data_1LGR # _model_server_result.job_id ZDjLAFjpQjktQCbCPPGfIQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 22:56:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1lgr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":487}' # _entry.id 1LGR # _exptl.entry_id 1LGR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 24 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 102.8 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1LGR _cell.length_a 235.5 _cell.length_b 134.5 _cell.length_c 200.1 _cell.Z_PDB 48 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1LGR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 V N N ? 2 W N N ? 2 Y N N ? 2 Z N N ? 2 BA N N ? 2 CA N N ? 2 EA N N ? 2 FA N N ? 2 HA N N ? 2 IA N N ? 2 KA N N ? 2 LA N N ? 2 NA N N ? 2 OA N N ? 2 QA N N ? 2 RA N N ? 2 TA N N ? 2 UA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 129 A GLU 129 1_555 N MN MN . A MN 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 131 A GLU 131 1_555 M MN MN . A MN 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 212 A GLU 212 1_555 M MN MN . A MN 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 220 A GLU 220 1_555 M MN MN . A MN 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 357 A GLU 357 1_555 N MN MN . A MN 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc6 B OE1 GLU 129 B GLU 129 1_555 Q MN MN . B MN 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc7 B OE2 GLU 131 B GLU 131 1_555 P MN MN . B MN 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc8 B OE2 GLU 212 B GLU 212 1_555 P MN MN . B MN 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc9 B OE1 GLU 220 B GLU 220 1_555 P MN MN . B MN 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc10 B OE2 GLU 357 B GLU 357 1_555 Q MN MN . B MN 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc11 C OE1 GLU 129 C GLU 129 1_555 T MN MN . C MN 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc12 C OE2 GLU 131 C GLU 131 1_555 S MN MN . C MN 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc13 C OE2 GLU 212 C GLU 212 1_555 S MN MN . C MN 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc14 C OE1 GLU 220 C GLU 220 1_555 S MN MN . C MN 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc15 C OE2 GLU 357 C GLU 357 1_555 T MN MN . C MN 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc16 D OE1 GLU 129 D GLU 129 1_555 W MN MN . D MN 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc17 D OE2 GLU 131 D GLU 131 1_555 V MN MN . D MN 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc18 D OE2 GLU 212 D GLU 212 1_555 V MN MN . D MN 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc19 D OE1 GLU 220 D GLU 220 1_555 V MN MN . D MN 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc20 D OE2 GLU 357 D GLU 357 1_555 W MN MN . D MN 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc21 E OE1 GLU 129 E GLU 129 1_555 Z MN MN . E MN 490 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc22 E OE2 GLU 131 E GLU 131 1_555 Y MN MN . E MN 489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc23 E OE2 GLU 212 E GLU 212 1_555 Y MN MN . E MN 489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc24 E OE1 GLU 220 E GLU 220 1_555 Y MN MN . E MN 489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc25 E OE2 GLU 357 E GLU 357 1_555 Z MN MN . E MN 490 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc26 F OE1 GLU 129 F GLU 129 1_555 CA MN MN . F MN 492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc27 F OE2 GLU 131 F GLU 131 1_555 BA MN MN . F MN 491 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc28 F OE2 GLU 212 F GLU 212 1_555 BA MN MN . F MN 491 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc29 F OE1 GLU 220 F GLU 220 1_555 BA MN MN . F MN 491 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc30 F OE2 GLU 357 F GLU 357 1_555 CA MN MN . F MN 492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc31 G OE1 GLU 129 G GLU 129 1_555 FA MN MN . G MN 494 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc32 G OE2 GLU 131 G GLU 131 1_555 EA MN MN . G MN 493 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc33 G OE2 GLU 212 G GLU 212 1_555 EA MN MN . G MN 493 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc34 G OE1 GLU 220 G GLU 220 1_555 EA MN MN . G MN 493 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc35 G OE2 GLU 357 G GLU 357 1_555 FA MN MN . G MN 494 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc36 H OE1 GLU 129 H GLU 129 1_555 IA MN MN . H MN 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc37 H OE2 GLU 131 H GLU 131 1_555 HA MN MN . H MN 495 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc38 H OE2 GLU 212 H GLU 212 1_555 HA MN MN . H MN 495 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc39 H OE1 GLU 220 H GLU 220 1_555 HA MN MN . H MN 495 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc40 H OE2 GLU 357 H GLU 357 1_555 IA MN MN . H MN 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc41 I OE1 GLU 129 I GLU 129 1_555 LA MN MN . I MN 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc42 I OE2 GLU 131 I GLU 131 1_555 KA MN MN . I MN 497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc43 I OE2 GLU 212 I GLU 212 1_555 KA MN MN . I MN 497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc44 I OE1 GLU 220 I GLU 220 1_555 KA MN MN . I MN 497 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc45 I OE2 GLU 357 I GLU 357 1_555 LA MN MN . I MN 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc46 J OE1 GLU 129 J GLU 129 1_555 OA MN MN . J MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc47 J OE2 GLU 131 J GLU 131 1_555 NA MN MN . J MN 499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc48 J OE2 GLU 212 J GLU 212 1_555 NA MN MN . J MN 499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc49 J OE1 GLU 220 J GLU 220 1_555 NA MN MN . J MN 499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc50 J OE2 GLU 357 J GLU 357 1_555 OA MN MN . J MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc51 K OE1 GLU 129 K GLU 129 1_555 RA MN MN . K MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc52 K OE2 GLU 131 K GLU 131 1_555 QA MN MN . K MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc53 K OE2 GLU 212 K GLU 212 1_555 QA MN MN . K MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc54 K OE1 GLU 220 K GLU 220 1_555 QA MN MN . K MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc55 K OE2 GLU 357 K GLU 357 1_555 RA MN MN . K MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc56 L OE1 GLU 129 L GLU 129 1_555 UA MN MN . L MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc57 L OE2 GLU 131 L GLU 131 1_555 TA MN MN . L MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc58 L OE2 GLU 212 L GLU 212 1_555 TA MN MN . L MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc59 L OE1 GLU 220 L GLU 220 1_555 TA MN MN . L MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc60 L OE2 GLU 357 L GLU 357 1_555 UA MN MN . L MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1LGR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004246 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000965 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007435 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005125 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 2 MN A 1 469 469 MN MN . N 2 MN A 1 470 470 MN MN . O 3 AMP A 1 471 471 AMP AMP . P 2 MN B 1 483 469 MN MN . Q 2 MN B 1 484 470 MN MN . R 3 AMP B 1 472 471 AMP AMP . S 2 MN C 1 485 469 MN MN . T 2 MN C 1 486 470 MN MN . U 3 AMP C 1 473 471 AMP AMP . V 2 MN D 1 487 469 MN MN . W 2 MN D 1 488 470 MN MN . X 3 AMP D 1 474 471 AMP AMP . Y 2 MN E 1 489 469 MN MN . Z 2 MN E 1 490 470 MN MN . AA 3 AMP E 1 475 471 AMP AMP . BA 2 MN F 1 491 469 MN MN . CA 2 MN F 1 492 470 MN MN . DA 3 AMP F 1 476 471 AMP AMP . EA 2 MN G 1 493 469 MN MN . FA 2 MN G 1 494 470 MN MN . GA 3 AMP G 1 477 471 AMP AMP . HA 2 MN H 1 495 469 MN MN . IA 2 MN H 1 496 470 MN MN . JA 3 AMP H 1 478 471 AMP AMP . KA 2 MN I 1 497 469 MN MN . LA 2 MN I 1 498 470 MN MN . MA 3 AMP I 1 479 471 AMP AMP . NA 2 MN J 1 499 469 MN MN . OA 2 MN J 1 500 470 MN MN . PA 3 AMP J 1 480 471 AMP AMP . QA 2 MN K 1 501 469 MN MN . RA 2 MN K 1 502 470 MN MN . SA 3 AMP K 1 481 471 AMP AMP . TA 2 MN L 1 503 469 MN MN . UA 2 MN L 1 504 470 MN MN . VA 3 AMP L 1 482 471 AMP AMP . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id V _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -7.479 _atom_site.Cartn_y -17.006 _atom_site.Cartn_z -66.955 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 25.72 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 487 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 80 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #