data_1N5N # _model_server_result.job_id 8V9qW-BZWR-gTcibPEfALA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-29 09:52:39' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1n5n # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":301}' # _entry.id 1N5N # _exptl.entry_id 1N5N _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1N5N _cell.length_a 68.612 _cell.length_b 73.562 _cell.length_c 75.995 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1N5N _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,H 1 1 B,F,G,I 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 104 A CYS 92 1_555 C ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc2 A NE2 HIS 146 A HIS 134 1_555 C ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? metalc ? metalc3 A NE2 HIS 150 A HIS 138 1_555 C ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc4 C ZN ZN . A ZN 401 1_555 H O HOH . A HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 104 B CYS 92 1_555 F ZN ZN . B ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc6 B NE2 HIS 146 B HIS 134 1_555 F ZN ZN . B ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc7 B NE2 HIS 150 B HIS 138 1_555 F ZN ZN . B ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc8 F ZN ZN . B ZN 402 1_555 I O HOH . B HOH 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 129 n n C1 C2 GOL sing 130 n n C1 H11 GOL sing 131 n n C1 H12 GOL sing 132 n n O1 HO1 GOL sing 133 n n C2 O2 GOL sing 134 n n C2 C3 GOL sing 135 n n C2 H2 GOL sing 136 n n O2 HO2 GOL sing 137 n n C3 O3 GOL sing 138 n n C3 H31 GOL sing 139 n n C3 H32 GOL sing 140 n n O3 HO3 GOL sing 141 n n # _atom_sites.entry_id 1N5N _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014575 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013594 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.013159 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 ZN A 1 401 1 ZN ZN2 . D 3 GOL A 1 301 1 GOL DRG . E 3 GOL A 1 303 1 GOL DRG . F 2 ZN B 1 402 2 ZN ZN2 . G 3 GOL B 1 302 1 GOL DRG . H 4 HOH A 1 402 2 HOH WAT . H 4 HOH A 2 403 3 HOH WAT . H 4 HOH A 3 404 4 HOH WAT . H 4 HOH A 4 405 6 HOH WAT . H 4 HOH A 5 406 7 HOH WAT . H 4 HOH A 6 407 9 HOH WAT . H 4 HOH A 7 408 10 HOH WAT . H 4 HOH A 8 409 12 HOH WAT . H 4 HOH A 9 410 13 HOH WAT . H 4 HOH A 10 411 17 HOH WAT . H 4 HOH A 11 412 18 HOH WAT . H 4 HOH A 12 413 19 HOH WAT . H 4 HOH A 13 414 20 HOH WAT . H 4 HOH A 14 415 21 HOH WAT . H 4 HOH A 15 416 22 HOH WAT . H 4 HOH A 16 417 23 HOH WAT . H 4 HOH A 17 418 25 HOH WAT . H 4 HOH A 18 419 27 HOH WAT . H 4 HOH A 19 420 28 HOH WAT . H 4 HOH A 20 421 32 HOH WAT . H 4 HOH A 21 422 35 HOH WAT . H 4 HOH A 22 423 36 HOH WAT . H 4 HOH A 23 424 37 HOH WAT . H 4 HOH A 24 425 38 HOH WAT . H 4 HOH A 25 426 40 HOH WAT . H 4 HOH A 26 427 41 HOH WAT . H 4 HOH A 27 428 42 HOH WAT . H 4 HOH A 28 429 43 HOH WAT . H 4 HOH A 29 430 47 HOH WAT . H 4 HOH A 30 431 51 HOH WAT . H 4 HOH A 31 432 53 HOH WAT . H 4 HOH A 32 433 54 HOH WAT . H 4 HOH A 33 434 55 HOH WAT . H 4 HOH A 34 435 56 HOH WAT . H 4 HOH A 35 436 58 HOH WAT . H 4 HOH A 36 437 60 HOH WAT . H 4 HOH A 37 438 61 HOH WAT . H 4 HOH A 38 439 64 HOH WAT . H 4 HOH A 39 440 68 HOH WAT . H 4 HOH A 40 441 70 HOH WAT . H 4 HOH A 41 442 71 HOH WAT . H 4 HOH A 42 443 73 HOH WAT . H 4 HOH A 43 444 74 HOH WAT . H 4 HOH A 44 445 75 HOH WAT . H 4 HOH A 45 446 77 HOH WAT . H 4 HOH A 46 447 79 HOH WAT . H 4 HOH A 47 448 80 HOH WAT . H 4 HOH A 48 449 82 HOH WAT . H 4 HOH A 49 450 85 HOH WAT . H 4 HOH A 50 451 86 HOH WAT . H 4 HOH A 51 452 87 HOH WAT . H 4 HOH A 52 453 89 HOH WAT . H 4 HOH A 53 454 90 HOH WAT . H 4 HOH A 54 455 92 HOH WAT . H 4 HOH A 55 456 96 HOH WAT . H 4 HOH A 56 457 99 HOH WAT . H 4 HOH A 57 458 100 HOH WAT . H 4 HOH A 58 459 101 HOH WAT . H 4 HOH A 59 460 103 HOH WAT . H 4 HOH A 60 461 105 HOH WAT . H 4 HOH A 61 462 106 HOH WAT . H 4 HOH A 62 463 110 HOH WAT . H 4 HOH A 63 464 113 HOH WAT . H 4 HOH A 64 465 117 HOH WAT . H 4 HOH A 65 466 118 HOH WAT . H 4 HOH A 66 467 119 HOH WAT . H 4 HOH A 67 468 120 HOH WAT . H 4 HOH A 68 469 121 HOH WAT . H 4 HOH A 69 470 122 HOH WAT . H 4 HOH A 70 471 123 HOH WAT . H 4 HOH A 71 472 124 HOH WAT . H 4 HOH A 72 473 125 HOH WAT . H 4 HOH A 73 474 126 HOH WAT . H 4 HOH A 74 475 127 HOH WAT . H 4 HOH A 75 476 128 HOH WAT . H 4 HOH A 76 477 129 HOH WAT . H 4 HOH A 77 478 130 HOH WAT . H 4 HOH A 78 479 131 HOH WAT . H 4 HOH A 79 480 132 HOH WAT . H 4 HOH A 80 481 144 HOH WAT . H 4 HOH A 81 482 154 HOH WAT . H 4 HOH A 82 483 155 HOH WAT . H 4 HOH A 83 484 156 HOH WAT . H 4 HOH A 84 485 157 HOH WAT . H 4 HOH A 85 486 158 HOH WAT . H 4 HOH A 86 487 161 HOH WAT . H 4 HOH A 87 488 162 HOH WAT . H 4 HOH A 88 489 163 HOH WAT . H 4 HOH A 89 490 164 HOH WAT . H 4 HOH A 90 491 165 HOH WAT . H 4 HOH A 91 492 166 HOH WAT . H 4 HOH A 92 493 167 HOH WAT . H 4 HOH A 93 494 179 HOH WAT . H 4 HOH A 94 495 180 HOH WAT . H 4 HOH A 95 496 181 HOH WAT . H 4 HOH A 96 497 182 HOH WAT . H 4 HOH A 97 498 183 HOH WAT . H 4 HOH A 98 499 184 HOH WAT . H 4 HOH A 99 500 185 HOH WAT . H 4 HOH A 100 501 186 HOH WAT . H 4 HOH A 101 502 187 HOH WAT . H 4 HOH A 102 503 188 HOH WAT . H 4 HOH A 103 504 189 HOH WAT . H 4 HOH A 104 505 190 HOH WAT . H 4 HOH A 105 506 191 HOH WAT . H 4 HOH A 106 507 203 HOH WAT . H 4 HOH A 107 508 204 HOH WAT . H 4 HOH A 108 509 205 HOH WAT . H 4 HOH A 109 510 206 HOH WAT . H 4 HOH A 110 511 207 HOH WAT . H 4 HOH A 111 512 209 HOH WAT . H 4 HOH A 112 513 210 HOH WAT . H 4 HOH A 113 514 211 HOH WAT . H 4 HOH A 114 515 212 HOH WAT . H 4 HOH A 115 516 213 HOH WAT . H 4 HOH A 116 517 217 HOH WAT . H 4 HOH A 117 518 218 HOH WAT . H 4 HOH A 118 519 219 HOH WAT . H 4 HOH A 119 520 224 HOH WAT . H 4 HOH A 120 521 225 HOH WAT . H 4 HOH A 121 522 226 HOH WAT . H 4 HOH A 122 523 233 HOH WAT . H 4 HOH A 123 524 234 HOH WAT . H 4 HOH A 124 525 235 HOH WAT . H 4 HOH A 125 526 236 HOH WAT . H 4 HOH A 126 527 237 HOH WAT . H 4 HOH A 127 528 238 HOH WAT . H 4 HOH A 128 529 239 HOH WAT . H 4 HOH A 129 530 240 HOH WAT . H 4 HOH A 130 531 241 HOH WAT . H 4 HOH A 131 532 248 HOH WAT . H 4 HOH A 132 533 249 HOH WAT . H 4 HOH A 133 534 250 HOH WAT . H 4 HOH A 134 535 252 HOH WAT . H 4 HOH A 135 536 253 HOH WAT . H 4 HOH A 136 537 254 HOH WAT . H 4 HOH A 137 538 255 HOH WAT . H 4 HOH A 138 539 256 HOH WAT . H 4 HOH A 139 540 257 HOH WAT . H 4 HOH A 140 541 258 HOH WAT . I 4 HOH B 1 403 1 HOH WAT . I 4 HOH B 2 404 5 HOH WAT . I 4 HOH B 3 405 8 HOH WAT . I 4 HOH B 4 406 11 HOH WAT . I 4 HOH B 5 407 14 HOH WAT . I 4 HOH B 6 408 15 HOH WAT . I 4 HOH B 7 409 16 HOH WAT . I 4 HOH B 8 410 24 HOH WAT . I 4 HOH B 9 411 26 HOH WAT . I 4 HOH B 10 412 29 HOH WAT . I 4 HOH B 11 413 30 HOH WAT . I 4 HOH B 12 414 31 HOH WAT . I 4 HOH B 13 415 33 HOH WAT . I 4 HOH B 14 416 34 HOH WAT . I 4 HOH B 15 417 39 HOH WAT . I 4 HOH B 16 418 44 HOH WAT . I 4 HOH B 17 419 45 HOH WAT . I 4 HOH B 18 420 46 HOH WAT . I 4 HOH B 19 421 48 HOH WAT . I 4 HOH B 20 422 49 HOH WAT . I 4 HOH B 21 423 50 HOH WAT . I 4 HOH B 22 424 52 HOH WAT . I 4 HOH B 23 425 57 HOH WAT . I 4 HOH B 24 426 59 HOH WAT . I 4 HOH B 25 427 62 HOH WAT . I 4 HOH B 26 428 63 HOH WAT . I 4 HOH B 27 429 65 HOH WAT . I 4 HOH B 28 430 66 HOH WAT . I 4 HOH B 29 431 67 HOH WAT . I 4 HOH B 30 432 69 HOH WAT . I 4 HOH B 31 433 72 HOH WAT . I 4 HOH B 32 434 76 HOH WAT . I 4 HOH B 33 435 78 HOH WAT . I 4 HOH B 34 436 81 HOH WAT . I 4 HOH B 35 437 83 HOH WAT . I 4 HOH B 36 438 84 HOH WAT . I 4 HOH B 37 439 88 HOH WAT . I 4 HOH B 38 440 91 HOH WAT . I 4 HOH B 39 441 93 HOH WAT . I 4 HOH B 40 442 94 HOH WAT . I 4 HOH B 41 443 95 HOH WAT . I 4 HOH B 42 444 97 HOH WAT . I 4 HOH B 43 445 98 HOH WAT . I 4 HOH B 44 446 102 HOH WAT . I 4 HOH B 45 447 104 HOH WAT . I 4 HOH B 46 448 107 HOH WAT . I 4 HOH B 47 449 108 HOH WAT . I 4 HOH B 48 450 109 HOH WAT . I 4 HOH B 49 451 111 HOH WAT . I 4 HOH B 50 452 112 HOH WAT . I 4 HOH B 51 453 114 HOH WAT . I 4 HOH B 52 454 115 HOH WAT . I 4 HOH B 53 455 116 HOH WAT . I 4 HOH B 54 456 133 HOH WAT . I 4 HOH B 55 457 134 HOH WAT . I 4 HOH B 56 458 135 HOH WAT . I 4 HOH B 57 459 136 HOH WAT . I 4 HOH B 58 460 137 HOH WAT . I 4 HOH B 59 461 138 HOH WAT . I 4 HOH B 60 462 139 HOH WAT . I 4 HOH B 61 463 140 HOH WAT . I 4 HOH B 62 464 141 HOH WAT . I 4 HOH B 63 465 142 HOH WAT . I 4 HOH B 64 466 143 HOH WAT . I 4 HOH B 65 467 145 HOH WAT . I 4 HOH B 66 468 146 HOH WAT . I 4 HOH B 67 469 147 HOH WAT . I 4 HOH B 68 470 148 HOH WAT . I 4 HOH B 69 471 149 HOH WAT . I 4 HOH B 70 472 150 HOH WAT . I 4 HOH B 71 473 151 HOH WAT . I 4 HOH B 72 474 152 HOH WAT . I 4 HOH B 73 475 153 HOH WAT . I 4 HOH B 74 476 159 HOH WAT . I 4 HOH B 75 477 160 HOH WAT . I 4 HOH B 76 478 168 HOH WAT . I 4 HOH B 77 479 169 HOH WAT . I 4 HOH B 78 480 170 HOH WAT . I 4 HOH B 79 481 171 HOH WAT . I 4 HOH B 80 482 172 HOH WAT . I 4 HOH B 81 483 173 HOH WAT . I 4 HOH B 82 484 174 HOH WAT . I 4 HOH B 83 485 175 HOH WAT . I 4 HOH B 84 486 176 HOH WAT . I 4 HOH B 85 487 177 HOH WAT . I 4 HOH B 86 488 178 HOH WAT . I 4 HOH B 87 489 192 HOH WAT . I 4 HOH B 88 490 193 HOH WAT . I 4 HOH B 89 491 194 HOH WAT . I 4 HOH B 90 492 195 HOH WAT . I 4 HOH B 91 493 196 HOH WAT . I 4 HOH B 92 494 197 HOH WAT . I 4 HOH B 93 495 198 HOH WAT . I 4 HOH B 94 496 199 HOH WAT . I 4 HOH B 95 497 200 HOH WAT . I 4 HOH B 96 498 201 HOH WAT . I 4 HOH B 97 499 202 HOH WAT . I 4 HOH B 98 500 208 HOH WAT . I 4 HOH B 99 501 214 HOH WAT . I 4 HOH B 100 502 215 HOH WAT . I 4 HOH B 101 503 216 HOH WAT . I 4 HOH B 102 504 220 HOH WAT . I 4 HOH B 103 505 221 HOH WAT . I 4 HOH B 104 506 222 HOH WAT . I 4 HOH B 105 507 223 HOH WAT . I 4 HOH B 106 508 227 HOH WAT . I 4 HOH B 107 509 228 HOH WAT . I 4 HOH B 108 510 229 HOH WAT . I 4 HOH B 109 511 230 HOH WAT . I 4 HOH B 110 512 231 HOH WAT . I 4 HOH B 111 513 232 HOH WAT . I 4 HOH B 112 514 242 HOH WAT . I 4 HOH B 113 515 243 HOH WAT . I 4 HOH B 114 516 244 HOH WAT . I 4 HOH B 115 517 245 HOH WAT . I 4 HOH B 116 518 246 HOH WAT . I 4 HOH B 117 519 247 HOH WAT . I 4 HOH B 118 520 251 HOH WAT . I 4 HOH B 119 521 259 HOH WAT . I 4 HOH B 120 522 260 HOH WAT . I 4 HOH B 121 523 261 HOH WAT . I 4 HOH B 122 524 262 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . D 3 57.499 48.618 33.249 1 47.7 ? C1 GOL 301 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . D 3 58.018 48.217 34.233 1 29.29 ? O1 GOL 301 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . D 3 56.053 48.427 33.322 1 42.07 ? C2 GOL 301 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . D 3 55.156 47.937 34.443 1 33.56 ? O2 GOL 301 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . D 3 55.506 48.843 32.442 1 51.19 ? C3 GOL 301 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . D 3 54.24 48.563 32.558 1 50.2 ? O3 GOL 301 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 313 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 6 #