data_1N2C
#
_model_server_result.job_id            a9oIySG6IEnyLW0ELkSUvg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-05 04:00:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1n2c 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":291}' 
#
_entry.id    1N2C 
#
_exptl.entry_id    1N2C 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          10 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1N2C 
_cell.length_a            79 
_cell.length_b            299.7 
_cell.length_c            334.5 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1N2C 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      8 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 10 S N N 
? 10 W N N 
? 10 AA N N 
? 10 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 61 A CYS 62 1_555 L FE3 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 87 A CYS 88 1_555 L FE5 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 87 A CYS 88 1_555 L FE4 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 153 A CYS 154 1_555 L FE2 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 274 A CYS 275 1_555 J FE1 CFM . A CFM 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 69 B CYS 70 1_555 L FE7 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 94 B CYS 95 1_555 L FE8 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 94 B CYS 95 1_555 L FE1 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc9 B O ARG 107 B ARG 108 1_555 O CA CA . D CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc10 B OE2 GLU 108 B GLU 109 1_555 O CA CA . D CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 152 B CYS 153 1_555 L FE6 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc12 B OG SER 187 B SER 188 1_555 L FE6 CLF . B CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc13 B OD1 ASP 352 B ASP 353 1_555 K CA CA . B CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc14 B OD2 ASP 352 B ASP 353 1_555 K CA CA . B CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? 
metalc ? metalc15 B OD1 ASP 356 B ASP 357 1_555 K CA CA . B CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 356 B ASP 357 1_555 K CA CA . B CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc17 K CA CA . B CA 524 1_555 D O ARG 107 D ARG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc18 K CA CA . B CA 524 1_555 D OE2 GLU 108 D GLU 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 61 C CYS 62 1_555 P FE3 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 87 C CYS 88 1_555 P FE5 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 87 C CYS 88 1_555 P FE4 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 153 C CYS 154 1_555 P FE2 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 274 C CYS 275 1_555 N FE1 CFM . C CFM 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc24 D SG CYS 69 D CYS 70 1_555 P FE7 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc25 D SG CYS 94 D CYS 95 1_555 P FE1 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc26 D SG CYS 94 D CYS 95 1_555 P FE8 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc27 D SG CYS 152 D CYS 153 1_555 P FE6 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc28 D OG SER 187 D SER 188 1_555 P FE6 CLF . D CLF 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc29 D OD1 ASP 352 D ASP 353 1_555 O CA CA . D CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? 
metalc ? metalc30 D OD2 ASP 352 D ASP 353 1_555 O CA CA . D CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? 
metalc ? metalc31 D OD1 ASP 356 D ASP 357 1_555 O CA CA . D CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? 
metalc ? metalc32 D OD2 ASP 356 D ASP 357 1_555 O CA CA . D CA 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc33 E OG SER 16 E SER 16 1_555 Q MG MG . E MG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc34 E OD2 ASP 39 E ASP 39 1_555 Q MG MG . E MG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.929 ? 
metalc ? metalc35 E SG CYS 97 E CYS 97 1_555 V FE3 SF4 . F SF4 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc36 E SG CYS 132 E CYS 132 1_555 V FE2 SF4 . F SF4 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc37 F OG SER 16 F SER 16 1_555 T MG MG . F MG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc38 F OD2 ASP 39 F ASP 39 1_555 T MG MG . F MG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc39 F SG CYS 97 F CYS 97 1_555 V FE1 SF4 . F SF4 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc40 F SG CYS 132 F CYS 132 1_555 V FE4 SF4 . F SF4 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc41 G OG SER 16 G SER 16 1_555 X MG MG . G MG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc42 G OD2 ASP 39 G ASP 39 1_555 X MG MG . G MG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.92 ? 
metalc ? metalc43 G SG CYS 97 G CYS 97 1_555 Z FE3 SF4 . G SF4 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc44 G SG CYS 132 G CYS 132 1_555 Z FE2 SF4 . G SF4 290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc45 Z FE1 SF4 . G SF4 290 1_555 H SG CYS 97 H CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc46 Z FE4 SF4 . G SF4 290 1_555 H SG CYS 132 H CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc47 H OG SER 16 H SER 16 1_555 BA MG MG . H MG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc48 H OD2 ASP 39 H ASP 39 1_555 BA MG MG . H MG 292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.955 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1N2C 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012658 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.003337 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00299 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 4 HCA A 1 494 494 HCA HCA . 
J 5 CFM A 1 496 496 CFM CFM . 
K 6 CA B 1 524 499 CA CA . 
L 7 CLF B 1 525 498 CLF CLF . 
M 4 HCA C 1 494 494 HCA HCA . 
N 5 CFM C 1 496 496 CFM CFM . 
O 6 CA D 1 524 499 CA CA . 
P 7 CLF D 1 525 498 CLF CLF . 
Q 8 MG E 1 292 292 MG MG . 
R 9 ALF E 1 293 293 ALF ALF . 
S 10 ADP E 1 291 291 ADP ADP . 
T 8 MG F 1 292 292 MG MG . 
U 9 ALF F 1 293 293 ALF ALF . 
V 11 SF4 F 1 290 290 SF4 FS4 . 
W 10 ADP F 1 291 291 ADP ADP . 
X 8 MG G 1 292 292 MG MG . 
Y 9 ALF G 1 293 293 ALF ALF . 
Z 11 SF4 G 1 290 290 SF4 FS4 . 
AA 10 ADP G 1 291 291 ADP ADP . 
BA 8 MG H 1 292 292 MG MG . 
CA 9 ALF H 1 293 293 ALF ALF . 
DA 10 ADP H 1 291 291 ADP ADP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PB ADP . . . W 10 4.9 154.876 57.425 1 23.96 ? PB ADP 291 F 1 
HETATM 2 O O1B ADP . . . W 10 5.545 154.036 56.41 1 23.96 ? O1B ADP 291 F 1 
HETATM 3 O O2B ADP . . . W 10 5.51 154.756 58.728 1 23.96 ? O2B ADP 291 F 1 
HETATM 4 O O3B ADP . . . W 10 3.586 154.361 57.884 1 23.96 ? O3B ADP 291 F 1 
HETATM 5 P PA ADP . . . W 10 5.939 157.212 57.001 1 23.96 ? PA ADP 291 F 1 
HETATM 6 O O1A ADP . . . W 10 6.61 157.182 58.315 1 23.96 ? O1A ADP 291 F 1 
HETATM 7 O O2A ADP . . . W 10 6.926 156.833 55.968 1 23.96 ? O2A ADP 291 F 1 
HETATM 8 O O3A ADP . . . W 10 4.772 156.299 57.026 1 23.96 ? O3A ADP 291 F 1 
HETATM 9 O O5' ADP . . . W 10 5.453 158.728 56.813 1 23.96 ? O5' ADP 291 F 1 
HETATM 10 C C5' ADP . . . W 10 4.769 159.05 55.624 1 23.96 ? C5' ADP 291 F 1 
HETATM 11 C C4' ADP . . . W 10 4.561 160.543 55.283 1 23.96 ? C4' ADP 291 F 1 
HETATM 12 O O4' ADP . . . W 10 3.789 161.181 56.374 1 23.96 ? O4' ADP 291 F 1 
HETATM 13 C C3' ADP . . . W 10 5.908 161.313 55.164 1 23.96 ? C3' ADP 291 F 1 
HETATM 14 O O3' ADP . . . W 10 5.872 162.602 54.534 1 23.96 ? O3' ADP 291 F 1 
HETATM 15 C C2' ADP . . . W 10 5.92 161.678 56.643 1 23.96 ? C2' ADP 291 F 1 
HETATM 16 O O2' ADP . . . W 10 6.952 162.63 56.909 1 23.96 ? O2' ADP 291 F 1 
HETATM 17 C C1' ADP . . . W 10 4.557 162.32 56.805 1 23.96 ? C1' ADP 291 F 1 
HETATM 18 N N9 ADP . . . W 10 4.382 162.68 58.236 1 23.96 ? N9 ADP 291 F 1 
HETATM 19 C C8 ADP . . . W 10 4.453 161.837 59.325 1 23.96 ? C8 ADP 291 F 1 
HETATM 20 N N7 ADP . . . W 10 4.153 162.411 60.464 1 23.96 ? N7 ADP 291 F 1 
HETATM 21 C C5 ADP . . . W 10 3.866 163.733 60.121 1 23.96 ? C5 ADP 291 F 1 
HETATM 22 C C6 ADP . . . W 10 3.471 164.844 60.893 1 23.96 ? C6 ADP 291 F 1 
HETATM 23 N N6 ADP . . . W 10 3.249 164.78 62.206 1 23.96 ? N6 ADP 291 F 1 
HETATM 24 N N1 ADP . . . W 10 3.304 166.01 60.255 1 23.96 ? N1 ADP 291 F 1 
HETATM 25 C C2 ADP . . . W 10 3.487 166.05 58.953 1 23.96 ? C2 ADP 291 F 1 
HETATM 26 N N3 ADP . . . W 10 3.834 165.094 58.105 1 23.96 ? N3 ADP 291 F 1 
HETATM 27 C C4 ADP . . . W 10 4.015 163.922 58.767 1 23.96 ? C4 ADP 291 F 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    61 
_model_server_stats.query_time_ms           339 
_model_server_stats.encode_time_ms          14 
_model_server_stats.element_count           27 
#