data_1LOD
#
_model_server_result.job_id            7fLwQzpS9RJxuzkvSCR2rg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-29 16:15:47' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1lod 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":920}' 
#
_entry.id    1LOD 
#
_exptl.entry_id    1LOD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              251.234 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'beta-muramic acid' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          91 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1LOD 
_cell.length_a            56.4 
_cell.length_b            139.8 
_cell.length_c            62.7 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1LOD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PQS tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PQS tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 4 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 5 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,U,V,W,X 1 1 
E,F,G,H,O,P,Q,R,S,T,Y,Z,AA,BA 2 1 
G,H,R,S,T,AA,BA 3 1 
C,D,L,M,N,W,X 4 1 
A,B,I,J,K,U,V 5 1 
E,F,O,P,Q,Y,Z 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 K N N 
? 5 N N N 
? 5 Q N N 
? 5 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 119 A GLU 119 1_555 J MN MN . A MN 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 121 A ASP 121 1_555 I CA CA . A CA 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 121 A ASP 121 1_555 I CA CA . A CA 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 121 A ASP 121 1_555 J MN MN . A MN 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc5 A O PHE 123 A PHE 123 1_555 I CA CA . A CA 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASN 125 A ASN 125 1_555 I CA CA . A CA 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc7 A OD2 ASP 129 A ASP 129 1_555 I CA CA . A CA 228 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASP 129 A ASP 129 1_555 J MN MN . A MN 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
metalc ? metalc9 A NE2 HIS 136 A HIS 136 1_555 J MN MN . A MN 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc10 I CA CA . A CA 228 1_555 U O HOH . A HOH 268 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc11 I CA CA . A CA 228 1_555 U O HOH . A HOH 269 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? 
metalc ? metalc12 J MN MN . A MN 229 1_555 U O HOH . A HOH 275 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? 
metalc ? metalc13 C OE2 GLU 119 C GLU 119 1_555 M MN MN . C MN 459 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASP 121 C ASP 121 1_555 L CA CA . C CA 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? 
metalc ? metalc15 C OD2 ASP 121 C ASP 121 1_555 L CA CA . C CA 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? 
metalc ? metalc16 C OD2 ASP 121 C ASP 121 1_555 M MN MN . C MN 459 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? 
metalc ? metalc17 C O PHE 123 C PHE 123 1_555 L CA CA . C CA 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
metalc ? metalc18 C OD1 ASN 125 C ASN 125 1_555 L CA CA . C CA 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc19 C OD2 ASP 129 C ASP 129 1_555 L CA CA . C CA 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? 
metalc ? metalc20 C OD1 ASP 129 C ASP 129 1_555 M MN MN . C MN 459 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? 
metalc ? metalc21 C NE2 HIS 136 C HIS 136 1_555 M MN MN . C MN 459 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? 
metalc ? metalc22 L CA CA . C CA 458 1_555 W O HOH . C HOH 490 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? 
metalc ? metalc23 L CA CA . C CA 458 1_555 W O HOH . C HOH 491 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc24 M MN MN . C MN 459 1_555 W O HOH . C HOH 492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc25 M MN MN . C MN 459 1_555 W O HOH . C HOH 493 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc26 E OE2 GLU 119 E GLU 119 1_555 P MN MN . E MN 689 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc27 E OD2 ASP 121 E ASP 121 1_555 O CA CA . E CA 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.045 ? 
metalc ? metalc28 E OD1 ASP 121 E ASP 121 1_555 O CA CA . E CA 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc29 E OD2 ASP 121 E ASP 121 1_555 P MN MN . E MN 689 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc30 E O PHE 123 E PHE 123 1_555 O CA CA . E CA 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc31 E OD1 ASN 125 E ASN 125 1_555 O CA CA . E CA 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc32 E OD2 ASP 129 E ASP 129 1_555 O CA CA . E CA 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? 
metalc ? metalc33 E OD1 ASP 129 E ASP 129 1_555 P MN MN . E MN 689 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc34 E NE2 HIS 136 E HIS 136 1_555 P MN MN . E MN 689 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? 
metalc ? metalc35 O CA CA . E CA 688 1_555 Y O HOH . E HOH 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? 
metalc ? metalc36 O CA CA . E CA 688 1_555 Y O HOH . E HOH 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? 
metalc ? metalc37 P MN MN . E MN 689 1_555 Y O HOH . E HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? 
metalc ? metalc38 P MN MN . E MN 689 1_555 Y O HOH . E HOH 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc39 G OE2 GLU 119 G GLU 119 1_555 S MN MN . G MN 919 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc40 G OD2 ASP 121 G ASP 121 1_555 R CA CA . G CA 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
metalc ? metalc41 G OD1 ASP 121 G ASP 121 1_555 R CA CA . G CA 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? 
metalc ? metalc42 G OD2 ASP 121 G ASP 121 1_555 S MN MN . G MN 919 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc43 G O PHE 123 G PHE 123 1_555 R CA CA . G CA 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc44 G OD1 ASN 125 G ASN 125 1_555 R CA CA . G CA 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc45 G OD2 ASP 129 G ASP 129 1_555 R CA CA . G CA 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc46 G OD1 ASP 129 G ASP 129 1_555 S MN MN . G MN 919 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc47 G NE2 HIS 136 G HIS 136 1_555 S MN MN . G MN 919 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc48 R CA CA . G CA 918 1_555 AA O HOH . G HOH 950 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc49 R CA CA . G CA 918 1_555 AA O HOH . G HOH 951 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc50 S MN MN . G MN 919 1_555 AA O HOH . G HOH 952 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc51 S MN MN . G MN 919 1_555 AA O HOH . G HOH 953 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.973 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H17 N O7' 
_chem_comp.formula_weight    251.234 
_chem_comp.id                MUR 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'beta-muramic acid' 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'muramic acid' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 MUR sing 205 n n 
C1 C2 MUR sing 206 n n 
C1 O5 MUR sing 207 n n 
C1 H1 MUR sing 208 n n 
O1 HO1 MUR sing 209 n n 
C2 N2 MUR sing 210 n n 
C2 C3 MUR sing 211 n n 
C2 H2 MUR sing 212 n n 
N2 HN21 MUR sing 213 n n 
N2 HN22 MUR sing 214 n n 
C3 O3 MUR sing 215 n n 
C3 C4 MUR sing 216 n n 
C3 H3 MUR sing 217 n n 
O3 C7 MUR sing 218 n n 
C4 O4 MUR sing 219 n n 
C4 C5 MUR sing 220 n n 
C4 H4 MUR sing 221 n n 
O4 HO4 MUR sing 222 n n 
C5 O5 MUR sing 223 n n 
C5 C6 MUR sing 224 n n 
C5 H5 MUR sing 225 n n 
C6 O6 MUR sing 226 n n 
C6 H61 MUR sing 227 n n 
C6 H62 MUR sing 228 n n 
O6 HO6 MUR sing 229 n n 
C7 C8 MUR sing 230 n n 
C7 C9 MUR sing 231 n n 
C7 H7 MUR sing 232 n n 
C8 O8 MUR doub 233 n n 
C8 O9 MUR sing 234 n n 
O9 HO9 MUR sing 235 n n 
C9 H91 MUR sing 236 n n 
C9 H92 MUR sing 237 n n 
C9 H93 MUR sing 238 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
MUR b-D-GlcpN3<C3O2> 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
MUR Mur 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     1LOD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.01773 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000309 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007153 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.015951 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 3 CA A 1 228 228 CA CA . 
J 4 MN A 1 229 229 MN MN . 
K 5 MUR A 1 230 1 MUR MUR . 
L 3 CA C 1 458 458 CA CA . 
M 4 MN C 1 459 459 MN MN . 
N 5 MUR C 1 460 4 MUR MUR . 
O 3 CA E 1 688 688 CA CA . 
P 4 MN E 1 689 689 MN MN . 
Q 5 MUR E 1 690 2 MUR MUR . 
R 3 CA G 1 918 918 CA CA . 
S 4 MN G 1 919 919 MN MN . 
T 5 MUR G 1 920 3 MUR MUR . 
U 6 HOH A 1 231 5 HOH HOH . 
U 6 HOH A 2 232 7 HOH HOH . 
U 6 HOH A 3 233 8 HOH HOH . 
U 6 HOH A 4 234 9 HOH HOH . 
U 6 HOH A 5 235 11 HOH HOH . 
U 6 HOH A 6 236 12 HOH HOH . 
U 6 HOH A 7 237 13 HOH HOH . 
U 6 HOH A 8 238 15 HOH HOH . 
U 6 HOH A 9 239 16 HOH HOH . 
U 6 HOH A 10 240 17 HOH HOH . 
U 6 HOH A 11 241 18 HOH HOH . 
U 6 HOH A 12 242 19 HOH HOH . 
U 6 HOH A 13 243 20 HOH HOH . 
U 6 HOH A 14 244 21 HOH HOH . 
U 6 HOH A 15 245 22 HOH HOH . 
U 6 HOH A 16 246 23 HOH HOH . 
U 6 HOH A 17 247 24 HOH HOH . 
U 6 HOH A 18 248 25 HOH HOH . 
U 6 HOH A 19 249 26 HOH HOH . 
U 6 HOH A 20 250 27 HOH HOH . 
U 6 HOH A 21 251 28 HOH HOH . 
U 6 HOH A 22 252 47 HOH HOH . 
U 6 HOH A 23 253 48 HOH HOH . 
U 6 HOH A 24 254 49 HOH HOH . 
U 6 HOH A 25 255 50 HOH HOH . 
U 6 HOH A 26 256 58 HOH HOH . 
U 6 HOH A 27 257 59 HOH HOH . 
U 6 HOH A 28 258 61 HOH HOH . 
U 6 HOH A 29 259 62 HOH HOH . 
U 6 HOH A 30 260 71 HOH HOH . 
U 6 HOH A 31 261 72 HOH HOH . 
U 6 HOH A 32 262 73 HOH HOH . 
U 6 HOH A 33 263 74 HOH HOH . 
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