data_1MQ2 # _model_server_result.job_id gZnmyfrS5o_8qoy4DeL-bA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 02:18:02' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1mq2 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":341}' # _entry.id 1MQ2 # _exptl.entry_id 1MQ2 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 106.1 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1MQ2 _cell.length_a 55.2 _cell.length_b 81 _cell.length_c 55.6 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1MQ2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 F N N ? 6 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' DC 5 T DC 5 1_555 A P 8OG 6 T 8OG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? covale ? covale2 A O3' 8OG 6 T 8OG 6 1_555 A P DT 7 T DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.609 ? covale ? covale3 B O3' DG 9 P DG 9 1_555 B P 2DA 10 P 2DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? metalc ? metalc1 B OP1 DG 9 P DG 9 1_555 F NA NA . A NA 341 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc2 C OP1 DC 3 D DC 3 1_555 G NA NA . A NA 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc3 H O HOH . D HOH 346 1_555 G NA NA . A NA 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc4 D O LYS 60 A LYS 60 1_555 G NA NA . A NA 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc5 D O LEU 62 A LEU 62 1_555 G NA NA . A NA 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc6 D O VAL 65 A VAL 65 1_555 G NA NA . A NA 342 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc7 D O THR 101 A THR 101 1_555 F NA NA . A NA 341 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc8 D O VAL 103 A VAL 103 1_555 F NA NA . A NA 341 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc9 D O ILE 106 A ILE 106 1_555 F NA NA . A NA 341 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc10 F NA NA . A NA 341 1_555 I O HOH . A HOH 344 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc11 F NA NA . A NA 341 1_555 I O HOH . A HOH 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? metalc ? metalc12 G NA NA . A NA 342 1_555 I O HOH . A HOH 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DC 1 T DC 1 1_555 C N1 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 DC 1 T DC 1 1_555 C O6 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 DC 1 T DC 1 1_555 C N2 DG 5 D DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 DC 2 T DC 2 1_555 C N1 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 DC 2 T DC 2 1_555 C O6 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 DC 2 T DC 2 1_555 C N2 DG 4 D DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 DG 3 T DG 3 1_555 C N3 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N2 DG 3 T DG 3 1_555 C O2 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O6 DG 3 T DG 3 1_555 C N4 DC 3 D DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N1 DA 4 T DA 4 1_555 C N3 DT 2 D DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N6 DA 4 T DA 4 1_555 C O4 DT 2 D DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N3 DC 5 T DC 5 1_555 C N1 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N4 DC 5 T DC 5 1_555 C O6 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O2 DC 5 T DC 5 1_555 C N2 DG 1 D DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N3 DT 7 T DT 7 1_555 B N1 2DA 10 P 2DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O4 DT 7 T DT 7 1_555 B N6 2DA 10 P 2DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 DC 8 T DC 8 1_555 B N1 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N4 DC 8 T DC 8 1_555 B O6 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O2 DC 8 T DC 8 1_555 B N2 DG 9 P DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 DG 9 T DG 9 1_555 B N3 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N2 DG 9 T DG 9 1_555 B O2 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O6 DG 9 T DG 9 1_555 B N4 DC 8 P DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 DC 10 T DC 10 1_555 B N1 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N4 DC 10 T DC 10 1_555 B O6 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O2 DC 10 T DC 10 1_555 B N2 DG 7 P DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog26 A N1 DA 11 T DA 11 1_555 B N3 DT 6 P DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N3 DT 12 T DT 12 1_555 B N1 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A O4 DT 12 T DT 12 1_555 B N6 DA 5 P DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N3 DC 13 T DC 13 1_555 B N1 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N4 DC 13 T DC 13 1_555 B O6 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A O2 DC 13 T DC 13 1_555 B N2 DG 4 P DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N1 DA 14 T DA 14 1_555 B N3 DT 3 P DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N6 DA 14 T DA 14 1_555 B O4 DT 3 P DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N1 DG 15 T DG 15 1_555 B N3 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N2 DG 15 T DG 15 1_555 B O2 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A O6 DG 15 T DG 15 1_555 B N4 DC 2 P DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N3 DC 16 T DC 16 1_555 B N1 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N4 DC 16 T DC 16 1_555 B O6 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A O2 DC 16 T DC 16 1_555 B N2 DG 1 P DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1MQ2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.018116 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.005229 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012346 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01872 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 D5M T 1 338 338 D5M A . F 6 NA A 1 341 341 NA NA . G 6 NA A 1 342 342 NA NA . H 7 HOH D 1 346 346 HOH HOH . I 7 HOH A 1 344 344 HOH HOH . I 7 HOH A 2 345 345 HOH HOH . I 7 HOH A 3 347 347 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 19.701 _atom_site.Cartn_y 9.621 _atom_site.Cartn_z 22.253 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 22.62 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 341 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 247 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #