data_1M4D # _model_server_result.job_id MZFtEMHkITq116J9lop7bg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 10:13:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1m4d # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":602}' # _entry.id 1M4D # _exptl.entry_id 1M4D _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1M4D _cell.length_a 48.7 _cell.length_b 86.6 _cell.length_c 98.4 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1M4D _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id PAP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "3'-PHOSPHATE-ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B PAP doub 299 n n PB O2B PAP sing 300 n n PB O3B PAP sing 301 n n PB O3A PAP sing 302 n n O2B HOB2 PAP sing 303 n n O3B HOB3 PAP sing 304 n n PA O1A PAP doub 305 n n PA O2A PAP sing 306 n n PA O3A PAP sing 307 n n PA O5' PAP sing 308 n n O2A HOA2 PAP sing 309 n n O5' C5' PAP sing 310 n n C5' C4' PAP sing 311 n n C5' "H5'1" PAP sing 312 n n C5' "H5'2" PAP sing 313 n n C4' O4' PAP sing 314 n n C4' C3' PAP sing 315 n n C4' H4' PAP sing 316 n n O4' C1' PAP sing 317 n n C3' O3' PAP sing 318 n n C3' C2' PAP sing 319 n n C3' H3' PAP sing 320 n n O3' P PAP sing 321 n n P O1 PAP doub 322 n n P O2 PAP sing 323 n n P O3 PAP sing 324 n n O2 HO2 PAP sing 325 n n O3 HO3 PAP sing 326 n n C2' O2' PAP sing 327 n n C2' C1' PAP sing 328 n n C2' H2' PAP sing 329 n n O2' HO2' PAP sing 330 n n C1' N9 PAP sing 331 n n C1' H1' PAP sing 332 n n N9 C8 PAP sing 333 n y N9 C4 PAP sing 334 n y C8 N7 PAP doub 335 n y C8 H8 PAP sing 336 n n N7 C5 PAP sing 337 n y C5 C6 PAP sing 338 n y C5 C4 PAP doub 339 n y C6 N6 PAP sing 340 n n C6 N1 PAP doub 341 n y N6 HN61 PAP sing 342 n n N6 HN62 PAP sing 343 n n N1 C2 PAP sing 344 n y C2 N3 PAP doub 345 n y C2 H2 PAP sing 346 n n N3 C4 PAP sing 347 n y # _atom_sites.entry_id 1M4D _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.020534 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011547 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010163 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 TOY A 1 500 500 TOY TOB . D 3 COA A 1 600 600 COA COE . E 4 PAP A 1 602 600 PAP COF . F 2 TOY B 1 501 500 TOY TOB . G 3 COA B 1 601 600 COA COE . H 5 HOH A 1 603 2 HOH WAT . H 5 HOH A 2 604 3 HOH WAT . H 5 HOH A 3 605 7 HOH WAT . H 5 HOH A 4 606 10 HOH WAT . H 5 HOH A 5 607 11 HOH WAT . H 5 HOH A 6 608 12 HOH WAT . H 5 HOH A 7 609 13 HOH WAT . H 5 HOH A 8 610 15 HOH WAT . H 5 HOH A 9 611 16 HOH WAT . H 5 HOH A 10 612 20 HOH WAT . H 5 HOH A 11 613 24 HOH WAT . H 5 HOH A 12 614 26 HOH WAT . H 5 HOH A 13 615 29 HOH WAT . H 5 HOH A 14 616 30 HOH WAT . H 5 HOH A 15 617 33 HOH WAT . H 5 HOH A 16 618 35 HOH WAT . H 5 HOH A 17 619 36 HOH WAT . H 5 HOH A 18 620 37 HOH WAT . H 5 HOH A 19 621 39 HOH WAT . H 5 HOH A 20 622 41 HOH WAT . H 5 HOH A 21 623 44 HOH WAT . H 5 HOH A 22 624 45 HOH WAT . H 5 HOH A 23 625 48 HOH WAT . H 5 HOH A 24 626 49 HOH WAT . H 5 HOH A 25 627 50 HOH WAT . H 5 HOH A 26 628 52 HOH WAT . H 5 HOH A 27 629 53 HOH WAT . H 5 HOH A 28 630 58 HOH WAT . H 5 HOH A 29 631 60 HOH WAT . H 5 HOH A 30 632 61 HOH WAT . H 5 HOH A 31 633 64 HOH WAT . H 5 HOH A 32 634 65 HOH WAT . H 5 HOH A 33 635 67 HOH WAT . H 5 HOH A 34 636 68 HOH WAT . H 5 HOH A 35 637 71 HOH WAT . H 5 HOH A 36 638 75 HOH WAT . H 5 HOH A 37 639 76 HOH WAT . H 5 HOH A 38 640 78 HOH WAT . H 5 HOH A 39 641 79 HOH WAT . H 5 HOH A 40 642 80 HOH WAT . H 5 HOH A 41 643 81 HOH WAT . H 5 HOH A 42 644 82 HOH WAT . H 5 HOH A 43 645 83 HOH WAT . H 5 HOH A 44 646 86 HOH WAT . H 5 HOH A 45 647 90 HOH WAT . H 5 HOH A 46 648 91 HOH WAT . H 5 HOH A 47 649 92 HOH WAT . H 5 HOH A 48 650 93 HOH WAT . H 5 HOH A 49 651 95 HOH WAT . H 5 HOH A 50 652 99 HOH WAT . H 5 HOH A 51 653 100 HOH WAT . H 5 HOH A 52 654 101 HOH WAT . H 5 HOH A 53 655 102 HOH WAT . H 5 HOH A 54 656 105 HOH WAT . H 5 HOH A 55 657 107 HOH WAT . H 5 HOH A 56 658 108 HOH WAT . H 5 HOH A 57 659 110 HOH WAT . H 5 HOH A 58 660 111 HOH WAT . H 5 HOH A 59 661 112 HOH WAT . H 5 HOH A 60 662 114 HOH WAT . H 5 HOH A 61 663 115 HOH WAT . H 5 HOH A 62 664 116 HOH WAT . H 5 HOH A 63 665 118 HOH WAT . H 5 HOH A 64 666 122 HOH WAT . H 5 HOH A 65 667 123 HOH WAT . H 5 HOH A 66 668 124 HOH WAT . H 5 HOH A 67 669 125 HOH WAT . H 5 HOH A 68 670 128 HOH WAT . H 5 HOH A 69 671 129 HOH WAT . H 5 HOH A 70 672 130 HOH WAT . H 5 HOH A 71 673 132 HOH WAT . H 5 HOH A 72 674 133 HOH WAT . H 5 HOH A 73 675 134 HOH WAT . H 5 HOH A 74 676 135 HOH WAT . H 5 HOH A 75 677 136 HOH WAT . H 5 HOH A 76 678 138 HOH WAT . H 5 HOH A 77 679 140 HOH WAT . H 5 HOH A 78 680 141 HOH WAT . H 5 HOH A 79 681 142 HOH WAT . H 5 HOH A 80 682 143 HOH WAT . H 5 HOH A 81 683 144 HOH WAT . H 5 HOH A 82 684 145 HOH WAT . H 5 HOH A 83 685 149 HOH WAT . H 5 HOH A 84 686 150 HOH WAT . H 5 HOH A 85 687 152 HOH WAT . H 5 HOH A 86 688 154 HOH WAT . H 5 HOH A 87 689 156 HOH WAT . H 5 HOH A 88 690 159 HOH WAT . H 5 HOH A 89 691 162 HOH WAT . H 5 HOH A 90 692 163 HOH WAT . H 5 HOH A 91 693 164 HOH WAT . H 5 HOH A 92 694 165 HOH WAT . H 5 HOH A 93 695 168 HOH WAT . H 5 HOH A 94 696 169 HOH WAT . H 5 HOH A 95 697 170 HOH WAT . H 5 HOH A 96 698 171 HOH WAT . H 5 HOH A 97 699 173 HOH WAT . H 5 HOH A 98 700 175 HOH WAT . H 5 HOH A 99 701 176 HOH WAT . H 5 HOH A 100 702 177 HOH WAT . H 5 HOH A 101 703 179 HOH WAT . H 5 HOH A 102 704 181 HOH WAT . H 5 HOH A 103 705 183 HOH WAT . H 5 HOH A 104 706 184 HOH WAT . H 5 HOH A 105 707 186 HOH WAT . H 5 HOH A 106 708 187 HOH WAT . H 5 HOH A 107 709 188 HOH WAT . H 5 HOH A 108 710 189 HOH WAT . H 5 HOH A 109 711 191 HOH WAT . H 5 HOH A 110 712 193 HOH WAT . H 5 HOH A 111 713 194 HOH WAT . H 5 HOH A 112 714 197 HOH WAT . H 5 HOH A 113 715 198 HOH WAT . H 5 HOH A 114 716 199 HOH WAT . H 5 HOH A 115 717 200 HOH WAT . H 5 HOH A 116 718 201 HOH WAT . H 5 HOH A 117 719 203 HOH WAT . H 5 HOH A 118 720 207 HOH WAT . H 5 HOH A 119 721 208 HOH WAT . H 5 HOH A 120 722 209 HOH WAT . H 5 HOH A 121 723 211 HOH WAT . H 5 HOH A 122 724 213 HOH WAT . H 5 HOH A 123 725 214 HOH WAT . H 5 HOH A 124 726 216 HOH WAT . H 5 HOH A 125 727 217 HOH WAT . H 5 HOH A 126 728 218 HOH WAT . H 5 HOH A 127 729 220 HOH WAT . H 5 HOH A 128 730 225 HOH WAT . H 5 HOH A 129 731 226 HOH WAT . H 5 HOH A 130 732 227 HOH WAT . H 5 HOH A 131 733 228 HOH WAT . H 5 HOH A 132 734 231 HOH WAT . H 5 HOH A 133 735 232 HOH WAT . H 5 HOH A 134 736 233 HOH WAT . H 5 HOH A 135 737 234 HOH WAT . H 5 HOH A 136 738 236 HOH WAT . I 5 HOH B 1 602 1 HOH WAT . I 5 HOH B 2 603 4 HOH WAT . I 5 HOH B 3 604 5 HOH WAT . I 5 HOH B 4 605 6 HOH WAT . I 5 HOH B 5 606 8 HOH WAT . I 5 HOH B 6 607 9 HOH WAT . I 5 HOH B 7 608 14 HOH WAT . I 5 HOH B 8 609 17 HOH WAT . I 5 HOH B 9 610 18 HOH WAT . I 5 HOH B 10 611 19 HOH WAT . I 5 HOH B 11 612 21 HOH WAT . I 5 HOH B 12 613 22 HOH WAT . I 5 HOH B 13 614 23 HOH WAT . I 5 HOH B 14 615 25 HOH WAT . I 5 HOH B 15 616 27 HOH WAT . I 5 HOH B 16 617 28 HOH WAT . I 5 HOH B 17 618 31 HOH WAT . I 5 HOH B 18 619 32 HOH WAT . I 5 HOH B 19 620 34 HOH WAT . I 5 HOH B 20 621 38 HOH WAT . I 5 HOH B 21 622 40 HOH WAT . I 5 HOH B 22 623 42 HOH WAT . I 5 HOH B 23 624 43 HOH WAT . I 5 HOH B 24 625 46 HOH WAT . I 5 HOH B 25 626 47 HOH WAT . I 5 HOH B 26 627 51 HOH WAT . I 5 HOH B 27 628 54 HOH WAT . I 5 HOH B 28 629 55 HOH WAT . I 5 HOH B 29 630 56 HOH WAT . I 5 HOH B 30 631 57 HOH WAT . I 5 HOH B 31 632 59 HOH WAT . I 5 HOH B 32 633 62 HOH WAT . I 5 HOH B 33 634 63 HOH WAT . I 5 HOH B 34 635 66 HOH WAT . I 5 HOH B 35 636 69 HOH WAT . I 5 HOH B 36 637 70 HOH WAT . I 5 HOH B 37 638 72 HOH WAT . I 5 HOH B 38 639 73 HOH WAT . I 5 HOH B 39 640 74 HOH WAT . I 5 HOH B 40 641 77 HOH WAT . I 5 HOH B 41 642 84 HOH WAT . I 5 HOH B 42 643 85 HOH WAT . I 5 HOH B 43 644 87 HOH WAT . I 5 HOH B 44 645 88 HOH WAT . I 5 HOH B 45 646 89 HOH WAT . I 5 HOH B 46 647 94 HOH WAT . I 5 HOH B 47 648 96 HOH WAT . I 5 HOH B 48 649 97 HOH WAT . I 5 HOH B 49 650 98 HOH WAT . I 5 HOH B 50 651 103 HOH WAT . I 5 HOH B 51 652 104 HOH WAT . I 5 HOH B 52 653 106 HOH WAT . I 5 HOH B 53 654 109 HOH WAT . I 5 HOH B 54 655 113 HOH WAT . I 5 HOH B 55 656 117 HOH WAT . I 5 HOH B 56 657 119 HOH WAT . I 5 HOH B 57 658 120 HOH WAT . I 5 HOH B 58 659 121 HOH WAT . I 5 HOH B 59 660 126 HOH WAT . I 5 HOH B 60 661 127 HOH WAT . I 5 HOH B 61 662 131 HOH WAT . I 5 HOH B 62 663 137 HOH WAT . I 5 HOH B 63 664 139 HOH WAT . I 5 HOH B 64 665 146 HOH WAT . I 5 HOH B 65 666 147 HOH WAT . I 5 HOH B 66 667 148 HOH WAT . I 5 HOH B 67 668 151 HOH WAT . I 5 HOH B 68 669 153 HOH WAT . I 5 HOH B 69 670 155 HOH WAT . I 5 HOH B 70 671 157 HOH WAT . I 5 HOH B 71 672 158 HOH WAT . I 5 HOH B 72 673 160 HOH WAT . I 5 HOH B 73 674 161 HOH WAT . I 5 HOH B 74 675 166 HOH WAT . I 5 HOH B 75 676 167 HOH WAT . I 5 HOH B 76 677 172 HOH WAT . I 5 HOH B 77 678 174 HOH WAT . I 5 HOH B 78 679 178 HOH WAT . I 5 HOH B 79 680 180 HOH WAT . I 5 HOH B 80 681 182 HOH WAT . I 5 HOH B 81 682 185 HOH WAT . I 5 HOH B 82 683 190 HOH WAT . I 5 HOH B 83 684 192 HOH WAT . I 5 HOH B 84 685 195 HOH WAT . I 5 HOH B 85 686 196 HOH WAT . I 5 HOH B 86 687 202 HOH WAT . I 5 HOH B 87 688 204 HOH WAT . I 5 HOH B 88 689 205 HOH WAT . I 5 HOH B 89 690 206 HOH WAT . I 5 HOH B 90 691 210 HOH WAT . I 5 HOH B 91 692 212 HOH WAT . I 5 HOH B 92 693 215 HOH WAT . I 5 HOH B 93 694 219 HOH WAT . I 5 HOH B 94 695 221 HOH WAT . I 5 HOH B 95 696 222 HOH WAT . I 5 HOH B 96 697 223 HOH WAT . I 5 HOH B 97 698 224 HOH WAT . I 5 HOH B 98 699 229 HOH WAT . I 5 HOH B 99 700 230 HOH WAT . I 5 HOH B 100 701 235 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB PAP . . . E 4 16.279 65.123 7.116 1 63.87 ? PB PAP 602 A 1 HETATM 2 O O1B PAP . . . E 4 16.842 65.757 5.863 1 64.19 ? O1B PAP 602 A 1 HETATM 3 O O2B PAP . . . E 4 14.869 65.592 7.313 1 64.17 ? O2B PAP 602 A 1 HETATM 4 O O3B PAP . . . E 4 17.044 65.673 8.454 1 64.17 ? O3B PAP 602 A 1 HETATM 5 P PA PAP . . . E 4 16.405 62.426 8.199 1 57.01 ? PA PAP 602 A 1 HETATM 6 O O1A PAP . . . E 4 15.055 62.043 8.607 1 56.13 ? O1A PAP 602 A 1 HETATM 7 O O2A PAP . . . E 4 17.332 62.826 9.293 1 57.43 ? O2A PAP 602 A 1 HETATM 8 O O3A PAP . . . E 4 16.335 63.534 7.034 1 60.93 ? O3A PAP 602 A 1 HETATM 9 O O5' PAP . . . E 4 17.175 61.259 7.376 1 55.2 ? O5' PAP 602 A 1 HETATM 10 C C5' PAP . . . E 4 16.738 60.901 6.051 1 51.3 ? C5' PAP 602 A 1 HETATM 11 C C4' PAP . . . E 4 16.243 59.436 6.035 1 49.09 ? C4' PAP 602 A 1 HETATM 12 O O4' PAP . . . E 4 17.403 58.618 6.217 1 46.79 ? O4' PAP 602 A 1 HETATM 13 C C3' PAP . . . E 4 15.22 58.942 7.108 1 47.69 ? C3' PAP 602 A 1 HETATM 14 O O3' PAP . . . E 4 14.484 57.755 6.721 1 47.98 ? O3' PAP 602 A 1 HETATM 15 P P PAP . . . E 4 12.865 57.858 6.37 1 49.79 ? P PAP 602 A 1 HETATM 16 O O1 PAP . . . E 4 12.752 59.101 5.488 1 48.54 ? O1 PAP 602 A 1 HETATM 17 O O2 PAP . . . E 4 12.148 57.912 7.658 1 48.36 ? O2 PAP 602 A 1 HETATM 18 O O3 PAP . . . E 4 12.505 56.6 5.588 1 48.75 ? O3 PAP 602 A 1 HETATM 19 C C2' PAP . . . E 4 16.199 58.635 8.252 1 46.3 ? C2' PAP 602 A 1 HETATM 20 O O2' PAP . . . E 4 15.712 57.651 9.147 1 45.47 ? O2' PAP 602 A 1 HETATM 21 C C1' PAP . . . E 4 17.319 57.985 7.492 1 44.88 ? C1' PAP 602 A 1 HETATM 22 N N9 PAP . . . E 4 18.571 57.886 8.237 1 42.58 ? N9 PAP 602 A 1 HETATM 23 C C8 PAP . . . E 4 19.243 58.912 8.856 1 41.69 ? C8 PAP 602 A 1 HETATM 24 N N7 PAP . . . E 4 20.36 58.437 9.412 1 40.78 ? N7 PAP 602 A 1 HETATM 25 C C5 PAP . . . E 4 20.389 57.082 9.085 1 40.78 ? C5 PAP 602 A 1 HETATM 26 C C6 PAP . . . E 4 21.475 56.149 9.265 1 40.16 ? C6 PAP 602 A 1 HETATM 27 N N6 PAP . . . E 4 22.59 56.615 9.924 1 39.86 ? N6 PAP 602 A 1 HETATM 28 N N1 PAP . . . E 4 21.514 55.057 8.456 1 39.81 ? N1 PAP 602 A 1 HETATM 29 C C2 PAP . . . E 4 20.375 54.696 7.768 1 40.66 ? C2 PAP 602 A 1 HETATM 30 N N3 PAP . . . E 4 19.179 55.522 7.622 1 39.38 ? N3 PAP 602 A 1 HETATM 31 C C4 PAP . . . E 4 19.305 56.746 8.205 1 41.22 ? C4 PAP 602 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 325 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 31 #