data_1M2D # _model_server_result.job_id bL6CCShxTjl9RD4TuG9ffQ _model_server_result.datetime_utc '2025-04-20 01:17:42' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1m2d # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":201}' # _entry.id 1M2D # _exptl.entry_id 1M2D _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 175.82 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 109.3 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1M2D _cell.length_a 67.3 _cell.length_b 59.8 _cell.length_c 46.8 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1M2D _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 9 A CYS 9 1_555 C FE1 FES . A FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 22 A CYS 22 1_555 C FE1 FES . A FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 55 A CYS 55 1_555 C FE2 FES . A FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc4 A OG SER 59 A SER 59 1_555 C FE2 FES . A FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 9 B CYS 9 1_555 D FE1 FES . B FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 22 B CYS 22 1_555 D FE1 FES . B FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 55 B CYS 55 1_555 D FE2 FES . B FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc8 B OG SER 59 B SER 59 1_555 D FE2 FES . B FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? # _chem_comp.formula 'Fe2 S2' _chem_comp.formula_weight 175.82 _chem_comp.id FES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S1 FES sing 83 n n FE1 S2 FES sing 84 n n FE2 S1 FES sing 85 n n FE2 S2 FES sing 86 n n # _atom_sites.entry_id 1M2D _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014859 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005203 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016722 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.02264 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 FES A 1 201 1 FES FES . D 2 FES B 1 201 1 FES FES . E 3 HOH A 1 202 1 HOH WAT . E 3 HOH A 2 203 2 HOH WAT . E 3 HOH A 3 204 3 HOH WAT . E 3 HOH A 4 205 4 HOH WAT . E 3 HOH A 5 206 5 HOH WAT . E 3 HOH A 6 207 6 HOH WAT . E 3 HOH A 7 208 7 HOH WAT . E 3 HOH A 8 209 8 HOH WAT . E 3 HOH A 9 210 9 HOH WAT . E 3 HOH A 10 211 10 HOH WAT . E 3 HOH A 11 212 11 HOH WAT . E 3 HOH A 12 213 12 HOH WAT . E 3 HOH A 13 214 15 HOH WAT . E 3 HOH A 14 215 16 HOH WAT . E 3 HOH A 15 216 17 HOH WAT . E 3 HOH A 16 217 18 HOH WAT . E 3 HOH A 17 218 19 HOH WAT . E 3 HOH A 18 219 20 HOH WAT . E 3 HOH A 19 220 21 HOH WAT . E 3 HOH A 20 221 22 HOH WAT . E 3 HOH A 21 222 23 HOH WAT . E 3 HOH A 22 223 24 HOH WAT . E 3 HOH A 23 224 25 HOH WAT . E 3 HOH A 24 225 26 HOH WAT . E 3 HOH A 25 226 27 HOH WAT . E 3 HOH A 26 227 28 HOH WAT . E 3 HOH A 27 228 29 HOH WAT . E 3 HOH A 28 229 30 HOH WAT . E 3 HOH A 29 230 31 HOH WAT . E 3 HOH A 30 231 32 HOH WAT . E 3 HOH A 31 232 33 HOH WAT . E 3 HOH A 32 233 34 HOH WAT . E 3 HOH A 33 234 35 HOH WAT . E 3 HOH A 34 235 36 HOH WAT . E 3 HOH A 35 236 37 HOH WAT . E 3 HOH A 36 237 38 HOH WAT . E 3 HOH A 37 238 39 HOH WAT . E 3 HOH A 38 239 40 HOH WAT . E 3 HOH A 39 240 41 HOH WAT . E 3 HOH A 40 241 42 HOH WAT . E 3 HOH A 41 242 43 HOH WAT . E 3 HOH A 42 243 44 HOH WAT . E 3 HOH A 43 244 45 HOH WAT . E 3 HOH A 44 245 46 HOH WAT . E 3 HOH A 45 246 47 HOH WAT . E 3 HOH A 46 247 48 HOH WAT . E 3 HOH A 47 248 49 HOH WAT . E 3 HOH A 48 249 50 HOH WAT . E 3 HOH A 49 250 51 HOH WAT . E 3 HOH A 50 251 52 HOH WAT . E 3 HOH A 51 252 53 HOH WAT . E 3 HOH A 52 253 54 HOH WAT . E 3 HOH A 53 254 55 HOH WAT . E 3 HOH A 54 255 56 HOH WAT . E 3 HOH A 55 256 57 HOH WAT . E 3 HOH A 56 257 58 HOH WAT . E 3 HOH A 57 258 59 HOH WAT . E 3 HOH A 58 259 60 HOH WAT . E 3 HOH A 59 260 61 HOH WAT . E 3 HOH A 60 261 62 HOH WAT . E 3 HOH A 61 262 63 HOH WAT . E 3 HOH A 62 263 64 HOH WAT . E 3 HOH A 63 264 65 HOH WAT . E 3 HOH A 64 265 66 HOH WAT . E 3 HOH A 65 266 67 HOH WAT . E 3 HOH A 66 267 68 HOH WAT . E 3 HOH A 67 268 69 HOH WAT . E 3 HOH A 68 269 70 HOH WAT . E 3 HOH A 69 270 71 HOH WAT . E 3 HOH A 70 271 72 HOH WAT . E 3 HOH A 71 272 73 HOH WAT . E 3 HOH A 72 273 74 HOH WAT . E 3 HOH A 73 274 75 HOH WAT . E 3 HOH A 74 275 76 HOH WAT . E 3 HOH A 75 276 77 HOH WAT . E 3 HOH A 76 277 78 HOH WAT . E 3 HOH A 77 278 79 HOH WAT . E 3 HOH A 78 279 80 HOH WAT . E 3 HOH A 79 280 81 HOH WAT . E 3 HOH A 80 281 82 HOH WAT . E 3 HOH A 81 282 83 HOH WAT . E 3 HOH A 82 283 84 HOH WAT . E 3 HOH A 83 284 85 HOH WAT . E 3 HOH A 84 285 86 HOH WAT . E 3 HOH A 85 286 87 HOH WAT . E 3 HOH A 86 287 88 HOH WAT . E 3 HOH A 87 288 89 HOH WAT . E 3 HOH A 88 289 90 HOH WAT . E 3 HOH A 89 290 91 HOH WAT . E 3 HOH A 90 291 92 HOH WAT . E 3 HOH A 91 292 93 HOH WAT . E 3 HOH A 92 293 94 HOH WAT . E 3 HOH A 93 294 95 HOH WAT . E 3 HOH A 94 295 96 HOH WAT . E 3 HOH A 95 296 161 HOH WAT . E 3 HOH A 96 297 176 HOH WAT . F 3 HOH B 1 202 13 HOH WAT . F 3 HOH B 2 203 14 HOH WAT . F 3 HOH B 3 204 97 HOH WAT . F 3 HOH B 4 205 98 HOH WAT . F 3 HOH B 5 206 99 HOH WAT . F 3 HOH B 6 207 100 HOH WAT . F 3 HOH B 7 208 101 HOH WAT . F 3 HOH B 8 209 102 HOH WAT . F 3 HOH B 9 210 103 HOH WAT . F 3 HOH B 10 211 104 HOH WAT . F 3 HOH B 11 212 105 HOH WAT . F 3 HOH B 12 213 106 HOH WAT . F 3 HOH B 13 214 107 HOH WAT . F 3 HOH B 14 215 108 HOH WAT . F 3 HOH B 15 216 109 HOH WAT . F 3 HOH B 16 217 110 HOH WAT . F 3 HOH B 17 218 111 HOH WAT . F 3 HOH B 18 219 112 HOH WAT . F 3 HOH B 19 220 113 HOH WAT . F 3 HOH B 20 221 114 HOH WAT . F 3 HOH B 21 222 115 HOH WAT . F 3 HOH B 22 223 116 HOH WAT . F 3 HOH B 23 224 117 HOH WAT . F 3 HOH B 24 225 118 HOH WAT . F 3 HOH B 25 226 119 HOH WAT . F 3 HOH B 26 227 120 HOH