data_1M1J # _model_server_result.job_id EKm_R6qMCQQ8m6y9tkhSTg _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 02:08:33' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1m1j # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":501}' # _entry.id 1M1J # _exptl.entry_id 1M1J _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 105.79 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1M1J _cell.length_a 114.09 _cell.length_b 100.02 _cell.length_c 200.09 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1M1J _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 L N N ? 7 O N N ? 7 Q N N ? 7 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 28 A CYS 28 1_555 D SG CYS 28 D CYS 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 37 A CYS 37 1_555 E SG CYS 70 E CYS 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 46 A CYS 46 1_555 C SG CYS 23 C CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 50 A CYS 50 1_555 B SG CYS 81 B CYS 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 162 A CYS 162 1_555 C SG CYS 135 C CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 166 A CYS 166 1_555 B SG CYS 198 B CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 70 B CYS 70 1_555 D SG CYS 37 D CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 85 B CYS 85 1_555 C SG CYS 19 C CYS 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 202 B CYS 202 1_555 C SG CYS 139 C CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 206 B CYS 206 1_555 B SG CYS 290 B CYS 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 216 B CYS 216 1_555 B SG CYS 245 B CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 398 B CYS 398 1_555 B SG CYS 411 B CYS 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf13 C SG CYS 8 C CYS 8 1_555 F SG CYS 9 F CYS 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf14 C SG CYS 9 C CYS 9 1_555 F SG CYS 8 F CYS 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf15 C SG CYS 153 C CYS 153 1_555 C SG CYS 182 C CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf16 C SG CYS 326 C CYS 326 1_555 C SG CYS 339 C CYS 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf17 D SG CYS 46 D CYS 46 1_555 F SG CYS 23 F CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf18 D SG CYS 50 D CYS 50 1_555 E SG CYS 81 E CYS 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf19 D SG CYS 162 D CYS 162 1_555 F SG CYS 135 F CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf20 D SG CYS 166 D CYS 166 1_555 E SG CYS 198 E CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf21 E SG CYS 85 E CYS 85 1_555 F SG CYS 19 F CYS 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf22 E SG CYS 202 E CYS 202 1_555 F SG CYS 139 F CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf23 E SG CYS 206 E CYS 206 1_555 E SG CYS 290 E CYS 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf24 E SG CYS 216 E CYS 216 1_555 E SG CYS 245 E CYS 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf25 E SG CYS 398 E CYS 398 1_555 E SG CYS 411 E CYS 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf26 F SG CYS 153 F CYS 153 1_555 F SG CYS 182 F CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf27 F SG CYS 326 F CYS 326 1_555 F SG CYS 339 F CYS 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc1 B OD1 ASP 385 B ASP 385 1_555 L CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc2 B OD2 ASP 385 B ASP 385 1_555 L CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.86 ? metalc ? metalc3 B OD1 ASP 387 B ASP 387 1_555 L CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc4 B O TRP 389 B TRP 389 1_555 L CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc5 C OD1 ASP 318 C ASP 318 1_555 O CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc6 C OD2 ASP 318 C ASP 318 1_555 O CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc7 C OD1 ASP 320 C ASP 320 1_555 O CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc8 C O PHE 322 C PHE 322 1_555 O CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? metalc ? metalc9 C O GLY 324 C GLY 324 1_555 O CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc10 E OD2 ASP 385 E ASP 385 1_555 Q CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc11 E OD1 ASP 385 E ASP 385 1_555 Q CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc12 E OD2 ASP 387 E ASP 387 1_555 Q CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.261 ? metalc ? metalc13 E OD1 ASP 387 E ASP 387 1_555 Q CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc14 E O TRP 389 E TRP 389 1_555 Q CA CA . E CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc15 F OD1 ASP 318 F ASP 318 1_555 T CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc16 F OD2 ASP 318 F ASP 318 1_555 T CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc17 F OD1 ASP 320 F ASP 320 1_555 T CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc18 F O PHE 322 F PHE 322 1_555 T CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc19 F O GLY 324 F GLY 324 1_555 T CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1M1J _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008765 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002478 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009998 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005194 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 6 NDG B 1 470 470 NDG NAG . L 7 CA B 1 503 503 CA CA . M 6 NDG C 1 420 420 NDG NAG . N 8 NAG C 1 421 421 NAG NAG . O 7 CA C 1 501 501 CA CA . P 6 NDG E 1 570 570 NDG NAG . Q 7 CA E 1 504 504 CA CA . R 6 NDG F 1 520 520 NDG NAG . S 8 NAG F 1 521 521 NAG NAG . T 7 CA F 1 502 502 CA CA . U 8 NAG I 1 471 471 NAG NAG . V 6 NDG J 1 571 571 NDG NAG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id O _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 19.469 _atom_site.Cartn_y -18.39 _atom_site.Cartn_z 23.454 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 22.07 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 501 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 33 _model_server_stats.query_time_ms 369 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #