data_1LI4
#
_model_server_result.job_id            ORBB5cEmTUEMK_l2u_G31w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 04:11:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1li4 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":434}' 
#
_entry.id    1LI4 
#
_exptl.entry_id    1LI4 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              265.269 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            3-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-5-HYDROXYMETHYL-CYCLOPENTANE-1,2-DIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1LI4 
_cell.length_a            92.83 
_cell.length_b            135.67 
_cell.length_c            171.49 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1LI4 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        22 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'F 2 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA,PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2,3,4 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 92.83 0 0 
3 'crystal symmetry operation' 3_656 -x+1,y,-z+1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 92.83 0 171.49 
4 'crystal symmetry operation' 4_556 x,-y,-z+1 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 171.49 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      3 
_struct_asym.id                             C 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
_chem_comp.formula           'C11 H15 N5 O3' 
_chem_comp.formula_weight    265.269 
_chem_comp.id                NOC 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              3-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-5-HYDROXYMETHYL-CYCLOPENTANE-1,2-DIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     NEPLANOCIN 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C6' O6' NOC sing 323 n n 
C6' C4' NOC sing 324 n n 
C6' "H6'1" NOC sing 325 n n 
C6' "H6'2" NOC sing 326 n n 
O6' HO6' NOC sing 327 n n 
C5' C4' NOC sing 328 n n 
C5' C1' NOC sing 329 n n 
C5' "H5'1" NOC sing 330 n n 
C5' "H5'2" NOC sing 331 n n 
C4' C3' NOC sing 332 n n 
C4' HC4' NOC sing 333 n n 
C3' O3' NOC sing 334 n n 
C3' C2' NOC sing 335 n n 
C3' HC3' NOC sing 336 n n 
O3' HO3' NOC sing 337 n n 
C2' O2' NOC sing 338 n n 
C2' C1' NOC sing 339 n n 
C2' HC2' NOC sing 340 n n 
O2' HO2' NOC sing 341 n n 
C1' N9 NOC sing 342 n n 
C1' HC1' NOC sing 343 n n 
N9 C8 NOC sing 344 n y 
N9 C4 NOC sing 345 n y 
C8 N7 NOC doub 346 n y 
C8 HC8 NOC sing 347 n n 
N7 C5 NOC sing 348 n y 
C5 C6 NOC doub 349 n y 
C5 C4 NOC sing 350 n y 
C6 N6 NOC sing 351 n n 
C6 N1 NOC sing 352 n y 
N6 HN61 NOC sing 353 n n 
N6 HN62 NOC sing 354 n n 
N1 C2 NOC doub 355 n y 
C2 N3 NOC sing 356 n y 
C2 HC2 NOC sing 357 n n 
N3 C4 NOC doub 358 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1LI4 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010772 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007371 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005831 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 NAD A 1 433 433 NAD NAH . 
C 3 NOC A 1 434 434 NOC NEP . 
D 4 IPA A 1 900 900 IPA IPA . 
E 4 IPA A 1 901 901 IPA IPA . 
F 5 HOH A 1 902 100 HOH WAT . 
F 5 HOH A 2 903 101 HOH WAT . 
F 5 HOH A 3 904 102 HOH WAT . 
F 5 HOH A 4 905 103 HOH WAT . 
F 5 HOH A 5 906 104 HOH WAT . 
F 5 HOH A 6 907 105 HOH WAT . 
F 5 HOH A 7 908 106 HOH WAT . 
F 5 HOH A 8 909 107 HOH WAT . 
F 5 HOH A 9 910 108 HOH WAT . 
F 5 HOH A 10 911 109 HOH WAT . 
F 5 HOH A 11 912 110 HOH WAT . 
F 5 HOH A 12 913 111 HOH WAT . 
F 5 HOH A 13 914 112 HOH WAT . 
F 5 HOH A 14 915 113 HOH WAT . 
F 5 HOH A 15 916 114 HOH WAT . 
F 5 HOH A 16 917 115 HOH WAT . 
F 5 HOH A 17 918 116 HOH WAT . 
F 5 HOH A 18 919 117 HOH WAT . 
F 5 HOH A 19 920 118 HOH WAT . 
F 5 HOH A 20 921 119 HOH WAT . 
F 5 HOH A 21 922 120 HOH WAT . 
F 5 HOH A 22 923 121 HOH WAT . 
F 5 HOH A 23 924 122 HOH WAT . 
F 5 HOH A 24 925 123 HOH WAT . 
F 5 HOH A 25 926 124 HOH WAT . 
F 5 HOH A 26 927 125 HOH WAT . 
F 5 HOH A 27 928 126 HOH WAT . 
F 5 HOH A 28 929 127 HOH WAT . 
F 5 HOH A 29 930 128 HOH WAT . 
F 5 HOH A 30 931 129 HOH WAT . 
F 5 HOH A 31 932 130 HOH WAT . 
F 5 HOH A 32 933 131 HOH WAT . 
F 5 HOH A 33 934 132 HOH WAT . 
F 5 HOH A 34 935 133 HOH WAT . 
F 5 HOH A 35 936 134 HOH WAT . 
F 5 HOH A 36 937 135 HOH WAT . 
F 5 HOH A 37 938 136 HOH WAT . 
F 5 HOH A 38 939 137 HOH WAT . 
F 5 HOH A 39 940 138 HOH WAT . 
F 5 HOH A 40 941 139 HOH WAT . 
F 5 HOH A 41 942 140 HOH WAT . 
F 5 HOH A 42 943 141 HOH WAT . 
F 5 HOH A 43 944 142 HOH WAT . 
F 5 HOH A 44 945 143 HOH WAT . 
F 5 HOH A 45 946 144 HOH WAT . 
F 5 HOH A 46 947 145 HOH WAT . 
F 5 HOH A 47 948 146 HOH WAT . 
F 5 HOH A 48 949 147 HOH WAT . 
F 5 HOH A 49 950 148 HOH WAT . 
F 5 HOH A 50 951 149 HOH WAT . 
F 5 HOH A 51 952 150 HOH WAT . 
F 5 HOH A 52 953 151 HOH WAT . 
F 5 HOH A 53 954 152 HOH WAT . 
F 5 HOH A 54 955 153 HOH WAT . 
F 5 HOH A 55 956 154 HOH WAT . 
F 5 HOH A 56 957 155 HOH WAT . 
F 5 HOH A 57 958 156 HOH WAT . 
F 5 HOH A 58 959 157 HOH WAT . 
F 5 HOH A 59 960 158 HOH WAT . 
F 5 HOH A 60 961 159 HOH WAT . 
F 5 HOH A 61 962 160 HOH WAT . 
F 5 HOH A 62 963 161 HOH WAT . 
F 5 HOH A 63 964 162 HOH WAT . 
F 5 HOH A 64 965 163 HOH WAT . 
F 5 HOH A 65 966 164 HOH WAT . 
F 5 HOH A 66 967 165 HOH WAT . 
F 5 HOH A 67 968 166 HOH WAT . 
F 5 HOH A 68 969 167 HOH WAT . 
F 5 HOH A 69 970 168 HOH WAT . 
F 5 HOH A 70 971 169 HOH WAT . 
F 5 HOH A 71 972 170 HOH WAT . 
F 5 HOH A 72 973 171 HOH WAT . 
F 5 HOH A 73 974 172 HOH WAT . 
F 5 HOH A 74 975 173 HOH WAT . 
F 5 HOH A 75 976 174 HOH WAT . 
F 5 HOH A 76 977 175 HOH WAT . 
F 5 HOH A 77 978 176 HOH WAT . 
F 5 HOH A 78 979 177 HOH WAT . 
F 5 HOH A 79 980 178 HOH WAT . 
F 5 HOH A 80 981 179 HOH WAT . 
F 5 HOH A 81 982 180 HOH WAT . 
F 5 HOH A 82 983 181 HOH WAT . 
F 5 HOH A 83 984 182 HOH WAT . 
F 5 HOH A 84 985 183 HOH WAT . 
F 5 HOH A 85 986 185 HOH WAT . 
F 5 HOH A 86 987 186 HOH WAT . 
F 5 HOH A 87 988 187 HOH WAT . 
F 5 HOH A 88 989 188 HOH WAT . 
F 5 HOH A 89 990 189 HOH WAT . 
F 5 HOH A 90 991 190 HOH WAT . 
F 5 HOH A 91 992 192 HOH WAT . 
F 5 HOH A 92 993 193 HOH WAT . 
F 5 HOH A 93 994 194 HOH WAT . 
F 5 HOH A 94 995 195 HOH WAT . 
F 5 HOH A 95 996 197 HOH WAT . 
F 5 HOH A 96 997 198 HOH WAT . 
F 5 HOH A 97 998 199 HOH WAT . 
F 5 HOH A 98 999 200 HOH WAT . 
F 5 HOH A 99 1000 201 HOH WAT . 
F 5 HOH A 100 1001 202 HOH WAT . 
F 5 HOH A 101 1002 203 HOH WAT . 
F 5 HOH A 102 1003 204 HOH WAT . 
F 5 HOH A 103 1004 205 HOH WAT . 
F 5 HOH A 104 1005 206 HOH WAT . 
F 5 HOH A 105 1006 207 HOH WAT . 
F 5 HOH A 106 1007 208 HOH WAT . 
F 5 HOH A 107 1008 209 HOH WAT . 
F 5 HOH A 108 1009 210 HOH WAT . 
F 5 HOH A 109 1010 211 HOH WAT . 
F 5 HOH A 110 1011 212 HOH WAT . 
F 5 HOH A 111 1012 213 HOH WAT . 
F 5 HOH A 112 1013 214 HOH WAT . 
F 5 HOH A 113 1014 215 HOH WAT . 
F 5 HOH A 114 1015 216 HOH WAT . 
F 5 HOH A 115 1016 217 HOH WAT . 
F 5 HOH A 116 1017 218 HOH WAT . 
F 5 HOH A 117 1018 219 HOH WAT . 
F 5 HOH A 118 1019 220 HOH WAT . 
F 5 HOH A 119 1020 221 HOH WAT . 
F 5 HOH A 120 1021 222 HOH WAT . 
F 5 HOH A 121 1022 223 HOH WAT . 
F 5 HOH A 122 1023 224 HOH WAT . 
F 5 HOH A 123 1024 225 HOH WAT . 
F 5 HOH A 124 1025 226 HOH WAT . 
F 5 HOH A 125 1026 227 HOH WAT . 
F 5 HOH A 126 1027 228 HOH WAT . 
F 5 HOH A 127 1028 229 HOH WAT . 
F 5 HOH A 128 1029 230 HOH WAT . 
F 5 HOH A 129 1030 231 HOH WAT . 
F 5 HOH A 130 1031 232 HOH WAT . 
F 5 HOH A 131 1032 233 HOH WAT . 
F 5 HOH A 132 1033 234 HOH WAT . 
F 5 HOH A 133 1034 235 HOH WAT . 
F 5 HOH A 134 1035 236 HOH WAT . 
F 5 HOH A 135 1036 237 HOH WAT . 
F 5 HOH A 136 1037 238 HOH WAT . 
F 5 HOH A 137 1038 239 HOH WAT . 
F 5 HOH A 138 1039 240 HOH WAT . 
F 5 HOH A 139 1040 241 HOH WAT . 
F 5 HOH A 140 1041 242 HOH WAT . 
F 5 HOH A 141 1042 243 HOH WAT . 
F 5 HOH A 142 1043 244 HOH WAT . 
F 5 HOH A 143 1044 245 HOH WAT . 
F 5 HOH A 144 1045 246 HOH WAT . 
F 5 HOH A 145 1046 247 HOH WAT . 
F 5 HOH A 146 1047 248 HOH WAT . 
F 5 HOH A 147 1048 249 HOH WAT . 
F 5 HOH A 148 1049 250 HOH WAT . 
F 5 HOH A 149 1050 251 HOH WAT . 
F 5 HOH A 150 1051 252 HOH WAT . 
F 5 HOH A 151 1052 253 HOH WAT . 
F 5 HOH A 152 1053 254 HOH WAT . 
F 5 HOH A 153 1054 255 HOH WAT . 
F 5 HOH A 154 1055 256 HOH WAT . 
F 5 HOH A 155 1056 257 HOH WAT . 
F 5 HOH A 156 1057 258 HOH WAT . 
F 5 HOH A 157 1058 259 HOH WAT . 
F 5 HOH A 158 1059 260 HOH WAT . 
F 5 HOH A 159 1060 261 HOH WAT . 
F 5 HOH A 160 1061 262 HOH WAT . 
F 5 HOH A 161 1062 263 HOH WAT . 
F 5 HOH A 162 1063 264 HOH WAT . 
F 5 HOH A 163 1064 265 HOH WAT . 
F 5 HOH A 164 1065 266 HOH WAT . 
F 5 HOH A 165 1066 267 HOH WAT . 
F 5 HOH A 166 1067 268 HOH WAT . 
F 5 HOH A 167 1068 269 HOH WAT . 
F 5 HOH A 168 1069 270 HOH WAT . 
F 5 HOH A 169 1070 271 HOH WAT . 
F 5 HOH A 170 1071 272 HOH WAT . 
F 5 HOH A 171 1072 273 HOH WAT . 
F 5 HOH A 172 1073 274 HOH WAT . 
F 5 HOH A 173 1074 275 HOH WAT . 
F 5 HOH A 174 1075 276 HOH WAT . 
F 5 HOH A 175 1076 277 HOH WAT . 
F 5 HOH A 176 1077 278 HOH WAT . 
F 5 HOH A 177 1078 279 HOH WAT . 
F 5 HOH A 178 1079 280 HOH WAT . 
F 5 HOH A 179 1080 281 HOH WAT . 
F 5 HOH A 180 1081 282 HOH WAT . 
F 5 HOH A 181 1082 283 HOH WAT . 
F 5 HOH A 182 1083 284 HOH WAT . 
F 5 HOH A 183 1084 285 HOH WAT . 