WAT . F 3 HOH B 27 228 121 HOH WAT . F 3 HOH B 28 229 122 HOH WAT . F 3 HOH B 29 230 123 HOH WAT . F 3 HOH B 30 231 124 HOH WAT . F 3 HOH B 31 232 125 HOH WAT . F 3 HOH B 32 233 126 HOH WAT . F 3 HOH B 33 234 127 HOH WAT . F 3 HOH B 34 235 128 HOH WAT . F 3 HOH B 35 236 129 HOH WAT . F 3 HOH B 36 237 130 HOH WAT . F 3 HOH B 37 238 131 HOH WAT . F 3 HOH B 38 239 132 HOH WAT . F 3 HOH B 39 240 133 HOH WAT . F 3 HOH B 40 241 134 HOH WAT . F 3 HOH B 41 242 135 HOH WAT . F 3 HOH B 42 243 136 HOH WAT . F 3 HOH B 43 244 137 HOH WAT . F 3 HOH B 44 245 138 HOH WAT . F 3 HOH B 45 246 139 HOH WAT . F 3 HOH B 46 247 140 HOH WAT . F 3 HOH B 47 248 141 HOH WAT . F 3 HOH B 48 249 142 HOH WAT . F 3 HOH B 49 250 143 HOH WAT . F 3 HOH B 50 251 144 HOH WAT . F 3 HOH B 51 252 145 HOH WAT . F 3 HOH B 52 253 146 HOH WAT . F 3 HOH B 53 254 147 HOH WAT . F 3 HOH B 54 255 148 HOH WAT . F 3 HOH B 55 256 149 HOH WAT . F 3 HOH B 56 257 150 HOH WAT . F 3 HOH B 57 258 151 HOH WAT . F 3 HOH B 58 259 152 HOH WAT . F 3 HOH B 59 260 153 HOH WAT . F 3 HOH B 60 261 154 HOH WAT . F 3 HOH B 61 262 155 HOH WAT . F 3 HOH B 62 263 156 HOH WAT . F 3 HOH B 63 264 157 HOH WAT . F 3 HOH B 64 265 158 HOH WAT . F 3 HOH B 65 266 159 HOH WAT . F 3 HOH B 66 267 160 HOH WAT . F 3 HOH B 67 268 162 HOH WAT . F 3 HOH B 68 269 163 HOH WAT . F 3 HOH B 69 270 164 HOH WAT . F 3 HOH B 70 271 165 HOH WAT . F 3 HOH B 71 272 166 HOH WAT . F 3 HOH B 72 273 167 HOH WAT . F 3 HOH B 73 274 168 HOH WAT . F 3 HOH B 74 275 169 HOH WAT . F 3 HOH B 75 276 170 HOH WAT . F 3 HOH B 76 277 171 HOH WAT . F 3 HOH B 77 278 172 HOH WAT . F 3 HOH B 78 279 173 HOH WAT . F 3 HOH B 79 280 174 HOH WAT . F 3 HOH B 80 281 175 HOH WAT . F 3 HOH B 81 282 177 HOH WAT . F 3 HOH B 82 283 178 HOH WAT . F 3 HOH B 83 284 179 HOH WAT . F 3 HOH B 84 285 180 HOH WAT . F 3 HOH B 85 286 181 HOH WAT . F 3 HOH B 86 287 182 HOH WAT . F 3 HOH B 87 288 183 HOH WAT . F 3 HOH B 88 289 184 HOH WAT . F 3 HOH B 89 290 185 HOH WAT . F 3 HOH B 90 291 186 HOH WAT . F 3 HOH B 91 292 187 HOH WAT . F 3 HOH B 92 293 188 HOH WAT . F 3 HOH B 93 294 189 HOH WAT . F 3 HOH B 94 295 190 HOH WAT . F 3 HOH B 95 296 191 HOH WAT . F 3 HOH B 96 297 192 HOH WAT . F 3 HOH B 97 298 193 HOH WAT . F 3 HOH B 98 299 194 HOH WAT . F 3 HOH B 99 300 195 HOH WAT . F 3 HOH B 100 301 196 HOH WAT . F 3 HOH B 101 302 197 HOH WAT . F 3 HOH B 102 303 198 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 FES . . . C 2 -5.204 16.672 33.828 1 8.99 ? FE1 FES 201 A 1 HETATM 2 FE FE2 FES . . . C 2 -6.117 16.8 31.293 1 9.75 ? FE2 FES 201 A 1 HETATM 3 S S1 FES . . . C 2 -5.701 18.5 32.677 1 10.18 ? S1 FES 201 A 1 HETATM 4 S S2 FES . . . C 2 -5.679 14.956 32.511 1 9.13 ? S2 FES 201 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 323 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 4 #