data_1NHE
#
_model_server_result.job_id            I2HOo2oe4tQJdycLx_x2pA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 16:50:03' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1nhe 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":810}' 
#
_entry.id    1NHE 
#
_exptl.entry_id    1NHE 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              404.161 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          103.92 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1NHE 
_cell.length_a            55.171 
_cell.length_b            99.013 
_cell.length_c            102.382 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1NHE 
_symmetry.cell_setting             monoclinic 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,K,L 1 1 
C,D,H,I,J,M,N 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 6 A CYS 6 1_555 A SG CYS 120 A CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 28 A CYS 28 1_555 A SG CYS 111 A CYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 61 A CYS 61 1_555 A SG CYS 77 A CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 73 A CYS 73 1_555 A SG CYS 91 A CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 18 B CYS 134 1_555 B SG CYS 60 B CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 131 B CYS 247 1_555 B SG CYS 150 B CYS 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf7 C SG CYS 6 C CYS 6 1_555 C SG CYS 120 C CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf8 C SG CYS 28 C CYS 28 1_555 C SG CYS 111 C CYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf9 C SG CYS 61 C CYS 61 1_555 C SG CYS 77 C CYS 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf10 C SG CYS 73 C CYS 73 1_555 C SG CYS 91 C CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf11 D SG CYS 18 D CYS 134 1_555 D SG CYS 60 D CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf12 D SG CYS 131 D CYS 247 1_555 D SG CYS 150 D CYS 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
covale ? covale1 B C PRO 28 B PRO 144 1_555 B N MSE 29 B MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale2 B C MSE 29 B MSE 145 1_555 B N LEU 30 B LEU 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale3 B C PRO 57 B PRO 173 1_555 B N MSE 58 B MSE 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale4 B C MSE 58 B MSE 174 1_555 B N ASP 59 B ASP 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale5 B C SER 108 B SER 224 1_555 B N MSE 109 B MSE 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale6 B C MSE 109 B MSE 225 1_555 B N PHE 110 B PHE 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale7 B C PRO 141 B PRO 257 1_555 B N MSE 142 B MSE 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale8 B C MSE 142 B MSE 258 1_555 B N ASN 143 B ASN 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale9 B C ALA 160 B ALA 276 1_555 B N MSE 161 B MSE 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale10 B C MSE 161 B MSE 277 1_555 B N ASP 162 B ASP 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale11 B C GLY 213 B GLY 329 1_555 B N MSE 214 B MSE 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale12 B C MSE 214 B MSE 330 1_555 B N SER 215 B SER 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale13 B C ARG 227 B ARG 343 1_555 B N MSE 228 B MSE 344 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale14 B C MSE 228 B MSE 344 1_555 B N ILE 229 B ILE 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale15 B C THR 253 B THR 369 1_555 B N MSE 254 B MSE 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale16 B C MSE 254 B MSE 370 1_555 B N LEU 255 B LEU 371 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale17 B C TYR 264 B TYR 380 1_555 B N MSE 265 B MSE 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale18 B C MSE 265 B MSE 381 1_555 B N VAL 266 B VAL 382 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale19 D C PRO 28 D PRO 144 1_555 D N MSE 29 D MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale20 D C MSE 29 D MSE 145 1_555 D N LEU 30 D LEU 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale21 D C PRO 57 D PRO 173 1_555 D N MSE 58 D MSE 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale22 D C MSE 58 D MSE 174 1_555 D N ASP 59 D ASP 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale23 D C SER 108 D SER 224 1_555 D N MSE 109 D MSE 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale24 D C MSE 109 D MSE 225 1_555 D N PHE 110 D PHE 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale25 D C PRO 141 D PRO 257 1_555 D N MSE 142 D MSE 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale26 D C MSE 142 D MSE 258 1_555 D N ASN 143 D ASN 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale27 D C ALA 160 D ALA 276 1_555 D N MSE 161 D MSE 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale28 D C MSE 161 D MSE 277 1_555 D N ASP 162 D ASP 278 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale29 D C GLY 213 D GLY 329 1_555 D N MSE 214 D MSE 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale30 D C MSE 214 D MSE 330 1_555 D N SER 215 D SER 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale31 D C ARG 227 D ARG 343 1_555 D N MSE 228 D MSE 344 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale32 D C MSE 228 D MSE 344 1_555 D N ILE 229 D ILE 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale33 D C THR 253 D THR 369 1_555 D N MSE 254 D MSE 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale34 D C MSE 254 D MSE 370 1_555 D N LEU 255 D LEU 371 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale35 D C TYR 264 D TYR 380 1_555 D N MSE 265 D MSE 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale36 D C MSE 265 D MSE 381 1_555 D N VAL 266 D VAL 382 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
metalc ? metalc1 A O LYS 79 A LYS 79 1_555 E CA CA . A CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 82 A ASP 82 1_555 E CA CA . A CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? 
metalc ? metalc3 A O GLU 84 A GLU 84 1_555 E CA CA . A CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 87 A ASP 87 1_555 E CA CA . A CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 87 A ASP 87 1_555 E CA CA . A CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.145 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 88 A ASP 88 1_555 E CA CA . A CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc7 E CA CA . A CA 805 1_555 K O HOH . A HOH 1158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? 
metalc ? metalc8 C O LYS 79 C LYS 79 1_555 H CA CA . C CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc9 C OD1 ASP 82 C ASP 82 1_555 H CA CA . C CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc10 C OD2 ASP 82 C ASP 82 1_555 H CA CA . C CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.14 ? 
metalc ? metalc11 C O GLU 84 C GLU 84 1_555 H CA CA . C CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc12 C OD2 ASP 87 C ASP 87 1_555 H CA CA . C CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.095 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 87 C ASP 87 1_555 H CA CA . C CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc14 C OD2 ASP 88 C ASP 88 1_555 H CA CA . C CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? 
metalc ? metalc15 H CA CA . C CA 806 1_555 M O HOH . C HOH 1160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H14 N2 O12 P2' 
_chem_comp.formula_weight    404.161 
_chem_comp.id                UDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 UDP sing 407 n n 
N1 C6 UDP sing 408 n n 
N1 C1' UDP sing 409 n n 
C2 N3 UDP sing 410 n n 
C2 O2 UDP doub 411 n n 
N3 C4 UDP sing 412 n n 
N3 HN3 UDP sing 413 n n 
C4 C5 UDP sing 414 n n 
C4 O4 UDP doub 415 n n 
C5 C6 UDP doub 416 n n 
C5 H5 UDP sing 417 n n 
C6 H6 UDP sing 418 n n 
C1' C2' UDP sing 419 n n 
C1' O4' UDP sing 420 n n 
C1' H1' UDP sing 421 n n 
C2' O2' UDP sing 422 n n 
C2' C3' UDP sing 423 n n 
C2' H2' UDP sing 424 n n 
O2' HO2' UDP sing 425 n n 
C3' C4' UDP sing 426 n n 
C3' O3' UDP sing 427 n n 
C3' H3' UDP sing 428 n n 
C4' O4' UDP sing 429 n n 
C4' C5' UDP sing 430 n n 
C4' H4' UDP sing 431 n n 
O3' HO3' UDP sing 432 n n 
C5' O5' UDP sing 433 n n 
C5' "H5'1" UDP sing 434 n n 
C5' "H5'2" UDP sing 435 n n 
O5' PA UDP sing 436 n n 
PA O1A UDP doub 437 n n 
PA O2A UDP sing 438 n n 
PA O3A UDP sing 439 n n 
O2A HOA2 UDP sing 440 n n 
O3A PB UDP sing 441 n n 
PB O1B UDP doub 442 n n 
PB O2B UDP sing 443 n n 
PB O3B UDP sing 444 n n 
O2B HOB2 UDP sing 445 n n 
O3B HOB3 UDP sing 446 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1NHE 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.018125 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004492 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.0101 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010063 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 CA A 1 805 805 CA CA . 
F 4 PG4 A 1 813 813 PG4 PG4 . 
G 5 UDP B 1 809 809 UDP UDP . 
H 3 CA C 1 806 806 CA CA . 
I 4 PG4 C 1 814 814 PG4 PG4 . 
J 5 UDP D 1 810 810 UDP UDP . 
K 6 HOH A 1 907 907 HOH HOH . 
K 6 HOH A 2 911 911 HOH HOH . 
K 6 HOH A 3 921 921 HOH HOH . 
K 6 HOH A 4 925 925 HOH HOH . 
K 6 HOH A 5 932 932 HOH HOH . 
K 6 HOH A 6 933 933 HOH HOH . 
K 6 HOH A 7 941 941 HOH HOH . 
K 6 HOH A 8 952 952 HOH HOH . 
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