data_1M1Y
#
_model_server_result.job_id            rvBmVgjIMCyQ3U0SgPK_6A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 05:58:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1m1y 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"JA","auth_seq_id":3290}' 
#
_entry.id    1M1Y 
#
_exptl.entry_id    1M1Y 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1M1Y 
_cell.length_a            113.267 
_cell.length_b            214.937 
_cell.length_c            320.466 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1M1Y 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? octameric 8 author_defined_assembly 1 
? octameric 8 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z 1 1 
I,J,K,L,M,N,O,P,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 8 Y N N 
? 8 Z N N 
? 8 IA N N 
? 8 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 61 A CYS 62 1_555 S FE3 CLF . A CLF 6498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc2 S FE7 CLF . A CLF 6498 1_555 B SG CYS 69 B CYS 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc3 S FE1 CLF . A CLF 6498 1_555 B SG CYS 94 B CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
metalc ? metalc4 S FE8 CLF . A CLF 6498 1_555 B SG CYS 94 B CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? 
metalc ? metalc5 S FE6 CLF . A CLF 6498 1_555 B SG CYS 152 B CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? 
metalc ? metalc6 S FE7 CLF . A CLF 6498 1_555 B OG SER 187 B SER 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? 
metalc ? metalc7 B O ARG 107 B ARG 108 1_555 W CA CA . D CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc8 B OE2 GLU 108 B GLU 109 1_555 W CA CA . D CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc9 B OD1 ASP 352 B ASP 353 1_555 T CA CA . B CA 7492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? 
metalc ? metalc10 B OD2 ASP 352 B ASP 353 1_555 T CA CA . B CA 7492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc11 B OD1 ASP 356 B ASP 357 1_555 T CA CA . B CA 7492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? 
metalc ? metalc12 B OD2 ASP 356 B ASP 357 1_555 T CA CA . B CA 7492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc13 T CA CA . B CA 7492 1_555 D O ARG 107 D ARG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? 
metalc ? metalc14 T CA CA . B CA 7492 1_555 D OE2 GLU 108 D GLU 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 61 C CYS 62 1_555 X FE3 CLF . D CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 87 C CYS 88 1_555 X FE5 CLF . D CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 87 C CYS 88 1_555 X FE4 CLF . D CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.906 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 274 C CYS 275 1_555 V FE1 CFM . C CFM 7496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? 
metalc ? metalc19 D SG CYS 69 D CYS 70 1_555 X FE7 CLF . D CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? 
metalc ? metalc20 D SG CYS 94 D CYS 95 1_555 X FE1 CLF . D CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc21 D SG CYS 94 D CYS 95 1_555 X FE8 CLF . D CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc22 D OG SER 187 D SER 188 1_555 X FE7 CLF . D CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
metalc ? metalc23 D OD1 ASP 352 D ASP 353 1_555 W CA CA . D CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? 
metalc ? metalc24 D OD2 ASP 352 D ASP 353 1_555 W CA CA . D CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc25 D OD1 ASP 356 D ASP 357 1_555 W CA CA . D CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.965 ? 
metalc ? metalc26 D OD2 ASP 356 D ASP 357 1_555 W CA CA . D CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc27 E SG CYS 97 E CYS 97 1_555 Y FE3 SF4 . E SF4 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc28 E SG CYS 132 E CYS 132 1_555 Y FE2 SF4 . E SF4 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? 
metalc ? metalc29 Y FE1 SF4 . E SF4 290 1_555 F SG CYS 97 F CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc30 Y FE4 SF4 . E SF4 290 1_555 F SG CYS 132 F CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc31 G SG CYS 97 G CYS 97 1_555 Z FE3 SF4 . G SF4 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc32 G SG CYS 132 G CYS 132 1_555 Z FE2 SF4 . G SF4 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? 
metalc ? metalc33 Z FE1 SF4 . G SF4 1290 1_555 H SG CYS 97 H CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc34 Z FE4 SF4 . G SF4 1290 1_555 H SG CYS 132 H CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc35 I SG CYS 61 I CYS 62 1_555 DA FE3 CLF . J CLF 8498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc36 I SG CYS 87 I CYS 88 1_555 DA FE5 CLF . J CLF 8498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.929 ? 
metalc ? metalc37 I SG CYS 274 I CYS 275 1_555 BA FE1 CFM . I CFM 8496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc38 J SG CYS 94 J CYS 95 1_555 DA FE1 CLF . J CLF 8498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? 
metalc ? metalc39 J O ARG 107 J ARG 108 1_555 HA CA CA . L CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? 
metalc ? metalc40 J OE2 GLU 108 J GLU 109 1_555 HA CA CA . L CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc41 J OG SER 187 J SER 188 1_555 DA FE7 CLF . J CLF 8498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? 
metalc ? metalc42 J OD1 ASP 352 J ASP 353 1_555 CA CA CA . J CA 9492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.852 ? 
metalc ? metalc43 J OD2 ASP 352 J ASP 353 1_555 CA CA CA . J CA 9492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc44 J OD1 ASP 356 J ASP 357 1_555 CA CA CA . J CA 9492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.196 ? 
metalc ? metalc45 J OD2 ASP 356 J ASP 357 1_555 CA CA CA . J CA 9492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc46 CA CA CA . J CA 9492 1_555 L O ARG 107 L ARG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc47 CA CA CA . J CA 9492 1_555 L OE2 GLU 108 L GLU 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
metalc ? metalc48 K SG CYS 61 K CYS 62 1_555 GA FE3 CLF . K CLF 9498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.98 ? 
metalc ? metalc49 K SG CYS 153 K CYS 154 1_555 GA FE2 CLF . K CLF 9498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? 
metalc ? metalc50 K SG CYS 274 K CYS 275 1_555 FA FE1 CFM . K CFM 9496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc51 GA FE7 CLF . K CLF 9498 1_555 L SG CYS 69 L CYS 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc52 GA FE8 CLF . K CLF 9498 1_555 L SG CYS 94 L CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.903 ? 
metalc ? metalc53 GA FE1 CLF . K CLF 9498 1_555 L SG CYS 94 L CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc54 GA FE7 CLF . K CLF 9498 1_555 L OG SER 187 L SER 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.749 ? 
metalc ? metalc55 L OD1 ASP 352 L ASP 353 1_555 HA CA CA . L CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? 
metalc ? metalc56 L OD2 ASP 352 L ASP 353 1_555 HA CA CA . L CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc57 L OD1 ASP 356 L ASP 357 1_555 HA CA CA . L CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.116 ? 
metalc ? metalc58 L OD2 ASP 356 L ASP 357 1_555 HA CA CA . L CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc59 M SG CYS 97 M CYS 97 1_555 IA FE3 SF4 . N SF4 2290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc60 M SG CYS 132 M CYS 132 1_555 IA FE2 SF4 . N SF4 2290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc61 N SG CYS 97 N CYS 97 1_555 IA FE1 SF4 . N SF4 2290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc62 N SG CYS 132 N CYS 132 1_555 IA FE4 SF4 . N SF4 2290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc63 O SG CYS 97 O CYS 97 1_555 JA FE3 SF4 . P SF4 3290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc64 O SG CYS 132 O CYS 132 1_555 JA FE2 SF4 . P SF4 3290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? 
metalc ? metalc65 P SG CYS 97 P CYS 97 1_555 JA FE1 SF4 . P SF4 3290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc66 P SG CYS 132 P CYS 132 1_555 JA FE4 SF4 . P SF4 3290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 359 n n 
FE1 S3 SF4 sing 360 n n 
FE1 S4 SF4 sing 361 n n 
FE2 S1 SF4 sing 362 n n 
FE2 S3 SF4 sing 363 n n 
FE2 S4 SF4 sing 364 n n 
FE3 S1 SF4 sing 365 n n 
FE3 S2 SF4 sing 366 n n 
FE3 S4 SF4 sing 367 n n 
FE4 S1 SF4 sing 368 n n 
FE4 S2 SF4 sing 369 n n 
FE4 S3 SF4 sing 370 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1M1Y 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008829 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004653 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00312 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 4 HCA A 1 6494 6494 HCA HCA . 
R 5 CFM A 1 6496 6496 CFM CFM . 
S 6 CLF A 1 6498 6498 CLF CLF . 
T 7 CA B 1 7492 7492 CA CA . 
U 4 HCA C 1 7494 7494 HCA HCA . 
V 5 CFM C 1 7496 7496 CFM CFM . 
W 7 CA D 1 6492 6492 CA CA . 
X 6 CLF D 1 7498 7498 CLF CLF . 
Y 8 SF4 E 1 290 290 SF4 FS4 . 
Z 8 SF4 G 1 1290 1290 SF4 FS4 . 
AA 4 HCA I 1 8494 8494 HCA HCA . 
BA 5 CFM I 1 8496 8496 CFM CFM . 
CA 7 CA J 1 9492 9492 CA CA . 
DA 6 CLF J 1 8498 8498 CLF CLF . 
EA 4 HCA K 1 9494 9494 HCA HCA . 
FA 5 CFM K 1 9496 9496 CFM CFM . 
GA 6 CLF K 1 9498 9498 CLF CLF . 
HA 7 CA L 1 8492 8492 CA CA . 
IA 8 SF4 N 1 2290 2290 SF4 FS4 . 
JA 8 SF4 P 1 3290 3290 SF4 FS4 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . JA 8 -25.09 143.415 87.923 1 20.04 ? FE1 SF4 3290 P 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . JA 8 -26.778 143.058 85.723 1 20.04 ? FE2 SF4 3290 P 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . JA 8 -24.62 141.312 86.045 1 20.04 ? FE3 SF4 3290 P 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . JA 8 -26.65 141.184 87.941 1 20.04 ? FE4 SF4 3290 P 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . JA 8 -26.717 140.827 85.762 1 20.04 ? S1 SF4 3290 P 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . JA 8 -24.492 141.266 88.265 1 20.04 ? S2 SF4 3290 P 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . JA 8 -27.299 143.339 87.842 1 20.04 ? S3 SF4 3290 P 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . JA 8 -24.685 143.541 85.674 1 20.04 ? S4 SF4 3290 P 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              22 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    48 
_model_server_stats.query_time_ms           312 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           8 
#