data_1MKI
#
_model_server_result.job_id            4U17FPGBM2VqtxtuMcidPw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-06 00:52:28' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1mki 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":1305}' 
#
_entry.id    1MKI 
#
_exptl.entry_id    1MKI 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1MKI 
_cell.length_a            71.332 
_cell.length_b            181.482 
_cell.length_c            51.488 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1MKI 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I 1 1 
A,B,C,D,E,F,G,H,I 2 1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 71.332 0 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 G N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C ALA 3 A ALA 0 1_555 A N MSE 4 A MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale2 A C MSE 4 A MSE 1 1_555 A N LYS 5 A LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale3 A C THR 62 A THR 59 1_555 A N MSE 63 A MSE 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale4 A C MSE 63 A MSE 60 1_555 A N ILE 64 A ILE 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale5 A C THR 74 A THR 71 1_555 A N MSE 75 A MSE 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale6 A C MSE 75 A MSE 72 1_555 A N GLN 76 A GLN 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale7 A C GLN 76 A GLN 73 1_555 A N SEP 77 A SEP 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale8 A C SEP 77 A SEP 74 1_555 A N ILE 78 A ILE 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale9 A C CYS 88 A CYS 85 1_555 A N MSE 89 A MSE 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale10 A C MSE 89 A MSE 86 1_555 A N SER 90 A SER 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale11 A C PRO 126 A PRO 123 1_555 A N MSE 127 A MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale12 A C MSE 127 A MSE 124 1_555 A N ILE 128 A ILE 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale13 A C VAL 154 A VAL 151 1_555 A N MSE 155 A MSE 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale14 A C MSE 155 A MSE 152 1_555 A N GLU 156 A GLU 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale15 A C ALA 209 A ALA 206 1_555 A N MSE 210 A MSE 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale16 A C MSE 210 A MSE 207 1_555 A N GLU 211 A GLU 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale17 A C LEU 249 A LEU 246 1_555 A N MSE 250 A MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale18 A C MSE 250 A MSE 247 1_555 A N LEU 251 A LEU 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale19 A C GLY 254 A GLY 251 1_555 A N MSE 255 A MSE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale20 A C MSE 255 A MSE 252 1_555 A N TYR 256 A TYR 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale21 A C ILE 278 A ILE 275 1_555 A N MSE 279 A MSE 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale22 A C MSE 279 A MSE 276 1_555 A N ALA 280 A ALA 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale23 A C GLY 315 A GLY 312 1_555 A N MSE 316 A MSE 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale24 A C MSE 316 A MSE 313 1_555 A N LEU 317 A LEU 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale25 A C HIS 320 A HIS 317 1_555 A N MSE 321 A MSE 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale26 A C MSE 321 A MSE 318 1_555 A N ALA 322 A ALA 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale27 B C ALA 3 B ALA 0 1_555 B N MSE 4 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale28 B C MSE 4 B MSE 1 1_555 B N LYS 5 B LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale29 B C THR 62 B THR 59 1_555 B N MSE 63 B MSE 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale30 B C MSE 63 B MSE 60 1_555 B N ILE 64 B ILE 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale31 B C THR 74 B THR 71 1_555 B N MSE 75 B MSE 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale32 B C MSE 75 B MSE 72 1_555 B N GLN 76 B GLN 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale33 B C GLN 76 B GLN 73 1_555 B N SEP 77 B SEP 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale34 B C SEP 77 B SEP 74 1_555 B N ILE 78 B ILE 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale35 B C CYS 88 B CYS 85 1_555 B N MSE 89 B MSE 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale36 B C MSE 89 B MSE 86 1_555 B N SER 90 B SER 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale37 B C PRO 126 B PRO 123 1_555 B N MSE 127 B MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale38 B C MSE 127 B MSE 124 1_555 B N ILE 128 B ILE 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale39 B C VAL 154 B VAL 151 1_555 B N MSE 155 B MSE 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale40 B C MSE 155 B MSE 152 1_555 B N GLU 156 B GLU 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale41 B C ALA 209 B ALA 206 1_555 B N MSE 210 B MSE 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale42 B C MSE 210 B MSE 207 1_555 B N GLU 211 B GLU 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale43 B C LEU 249 B LEU 246 1_555 B N MSE 250 B MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale44 B C MSE 250 B MSE 247 1_555 B N LEU 251 B LEU 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale45 B C GLY 254 B GLY 251 1_555 B N MSE 255 B MSE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale46 B C MSE 255 B MSE 252 1_555 B N TYR 256 B TYR 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale47 B C ILE 278 B ILE 275 1_555 B N MSE 279 B MSE 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale48 B C MSE 279 B MSE 276 1_555 B N ALA 280 B ALA 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale49 B C GLY 315 B GLY 312 1_555 B N MSE 316 B MSE 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale50 B C MSE 316 B MSE 313 1_555 B N LEU 317 B LEU 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale51 B C HIS 320 B HIS 317 1_555 B N MSE 321 B MSE 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale52 B C MSE 321 B MSE 318 1_555 B N ALA 322 B ALA 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 83 n n 
C1 C2 EDO sing 84 n n 
C1 H11 EDO sing 85 n n 
C1 H12 EDO sing 86 n n 
O1 HO1 EDO sing 87 n n 
C2 O2 EDO sing 88 n n 
C2 H21 EDO sing 89 n n 
C2 H22 EDO sing 90 n n 
O2 HO2 EDO sing 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1MKI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014019 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00551 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.019422 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 EDO A 1 1302 302 EDO EDO . 
D 2 EDO A 1 1303 303 EDO EDO . 
E 2 EDO A 1 1305 305 EDO EDO . 
F 3 FMT A 1 1301 301 FMT FMT . 
G 2 EDO B 1 1304 304 EDO EDO . 
H 4 HOH A 1 1306 4 HOH TIP . 
H 4 HOH A 2 1307 5 HOH TIP . 
H 4 HOH A 3 1308 6 HOH TIP . 
H 4 HOH A 4 1309 7 HOH TIP . 
H 4 HOH A 5 1310 8 HOH TIP . 
H 4 HOH A 6 1311 10 HOH TIP . 
H 4 HOH A 7 1312 11 HOH TIP . 
H 4 HOH A 8 1313 12 HOH TIP . 
H 4 HOH A 9 1314 22 HOH TIP . 
H 4 HOH A 10 1315 23 HOH TIP . 
H 4 HOH A 11 1316 24 HOH TIP . 
H 4 HOH A 12 1317 25 HOH TIP . 
H 4 HOH A 13 1318 26 HOH TIP . 
H 4 HOH A 14 1319 27 HOH TIP . 
H 4 HOH A 15 1320 29 HOH TIP . 
H 4 HOH A 16 1321 30 HOH TIP . 
H 4 HOH A 17 1322 33 HOH TIP . 
H 4 HOH A 18 1323 34 HOH TIP . 
H 4 HOH A 19 1324 36 HOH TIP . 
H 4 HOH A 20 1325 38 HOH TIP . 
H 4 HOH A 21 1326 40 HOH TIP . 
H 4 HOH A 22 1327 41 HOH TIP . 
H 4 HOH A 23 1328 42 HOH TIP . 
H 4 HOH A 24 1329 43 HOH TIP . 
H 4 HOH A 25 1330 45 HOH TIP . 
H 4 HOH A 26 1331 46 HOH TIP . 
H 4 HOH A 27 1332 48 HOH TIP . 
H 4 HOH A 28 1333 53 HOH TIP . 
H 4 HOH A 29 1334 55 HOH TIP . 
H 4 HOH A 30 1335 59 HOH TIP . 
H 4 HOH A 31 1336 60 HOH TIP . 
H 4 HOH A 32 1337 63 HOH TIP . 
H 4 HOH A 33 1338 67 HOH TIP . 
H 4 HOH A 34 1339 68 HOH TIP . 
H 4 HOH A 35 1340 69 HOH TIP . 
H 4 HOH A 36 1341 70 HOH TIP . 
H 4 HOH A 37 1342 71 HOH TIP . 
H 4 HOH A 38 1343 72 HOH TIP . 
H 4 HOH A 39 1344 76 HOH TIP . 
H 4 HOH A 40 1345 81 HOH TIP . 
H 4 HOH A 41 1346 82 HOH TIP . 
H 4 HOH A 42 1347 86 HOH TIP . 
H 4 HOH A 43 1348 87 HOH TIP . 
H 4 HOH A 44 1349 94 HOH TIP . 
H 4 HOH A 45 1350 96 HOH TIP . 
H 4 HOH A 46 1351 97 HOH TIP . 
H 4 HOH A 47 1352 98 HOH TIP . 
H 4 HOH A 48 1353 101 HOH TIP . 
H 4 HOH A 49 1354 102 HOH TIP . 
H 4 HOH A 50 1355 104 HOH TIP . 
H 4 HOH A 51 1356 105 HOH TIP . 
H 4 HOH A 52 1357 107 HOH TIP . 
H 4 HOH A 53 1358 110 HOH TIP . 
H 4 HOH A 54 1359 114 HOH TIP . 
H 4 HOH A 55 1360 120 HOH TIP . 
H 4 HOH A 56 1361 121 HOH TIP . 
H 4 HOH A 57 1362 122 HOH TIP . 
H 4 HOH A 58 1363 123 HOH TIP . 
H 4 HOH A 59 1364 125 HOH TIP . 
H 4 HOH A 60 1365 126 HOH TIP . 
H 4 HOH A 61 1366 128 HOH TIP . 
H 4 HOH A 62 1367 129 HOH TIP . 
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