data_1L5G # _model_server_result.job_id ijKCNoqpaF3tNrsUP-MA2A _model_server_result.datetime_utc '2025-01-02 14:14:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1l5g # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":4008}' # _entry.id 1L5G # _exptl.entry_id 1L5G _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1L5G _cell.length_a 129.79 _cell.length_b 129.79 _cell.length_c 308.78 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1L5G _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 M N N ? 7 N N N ? 7 O N N ? 7 P N N ? 7 Q N N ? 7 T N N ? 7 U N N ? 7 V N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 4 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 5 2 1 NDG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 4 n D NAG 1 D 1 NAG D 2044 NAG 4 n D NAG 2 D 2 NAG D 2045 NAG 4 n E NAG 1 E 1 NAG E 2266 NAG 4 n E NAG 2 E 2 NAG E 2267 NAG 4 n F NAG 1 F 1 NAG F 2585 NAG 4 n F NAG 2 F 2 NAG F 2586 NAG 5 n G NAG 1 G 1 NAG G 2943 NAG 5 n G NDG 2 G 2 NDG G 2944 NAG 4 n H NAG 1 H 1 NAG H 2950 NAG 4 n H NAG 2 H 2 NAG H 2951 NAG 5 n I NAG 1 I 1 NAG I 3559 NAG 5 n I NDG 2 I 2 NDG I 3560 NAG 5 n J NAG 1 J 1 NAG J 3654 NAG 5 n J NDG 2 J 2 NDG J 3655 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 59 A CYS 59 1_555 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 142 A CYS 142 1_555 A SG CYS 155 A CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 461 A CYS 461 1_555 A SG CYS 472 A CYS 472 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 478 A CYS 478 1_555 A SG CYS 535 A CYS 535 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 596 A CYS 596 1_555 A SG CYS 602 A CYS 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 668 A CYS 668 1_555 A SG CYS 681 A CYS 681 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 822 A CYS 822 1_555 A SG CYS 884 A CYS 884 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 874 A CYS 874 1_555 A SG CYS 879 A CYS 879 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 177 B CYS 177 1_555 B SG CYS 184 B CYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 232 B CYS 232 1_555 B SG CYS 273 B CYS 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 374 B CYS 374 1_555 B SG CYS 386 B CYS 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 406 B CYS 406 1_555 B SG CYS 433 B CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 536 B CYS 536 1_555 B SG CYS 544 B CYS 544 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 542 B CYS 542 1_555 B SG CYS 547 B CYS 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 549 B CYS 549 1_555 B SG CYS 558 B CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf17 B SG CYS 560 B CYS 560 1_555 B SG CYS 583 B CYS 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 567 B CYS 567 1_555 B SG CYS 581 B CYS 581 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 575 B CYS 575 1_555 B SG CYS 586 B CYS 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 588 B CYS 588 1_555 B SG CYS 598 B CYS 598 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 601 B CYS 601 1_555 B SG CYS 604 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 608 B CYS 608 1_555 B SG CYS 655 B CYS 655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 614 B CYS 614 1_555 B SG CYS 635 B CYS 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 617 B CYS 617 1_555 B SG CYS 631 B CYS 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 663 B CYS 663 1_555 B SG CYS 687 B CYS 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 44 A ASN 44 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 260 A ASN 260 1_555 K C1 NAG . A NAG 2260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 266 A ASN 266 1_555 E C1 NAG . E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 458 A ASN 458 1_555 L C1 NAG . A NAG 2458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale5 A ND2 ASN 585 A ASN 585 1_555 F C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale6 A ND2 ASN 943 A ASN 943 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale7 A ND2 ASN 950 A ASN 950 1_555 H C1 NAG . H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale8 B ND2 ASN 320 B ASN 320 1_555 R C1 NAG . B NAG 3320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? covale ? covale9 B ND2 ASN 371 B ASN 371 1_555 S C1 NAG . B NAG 3371 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? covale ? covale10 B ND2 ASN 559 B ASN 559 1_555 I C1 NAG . I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale11 B ND2 ASN 654 B ASN 654 1_555 J C1 NAG . J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale12 C N ARG 1 C ARG 5001 1_555 C C MVA 5 C MVA 5005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale13 C C PHE 4 C PHE 5004 1_555 C N MVA 5 C MVA 5005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale14 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? covale ? covale15 E O4 NAG . E NAG 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.392 ? covale ? covale16 F O4 NAG . F NAG 1 1_555 F C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? covale ? covale17 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NDG . G NDG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.385 ? covale ? covale18 H O4 NAG . H NAG 1 1_555 H C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? covale ? covale19 I O4 NAG . I NAG 1 1_555 I C1 NDG . I NDG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? covale ? covale20 J O4 NAG . J NAG 1 1_555 J C1 NDG . J NDG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.391 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 230 A ASP 230 1_555 M MN MN . A MN 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 232 A ASN 232 1_555 M MN MN . A MN 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 238 A ASP 238 1_555 M MN MN . A MN 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASN 286 A ASN 286 1_555 N MN MN . A MN 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 288 A ASP 288 1_555 N MN MN . A MN 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? metalc ? metalc6 A O TYR 290 A TYR 290 1_555 N MN MN . A MN 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 292 A ASP 292 1_555 N MN MN . A MN 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 351 A ASP 351 1_555 O MN MN . A MN 4006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? metalc ? metalc9 A O PHE 355 A PHE 355 1_555 O MN MN . A MN 4006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 413 A ASP 413 1_555 P MN MN . A MN 4007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 415 A ASP 415 1_555 P MN MN . A MN 4007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASN 417 A ASN 417 1_555 P MN MN . A MN 4007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? metalc ? metalc13 A O TYR 419 A TYR 419 1_555 P MN MN . A MN 4007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 421 A ASP 421 1_555 P MN MN . A MN 4007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc15 A O VAL 601 A VAL 601 1_555 Q MN MN . A MN 4008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc16 A OE1 GLU 636 A GLU 636 1_555 Q MN MN . A MN 4008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? metalc ? metalc17 B OG SER 121 B SER 121 1_555 T MN MN . B MN 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc18 B OG SER 123 B SER 123 1_555 T MN MN . B MN 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc19 B O SER 123 B SER 123 1_555 U MN MN . B MN 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc20 B OD2 ASP 158 B ASP 158 1_555 V MN MN . B MN 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc21 B ND2 ASN 215 B ASN 215 1_555 V MN MN . B MN 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc22 B O ASP 217 B ASP 217 1_555 V MN MN . B MN 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? metalc ? metalc23 B O PRO 219 B PRO 219 1_555 V MN MN . B MN 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? metalc ? metalc24 B OE1 GLU 220 B GLU 220 1_555 T MN MN . B MN 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc25 B OE2 GLU 220 B GLU 220 1_555 V MN MN . B MN 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 251 B ASP 251 1_555 U MN MN . B MN 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc27 B OD2 ASP 251 B ASP 251 1_555 U MN MN . B MN 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc28 T MN MN . B MN 4001 1_555 C OD1 ASP 3 C ASP 5003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1L5G _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007705 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004448 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008897 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003239 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 6 NAG A 1 2260 2260 NAG NAG . L 6 NAG A 1 2458 2458 NAG NAG . M 7 MN A 1 4004 4004 MN MN . N 7 MN A 1 4005 4005 MN MN . O 7 MN A 1 4006 4006 MN MN . P 7 MN A 1 4007 4007 MN MN . Q 7 MN A 1 4008 4008 MN MN . R 6 NAG B 1 3320 3320 NAG NAG . S 6 NAG B 1 3371 3371 NAG NAG . T 7 MN B 1 4001 4001 MN MN . U 7 MN B 1 4002 4002 MN MN . V 7 MN B 1 4003 4003 MN MN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x -68.773 _atom_site.Cartn_y 46.804 _atom_site.Cartn_z 4.083 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 37.71 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 4008 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 26 _model_server_stats.create_model_time_ms 56 _model_server_stats.query_time_ms 340 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #