data_1NY5 # _model_server_result.job_id FwRPxUllgXiMAuyVau5pMg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 00:48:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1ny5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":400}' # _entry.id 1NY5 # _exptl.entry_id 1NY5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1NY5 _cell.length_a 94.765 _cell.length_b 94.765 _cell.length_c 195.01 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1NY5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 J N N ? 5 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 C MG MG . A MG 500 1_555 G O3B ADP . A ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc2 C MG MG . A MG 500 1_555 L O HOH . A HOH 761 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.031 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 173 n n C1 C2 GOL sing 174 n n C1 H11 GOL sing 175 n n C1 H12 GOL sing 176 n n O1 HO1 GOL sing 177 n n C2 O2 GOL sing 178 n n C2 C3 GOL sing 179 n n C2 H2 GOL sing 180 n n O2 HO2 GOL sing 181 n n C3 O3 GOL sing 182 n n C3 H31 GOL sing 183 n n C3 H32 GOL sing 184 n n O3 HO3 GOL sing 185 n n # _atom_sites.entry_id 1NY5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010552 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006092 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012185 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005128 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 MG A 1 500 1 MG MG . D 3 PO4 A 1 600 1 PO4 PO4 . E 3 PO4 A 1 602 3 PO4 PO4 . F 3 PO4 A 1 603 4 PO4 PO4 . G 4 ADP A 1 604 1 ADP ADP . H 3 PO4 B 1 601 2 PO4 PO4 . I 4 ADP B 1 602 2 ADP ADP . J 5 GOL B 1 400 1 GOL GOL . K 5 GOL B 1 401 2 GOL GOL . L 6 HOH A 1 605 1 HOH WAT . L 6 HOH A 2 606 2 HOH WAT . L 6 HOH A 3 607 4 HOH WAT . L 6 HOH A 4 608 5 HOH WAT . L 6 HOH A 5 609 6 HOH WAT . L 6 HOH A 6 610 8 HOH WAT . L 6 HOH A 7 611 10 HOH WAT . L 6 HOH A 8 612 11 HOH WAT . L 6 HOH A 9 613 12 HOH WAT . L 6 HOH A 10 614 13 HOH WAT . L 6 HOH A 11 615 14 HOH WAT . L 6 HOH A 12 616 15 HOH WAT . L 6 HOH A 13 617 18 HOH WAT . L 6 HOH A 14 618 19 HOH WAT . L 6 HOH A 15 619 22 HOH WAT . L 6 HOH A 16 620 25 HOH WAT . L 6 HOH A 17 621 26 HOH WAT . L 6 HOH A 18 622 27 HOH WAT . L 6 HOH A 19 623 28 HOH WAT . L 6 HOH A 20 624 29 HOH WAT . L 6 HOH A 21 625 32 HOH WAT . L 6 HOH A 22 626 33 HOH WAT . L 6 HOH A 23 627 35 HOH WAT . L 6 HOH A 24 628 36 HOH WAT . L 6 HOH A 25 629 37 HOH WAT . L 6 HOH A 26 630 38 HOH WAT . L 6 HOH A 27 631 41 HOH WAT . L 6 HOH A 28 632 42 HOH WAT . L 6 HOH A 29 633 43 HOH WAT . L 6 HOH A 30 634 44 HOH WAT . L 6 HOH A 31 635 45 HOH WAT . L 6 HOH A 32 636 46 HOH WAT . L 6 HOH A 33 637 47 HOH WAT . L 6 HOH A 34 638 48 HOH WAT . L 6 HOH A 35 639 49 HOH WAT . L 6 HOH A 36 640 50 HOH WAT . L 6 HOH A 37 641 51 HOH WAT . L 6 HOH A 38 642 54 HOH WAT . L 6 HOH A 39 643 55 HOH WAT . L 6 HOH A 40 644 56 HOH WAT . L 6 HOH A 41 645 57 HOH WAT . L 6 HOH A 42 646 60 HOH WAT . L 6 HOH A 43 647 61 HOH WAT . L 6 HOH A 44 648 62 HOH WAT . L 6 HOH A 45 649 64 HOH WAT . L 6 HOH A 46 650 65 HOH WAT . L 6 HOH A 47 651 66 HOH WAT . L 6 HOH A 48 652 67 HOH WAT . L 6 HOH A 49 653 68 HOH WAT . L 6 HOH A 50 654 69 HOH WAT . L 6 HOH A 51 655 70 HOH WAT . L 6 HOH A 52 656 72 HOH WAT . L 6 HOH A 53 657 73 HOH WAT . L 6 HOH A 54 658 74 HOH WAT . L 6 HOH A 55 659 75 HOH WAT . L 6 HOH A 56 660 76 HOH WAT . L 6 HOH A 57 661 77 HOH WAT . L 6 HOH A 58 662 79 HOH WAT . L 6 HOH A 59 663 82 HOH WAT . L 6 HOH A 60 664 85 HOH WAT . L 6 HOH A 61 665 86 HOH WAT . L 6 HOH A 62 666 89 HOH WAT . L 6 HOH A 63 667 92 HOH WAT . L 6 HOH A 64 668 93 HOH WAT . L 6 HOH A 65 669 94 HOH WAT . L 6 HOH A 66 670 95 HOH WAT . L 6 HOH A 67 671 97 HOH WAT . L 6 HOH A 68 672 98 HOH WAT . L 6 HOH A 69 673 99 HOH WAT . L 6 HOH A 70 674 100 HOH WAT . L 6 HOH A 71 675 101 HOH WAT . L 6 HOH A 72 676 102 HOH WAT . L 6 HOH A 73 677 104 HOH WAT . L 6 HOH A 74 678 106 HOH WAT . L 6 HOH A 75 679 107 HOH WAT . L 6 HOH A 76 680 108 HOH WAT . L 6 HOH A 77 681 111 HOH WAT . L 6 HOH A 78 682 112 HOH WAT . L 6 HOH A 79 683 113 HOH WAT . L 6 HOH A 80 684 114 HOH WAT . L 6 HOH A 81 685 115 HOH WAT . L 6 HOH A 82 686 116 HOH WAT . L 6 HOH A 83 687 118 HOH WAT . L 6 HOH A 84 688 121 HOH WAT . L 6 HOH A 85 689 126 HOH WAT . L 6 HOH A 86 690 127 HOH WAT . L 6 HOH A 87 691 128 HOH WAT . L 6 HOH A 88 692 129 HOH WAT . L 6 HOH A 89 693 130 HOH WAT . L 6 HOH A 90 694 132 HOH WAT . L 6 HOH A 91 695 134 HOH WAT . L 6 HOH A 92 696 137 HOH WAT . L 6 HOH A 93 697 138 HOH WAT . L 6 HOH A 94 698 139 HOH WAT . L 6 HOH A 95 699 141 HOH WAT . L 6 HOH A 96 700 142 HOH WAT . L 6 HOH A 97 701 143 HOH WAT . L 6 HOH A 98 702 144 HOH WAT . L 6 HOH A 99 703 146 HOH WAT . L 6 HOH A 100 704 147 HOH WAT . L 6 HOH A 101 705 152 HOH WAT . L 6 HOH A 102 706 154 HOH WAT . L 6 HOH A 103 707 155 HOH WAT . L 6 HOH A 104 708 156 HOH WAT . L 6 HOH A 105 709 158 HOH WAT . L 6 HOH A 106 710 159 HOH WAT . L 6 HOH A 107 711 160 HOH WAT . L 6 HOH A 108 712 165 HOH WAT . L 6 HOH A 109 713 166 HOH WAT . L 6 HOH A 110 714 167 HOH WAT . L 6 HOH A 111 715 168 HOH WAT . L 6 HOH A 112 716 169 HOH WAT . L 6 HOH A 113 717 171 HOH WAT . L 6 HOH A 114 718 175 HOH WAT . L 6 HOH A 115 719 176 HOH WAT . L 6 HOH A 116 720 177 HOH WAT . L 6 HOH A 117 721 178 HOH WAT . L 6 HOH A 118 722 179 HOH WAT . L 6 HOH A 119 723 180 HOH WAT . L 6 HOH A 120 724 181 HOH WAT . L 6 HOH A 121 725 182 HOH WAT . L 6 HOH A 122 726 184 HOH WAT . L 6 HOH A 123 727 185 HOH WAT . L 6 HOH A 124 728 186 HOH WAT . L 6 HOH A 125 729 188 HOH WAT . L 6 HOH A 126 730 189 HOH WAT . L 6 HOH A 127 731 190 HOH WAT . L 6 HOH A 128 732 192 HOH WAT . L 6 HOH A 129 733 195 HOH WAT . L 6 HOH A 130 734 198 HOH WAT . L 6 HOH A 131 735 199 HOH WAT . L 6 HOH A 132 736 200 HOH WAT . L 6 HOH A 133 737 201 HOH WAT . L 6 HOH A 134 738 203 HOH WAT . L 6 HOH A 135 739 204 HOH WAT . L 6 HOH A 136 740 205 HOH WAT . L 6 HOH A 137 741 206 HOH WAT . L 6 HOH A 138 742 207 HOH WAT . L 6 HOH A 139 743 208 HOH WAT . L 6 HOH A 140 744 210 HOH WAT . L 6 HOH A 141 745 211 HOH WAT . L 6 HOH A 142 746 212 HOH WAT . L 6 HOH A 143 747 214 HOH WAT . L 6 HOH A 144 748 217 HOH WAT . L 6 HOH A 145 749 218 HOH WAT . L 6 HOH A 146 750 219 HOH WAT . L 6 HOH A 147 751 220 HOH WAT . L 6 HOH A 148 752 222 HOH WAT . L 6 HOH A 149 753 225 HOH WAT . L 6 HOH A 150 754 226 HOH WAT . L 6 HOH A 151 755 229 HOH WAT . L 6 HOH A 152 756 231 HOH WAT . L 6 HOH A 153 757 233 HOH WAT . L 6 HOH A 154 758 235 HOH WAT . L 6 HOH A 155 759 237 HOH WAT . L 6 HOH A 156 760 238 HOH WAT . L 6 HOH A 157 761 239 HOH WAT . L 6 HOH A 158 762 240 HOH WAT . L 6 HOH A 159 763 243 HOH WAT . L 6 HOH A 160 764 244 HOH WAT . L 6 HOH A 161 765 245 HOH WAT . L 6 HOH A 162 766 247 HOH WAT . L 6 HOH A 163 767 248 HOH WAT . L 6 HOH A 164 768 249 HOH WAT . L 6 HOH A 165 769 251 HOH WAT . L 6 HOH A 166 770 253 HOH WAT . L 6 HOH A 167 771 254 HOH WAT . L 6 HOH A 168 772 256 HOH WAT . L 6 HOH A 169 773 257 HOH WAT . L 6 HOH A 170 774 260 HOH WAT . L 6 HOH A 171 775 262 HOH WAT . L 6 HOH A 172 776 267 HOH WAT . L 6 HOH A 173 777 268 HOH WAT . M 6 HOH B 1 603 3 HOH WAT . M 6 HOH B 2 604 7 HOH WAT . M 6 HOH B 3 605 9 HOH WAT . M 6 HOH B 4 606 16 HOH WAT . M 6 HOH B 5 607 17 HOH WAT . M 6 HOH B 6 608 20 HOH WAT . M 6 HOH B 7 609 21 HOH WAT . M 6 HOH B 8 610 23 HOH WAT . M 6 HOH B 9 611 24 HOH WAT . M 6 HOH B 10 612 30 HOH WAT . M 6 HOH B 11 613 31 HOH WAT . M 6 HOH B 12 614 34 HOH WAT . M 6 HOH B 13 615 39 HOH WAT . M 6 HOH B 14 616 40 HOH WAT . M 6 HOH B 15 617 52 HOH WAT . M 6 HOH B 16 618 53 HOH WAT . M 6 HOH B 17 619 58 HOH WAT . M 6 HOH B 18 620 59 HOH WAT . M 6 HOH B 19 621 63 HOH WAT . M 6 HOH B 20 622 71 HOH WAT . M 6 HOH B 21 623 78 HOH WAT . M 6 HOH B 22 624 80 HOH WAT . M 6 HOH B 23 625 81 HOH WAT . M 6 HOH B 24 626 83 HOH WAT . M 6 HOH B 25 627 84 HOH WAT . M 6 HOH B 26 628 87 HOH WAT . M 6 HOH B 27 629 88 HOH WAT . M 6 HOH B 28 630 90 HOH WAT . M 6 HOH B 29 631 91 HOH WAT . M 6 HOH B 30 632 96 HOH WAT . M 6 HOH B 31 633 103 HOH WAT . M 6 HOH B 32 634 105 HOH WAT . M 6 HOH B 33 635 109 HOH WAT . M 6 HOH B 34 636 110 HOH WAT . M 6 HOH B 35 637 117 HOH WAT . M 6 HOH B 36 638 119 HOH WAT . M 6 HOH B 37 639 120 HOH WAT . M 6 HOH B 38 640 122 HOH WAT . M 6 HOH B 39 641 123 HOH WAT . M 6 HOH B 40 642 124 HOH WAT . M 6 HOH B 41 643 125 HOH WAT . M 6 HOH B 42 644 131 HOH WAT . M 6 HOH B 43 645 133 HOH WAT . M 6 HOH B 44 646 135 HOH WAT . M 6 HOH B 45 647 136 HOH WAT . M 6 HOH B 46 648 140 HOH WAT . M 6 HOH B 47 649 145 HOH WAT . M 6 HOH B 48 650 148 HOH WAT . M 6 HOH B 49 651 149 HOH WAT . M 6 HOH B 50 652 150 HOH WAT . M 6 HOH B 51 653 151 HOH WAT . M 6 HOH B 52 654 153 HOH WAT . M 6 HOH B 53 655 157 HOH WAT . M 6 HOH B 54 656 161 HOH WAT . M 6 HOH B 55 657 162 HOH WAT . M 6 HOH B 56 658 163 HOH WAT . M 6 HOH B 57 659 164 HOH WAT . M 6 HOH B 58 660 170 HOH WAT . M 6 HOH B 59 661 172 HOH WAT . M 6 HOH B 60 662 173 HOH WAT . M 6 HOH B 61 663 174 HOH WAT . M 6 HOH B 62 664 183 HOH WAT . M 6 HOH B 63 665 187 HOH WAT . M 6 HOH B 64 666 191 HOH WAT . M 6 HOH B 65 667 193 HOH WAT . M 6 HOH B 66 668 194 HOH WAT . M 6 HOH B 67 669 196 HOH WAT . M 6 HOH B 68 670 197 HOH WAT . M 6 HOH B 69 671 202 HOH WAT . M 6 HOH B 70 672 209 HOH WAT . M 6 HOH B 71 673 213 HOH WAT . M 6 HOH B 72 674 215 HOH WAT . M 6 HOH B 73 675 216 HOH WAT . M 6 HOH B 74 676 221 HOH WAT . M 6 HOH B 75 677 223 HOH WAT . M 6 HOH B 76 678 224 HOH WAT . M 6 HOH B 77 679 227 HOH WAT . M 6 HOH B 78 680 228 HOH WAT . M 6 HOH B 79 681 230 HOH WAT . M 6 HOH B 80 682 232 HOH WAT . M 6 HOH B 81 683 234 HOH WAT . M 6 HOH B 82 684 236 HOH WAT . M 6 HOH B 83 685 241 HOH WAT . M 6 HOH B 84 686 242 HOH WAT . M 6 HOH B 85 687 246 HOH WAT . M 6 HOH B 86 688 250 HOH WAT . M 6 HOH B 87 689 252 HOH WAT . M 6 HOH B 88 690 255 HOH WAT . M 6 HOH B 89 691 258 HOH WAT . M 6 HOH B 90 692 259 HOH WAT . M 6 HOH B 91 693 261 HOH WAT . M 6 HOH B 92 694 263 HOH WAT . M 6 HOH B 93 695 264 HOH WAT . M 6 HOH B 94 696 265 HOH WAT . M 6 HOH B 95 697 266 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . J 5 -42.257 -25.048 -1.96 1 76.33 ? C1 GOL 400 B 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . J 5 -42.021 -24.142 -0.669 1 73.05 ? O1 GOL 400 B 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . J 5 -42.703 -24.568 -3.186 1 77.68 ? C2 GOL 400 B 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . J 5 -42.454 -23.242 -3.287 1 78.58 ? O2 GOL 400 B 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . J 5 -43.205 -25.463 -3.82 1 77.19 ? C3 GOL 400 B 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . J 5 -43.721 -26.889 -4.204 1 75.98 ? O3 GOL 400 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 352 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 6 #