data_1LVC # _model_server_result.job_id n661GhRp5px2dXvg6kYfHw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 06:25:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1lvc # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":804}' # _entry.id 1LVC # _exptl.entry_id 1LVC _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1LVC _cell.length_a 116.924 _cell.length_b 167.918 _cell.length_c 341.743 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1LVC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,G,H,L,M 1 1 B,E,I,N,O 2 1 C,F,J,K,P,Q 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 L N N ? 5 M N N ? 5 N N N ? 5 O N N ? 5 P N N ? 5 Q N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 201 A ASP 491 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 201 A ASP 491 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 203 A ASP 493 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.912 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 203 A ASP 493 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 287 A HIS 577 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc6 G YB YB . A YB 901 1_555 H O1A DOT . A DOT 999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 201 B ASP 491 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc8 B OD2 ASP 201 B ASP 491 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.347 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 203 B ASP 493 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc10 B ND1 HIS 287 B HIS 577 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? metalc ? metalc11 B NE2 HIS 287 B HIS 577 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc12 C OD1 ASP 201 C ASP 491 1_555 J YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc13 C OD2 ASP 201 C ASP 491 1_555 J YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc14 C OD1 ASP 203 C ASP 493 1_555 J YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc15 C OD2 ASP 203 C ASP 493 1_555 J YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? metalc ? metalc16 C NE2 HIS 287 C HIS 577 1_555 J YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc17 J YB YB . C YB 903 1_555 K O1A DOT . C DOT 1999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc18 D OD1 ASP 94 D ASP 93 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? metalc ? metalc19 D OD1 ASP 96 D ASP 95 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc20 D OD1 ASN 98 D ASN 97 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc21 D O TYR 100 D TYR 99 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc22 D OE1 GLU 105 D GLU 104 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc23 D OE2 GLU 105 D GLU 104 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? metalc ? metalc24 D OD1 ASP 130 D ASP 129 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? metalc ? metalc25 D OD2 ASP 130 D ASP 129 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.17 ? metalc ? metalc26 D OD1 ASP 132 D ASP 131 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc27 D OD1 ASP 134 D ASP 133 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? metalc ? metalc28 D OD2 ASP 134 D ASP 133 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.048 ? metalc ? metalc29 D O GLN 136 D GLN 135 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc30 D OE1 GLU 141 D GLU 140 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc31 D OE2 GLU 141 D GLU 140 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc32 E OD1 ASP 94 E ASP 93 1_555 O CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc33 E OD1 ASP 96 E ASP 95 1_555 O CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? metalc ? metalc34 E OD1 ASN 98 E ASN 97 1_555 O CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? metalc ? metalc35 E O TYR 100 E TYR 99 1_555 O CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc36 E OE1 GLU 105 E GLU 104 1_555 O CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc37 E OD1 ASP 130 E ASP 129 1_555 N CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc38 E OD2 ASP 130 E ASP 129 1_555 N CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc ? metalc39 E OD1 ASP 132 E ASP 131 1_555 N CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc40 E OD1 ASP 134 E ASP 133 1_555 N CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? metalc ? metalc41 E OD2 ASP 134 E ASP 133 1_555 N CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.11 ? metalc ? metalc42 E O GLN 136 E GLN 135 1_555 N CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc43 E OE1 GLU 141 E GLU 140 1_555 N CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc44 E OE2 GLU 141 E GLU 140 1_555 N CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc45 F OD1 ASP 94 F ASP 93 1_555 Q CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? metalc ? metalc46 F OD1 ASP 96 F ASP 95 1_555 Q CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? metalc ? metalc47 F OD1 ASN 98 F ASN 97 1_555 Q CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc48 F O TYR 100 F TYR 99 1_555 Q CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc49 F OE1 GLU 105 F GLU 104 1_555 Q CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? metalc ? metalc50 F OE2 GLU 105 F GLU 104 1_555 Q CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.183 ? metalc ? metalc51 F OD1 ASP 130 F ASP 129 1_555 P CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.012 ? metalc ? metalc52 F OD2 ASP 130 F ASP 129 1_555 P CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? metalc ? metalc53 F OD1 ASP 132 F ASP 131 1_555 P CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc54 F OD1 ASP 134 F ASP 133 1_555 P CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc55 F OD2 ASP 134 F ASP 133 1_555 P CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.068 ? metalc ? metalc56 F O GLN 136 F GLN 135 1_555 P CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.919 ? metalc ? metalc57 F OE1 GLU 141 F GLU 140 1_555 P CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc58 F OE2 GLU 141 F GLU 140 1_555 P CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1LVC _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008553 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005955 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002926 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 YB A 1 901 901 YB YB3 . H 4 DOT A 1 999 999 DOT ADA . I 3 YB B 1 902 902 YB YB3 . J 3 YB C 1 903 903 YB YB3 . K 4 DOT C 1 1999 999 DOT ADA . L 5 CA D 1 800 800 CA CA2 . M 5 CA D 1 801 801 CA CA2 . N 5 CA E 1 802 802 CA CA2 . O 5 CA E 1 803 803 CA CA2 . P 5 CA F 1 804 804 CA CA2 . Q 5 CA F 1 805 805 CA CA2 . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id P _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 42.055 _atom_site.Cartn_y 53.736 _atom_site.Cartn_z 86.074 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 70.51 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 804 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 67 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 31 _model_server_stats.query_time_ms 262 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #