data_1LUL # _model_server_result.job_id xcBOZj2iU0fYEYwTtqV4Qw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 22:22:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1lul # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":301}' # _entry.id 1LUL # _exptl.entry_id 1LUL _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1LUL _cell.length_a 101.39 _cell.length_b 130.95 _cell.length_c 138.23 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1LUL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,G,H,I,J 1 1 C,D,K,L,M,N 2 1 E,F,O,P,Q,R 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 I N N ? 2 K N N ? 2 M N N ? 2 O N N ? 2 Q N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 123 A GLU 123 1_555 G MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 125 A ASP 125 1_555 G MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 125 A ASP 125 1_555 H CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 125 A ASP 125 1_555 H CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? metalc ? metalc5 A O PHE 127 A PHE 127 1_555 H CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASN 129 A ASN 129 1_555 H CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 133 A ASP 133 1_555 G MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.646 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 133 A ASP 133 1_555 H CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 138 A HIS 138 1_555 G MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc10 B OE2 GLU 123 B GLU 123 1_555 I MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.869 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 125 B ASP 125 1_555 I MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 125 B ASP 125 1_555 J CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 125 B ASP 125 1_555 J CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.971 ? metalc ? metalc14 B O PHE 127 B PHE 127 1_555 J CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASN 129 B ASN 129 1_555 J CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.846 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 133 B ASP 133 1_555 I MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.884 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 133 B ASP 133 1_555 J CA CA . B CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc18 B NE2 HIS 138 B HIS 138 1_555 I MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc19 C OE2 GLU 123 C GLU 123 1_555 K MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.641 ? metalc ? metalc20 C OD2 ASP 125 C ASP 125 1_555 K MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASP 125 C ASP 125 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc22 C OD2 ASP 125 C ASP 125 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc23 C O PHE 127 C PHE 127 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASN 129 C ASN 129 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.815 ? metalc ? metalc25 C OD1 ASP 133 C ASP 133 1_555 K MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 133 C ASP 133 1_555 L CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc27 C NE2 HIS 138 C HIS 138 1_555 K MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc28 D OE2 GLU 123 D GLU 123 1_555 M MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.821 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 125 D ASP 125 1_555 M MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc30 D OD1 ASP 125 D ASP 125 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc31 D OD2 ASP 125 D ASP 125 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? metalc ? metalc32 D O PHE 127 D PHE 127 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc33 D OD1 ASN 129 D ASN 129 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASP 133 D ASP 133 1_555 M MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.815 ? metalc ? metalc35 D OD2 ASP 133 D ASP 133 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc36 D NE2 HIS 138 D HIS 138 1_555 M MN MN . D MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc37 E OE2 GLU 123 E GLU 123 1_555 O MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.683 ? metalc ? metalc38 E OD2 ASP 125 E ASP 125 1_555 O MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc39 E CG ASP 125 E ASP 125 1_555 P CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc40 E OD1 ASP 125 E ASP 125 1_555 P CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc41 E OD2 ASP 125 E ASP 125 1_555 P CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc42 E O PHE 127 E PHE 127 1_555 P CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc43 E OD1 ASN 129 E ASN 129 1_555 P CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc44 E OD1 ASP 133 E ASP 133 1_555 O MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? metalc ? metalc45 E OD2 ASP 133 E ASP 133 1_555 P CA CA . E CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc46 E NE2 HIS 138 E HIS 138 1_555 O MN MN . E MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc47 F OE2 GLU 123 F GLU 123 1_555 Q MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.817 ? metalc ? metalc48 F OD2 ASP 125 F ASP 125 1_555 Q MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc49 F OD1 ASP 125 F ASP 125 1_555 R CA CA . F CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? metalc ? metalc50 F OD2 ASP 125 F ASP 125 1_555 R CA CA . F CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? metalc ? metalc51 F O PHE 127 F PHE 127 1_555 R CA CA . F CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? metalc ? metalc52 F OD1 ASN 129 F ASN 129 1_555 R CA CA . F CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc53 F OD1 ASP 133 F ASP 133 1_555 Q MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.823 ? metalc ? metalc54 F OD2 ASP 133 F ASP 133 1_555 R CA CA . F CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? metalc ? metalc55 F NE2 HIS 138 F HIS 138 1_555 Q MN MN . F MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1LUL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009863 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007637 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007234 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 MN A 1 301 301 MN MN . H 3 CA A 1 302 302 CA CA . I 2 MN B 1 301 301 MN MN . J 3 CA B 1 302 302 CA CA . K 2 MN C 1 301 301 MN MN . L 3 CA C 1 302 302 CA CA . M 2 MN D 1 301 301 MN MN . N 3 CA D 1 302 302 CA CA . O 2 MN E 1 301 301 MN MN . P 3 CA E 1 302 302 CA CA . Q 2 MN F 1 301 301 MN MN . R 3 CA F 1 302 302 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id O _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 74.407 _atom_site.Cartn_y 23.092 _atom_site.Cartn_z 6.666 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 49.01 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 32 _model_server_stats.query_time_ms 304 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #