data_1M63 # _model_server_result.job_id geIQExYpEOewUGu3liXERw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-02 21:17:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1m63 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":503}' # _entry.id 1M63 # _exptl.entry_id 1M63 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1M63 _cell.length_a 108.657 _cell.length_b 108.657 _cell.length_c 316.59 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1M63 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 92 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 K N N ? 7 L N N ? 7 M N N ? 7 N N N ? 7 Q N N ? 7 R N N ? 7 S N N ? 7 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 D C DAL 1 D DAL 1 1_555 D N MLE 2 D MLE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? covale ? covale2 D N DAL 1 D DAL 1 1_555 D C ALA 11 D ALA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale3 D C MLE 2 D MLE 2 1_555 D N MLE 3 D MLE 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? covale ? covale4 D C MLE 3 D MLE 3 1_555 D N MVA 4 D MVA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.361 ? covale ? covale5 D C MVA 4 D MVA 4 1_555 D N BMT 5 D BMT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? covale ? covale6 D C BMT 5 D BMT 5 1_555 D N ABA 6 D ABA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale7 D C ABA 6 D ABA 6 1_555 D N SAR 7 D SAR 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.352 ? covale ? covale8 D C SAR 7 D SAR 7 1_555 D N MLE 8 D MLE 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.364 ? covale ? covale9 D C MLE 8 D MLE 8 1_555 D N VAL 9 D VAL 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale10 D C VAL 9 D VAL 9 1_555 D N MLE 10 D MLE 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? covale ? covale11 D C MLE 10 D MLE 10 1_555 D N ALA 11 D ALA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale12 H C DAL 1 H DAL 1 1_555 H N MLE 2 H MLE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.358 ? covale ? covale13 H N DAL 1 H DAL 1 1_555 H C ALA 11 H ALA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale14 H C MLE 2 H MLE 2 1_555 H N MLE 3 H MLE 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? covale ? covale15 H C MLE 3 H MLE 3 1_555 H N MVA 4 H MVA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.368 ? covale ? covale16 H C MVA 4 H MVA 4 1_555 H N BMT 5 H BMT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.355 ? covale ? covale17 H C BMT 5 H BMT 5 1_555 H N ABA 6 H ABA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale18 H C ABA 6 H ABA 6 1_555 H N SAR 7 H SAR 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? covale ? covale19 H C SAR 7 H SAR 7 1_555 H N MLE 8 H MLE 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.364 ? covale ? covale20 H C MLE 8 H MLE 8 1_555 H N VAL 9 H VAL 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale21 H C VAL 9 H VAL 9 1_555 H N MLE 10 H MLE 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? covale ? covale22 H C MLE 10 H MLE 10 1_555 H N ALA 11 H ALA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 90 A ASP 90 1_555 J FE FE . A FE 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc2 A NE2 HIS 92 A HIS 92 1_555 J FE FE . A FE 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 118 A ASP 118 1_555 I ZN ZN . A ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 118 A ASP 118 1_555 J FE FE . A FE 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASN 150 A ASN 150 1_555 I ZN ZN . A ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc6 A NE2 HIS 199 A HIS 199 1_555 I ZN ZN . A ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc7 A ND1 HIS 281 A HIS 281 1_555 I ZN ZN . A ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc8 B OD1 ASP 30 B ASP 30 1_555 K CA CA . B CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc9 B OD1 ASP 32 B ASP 32 1_555 K CA CA . B CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc10 B OG SER 34 B SER 34 1_555 K CA CA . B CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc11 B O SER 36 B SER 36 1_555 K CA CA . B CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLU 41 B GLU 41 1_555 K CA CA . B CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? metalc ? metalc13 B OE2 GLU 41 B GLU 41 1_555 K CA CA . B CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.146 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 62 B ASP 62 1_555 L CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 64 B ASP 64 1_555 L CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASN 66 B ASN 66 1_555 L CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc17 B O GLU 68 B GLU 68 1_555 L CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 70 B ASP 70 1_555 L CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 73 B GLU 73 1_555 L CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc20 B OE1 GLU 73 B GLU 73 1_555 L CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 99 B ASP 99 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 101 B ASP 101 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc23 B OD1 ASP 103 B ASP 103 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc24 B O TYR 105 B TYR 105 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc25 B OE1 GLU 110 B GLU 110 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc26 B OE2 GLU 110 B GLU 110 1_555 M CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 140 B ASP 140 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 142 B ASP 142 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.944 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 142 B ASP 142 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASP 144 B ASP 144 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc31 B O ARG 146 B ARG 146 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc32 B OE2 GLU 151 B GLU 151 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? metalc ? metalc33 B OE1 GLU 151 B GLU 151 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc34 E OD1 ASP 90 E ASP 90 1_555 P FE FE . E FE 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc35 E NE2 HIS 92 E HIS 92 1_555 P FE FE . E FE 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? metalc ? metalc36 E OD2 ASP 118 E ASP 118 1_555 O ZN ZN . E ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc37 E OD2 ASP 118 E ASP 118 1_555 P FE FE . E FE 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc38 E OD1 ASN 150 E ASN 150 1_555 O ZN ZN . E ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc39 E NE2 HIS 199 E HIS 199 1_555 O ZN ZN . E ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc40 E ND1 HIS 281 E HIS 281 1_555 O ZN ZN . E ZN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc41 F OD1 ASP 30 F ASP 30 1_555 Q CA CA . F CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc42 F OD1 ASP 32 F ASP 32 1_555 Q CA CA . F CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc43 F OG SER 34 F SER 34 1_555 Q CA CA . F CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc44 F O SER 36 F SER 36 1_555 Q CA CA . F CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc45 F OE1 GLU 41 F GLU 41 1_555 Q CA CA . F CA 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc46 F OD1 ASP 62 F ASP 62 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc47 F OD1 ASP 64 F ASP 64 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc48 F OD1 ASN 66 F ASN 66 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc49 F O GLU 68 F GLU 68 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc50 F OD2 ASP 70 F ASP 70 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc51 F OE1 GLU 73 F GLU 73 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc52 F OE2 GLU 73 F GLU 73 1_555 R CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? metalc ? metalc53 F OD1 ASP 99 F ASP 99 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc54 F OD1 ASP 101 F ASP 101 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc55 F OD2 ASP 103 F ASP 103 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? metalc ? metalc56 F OD1 ASP 103 F ASP 103 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc57 F O TYR 105 F TYR 105 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc58 F OE1 GLU 110 F GLU 110 1_555 S CA CA . F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc59 F OD1 ASP 140 F ASP 140 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc60 F OD1 ASP 142 F ASP 142 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc61 F OD2 ASP 144 F ASP 144 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.101 ? metalc ? metalc62 F OD1 ASP 144 F ASP 144 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc63 F O ARG 146 F ARG 146 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc64 F OE2 GLU 151 F GLU 151 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.864 ? metalc ? metalc65 F OE1 GLU 151 F GLU 151 1_555 T CA CA . F CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1M63 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009203 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009203 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003159 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 ZN A 1 504 504 ZN ZN . J 6 FE A 1 505 505 FE FE . K 7 CA B 1 500 500 CA CA . L 7 CA B 1 501 501 CA CA . M 7 CA B 1 502 502 CA CA . N 7 CA B 1 503 503 CA CA . O 5 ZN E 1 504 504 ZN ZN . P 6 FE E 1 505 505 FE FE . Q 7 CA F 1 500 500 CA CA . R 7 CA F 1 501 501 CA CA . S 7 CA F 1 502 502 CA CA . T 7 CA F 1 503 503 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id T _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 40.472 _atom_site.Cartn_y 0.388 _atom_site.Cartn_z 4.942 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 99.05 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 503 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 33 _model_server_stats.query_time_ms 321 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #