data_1N50 # _model_server_result.job_id blfmVW8R1ZlU4xM-vZuAxA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 09:46:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1n50 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":602}' # _entry.id 1N50 # _exptl.entry_id 1N50 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 712.484 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'HEME D' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1N50 _cell.length_a 165.53 _cell.length_b 89.85 _cell.length_c 112.55 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1N50 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 47 A CYS 47 1_555 C CAB HEC . A HEC 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.803 ? covale ? covale2 A SG CYS 50 A CYS 50 1_555 C CAC HEC . A HEC 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.802 ? covale ? covale3 B SG CYS 47 B CYS 47 1_555 E CAB HEC . B HEC 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.785 ? covale ? covale4 B SG CYS 50 B CYS 50 1_555 E CAC HEC . B HEC 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.814 ? metalc ? metalc1 A NE2 HIS 51 A HIS 51 1_555 C FE HEC . A HEC 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc2 A SD MET 88 A MET 88 1_555 C FE HEC . A HEC 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc3 A NE2 HIS 182 A HIS 182 1_555 D FE DHE . A DHE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc4 B NE2 HIS 51 B HIS 51 1_555 E FE HEC . B HEC 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? metalc ? metalc5 B SD MET 88 B MET 88 1_555 E FE HEC . B HEC 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc6 B NE2 HIS 182 B HIS 182 1_555 F FE DHE . B DHE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? # _chem_comp.formula 'C34 H32 Fe N4 O10' _chem_comp.formula_weight 712.484 _chem_comp.id DHE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'HEME D' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE NA DHE sing 83 n n FE NB DHE sing 84 n n FE NC DHE sing 85 n n FE ND DHE sing 86 n n CHA C1A DHE doub 87 n n CHA C4D DHE sing 88 n n CHA HHA DHE sing 89 n n CHB C4A DHE doub 90 n n CHB C1B DHE sing 91 n n CHB HHB DHE sing 92 n n CHC C4B DHE doub 93 n n CHC C1C DHE sing 94 n n CHC HHC DHE sing 95 n n CHD C4C DHE doub 96 n n CHD C1D DHE sing 97 n n CHD HHD DHE sing 98 n n NA C1A DHE sing 99 n n NA C4A DHE sing 100 n n C1A C2A DHE sing 101 n n C2A C3A DHE doub 102 n n C2A CAA DHE sing 103 n n C3A C4A DHE sing 104 n n C3A CMA DHE sing 105 n n CMA HMA1 DHE sing 106 n n CMA HMA2 DHE sing 107 n n CMA HMA3 DHE sing 108 n n CAA CBA DHE sing 109 n n CAA HAA1 DHE sing 110 n n CAA HAA2 DHE sing 111 n n CBA CGA DHE sing 112 n n CBA HBA1 DHE sing 113 n n CBA HBA2 DHE sing 114 n n CGA O1A DHE doub 115 n n CGA O2A DHE sing 116 n n O2A H2A DHE sing 117 n n NB C1B DHE doub 118 n n NB C4B DHE sing 119 n n C1B C2B DHE sing 120 n n C2B OMB DHE doub 121 n n C2B C3B DHE sing 122 n n C3B CGB DHE sing 123 n n C3B CAB DHE sing 124 n n C3B C4B DHE sing 125 n n CGB HGB1 DHE sing 126 n n CGB HGB2 DHE sing 127 n n CGB HGB3 DHE sing 128 n n CAB CBB DHE sing 129 n n CAB HAB1 DHE sing 130 n n CAB HAB2 DHE sing 131 n n CBB O1B DHE doub 132 n n CBB O2B DHE sing 133 n n O2B H2B DHE sing 134 n n NC C1C DHE doub 135 n n NC C4C DHE sing 136 n n C1C C2C DHE sing 137 n n C2C OMC DHE doub 138 n n C2C C3C DHE sing 139 n n C3C CGC DHE sing 140 n n C3C CAC DHE sing 141 n n C3C C4C DHE sing 142 n n CGC HGC1 DHE sing 143 n n CGC HGC2 DHE sing 144 n n CGC HGC3 DHE sing 145 n n CAC CBC DHE sing 146 n n CAC HAC1 DHE sing 147 n n CAC HAC2 DHE sing 148 n n CBC O1C DHE doub 149 n n CBC O2C DHE sing 150 n n O2C H2C DHE sing 151 n n ND C1D DHE sing 152 n y ND C4D DHE sing 153 n y C1D C2D DHE doub 154 n y C2D C3D DHE sing 155 n y C2D CMD DHE sing 156 n n C3D C4D DHE doub 157 n y C3D CAD DHE sing 158 n n CMD HMD1 DHE sing 159 n n CMD HMD2 DHE sing 160 n n CMD HMD3 DHE sing 161 n n CAD CBD DHE sing 162 n n CAD HAD1 DHE sing 163 n n CAD HAD2 DHE sing 164 n n CBD CGD DHE sing 165 n n CBD HBD1 DHE sing 166 n n CBD HBD2 DHE sing 167 n n CGD O1D DHE doub 168 n n CGD O2D DHE sing 169 n n O2D H2D DHE sing 170 n n # _atom_sites.entry_id 1N50 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006041 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01113 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008885 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 HEC A 1 601 601 HEC HEC . D 3 DHE A 1 602 602 DHE DHE . E 2 HEC B 1 601 601 HEC HEC . F 3 DHE B 1 602 602 DHE DHE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE DHE . . . F 3 27.898 0.286 50.567 1 22.91 ? FE DHE 602 B 1 HETATM 2 C CHA DHE . . . F 3 24.612 0.168 49.981 1 22.91 ? CHA DHE 602 B 1 HETATM 3 C CHB DHE . . . F 3 28.428 2.372 47.908 1 22.91 ? CHB DHE 602 B 1 HETATM 4 C CHC DHE . . . F 3 31.042 0.996 51.664 1 22.91 ? CHC DHE 602 B 1 HETATM 5 C CHD DHE . . . F 3 27.774 -2.413 52.571 1 22.91 ? CHD DHE 602 B 1 HETATM 6 N NA DHE . . . F 3 26.701 1.107 49.127 1 22.91 ? NA DHE 602 B 1 HETATM 7 C C1A DHE . . . F 3 25.336 0.957 49.077 1 22.91 ? C1A DHE 602 B 1 HETATM 8 C C2A DHE . . . F 3 24.86 1.737 47.97 1 22.91 ? C2A DHE 602 B 1 HETATM 9 C C3A DHE . . . F 3 25.945 2.329 47.376 1 22.91 ? C3A DHE 602 B 1 HETATM 10 C C4A DHE . . . F 3 27.119 1.965 48.125 1 22.91 ? C4A DHE 602 B 1 HETATM 11 C CMA DHE . . . F 3 25.958 3.193 46.154 1 22.91 ? CMA DHE 602 B 1 HETATM 12 C CAA DHE . . . F 3 23.432 1.856 47.543 1 22.91 ? CAA DHE 602 B 1 HETATM 13 C CBA DHE . . . F 3 22.945 0.706 46.798 1 22.91 ? CBA DHE 602 B 1 HETATM 14 C CGA DHE . . . F 3 21.541 0.716 46.398 1 22.91 ? CGA DHE 602 B 1 HETATM 15 O O1A DHE . . . F 3 20.662 0.622 47.289 1 22.91 ? O1A DHE 602 B 1 HETATM 16 O O2A DHE . . . F 3 21.247 0.823 45.171 1 22.91 ? O2A DHE 602 B 1 HETATM 17 N NB DHE . . . F 3 29.513 1.503 49.922 1 22.91 ? NB DHE 602 B 1 HETATM 18 C C1B DHE . . . F 3 29.5 2.185 48.744 1 22.91 ? C1B DHE 602 B 1 HETATM 19 C C2B DHE . . . F 3 30.851 2.72 48.473 1 22.91 ? C2B DHE 602 B 1 HETATM 20 O OMB DHE . . . F 3 31.29 3.167 47.428 1 22.91 ? OMB DHE 602 B 1 HETATM 21 C C3B DHE . . . F 3 31.614 2.624 49.764 1 22.91 ? C3B DHE 602 B 1 HETATM 22 C CGB DHE . . . F 3 31.536 4.072 50.435 1 22.91 ? CGB DHE 602 B 1 HETATM 23 C CAB DHE . . . F 3 33.027 2.258 49.575 1 22.91 ? CAB DHE 602 B 1 HETATM 24 C CBB DHE . . . F 3 33.286 0.864 49.225 1 22.91 ? CBB DHE 602 B 1 HETATM 25 O O1B DHE . . . F 3 34.335 0.34 49.654 1 22.91 ? O1B DHE 602 B 1 HETATM 26 O O2B DHE . . . F 3 32.453 0.262 48.517 1 22.91 ? O2B DHE 602 B 1 HETATM 27 C C4B DHE . . . F 3 30.718 1.646 50.523 1 22.91 ? C4B DHE 602 B 1 HETATM 28 N NC DHE . . . F 3 29.207 -0.579 51.956 1 22.91 ? NC DHE 602 B 1 HETATM 29 C C1C DHE . . . F 3 30.425 -0.051 52.279 1 22.91 ? C1C DHE 602 B 1 HETATM 30 C C2C DHE . . . F 3 31.01 -0.81 53.387 1 22.91 ? C2C DHE 602 B 1 HETATM 31 O OMC DHE . . . F 3 32.009 -0.503 54.026 1 22.91 ? OMC DHE 602 B 1 HETATM 32 C C3C DHE . . . F 3 30.153 -2.061 53.565 1 22.91 ? C3C DHE 602 B 1 HETATM 33 C CGC DHE . . . F 3 29.655 -2.102 55.109 1 22.91 ? CGC DHE 602 B 1 HETATM 34 C CAC DHE . . . F 3 30.895 -3.307 53.26 1 22.91 ? CAC DHE 602 B 1 HETATM 35 C CBC DHE . . . F 3 31.435 -3.452 51.908 1 22.91 ? CBC DHE 602 B 1 HETATM 36 O O1C DHE . . . F 3 31.133 -4.49 51.268 1 22.91 ? O1C DHE 602 B 1 HETATM 37 O O2C DHE . . . F 3 32.193 -2.525 51.424 1 22.91 ? O2C DHE 602 B 1 HETATM 38 C C4C DHE . . . F 3 28.97 -1.708 52.662 1 22.91 ? C4C DHE 602 B 1 HETATM 39 N ND DHE . . . F 3 26.389 -0.847 51.312 1 22.91 ? ND DHE 602 B 1 HETATM 40 C C1D DHE . . . F 3 26.558 -1.942 52.118 1 22.91 ? C1D DHE 602 B 1 HETATM 41 C C2D DHE . . . F 3 25.266 -2.474 52.374 1 22.91 ? C2D DHE 602 B 1 HETATM 42 C C3D DHE . . . F 3 24.356 -1.709 51.682 1 22.91 ? C3D DHE 602 B 1 HETATM 43 C C4D DHE . . . F 3 25.085 -0.742 50.932 1 22.91 ? C4D DHE 602 B 1 HETATM 44 C CMD DHE . . . F 3 25.03 -3.652 53.248 1 22.91 ? CMD DHE 602 B 1 HETATM 45 C CAD DHE . . . F 3 22.892 -1.835 51.698 1 22.91 ? CAD DHE 602 B 1 HETATM 46 C CBD DHE . . . F 3 22.112 -2.043 52.73 1 22.91 ? CBD DHE 602 B 1 HETATM 47 C CGD DHE . . . F 3 20.611 -1.938 52.773 1 22.91 ? CGD DHE 602 B 1 HETATM 48 O O1D DHE . . . F 3 20.004 -2.22 53.838 1 22.91 ? O1D DHE 602 B 1 HETATM 49 O O2D DHE . . . F 3 19.993 -1.566 51.741 1 22.91 ? O2D DHE 602 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 300 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 49 #