F 5 HOH A 184 1085 286 HOH WAT . 
F 5 HOH A 185 1086 287 HOH WAT . 
F 5 HOH A 186 1087 288 HOH WAT . 
F 5 HOH A 187 1088 289 HOH WAT . 
F 5 HOH A 188 1089 290 HOH WAT . 
F 5 HOH A 189 1090 291 HOH WAT . 
F 5 HOH A 190 1091 292 HOH WAT . 
F 5 HOH A 191 1092 293 HOH WAT . 
F 5 HOH A 192 1093 294 HOH WAT . 
F 5 HOH A 193 1094 295 HOH WAT . 
F 5 HOH A 194 1095 296 HOH WAT . 
F 5 HOH A 195 1096 297 HOH WAT . 
F 5 HOH A 196 1097 298 HOH WAT . 
F 5 HOH A 197 1098 299 HOH WAT . 
F 5 HOH A 198 1099 300 HOH WAT . 
F 5 HOH A 199 1100 302 HOH WAT . 
F 5 HOH A 200 1101 303 HOH WAT . 
F 5 HOH A 201 1102 304 HOH WAT . 
F 5 HOH A 202 1103 305 HOH WAT . 
F 5 HOH A 203 1104 306 HOH WAT . 
F 5 HOH A 204 1105 307 HOH WAT . 
F 5 HOH A 205 1106 308 HOH WAT . 
F 5 HOH A 206 1107 309 HOH WAT . 
F 5 HOH A 207 1108 310 HOH WAT . 
F 5 HOH A 208 1109 311 HOH WAT . 
F 5 HOH A 209 1110 312 HOH WAT . 
F 5 HOH A 210 1111 313 HOH WAT . 
F 5 HOH A 211 1112 314 HOH WAT . 
F 5 HOH A 212 1113 315 HOH WAT . 
F 5 HOH A 213 1114 316 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C6' NOC . . . C 3 42.97 -18.88 104.403 1 19.59 ? C6' NOC 434 A 1 
HETATM 2 O O6' NOC . . . C 3 42.773 -20.043 105.278 1 19.93 ? O6' NOC 434 A 1 
HETATM 3 C C5' NOC . . . C 3 44.94 -19.713 103.169 1 18.68 ? C5' NOC 434 A 1 
HETATM 4 C C4' NOC . . . C 3 44.337 -18.81 104.019 1 19.45 ? C4' NOC 434 A 1 
HETATM 5 C C3' NOC . . . C 3 45.303 -17.847 104.579 1 19.5 ? C3' NOC 434 A 1 
HETATM 6 O O3' NOC . . . C 3 45.087 -16.826 105.188 1 19.68 ? O3' NOC 434 A 1 
HETATM 7 C C2' NOC . . . C 3 46.479 -17.987 103.665 1 19.32 ? C2' NOC 434 A 1 
HETATM 8 O O2' NOC . . . C 3 47.654 -17.686 104.402 1 19.83 ? O2' NOC 434 A 1 
HETATM 9 C C1' NOC . . . C 3 46.428 -19.482 103.152 1 19.15 ? C1' NOC 434 A 1 
HETATM 10 N N9 NOC . . . C 3 47.15 -19.896 101.959 1 19.47 ? N9 NOC 434 A 1 
HETATM 11 C C8 NOC . . . C 3 47.033 -19.364 100.676 1 19.23 ? C8 NOC 434 A 1 
HETATM 12 N N7 NOC . . . C 3 47.797 -19.954 99.824 1 18.56 ? N7 NOC 434 A 1 
HETATM 13 C C5 NOC . . . C 3 48.481 -20.942 100.541 1 18.97 ? C5 NOC 434 A 1 
HETATM 14 C C6 NOC . . . C 3 49.473 -21.939 100.216 1 19 ? C6 NOC 434 A 1 
HETATM 15 N N6 NOC . . . C 3 49.987 -22.092 98.954 1 19.25 ? N6 NOC 434 A 1 
HETATM 16 N N1 NOC . . . C 3 49.889 -22.751 101.283 1 19.38 ? N1 NOC 434 A 1 
HETATM 17 C C2 NOC . . . C 3 49.406 -22.61 102.502 1 18.42 ? C2 NOC 434 A 1 
HETATM 18 N N3 NOC . . . C 3 48.482 -21.717 102.928 1 19.16 ? N3 NOC 434 A 1 
HETATM 19 C C4 NOC . . . C 3 48.043 -20.892 101.905 1 18.74 ? C4 NOC 434 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              48 
_model_server_stats.parse_time_ms           6 
_model_server_stats.create_model_time_ms    3 
_model_server_stats.query_time_ms           230 
_model_server_stats.encode_time_ms          9 
_model_server_stats.element_count           19 
#