E 28 392 392 HOH HOH . I 4 HOH E 29 393 393 HOH HOH . I 4 HOH E 30 395 395 HOH HOH . I 4 HOH E 31 397 397 HOH HOH . I 4 HOH E 32 398 398 HOH HOH . I 4 HOH E 33 403 403 HOH HOH . I 4 HOH E 34 405 405 HOH HOH . I 4 HOH E 35 407 407 HOH HOH . I 4 HOH E 36 408 408 HOH HOH . I 4 HOH E 37 410 410 HOH HOH . I 4 HOH E 38 414 414 HOH HOH . I 4 HOH E 39 419 419 HOH HOH . I 4 HOH E 40 434 434 HOH HOH . I 4 HOH E 41 444 444 HOH HOH . I 4 HOH E 42 454 454 HOH HOH . I 4 HOH E 43 455 455 HOH HOH . I 4 HOH E 44 464 464 HOH HOH . I 4 HOH E 45 468 468 HOH HOH . I 4 HOH E 46 470 470 HOH HOH . I 4 HOH E 47 475 475 HOH HOH . I 4 HOH E 48 477 477 HOH HOH . I 4 HOH E 49 478 478 HOH HOH . I 4 HOH E 50 481 481 HOH HOH . I 4 HOH E 51 482 482 HOH HOH . I 4 HOH E 52 484 484 HOH HOH . I 4 HOH E 53 487 487 HOH HOH . I 4 HOH E 54 491 491 HOH HOH . I 4 HOH E 55 493 493 HOH HOH . I 4 HOH E 56 502 502 HOH HOH . I 4 HOH E 57 507 507 HOH HOH . I 4 HOH E 58 508 508 HOH HOH . I 4 HOH E 59 509 509 HOH HOH . I 4 HOH E 60 510 510 HOH HOH . I 4 HOH E 61 513 513 HOH HOH . I 4 HOH E 62 519 519 HOH HOH . I 4 HOH E 63 524 524 HOH HOH . I 4 HOH E 64 525 525 HOH HOH . I 4 HOH E 65 527 527 HOH HOH . I 4 HOH E 66 528 528 HOH HOH . I 4 HOH E 67 538 538 HOH HOH . I 4 HOH E 68 543 543 HOH HOH . I 4 HOH E 69 601 601 HOH HOH . I 4 HOH E 70 602 602 HOH HOH . I 4 HOH E 71 603 603 HOH HOH . I 4 HOH E 72 605 605 HOH HOH . I 4 HOH E 73 607 607 HOH HOH . I 4 HOH E 74 608 608 HOH HOH . I 4 HOH E 75 609 609 HOH HOH . I 4 HOH E 76 610 610 HOH HOH . I 4 HOH E 77 611 611 HOH HOH . I 4 HOH E 78 613 613 HOH HOH . I 4 HOH E 79 619 619 HOH HOH . I 4 HOH E 80 623 623 HOH HOH . I 4 HOH E 81 624 624 HOH HOH . I 4 HOH E 82 626 626 HOH HOH . I 4 HOH E 83 628 628 HOH HOH . I 4 HOH E 84 650 650 HOH HOH . I 4 HOH E 85 653 653 HOH HOH . I 4 HOH E 86 655 655 HOH HOH . I 4 HOH E 87 702 702 HOH HOH . I 4 HOH E 88 703 703 HOH HOH . I 4 HOH E 89 704 704 HOH HOH . I 4 HOH E 90 705 705 HOH HOH . I 4 HOH E 91 706 706 HOH HOH . I 4 HOH E 92 707 707 HOH HOH . I 4 HOH E 93 710 710 HOH HOH . I 4 HOH E 94 714 714 HOH HOH . I 4 HOH E 95 715 715 HOH HOH . I 4 HOH E 96 716 716 HOH HOH . I 4 HOH E 97 717 717 HOH HOH . I 4 HOH E 98 718 718 HOH HOH . I 4 HOH E 99 719 719 HOH HOH . I 4 HOH E 100 721 721 HOH HOH . I 4 HOH E 101 722 722 HOH HOH . I 4 HOH E 102 725 725 HOH HOH . I 4 HOH E 103 728 728 HOH HOH . I 4 HOH E 104 729 729 HOH HOH . I 4 HOH E 105 800 800 HOH HOH . I 4 HOH E 106 801 801 HOH HOH . I 4 HOH E 107 802 802 HOH HOH . I 4 HOH E 108 803 803 HOH HOH . I 4 HOH E 109 804 804 HOH HOH . I 4 HOH E 110 805 805 HOH HOH . I 4 HOH E 111 806 806 HOH HOH . I 4 HOH E 112 807 807 HOH HOH . I 4 HOH E 113 808 808 HOH HOH . I 4 HOH E 114 809 809 HOH HOH . I 4 HOH E 115 810 810 HOH HOH . I 4 HOH E 116 811 811 HOH HOH . I 4 HOH E 117 812 812 HOH HOH . I 4 HOH E 118 813 813 HOH HOH . I 4 HOH E 119 814 814 HOH HOH . I 4 HOH E 120 815 815 HOH HOH . I 4 HOH E 121 816 816 HOH HOH . I 4 HOH E 122 817 817 HOH HOH . I 4 HOH E 123 818 818 HOH HOH . I 4 HOH E 124 819 819 HOH HOH . I 4 HOH E 125 820 820 HOH HOH . I 4 HOH E 126 821 821 HOH HOH . I 4 HOH E 127 822 822 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 26.451 _atom_site.Cartn_y 46.611 _atom_site.Cartn_z 3.743 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 73.04 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 320 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 304 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #