data_1N3P # _model_server_result.job_id F4CZNz9_MCOCpRW1omdavg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-13 06:28:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1n3p # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":272}' # _entry.id 1N3P # _exptl.entry_id 1N3P _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1N3P _cell.length_a 56.83 _cell.length_b 83.55 _cell.length_c 123.39 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1N3P _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 F N N ? 4 H N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 2 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 GLC _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 FRU _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n C GLC 1 C 1 GLC S 1 GLC 2 n C FRU 2 C 2 FRU S 2 FRU 2 n D GLC 1 D 1 GLC S 101 GLC 2 n D FRU 2 D 2 FRU S 102 FRU # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 C C1 GLC . C GLC 1 1_555 C O2 FRU . C FRU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? covale ? covale2 D C1 GLC . D GLC 1 1_555 D O2 FRU . D FRU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 128 A GLU 128 1_555 E MN MN . A MN 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 130 A ASP 130 1_555 E MN MN . A MN 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 130 A ASP 130 1_555 F CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 130 A ASP 130 1_555 F CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc5 A O PHE 132 A PHE 132 1_555 F CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASN 138 A ASN 138 1_555 F CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 141 A ASP 141 1_555 E MN MN . A MN 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 141 A ASP 141 1_555 F CA CA . A CA 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 146 A HIS 146 1_555 E MN MN . A MN 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc10 E MN MN . A MN 271 1_555 I O HOH . A HOH 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc11 E MN MN . A MN 271 1_555 I O HOH . A HOH 275 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc12 F CA CA . A CA 272 1_555 I O HOH . A HOH 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc13 F CA CA . A CA 272 1_555 I O HOH . A HOH 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc14 B OE1 GLU 128 B GLU 128 1_555 G MN MN . B MN 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 130 B ASP 130 1_555 G MN MN . B MN 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 130 B ASP 130 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc17 B OD1 ASP 130 B ASP 130 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc18 B O PHE 132 B PHE 132 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASN 138 B ASN 138 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 141 B ASP 141 1_555 G MN MN . B MN 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 141 B ASP 141 1_555 H CA CA . B CA 274 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc22 B NE2 HIS 146 B HIS 146 1_555 G MN MN . B MN 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc23 G MN MN . B MN 273 1_555 J O HOH . B HOH 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc24 G MN MN . B MN 273 1_555 J O HOH . B HOH 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc25 H CA CA . B CA 274 1_555 J O HOH . B HOH 275 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc26 H CA CA . B CA 274 1_555 J O HOH . B HOH 276 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1N3P _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.017596 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011969 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008104 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 MN A 1 271 271 MN MNG . F 4 CA A 1 272 272 CA CAL . G 3 MN B 1 273 273 MN MNG . H 4 CA B 1 274 274 CA CAL . I 5 HOH A 1 273 1 HOH WAT . I 5 HOH A 2 274 2 HOH WAT . I 5 HOH A 3 275 3 HOH WAT . I 5 HOH A 4 276 4 HOH WAT . I 5 HOH A 5 277 5 HOH WAT . I 5 HOH A 6 278 6 HOH WAT . I 5 HOH A 7 279 7 HOH WAT . I 5 HOH A 8 280 23 HOH WAT . I 5 HOH A 9 281 28 HOH WAT . I 5 HOH A 10 282 32 HOH WAT . I 5 HOH A 11 283 33 HOH WAT . I 5 HOH A 12 284 35 HOH WAT . I 5 HOH A 13 285 40 HOH WAT . I 5 HOH A 14 286 41 HOH WAT . I 5 HOH A 15 287 42 HOH WAT . I 5 HOH A 16 288 48 HOH WAT . I 5 HOH A 17 289 49 HOH WAT . I 5 HOH A 18 290 50 HOH WAT . I 5 HOH A 19 291 51 HOH WAT . I 5 HOH A 20 292 53 HOH WAT . I 5 HOH A 21 293 54 HOH WAT . I 5 HOH A 22 294 56 HOH WAT . I 5 HOH A 23 295 57 HOH WAT . I 5 HOH A 24 296 58 HOH WAT . I 5 HOH A 25 297 59 HOH WAT . I 5 HOH A 26 298 61 HOH WAT . I 5 HOH A 27 299 64 HOH WAT . I 5 HOH A 28 300 65 HOH WAT . I 5 HOH A 29 301 66 HOH WAT . I 5 HOH A 30 302 67 HOH WAT . I 5 HOH A 31 303 68 HOH WAT . I 5 HOH A 32 304 70 HOH WAT . I 5 HOH A 33 305 73 HOH WAT . I 5 HOH A 34 306 78 HOH WAT . I 5 HOH A 35 307 79 HOH WAT . I 5 HOH A 36 308 82 HOH WAT . I 5 HOH A 37 309 84 HOH WAT . I 5 HOH A 38 310 86 HOH WAT . I 5 HOH A 39 311 89 HOH WAT . I 5 HOH A 40 312 91 HOH WAT . I 5 HOH A 41 313 92 HOH WAT . I 5 HOH A 42 314 93 HOH WAT . I 5 HOH A 43 315 94 HOH WAT . I 5 HOH A 44 316 95 HOH WAT . I 5 HOH A 45 317 104 HOH WAT . I 5 HOH A 46 318 105 HOH WAT . I 5 HOH A 47 319 107 HOH WAT . I 5 HOH A 48 320 109 HOH WAT . I 5 HOH A 49 321 110 HOH WAT . I 5 HOH A 50 322 111 HOH WAT . I 5 HOH A 51 323 113 HOH WAT . I 5 HOH A 52 324 114 HOH WAT . I 5 HOH A 53 325 115 HOH WAT . I 5 HOH A 54 326 116 HOH WAT . I 5 HOH A 55 327 117 HOH WAT . I 5 HOH A 56 328 123 HOH WAT . I 5 HOH A 57 329 125 HOH WAT . I 5 HOH A 58 330 130 HOH WAT . I 5 HOH A 59 331 131 HOH WAT . I 5 HOH A 60 332 132 HOH WAT . I 5 HOH A 61 333 133 HOH WAT . I 5 HOH A 62 334 138 HOH WAT . I 5 HOH A 63 335 139 HOH WAT . I 5 HOH A 64 336 140 HOH WAT . I 5 HOH A 65 337 143 HOH WAT . I 5 HOH A 66 338 145 HOH WAT . I 5 HOH A 67 339 148 HOH WAT . I 5 HOH A 68 340 151 HOH WAT . I 5 HOH A 69 341 154 HOH WAT . I 5 HOH A 70 342 155 HOH WAT . I 5 HOH A 71 343 158 HOH WAT . I 5 HOH A 72 344 160 HOH WAT . I 5 HOH A 73 345 161 HOH WAT . I 5 HOH A 74 346 162 HOH WAT . I 5 HOH A 75 347 166 HOH WAT . I 5 HOH A 76 348 175 HOH WAT . I 5 HOH A 77 349 176 HOH WAT . I 5 HOH A 78 350 180 HOH WAT . I 5 HOH A 79 351 184 HOH WAT . I 5 HOH A 80 352 185 HOH WAT . I 5 HOH A 81 353 186 HOH WAT . I 5 HOH A 82 354 189 HOH WAT . I 5 HOH A 83 355 190 HOH WAT . I 5 HOH A 84 356 191 HOH WAT . I 5 HOH A 85 357 192 HOH WAT . I 5 HOH A 86 358 193 HOH WAT . I 5 HOH A 87 359 194 HOH WAT . J 5 HOH B 1 275 8 HOH WAT . J 5 HOH B 2 276 9 HOH WAT . J 5 HOH B 3 277 10 HOH WAT . J 5 HOH B 4 278 11 HOH WAT . J 5 HOH B 5 279 12 HOH WAT . J 5 HOH B 6 280 13 HOH WAT . J 5 HOH B 7 281 14 HOH WAT . J 5 HOH B 8 282 15 HOH WAT . J 5 HOH B 9 283 16 HOH WAT . J 5 HOH B 10 284 17 HOH WAT . J 5 HOH B 11 285 18 HOH WAT . J 5 HOH B 12 286 19 HOH WAT . J 5 HOH B 13 287 20 HOH WAT . J 5 HOH B 14 288 21 HOH WAT . J 5 HOH B 15 289 22 HOH WAT . J 5 HOH B 16 290 24 HOH WAT . J 5 HOH B 17 291 25 HOH WAT . J 5 HOH B 18 292 26 HOH WAT . J 5 HOH B 19 293 27 HOH WAT . J 5 HOH B 20 294 29 HOH WAT . J 5 HOH B 21 295 30 HOH WAT . J 5 HOH B 22 296 31 HOH WAT . J 5 HOH B 23 297 34 HOH WAT . J 5 HOH B 24 298 36 HOH WAT . J 5 HOH B 25 299 37 HOH WAT . J 5 HOH B 26 300 38 HOH WAT . J 5 HOH B 27 301 39 HOH WAT . J 5 HOH B 28 302 43 HOH WAT . J 5 HOH B 29 303 44 HOH WAT . J 5 HOH B 30 304 45 HOH WAT . J 5 HOH B 31 305 46 HOH WAT . J 5 HOH B 32 306 47 HOH WAT . J 5 HOH B 33 307 52 HOH WAT . J 5 HOH B 34 308 55 HOH WAT . J 5 HOH B 35 309 60 HOH WAT . J 5 HOH B 36 310 62 HOH WAT . J 5 HOH B 37 311 63 HOH WAT . J 5 HOH B 38 312 69 HOH WAT . J 5 HOH B 39 313 71 HOH WAT . J 5 HOH B 40 314 72 HOH WAT . J 5 HOH B 41 315 74 HOH WAT . J 5 HOH B 42 316 75 HOH WAT . J 5 HOH B 43 317 76 HOH WAT . J 5 HOH B 44 318 77 HOH WAT . J 5 HOH B 45 319 80 HOH WAT . J 5 HOH B 46 320 81 HOH WAT . J 5 HOH B 47 321 83 HOH WAT . J 5 HOH B 48 322 85 HOH WAT . J 5 HOH B 49 323 87 HOH WAT . J 5 HOH B 50 324 88 HOH WAT . J 5 HOH B 51 325 90 HOH WAT . J 5 HOH B 52 326 96 HOH WAT . J 5 HOH B 53 327 97 HOH WAT . J 5 HOH B 54 328 98 HOH WAT . J 5 HOH B 55 329 99 HOH WAT . J 5 HOH B 56 330 100 HOH WAT . J 5 HOH B 57 331 101 HOH WAT . J 5 HOH B 58 332 102 HOH WAT . J 5 HOH B 59 333 103 HOH WAT . J 5 HOH B 60 334 106 HOH WAT . J 5 HOH B 61 335 108 HOH WAT . J 5 HOH B 62 336 112 HOH WAT . J 5 HOH B 63 337 118 HOH WAT . J 5 HOH B 64 338 119 HOH WAT . J 5 HOH B 65 339 120 HOH WAT . J 5 HOH B 66 340 121 HOH WAT . J 5 HOH B 67 341 122 HOH WAT . J 5 HOH B 68 342 124 HOH WAT . J 5 HOH B 69 343 126 HOH WAT . J 5 HOH B 70 344 127 HOH WAT . J 5 HOH B 71 345 128 HOH WAT . J 5 HOH B 72 346 129 HOH WAT . J 5 HOH B 73 347 134 HOH WAT . J 5 HOH B 74 348 135 HOH WAT . J 5 HOH B 75 349 136 HOH WAT . J 5 HOH B 76 350 137 HOH WAT . J 5 HOH B 77 351 141 HOH WAT . J 5 HOH B 78 352 142 HOH WAT . J 5 HOH B 79 353 144 HOH WAT . J 5 HOH B 80 354 146 HOH WAT . J 5 HOH B 81 355 147 HOH WAT . J 5 HOH B 82 356 149 HOH WAT . J 5 HOH B 83 357 150 HOH WAT . J 5 HOH B 84 358 152 HOH WAT . J 5 HOH B 85 359 153 HOH WAT . J 5 HOH B 86 360 156 HOH WAT . J 5 HOH B 87 361 157 HOH WAT . J 5 HOH B 88 362 159 HOH WAT . J 5 HOH B 89 363 163 HOH WAT . J 5 HOH B 90 364 164 HOH WAT . J 5 HOH B 91 365 165 HOH WAT . J 5 HOH B 92 366 167 HOH WAT . J 5 HOH B 93 367 168 HOH WAT . J 5 HOH B 94 368 169 HOH WAT . J 5 HOH B 95 369 170 HOH WAT . J 5 HOH B 96 370 171 HOH WAT . J 5 HOH B 97 371 172 HOH WAT . J 5 HOH B 98 372 173 HOH WAT . J 5 HOH B 99 373 174 HOH WAT . J 5 HOH B 100 374 177 HOH WAT . J 5 HOH B 101 375 178 HOH WAT . J 5 HOH B 102 376 179 HOH WAT . J 5 HOH B 103 377 181 HOH WAT . J 5 HOH B 104 378 182 HOH WAT . J 5 HOH B 105 379 183 HOH WAT . J 5 HOH B 106 380 187 HOH WAT . J 5 HOH B 107 381 188 HOH WAT . J 5 HOH B 108 382 195 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 1.151 _atom_site.Cartn_y 34.392 _atom_site.Cartn_z 31.31 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 17.64 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 272 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 269 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #