data_1NW5 # _model_server_result.job_id 6FENqsuYANznw5dXFfQMTw _model_server_result.datetime_utc '2025-02-27 15:56:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1nw5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":401}' # _entry.id 1NW5 # _exptl.entry_id 1NW5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 398.437 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description S-ADENOSYLMETHIONINE _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1NW5 _cell.length_a 70.36 _cell.length_b 129.06 _cell.length_c 67.11 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1NW5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PQS monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D 1 1 A,B,C,D 2 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 3_655 -x+1,y,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 70.36 0 33.555 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C15 H22 N6 O5 S' _chem_comp.formula_weight 398.437 _chem_comp.id SAM _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name S-ADENOSYLMETHIONINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SAM sing 277 n n N HN1 SAM sing 278 n n N HN2 SAM sing 279 n n CA C SAM sing 280 n n CA CB SAM sing 281 n n CA HA SAM sing 282 n n C O SAM doub 283 n n C OXT SAM sing 284 n n CB CG SAM sing 285 n n CB HB1 SAM sing 286 n n CB HB2 SAM sing 287 n n CG SD SAM sing 288 n n CG HG1 SAM sing 289 n n CG HG2 SAM sing 290 n n SD CE SAM sing 291 n n SD C5' SAM sing 292 n n CE HE1 SAM sing 293 n n CE HE2 SAM sing 294 n n CE HE3 SAM sing 295 n n C5' C4' SAM sing 296 n n C5' "H5'1" SAM sing 297 n n C5' "H5'2" SAM sing 298 n n C4' O4' SAM sing 299 n n C4' C3' SAM sing 300 n n C4' H4' SAM sing 301 n n O4' C1' SAM sing 302 n n C3' O3' SAM sing 303 n n C3' C2' SAM sing 304 n n C3' H3' SAM sing 305 n n O3' HO3' SAM sing 306 n n C2' O2' SAM sing 307 n n C2' C1' SAM sing 308 n n C2' H2' SAM sing 309 n n O2' HO2' SAM sing 310 n n C1' N9 SAM sing 311 n n C1' H1' SAM sing 312 n n N9 C8 SAM sing 313 n y N9 C4 SAM sing 314 n y C8 N7 SAM doub 315 n y C8 H8 SAM sing 316 n n N7 C5 SAM sing 317 n y C5 C6 SAM sing 318 n y C5 C4 SAM doub 319 n y C6 N6 SAM sing 320 n n C6 N1 SAM doub 321 n y N6 HN61 SAM sing 322 n n N6 HN62 SAM sing 323 n n N1 C2 SAM sing 324 n y C2 N3 SAM doub 325 n y C2 H2 SAM sing 326 n n N3 C4 SAM sing 327 n y # _atom_sites.entry_id 1NW5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014213 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007748 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014901 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CL A 1 501 501 CL CL . C 3 SAM A 1 401 401 SAM SAM . D 4 HOH A 1 502 502 HOH WAT . D 4 HOH A 2 503 503 HOH WAT . D 4 HOH A 3 504 504 HOH WAT . D 4 HOH A 4 505 505 HOH WAT . D 4 HOH A 5 506 506 HOH WAT . D 4 HOH A 6 507 507 HOH WAT . D 4 HOH A 7 508 508 HOH WAT . D 4 HOH A 8 509 509 HOH WAT . D 4 HOH A 9 510 510 HOH WAT . D 4 HOH A 10 511 511 HOH WAT . D 4 HOH A 11 512 512 HOH WAT . D 4 HOH A 12 513 513 HOH WAT . D 4 HOH A 13 514 514 HOH WAT . D 4 HOH A 14 515 515 HOH WAT . D 4 HOH A 15 516 516 HOH WAT . D 4 HOH A 16 517 517 HOH WAT . D 4 HOH A 17 518 518 HOH WAT . D 4 HOH A 18 519 519 HOH WAT . D 4 HOH A 19 520 520 HOH WAT . D 4 HOH A 20 521 521 HOH WAT . D 4 HOH A 21 522 522 HOH WAT . D 4 HOH A 22 523 523 HOH WAT . D 4 HOH A 23 524 524 HOH WAT . D 4 HOH A 24 525 525 HOH WAT . D 4 HOH A 25 526 526 HOH WAT . D 4 HOH A 26 527 527 HOH WAT . D 4 HOH A 27 528 528 HOH WAT . D 4 HOH A 28 529 529 HOH WAT . D 4 HOH A 29 530 530 HOH WAT . D 4 HOH A 30 531 531 HOH WAT . D 4 HOH A 31 532 532 HOH WAT . D 4 HOH A 32 533 533 HOH WAT . D 4 HOH A 33 534 534 HOH WAT . D 4 HOH A 34 535 535 HOH WAT . D 4 HOH A 35 536 536 HOH WAT . D 4 HOH A 36 537 537 HOH WAT . D 4 HOH A 37 538 538 HOH WAT . D 4 HOH A 38 539 539 HOH WAT . D 4 HOH A 39 540 540 HOH WAT . D 4 HOH A 40 541 541 HOH WAT . D 4 HOH A 41 542 542 HOH WAT . D 4 HOH A 42 543 543 HOH WAT . D 4 HOH A 43 544 544 HOH WAT . D 4 HOH A 44 545 545 HOH WAT . D 4 HOH A 45 546 546 HOH WAT . D 4 HOH A 46 547 547 HOH WAT . D 4 HOH A 47 548 548 HOH WAT . D 4 HOH A 48 549 549 HOH WAT . D 4 HOH A 49 550 550 HOH WAT . D 4 HOH A 50 551 551 HOH WAT . D 4 HOH A 51 552 552 HOH WAT . D 4 HOH A 52 553 553 HOH WAT . D 4 HOH A 53 554 554 HOH WAT . D 4 HOH A 54 555 555 HOH WAT . D 4 HOH A 55 556 556 HOH WAT . D 4 HOH A 56 557 557 HOH WAT . D 4 HOH A 57 558 558 HOH WAT . D 4 HOH A 58 559 559 HOH WAT . D 4 HOH A 59 560 560 HOH WAT . D 4 HOH A 60 561 561 HOH WAT . D 4 HOH A 61 562 562 HOH WAT . D 4 HOH A 62 563 563 HOH WAT . D 4 HOH A 63 564 564 HOH WAT . D 4 HOH A 64 565 565 HOH WAT . D 4 HOH A 65 566 566 HOH WAT . D 4 HOH A 66 567 567 HOH WAT . D 4 HOH A 67 568 568 HOH WAT . D 4 HOH A 68 569 569 HOH WAT . D 4 HOH A 69 570 570 HOH WAT . D 4 HOH A 70 571 571 HOH WAT . D 4 HOH A 71 572 572 HOH WAT . D 4 HOH A 72 573 573 HOH WAT . D 4 HOH A 73 574 574 HOH WAT . D 4 HOH A 74 575 575 HOH WAT . D 4 HOH A 75 576 576 HOH WAT . D 4 HOH A 76 577 577 HOH WAT . D 4 HOH A 77 578 578 HOH WAT . D 4 HOH A 78 579 579 HOH WAT . D 4 HOH A 79 580 580 HOH WAT . D 4 HOH A 80 581 581 HOH WAT . D 4 HOH A 81 582 582 HOH WAT . D 4 HOH A 82 583 583 HOH WAT . D 4 HOH A 83 584 584 HOH WAT . D 4 HOH A 84 585 585 HOH WAT . D 4 HOH A 85 586 586 HOH WAT . D 4 HOH A 86 587 587 HOH WAT . D 4 HOH A 87 588 588 HOH WAT . D 4 HOH A 88 589 589 HOH WAT . D 4 HOH A 89 590 590 HOH WAT . D 4 HOH A 90 591 591 HOH WAT . D 4 HOH A 91 592 592 HOH WAT . D 4 HOH A 92 593 593 HOH WAT . D 4 HOH A 93 594 594 HOH WAT . D 4 HOH A 94 595 595 HOH WAT . D 4 HOH A 95 596 596 HOH WAT . D 4 HOH A 96 597 597 HOH WAT . D 4 HOH A 97 598 598 HOH WAT . D 4 HOH A 98 599 599 HOH WAT . D 4 HOH A 99 600 600 HOH WAT . D 4 HOH A 100 601 601 HOH WAT . D 4 HOH A 101 602 602 HOH WAT . D 4 HOH A 102 603 603 HOH WAT . D 4 HOH A 103 604 604 HOH WAT . D 4 HOH A 104 605 605 HOH WAT . D 4 HOH A 105 606 606 HOH WAT . D 4 HOH A 106 607 607 HOH WAT . D 4 HOH A 107 608 608 HOH WAT . D 4 HOH A 108 609 609 HOH WAT . D 4 HOH A 109 610 610 HOH WAT . D 4 HOH A 110 611 611 HOH WAT . D 4 HOH A 111 612 612 HOH WAT . D 4 HOH A 112 613 613 HOH WAT . D 4 HOH A 113 614 614 HOH WAT . D 4 HOH A 114 615 615 HOH WAT . D 4 HOH A 115 616 616 HOH WAT . D 4 HOH A 116 617 617 HOH WAT . D 4 HOH A 117 618 618 HOH WAT . D 4 HOH A 118 619 619 HOH WAT . D 4 HOH A 119 620 620 HOH WAT . D 4 HOH A 120 621 621 HOH WAT . D 4 HOH A 121 622 622 HOH WAT . D 4 HOH A 122 623 623 HOH WAT . D 4 HOH A 123 624 624 HOH WAT . D 4 HOH A 124 625 625 HOH WAT . D 4 HOH A 125 626 626 HOH WAT . D 4 HOH A 126 627 627 HOH WAT . D 4 HOH A 127 628 628 HOH WAT . D 4 HOH A 128 629 629 HOH WAT . D 4 HOH A 129 630 630 HOH WAT . D 4 HOH A 130 631 631 HOH WAT . D 4 HOH A 131 632 632 HOH WAT . D 4 HOH A 132 633 633 HOH WAT . D 4 HOH A 133 634 634 HOH WAT . D 4 HOH A 134 635 635 HOH WAT . D 4 HOH A 135 636 636 HOH WAT . D 4 HOH A 136 637 637 HOH WAT . D 4 HOH A 137 638 638 HOH WAT . D 4 HOH A 138 639 639 HOH WAT . D 4 HOH A 139 640 640 HOH WAT . D 4 HOH A 140 641 641 HOH WAT . D 4 HOH A 141 642 642 HOH WAT . D 4 HOH A 142 643 643 HOH WAT . D 4 HOH A 143 644 644 HOH WAT . D 4 HOH A 144 645 645 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SAM . . . C 3 26.553 16.951 0.182 1 25.79 ? N SAM 401 A 1 HETATM 2 C CA SAM . . . C 3 26.691 16.982 -1.279 1 25.89 ? CA SAM 401 A 1 HETATM 3 C C SAM . . . C 3 26.707 15.578 -1.906 1 22.75 ? C SAM 401 A 1 HETATM 4 O O SAM . . . C 3 26.853 15.479 -3.128 1 25.99 ? O SAM 401 A 1 HETATM 5 O OXT SAM . . . C 3 26.561 14.614 -1.146 1 24.54 ? OXT SAM 401 A 1 HETATM 6 C CB SAM . . . C 3 27.994 17.699 -1.722 1 25.83 ? CB SAM 401 A 1 HETATM 7 C CG SAM . . . C 3 27.92 19.249 -1.594 1 22.88 ? CG SAM 401 A 1 HETATM 8 S SD SAM . . . C 3 29.459 20.132 -2.078 1 25.92 ? SD SAM 401 A 1 HETATM 9 C CE SAM . . . C 3 30.555 19.941 -0.636 1 24 ? CE SAM 401 A 1 HETATM 10 C C5' SAM . . . C 3 29 21.875 -2.174 1 21.33 ? C5' SAM 401 A 1 HETATM 11 C C4' SAM . . . C 3 28.121 22.241 -3.38 1 21.48 ? C4' SAM 401 A 1 HETATM 12 O O4' SAM . . . C 3 27.767 23.609 -3.356 1 21.88 ? O4' SAM 401 A 1 HETATM 13 C C3' SAM . . . C 3 28.741 21.974 -4.767 1 20.56 ? C3' SAM 401 A 1 HETATM 14 O O3' SAM . . . C 3 28.063 20.947 -5.48 1 19.31 ? O3' SAM 401 A 1 HETATM 15 C C2' SAM . . . C 3 28.82 23.361 -5.401 1 21.08 ? C2' SAM 401 A 1 HETATM 16 O O2' SAM . . . C 3 28.444 23.348 -6.779 1 22.03 ? O2' SAM 401 A 1 HETATM 17 C C1' SAM . . . C 3 27.707 24.113 -4.667 1 21.35 ? C1' SAM 401 A 1 HETATM 18 N N9 SAM . . . C 3 27.87 25.572 -4.535 1 20.02 ? N9 SAM 401 A 1 HETATM 19 C C8 SAM . . . C 3 28.955 26.366 -4.377 1 20.61 ? C8 SAM 401 A 1 HETATM 20 N N7 SAM . . . C 3 28.656 27.668 -4.281 1 20.64 ? N7 SAM 401 A 1 HETATM 21 C C5 SAM . . . C 3 27.264 27.747 -4.381 1 19.39 ? C5 SAM 401 A 1 HETATM 22 C C6 SAM . . . C 3 26.28 28.729 -4.359 1 19.8 ? C6 SAM 401 A 1 HETATM 23 N N6 SAM . . . C 3 26.587 30.044 -4.204 1 18.4 ? N6 SAM 401 A 1 HETATM 24 N N1 SAM . . . C 3 24.947 28.403 -4.492 1 18.53 ? N1 SAM 401 A 1 HETATM 25 C C2 SAM . . . C 3 24.589 27.109 -4.649 1 17.53 ? C2 SAM 401 A 1 HETATM 26 N N3 SAM . . . C 3 25.479 26.098 -4.68 1 18.39 ? N3 SAM 401 A 1 HETATM 27 C C4 SAM . . . C 3 26.789 26.431 -4.544 1 19.5 ? C4 SAM 401 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 44 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 341 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 27 #