data_1MC3
#
_model_server_result.job_id            7fSpVlPiahfOaIvRjlFbyw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 07:14:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1mc3 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":295}' 
#
_entry.id    1MC3 
#
_exptl.entry_id    1MC3 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1MC3 
_cell.length_a            144.338 
_cell.length_b            71.682 
_cell.length_c            59.413 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1MC3 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 144.338 0 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 F N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C HIS 3 A HIS 0 1_555 A N MSE 4 A MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale2 A C MSE 4 A MSE 1 1_555 A N LYS 5 A LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale3 A C PRO 35 A PRO 32 1_555 A N MSE 36 A MSE 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale4 A C MSE 36 A MSE 33 1_555 A N ILE 37 A ILE 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale5 A C LEU 44 A LEU 41 1_555 A N MSE 45 A MSE 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale6 A C MSE 45 A MSE 42 1_555 A N LEU 46 A LEU 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale7 A C VAL 140 A VAL 137 1_555 A N MSE 141 A MSE 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale8 A C MSE 141 A MSE 138 1_555 A N ASP 142 A ASP 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale9 A C GLN 205 A GLN 202 1_555 A N MSE 206 A MSE 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale10 A C MSE 206 A MSE 203 1_555 A N TYR 207 A TYR 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale11 B C HIS 3 B HIS 0 1_555 B N MSE 4 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale12 B C MSE 4 B MSE 1 1_555 B N LYS 5 B LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale13 B C PRO 35 B PRO 32 1_555 B N MSE 36 B MSE 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale14 B C MSE 36 B MSE 33 1_555 B N ILE 37 B ILE 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale15 B C LEU 44 B LEU 41 1_555 B N MSE 45 B MSE 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale16 B C MSE 45 B MSE 42 1_555 B N LEU 46 B LEU 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale17 B C VAL 140 B VAL 137 1_555 B N MSE 141 B MSE 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale18 B C MSE 141 B MSE 138 1_555 B N ASP 142 B ASP 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale19 B C GLN 205 B GLN 202 1_555 B N MSE 206 B MSE 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale20 B C MSE 206 B MSE 203 1_555 B N TYR 207 B TYR 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 111 A ASP 108 1_555 C MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 226 A ASP 223 1_555 C MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 226 A ASP 223 1_555 C MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc4 D O2A TTP . A TTP 294 1_555 C MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc5 B OD2 ASP 111 B ASP 108 1_555 E MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc6 B OD1 ASP 226 B ASP 223 1_555 E MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 226 B ASP 223 1_555 E MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc8 F O2A TTP . B TTP 295 1_555 E MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc9 E MG MG . B MG 302 1_555 H O HOH . B HOH 326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc10 E MG MG . B MG 302 1_555 H O HOH . B HOH 380 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 353 n n 
PA O2A TTP sing 354 n n 
PA O3A TTP sing 355 n n 
PA O5' TTP sing 356 n n 
O2A HOA2 TTP sing 357 n n 
O3A PB TTP sing 358 n n 
PB O1B TTP doub 359 n n 
PB O2B TTP sing 360 n n 
PB O3B TTP sing 361 n n 
O2B HOB2 TTP sing 362 n n 
O3B PG TTP sing 363 n n 
PG O1G TTP doub 364 n n 
PG O2G TTP sing 365 n n 
PG O3G TTP sing 366 n n 
O2G HOG2 TTP sing 367 n n 
O3G HOG3 TTP sing 368 n n 
O5' C5' TTP sing 369 n n 
C5' C4' TTP sing 370 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 371 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 372 n n 
C4' O4' TTP sing 373 n n 
C4' C3' TTP sing 374 n n 
C4' H4' TTP sing 375 n n 
O4' C1' TTP sing 376 n n 
C3' O3' TTP sing 377 n n 
C3' C2' TTP sing 378 n n 
C3' H3' TTP sing 379 n n 
O3' HO3' TTP sing 380 n n 
C2' C1' TTP sing 381 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 382 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 383 n n 
C1' N1 TTP sing 384 n n 
C1' H1' TTP sing 385 n n 
N1 C2 TTP sing 386 n n 
N1 C6 TTP sing 387 n n 
C2 O2 TTP doub 388 n n 
C2 N3 TTP sing 389 n n 
N3 C4 TTP sing 390 n n 
N3 HN3 TTP sing 391 n n 
C4 O4 TTP doub 392 n n 
C4 C5 TTP sing 393 n n 
C5 C5M TTP sing 394 n n 
C5 C6 TTP doub 395 n n 
C5M HM51 TTP sing 396 n n 
C5M HM52 TTP sing 397 n n 
C5M HM53 TTP sing 398 n n 
C6 H6 TTP sing 399 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1MC3 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006928 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013951 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.016831 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 MG A 1 301 301 MG MG . 
D 3 TTP A 1 294 294 TTP TTP . 
E 2 MG B 1 302 302 MG MG . 
F 3 TTP B 1 295 295 TTP TTP . 
G 4 HOH A 1 306 306 HOH HOH . 
G 4 HOH A 2 310 310 HOH HOH . 
G 4 HOH A 3 313 313 HOH HOH . 
G 4 HOH A 4 314 314 HOH HOH . 
G 4 HOH A 5 315 315 HOH HOH . 
G 4 HOH A 6 319 319 HOH HOH . 
G 4 HOH A 7 320 320 HOH HOH . 
G 4 HOH A 8 321 321 HOH HOH . 
G 4 HOH A 9 323 323 HOH HOH . 
G 4 HOH A 10 328 328 HOH HOH . 
G 4 HOH A 11 329 329 HOH HOH . 
G 4 HOH A 12 330 330 HOH HOH . 
G 4 HOH A 13 333 333 HOH HOH . 
G 4 HOH A 14 337 337 HOH HOH . 
G 4 HOH A 15 341 341 HOH HOH . 
G 4 HOH A 16 346 346 HOH HOH . 
G 4 HOH A 17 347 347 HOH HOH . 
G 4 HOH A 18 348 348 HOH HOH . 
G 4 HOH A 19 350 350 HOH HOH . 
G 4 HOH A 20 351 351 HOH HOH . 
G 4 HOH A 21 352 352 HOH HOH . 
G 4 HOH A 22 354 354 HOH HOH . 
G 4 HOH A 23 355 355 HOH HOH . 
G 4 HOH A 24 356 356 HOH HOH . 
G 4 HOH A 25 358 358 HOH HOH . 
G 4 HOH A 26 362 362 HOH HOH . 
G 4 HOH A 27 363 363 HOH HOH . 
G 4 HOH A 28 366 366 HOH HOH . 
G 4 HOH A 29 367 367 HOH HOH . 
G 4 HOH A 30 369 369 HOH HOH . 
G 4 HOH A 31 373 373 HOH HOH . 
G 4 HOH A 32 375 375 HOH HOH . 
G 4 HOH A 33 379 379 HOH HOH . 
G 4 HOH A 34 381 381 HOH HOH . 
G 4 HOH A 35 385 385 HOH HOH . 
G 4 HOH A 36 389 389 HOH HOH . 
G 4 HOH A 37 390 390 HOH HOH . 
G 4 HOH A 38 392 392 HOH HOH . 
G 4 HOH A 39 395 395 HOH HOH . 
G 4 HOH A 40 396 396 HOH HOH . 
G 4 HOH A 41 399 399 HOH HOH . 
G 4 HOH A 42 400 400 HOH HOH . 
G 4 HOH A 43 403 403 HOH HOH . 
G 4 HOH A 44 408 408 HOH HOH . 
G 4 HOH A 45 411 411 HOH HOH . 
G 4 HOH A 46 414 414 HOH HOH . 
G 4 HOH A 47 415 415 HOH HOH . 
G 4 HOH A 48 416 416 HOH HOH . 
G 4 HOH A 49 418 418 HOH HOH . 
G 4 HOH A 50 420 420 HOH HOH . 
G 4 HOH A 51 423 423 HOH HOH . 
G 4 HOH A 52 424 424 HOH HOH . 
G 4 HOH A 53 428 428 HOH HOH . 
G 4 HOH A 54 431 431 HOH HOH . 
G 4 HOH A 55 433 433 HOH HOH . 
G 4 HOH A 56 437 437 HOH HOH . 
G 4 HOH A 57 438 438 HOH HOH . 
G 4 HOH A 58 439 439 HOH HOH . 
G 4 HOH A 59 440 440 HOH HOH . 
G 4 HOH A 60 444 444 HOH HOH . 
G 4 HOH A 61 446 446 HOH HOH . 
G 4 HOH A 62 447 447 HOH HOH . 
G 4 HOH A 63 448 448 HOH HOH . 
G 4 HOH A 64 449 449 HOH HOH . 
G 4 HOH A 65 453 453 HOH HOH . 
G 4 HOH A 66 454 454 HOH HOH . 
G 4 HOH A 67 455 455 HOH HOH . 
G 4 HOH A 68 461 461 HOH HOH . 
G 4 HOH A 69 466 466 HOH HOH . 
G 4 HOH A 70 467 467 HOH HOH . 
H 4 HOH B 1 303 303 HOH HOH . 
H 4 HOH B 2 304 304 HOH HOH . 
H 4 HOH B 3 305 305 HOH HOH . 
H 4 HOH B 4 307 307 HOH HOH . 
H 4 HOH B 5 308 308 HOH HOH . 
H 4 HOH B 6 309 309 HOH HOH . 
H 4 HOH B 7 311 311 HOH HOH . 
H 4 HOH B 8 312 312 HOH HOH . 
H 4 HOH B 9 316 316 HOH HOH . 
H 4 HOH B 10 317 317 HOH HOH . 
H 4 HOH B 11 318 318 HOH HOH . 
H 4 HOH B 12 322 322 HOH HOH . 
H 4 HOH B 13 324 324 HOH HOH . 
H 4 HOH B 14 325 325 HOH HOH . 
H 4 HOH B 15 326 326 HOH HOH . 
H 4 HOH B 16 327 327 HOH HOH . 
H 4 HOH B 17 331 331 HOH HOH . 
H 4 HOH B 18 332 332 HOH HOH . 
H 4 HOH B 19 334 334 HOH HOH . 
H 4 HOH B 20 335 335 HOH HOH . 
H 4 HOH B 21 336 336 HOH HOH . 
H 4 HOH B 22 338 338 HOH HOH . 
H 4 HOH B 23 339 339 HOH HOH . 
H 4 HOH B 24 340 340 HOH HOH . 
H 4 HOH B 25 342 342 HOH HOH . 
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