data_1N3O # _model_server_result.job_id HwjrPu60wPX8jAlfuubqYA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-13 04:23:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1n3o # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":271}' # _entry.id 1N3O # _exptl.entry_id 1N3O _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1N3O _cell.length_a 56.76 _cell.length_b 83.55 _cell.length_c 122.93 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1N3O _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 128 A GLU 128 1_555 D MN MN . A MN 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 130 A ASP 130 1_555 D MN MN . A MN 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 130 A ASP 130 1_555 E CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 130 A ASP 130 1_555 E CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc5 A O PHE 132 A PHE 132 1_555 E CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASN 138 A ASN 138 1_555 E CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 141 A ASP 141 1_555 D MN MN . A MN 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 141 A ASP 141 1_555 E CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 146 A HIS 146 1_555 D MN MN . A MN 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc10 D MN MN . A MN 271 1_555 I O HOH . A HOH 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc11 D MN MN . A MN 271 1_555 I O HOH . A HOH 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc12 E CA CA . A CA 272 1_555 I O HOH . A HOH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc13 E CA CA . A CA 272 1_555 I O HOH . A HOH 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc14 B OE1 GLU 128 B GLU 128 1_555 G MN MN . B MN 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 130 B ASP 130 1_555 G MN MN . B MN 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 130 B ASP 130 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 130 B ASP 130 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc18 B O PHE 132 B PHE 132 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASN 138 B ASN 138 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 141 B ASP 141 1_555 G MN MN . B MN 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 141 B ASP 141 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc22 B NE2 HIS 146 B HIS 146 1_555 G MN MN . B MN 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc23 G MN MN . B MN 273 1_555 J O HOH . B HOH 1112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc24 G MN MN . B MN 273 1_555 J O HOH . B HOH 1113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc25 H CA CA . B CA 274 1_555 J O HOH . B HOH 1110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc26 H CA CA . B CA 274 1_555 J O HOH . B HOH 1111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1N3O _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.017618 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011969 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008135 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 GYP A 1 1001 1 GYP GLC . D 3 MN A 1 271 271 MN MNG . E 4 CA A 1 272 272 CA CAL . F 2 GYP B 1 1101 101 GYP GLC . G 3 MN B 1 273 273 MN MNG . H 4 CA B 1 274 274 CA CAL . I 5 HOH A 1 1002 1 HOH WAT . I 5 HOH A 2 1003 2 HOH WAT . I 5 HOH A 3 1004 3 HOH WAT . I 5 HOH A 4 1005 4 HOH WAT . I 5 HOH A 5 1006 5 HOH WAT . I 5 HOH A 6 1007 6 HOH WAT . I 5 HOH A 7 1008 7 HOH WAT . I 5 HOH A 8 1009 8 HOH WAT . I 5 HOH A 9 1010 9 HOH WAT . I 5 HOH A 10 1011 10 HOH WAT . I 5 HOH A 11 1012 11 HOH WAT . I 5 HOH A 12 1013 36 HOH WAT . I 5 HOH A 13 1014 38 HOH WAT . I 5 HOH A 14 1015 41 HOH WAT . I 5 HOH A 15 1016 45 HOH WAT . I 5 HOH A 16 1017 46 HOH WAT . I 5 HOH A 17 1018 52 HOH WAT . I 5 HOH A 18 1019 53 HOH WAT . I 5 HOH A 19 1020 54 HOH WAT . I 5 HOH A 20 1021 55 HOH WAT . I 5 HOH A 21 1022 59 HOH WAT . I 5 HOH A 22 1023 60 HOH WAT . I 5 HOH A 23 1024 61 HOH WAT . I 5 HOH A 24 1025 62 HOH WAT . I 5 HOH A 25 1026 64 HOH WAT . I 5 HOH A 26 1027 65 HOH WAT . I 5 HOH A 27 1028 66 HOH WAT . I 5 HOH A 28 1029 68 HOH WAT . I 5 HOH A 29 1030 71 HOH WAT . I 5 HOH A 30 1031 73 HOH WAT . I 5 HOH A 31 1032 77 HOH WAT . I 5 HOH A 32 1033 79 HOH WAT . I 5 HOH A 33 1034 82 HOH WAT . I 5 HOH A 34 1035 83 HOH WAT . I 5 HOH A 35 1036 84 HOH WAT . I 5 HOH A 36 1037 86 HOH WAT . I 5 HOH A 37 1038 87 HOH WAT . I 5 HOH A 38 1039 91 HOH WAT . I 5 HOH A 39 1040 96 HOH WAT . I 5 HOH A 40 1041 100 HOH WAT . I 5 HOH A 41 1042 101 HOH WAT . I 5 HOH A 42 1043 102 HOH WAT . I 5 HOH A 43 1044 103 HOH WAT . I 5 HOH A 44 1045 104 HOH WAT . I 5 HOH A 45 1046 105 HOH WAT . I 5 HOH A 46 1047 108 HOH WAT . I 5 HOH A 47 1048 109 HOH WAT . I 5 HOH A 48 1049 112 HOH WAT . I 5 HOH A 49 1050 113 HOH WAT . I 5 HOH A 50 1051 115 HOH WAT . I 5 HOH A 51 1052 116 HOH WAT . I 5 HOH A 52 1053 117 HOH WAT . I 5 HOH A 53 1054 118 HOH WAT . I 5 HOH A 54 1055 122 HOH WAT . I 5 HOH A 55 1056 123 HOH WAT . I 5 HOH A 56 1057 125 HOH WAT . I 5 HOH A 57 1058 126 HOH WAT . I 5 HOH A 58 1059 127 HOH WAT . I 5 HOH A 59 1060 129 HOH WAT . I 5 HOH A 60 1061 132 HOH WAT . I 5 HOH A 61 1062 133 HOH WAT . I 5 HOH A 62 1063 134 HOH WAT . I 5 HOH A 63 1064 135 HOH WAT . I 5 HOH A 64 1065 136 HOH WAT . I 5 HOH A 65 1066 138 HOH WAT . I 5 HOH A 66 1067 139 HOH WAT . I 5 HOH A 67 1068 140 HOH WAT . I 5 HOH A 68 1069 141 HOH WAT . I 5 HOH A 69 1070 142 HOH WAT . I 5 HOH A 70 1071 143 HOH WAT . I 5 HOH A 71 1072 144 HOH WAT . I 5 HOH A 72 1073 145 HOH WAT . I 5 HOH A 73 1074 146 HOH WAT . I 5 HOH A 74 1075 147 HOH WAT . I 5 HOH A 75 1076 148 HOH WAT . I 5 HOH A 76 1077 149 HOH WAT . I 5 HOH A 77 1078 150 HOH WAT . I 5 HOH A 78 1079 151 HOH WAT . I 5 HOH A 79 1080 152 HOH WAT . I 5 HOH A 80 1081 153 HOH WAT . I 5 HOH A 81 1082 154 HOH WAT . I 5 HOH A 82 1083 155 HOH WAT . I 5 HOH A 83 1084 156 HOH WAT . I 5 HOH A 84 1085 157 HOH WAT . I 5 HOH A 85 1086 158 HOH WAT . I 5 HOH A 86 1087 159 HOH WAT . I 5 HOH A 87 1088 160 HOH WAT . I 5 HOH A 88 1089 161 HOH WAT . I 5 HOH A 89 1090 162 HOH WAT . I 5 HOH A 90 1091 163 HOH WAT . I 5 HOH A 91 1092 164 HOH WAT . I 5 HOH A 92 1093 165 HOH WAT . I 5 HOH A 93 1094 166 HOH WAT . I 5 HOH A 94 1095 167 HOH WAT . I 5 HOH A 95 1096 168 HOH WAT . I 5 HOH A 96 1097 169 HOH WAT . I 5 HOH A 97 1098 171 HOH WAT . I 5 HOH A 98 1099 172 HOH WAT . J 5 HOH B 1 1102 12 HOH WAT . J 5 HOH B 2 1103 13 HOH WAT . J 5 HOH B 3 1104 14 HOH WAT . J 5 HOH B 4 1105 15 HOH WAT . J 5 HOH B 5 1106 16 HOH WAT . J 5 HOH B 6 1107 17 HOH WAT . J 5 HOH B 7 1108 18 HOH WAT . J 5 HOH B 8 1109 19 HOH WAT . J 5 HOH B 9 1110 20 HOH WAT . J 5 HOH B 10 1111 21 HOH WAT . J 5 HOH B 11 1112 22 HOH WAT . J 5 HOH B 12 1113 23 HOH WAT . J 5 HOH B 13 1114 24 HOH WAT . J 5 HOH B 14 1115 25 HOH WAT . J 5 HOH B 15 1116 26 HOH WAT . J 5 HOH B 16 1117 27 HOH WAT . J 5 HOH B 17 1118 28 HOH WAT . J 5 HOH B 18 1119 29 HOH WAT . J 5 HOH B 19 1120 30 HOH WAT . J 5 HOH B 20 1121 31 HOH WAT . J 5 HOH B 21 1122 32 HOH WAT . J 5 HOH B 22 1123 33 HOH WAT . J 5 HOH B 23 1124 34 HOH WAT . J 5 HOH B 24 1125 35 HOH WAT . J 5 HOH B 25 1126 37 HOH WAT . J 5 HOH B 26 1127 39 HOH WAT . J 5 HOH B 27 1128 40 HOH WAT . J 5 HOH B 28 1129 42 HOH WAT . J 5 HOH B 29 1130 43 HOH WAT . J 5 HOH B 30 1131 44 HOH WAT . J 5 HOH B 31 1132 47 HOH WAT . J 5 HOH B 32 1133 48 HOH WAT . J 5 HOH B 33 1134 49 HOH WAT . J 5 HOH B 34 1135 50 HOH WAT . J 5 HOH B 35 1136 51 HOH WAT . J 5 HOH B 36 1137 56 HOH WAT . J 5 HOH B 37 1138 57 HOH WAT . J 5 HOH B 38 1139 58 HOH WAT . J 5 HOH B 39 1140 63 HOH WAT . J 5 HOH B 40 1141 67 HOH WAT . J 5 HOH B 41 1142 69 HOH WAT . J 5 HOH B 42 1143 70 HOH WAT . J 5 HOH B 43 1144 72 HOH WAT . J 5 HOH B 44 1145 74 HOH WAT . J 5 HOH B 45 1146 75 HOH WAT . J 5 HOH B 46 1147 76 HOH WAT . J 5 HOH B 47 1148 78 HOH WAT . J 5 HOH B 48 1149 80 HOH WAT . J 5 HOH B 49 1150 81 HOH WAT . J 5 HOH B 50 1151 85 HOH WAT . J 5 HOH B 51 1152 88 HOH WAT . J 5 HOH B 52 1153 89 HOH WAT . J 5 HOH B 53 1154 90 HOH WAT . J 5 HOH B 54 1155 92 HOH WAT . J 5 HOH B 55 1156 93 HOH WAT . J 5 HOH B 56 1157 94 HOH WAT . J 5 HOH B 57 1158 95 HOH WAT . J 5 HOH B 58 1159 97 HOH WAT . J 5 HOH B 59 1160 98 HOH WAT . J 5 HOH B 60 1161 99 HOH WAT . J 5 HOH B 61 1162 106 HOH WAT . J 5 HOH B 62 1163 107 HOH WAT . J 5 HOH B 63 1164 110 HOH WAT . J 5 HOH B 64 1165 111 HOH WAT . J 5 HOH B 65 1166 114 HOH WAT . J 5 HOH B 66 1167 119 HOH WAT . J 5 HOH B 67 1168 120 HOH WAT . J 5 HOH B 68 1169 121 HOH WAT . J 5 HOH B 69 1170 124 HOH WAT . J 5 HOH B 70 1171 128 HOH WAT . J 5 HOH B 71 1172 130 HOH WAT . J 5 HOH B 72 1173 131 HOH WAT . J 5 HOH B 73 1174 137 HOH WAT . J 5 HOH B 74 1175 170 HOH WAT . J 5 HOH B 75 1176 173 HOH WAT . J 5 HOH B 76 1177 174 HOH WAT . J 5 HOH B 77 1178 175 HOH WAT . J 5 HOH B 78 1179 176 HOH WAT . J 5 HOH B 79 1180 177 HOH WAT . J 5 HOH B 80 1181 178 HOH WAT . J 5 HOH B 81 1182 179 HOH WAT . J 5 HOH B 82 1183 180 HOH WAT . J 5 HOH B 83 1184 181 HOH WAT . J 5 HOH B 84 1185 182 HOH WAT . J 5 HOH B 85 1186 183 HOH WAT . J 5 HOH B 86 1187 184 HOH WAT . J 5 HOH B 87 1188 185 HOH WAT . J 5 HOH B 88 1189 186 HOH WAT . J 5 HOH B 89 1190 187 HOH WAT . J 5 HOH B 90 1191 188 HOH WAT . J 5 HOH B 91 1192 189 HOH WAT . J 5 HOH B 92 1193 190 HOH WAT . J 5 HOH B 93 1194 191 HOH WAT . J 5 HOH B 94 1195 192 HOH WAT . J 5 HOH B 95 1196 193 HOH WAT . J 5 HOH B 96 1197 194 HOH WAT . J 5 HOH B 97 1198 195 HOH WAT . J 5 HOH B 98 1199 196 HOH WAT . J 5 HOH B 99 1200 197 HOH WAT . J 5 HOH B 100 1201 198 HOH WAT . J 5 HOH B 101 1202 199 HOH WAT . J 5 HOH B 102 1203 200 HOH WAT . J 5 HOH B 103 1204 201 HOH WAT . J 5 HOH B 104 1205 202 HOH WAT . J 5 HOH B 105 1206 203 HOH WAT . J 5 HOH B 106 1207 204 HOH WAT . J 5 HOH B 107 1208 205 HOH WAT . J 5 HOH B 108 1209 206 HOH WAT . J 5 HOH B 109 1210 207 HOH WAT . J 5 HOH B 110 1211 208 HOH WAT . J 5 HOH B 111 1212 209 HOH WAT . J 5 HOH B 112 1213 210 HOH WAT . J 5 HOH B 113 1214 211 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -1.205 _atom_site.Cartn_y 31.612 _atom_site.Cartn_z 32.469 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 17.81 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 271 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 260 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #