data_1NY5
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_model_server_result.job_id            3gcq3tu0rV5wJk1gjVqjLA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 23:26:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1ny5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":604}' 
#
_entry.id    1NY5 
#
_exptl.entry_id    1NY5 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            1NY5 
_cell.length_a            94.765 
_cell.length_b            94.765 
_cell.length_c            195.01 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1NY5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        154 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 I N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 C MG MG . A MG 500 1_555 G O3B ADP . A ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc2 C MG MG . A MG 500 1_555 L O HOH . A HOH 761 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.031 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1NY5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010552 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.006092 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012185 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005128 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 MG A 1 500 1 MG MG . 
D 3 PO4 A 1 600 1 PO4 PO4 . 
E 3 PO4 A 1 602 3 PO4 PO4 . 
F 3 PO4 A 1 603 4 PO4 PO4 . 
G 4 ADP A 1 604 1 ADP ADP . 
H 3 PO4 B 1 601 2 PO4 PO4 . 
I 4 ADP B 1 602 2 ADP ADP . 
J 5 GOL B 1 400 1 GOL GOL . 
K 5 GOL B 1 401 2 GOL GOL . 
L 6 HOH A 1 605 1 HOH WAT . 
L 6 HOH A 2 606 2 HOH WAT . 
L 6 HOH A 3 607 4 HOH WAT . 
L 6 HOH A 4 608 5 HOH WAT . 
L 6 HOH A 5 609 6 HOH WAT . 
L 6 HOH A 6 610 8 HOH WAT . 
L 6 HOH A 7 611 10 HOH WAT . 
L 6 HOH A 8 612 11 HOH WAT . 
L 6 HOH A 9 613 12 HOH WAT . 
L 6 HOH A 10 614 13 HOH WAT . 
L 6 HOH A 11 615 14 HOH WAT . 
L 6 HOH A 12 616 15 HOH WAT . 
L 6 HOH A 13 617 18 HOH WAT . 
L 6 HOH A 14 618 19 HOH WAT . 
L 6 HOH A 15 619 22 HOH WAT . 
L 6 HOH A 16 620 25 HOH WAT . 
L 6 HOH A 17 621 26 HOH WAT . 
L 6 HOH A 18 622 27 HOH WAT . 
L 6 HOH A 19 623 28 HOH WAT . 
L 6 HOH A 20 624 29 HOH WAT . 
L 6 HOH A 21 625 32 HOH WAT . 
L 6 HOH A 22 626 33 HOH WAT . 
L 6 HOH A 23 627 35 HOH WAT . 
L 6 HOH A 24 628 36 HOH WAT . 
L 6 HOH A 25 629 37 HOH WAT . 
L 6 HOH A 26 630 38 HOH WAT . 
L 6 HOH A 27 631 41 HOH WAT . 
L 6 HOH A 28 632 42 HOH WAT . 
L 6 HOH A 29 633 43 HOH WAT . 
L 6 HOH A 30 634 44 HOH WAT . 
L 6 HOH A 31 635 45 HOH WAT . 
L 6 HOH A 32 636 46 HOH WAT . 
L 6 HOH A 33 637 47 HOH WAT . 
L 6 HOH A 34 638 48 HOH WAT . 
L 6 HOH A 35 639 49 HOH WAT . 
L 6 HOH A 36 640 50 HOH WAT . 
L 6 HOH A 37 641 51 HOH WAT . 
L 6 HOH A 38 642 54 HOH WAT . 
L 6 HOH A 39 643 55 HOH WAT . 
L 6 HOH A 40 644 56 HOH WAT . 
L 6 HOH A 41 645 57 HOH WAT . 
L 6 HOH A 42 646 60 HOH WAT . 
L 6 HOH A 43 647 61 HOH WAT . 
L 6 HOH A 44 648 62 HOH WAT . 
L 6 HOH A 45 649 64 HOH WAT . 
L 6 HOH A 46 650 65 HOH WAT . 
L 6 HOH A 47 651 66 HOH WAT . 
L 6 HOH A 48 652 67 HOH WAT . 
L 6 HOH A 49 653 68 HOH WAT . 
L 6 HOH A 50 654 69 HOH WAT . 
L 6 HOH A 51 655 70 HOH WAT . 
L 6 HOH A 52 656 72 HOH WAT . 
L 6 HOH A 53 657 73 HOH WAT . 
L 6 HOH A 54 658 74 HOH WAT . 
L 6 HOH A 55 659 75 HOH WAT . 
L 6 HOH A 56 660 76 HOH WAT . 
L 6 HOH A 57 661 77 HOH WAT . 
L 6 HOH A 58 662 79 HOH WAT . 
L 6 HOH A 59 663 82 HOH WAT . 
L 6 HOH A 60 664 85 HOH WAT . 
L 6 HOH A 61 665 86 HOH WAT . 
L 6 HOH A 62 666 89 HOH WAT . 
L 6 HOH A 63 667 92 HOH WAT . 
L 6 HOH A 64 668 93 HOH WAT . 
L 6 HOH A 65 669 94 HOH WAT . 
L 6 HOH A 66 670 95 HOH WAT . 
L 6 HOH A 67 671 97 HOH WAT . 
L 6 HOH A 68 672 98 HOH WAT . 
L 6 HOH A 69 673 99 HOH WAT . 
L 6 HOH A 70 674 100 HOH WAT . 
L 6 HOH A 71 675 101 HOH WAT . 
L 6 HOH A 72 676 102 HOH WAT . 
L 6 HOH A 73 677 104 HOH WAT . 
L 6 HOH A 74 678 106 HOH WAT . 
L 6 HOH A 75 679 107 HOH WAT . 
L 6 HOH A 76 680 108 HOH WAT . 
L 6 HOH A 77 681 111 HOH WAT . 
L 6 HOH A 78 682 112 HOH WAT . 
L 6 HOH A 79 683 113 HOH WAT . 
L 6 HOH A 80 684 114 HOH WAT . 
L 6 HOH A 81 685 115 HOH WAT . 
L 6 HOH A 82 686 116 HOH WAT . 
L 6 HOH A 83 687 118 HOH WAT . 
L 6 HOH A 84 688 121 HOH WAT . 
L 6 HOH A 85 689 126 HOH WAT . 
L 6 HOH A 86 690 127 HOH WAT . 
L 6 HOH A 87 691 128 HOH WAT . 
L 6 HOH A 88 692 129 HOH WAT . 
L 6 HOH A 89 693 130 HOH WAT . 
L 6 HOH A 90 694 132 HOH WAT . 
L 6 HOH A 91 695 134 HOH WAT . 
L 6 HOH A 92 696 137 HOH WAT . 
L 6 HOH A 93 697 138 HOH WAT . 
L 6 HOH A 94 698 139 HOH WAT . 
L 6 HOH A 95 699 141 HOH WAT . 
L 6 HOH A 96 700 142 HOH WAT . 
L 6 HOH A 97 701 143 HOH WAT . 
L 6 HOH A 98 702 144 HOH WAT . 
L 6 HOH A 99 703 146 HOH WAT . 
L 6 HOH A 100 704 147 HOH WAT . 
L 6 HOH A 101 705 152 HOH WAT . 
L 6 HOH A 102 706 154 HOH WAT . 
L 6 HOH A 103 707 155 HOH WAT . 
L 6 HOH A 104 708 156 HOH WAT . 
L 6 HOH A 105 709 158 HOH WAT . 
L 6 HOH A 106 710 159 HOH WAT . 
L 6 HOH A 107 711 160 HOH WAT . 
L 6 HOH A 108 712 165 HOH WAT . 
L 6 HOH A 109 713 166 HOH WAT . 
L 6 HOH A 110 714 167 HOH WAT . 
L 6 HOH A 111 715 168 HOH WAT . 
L 6 HOH A 112 716 169 HOH WAT . 
L 6 HOH A 113 717 171 HOH WAT . 
L 6 HOH A 114 718 175 HOH WAT . 
L 6 HOH A 115 719 176 HOH WAT . 
L 6 HOH A 116 720 177 HOH WAT . 
L 6 HOH A 117 721 178 HOH WAT . 
L 6 HOH A 118 722 179 HOH WAT . 
L 6 HOH A 119 723 180 HOH WAT . 
L 6 HOH A 120 724 181 HOH WAT . 
L 6 HOH A 121 725 182 HOH WAT . 
L 6 HOH A 122 726 184 HOH WAT . 
L 6 HOH A 123 727 185 HOH WAT . 
L 6 HOH A 124 728 186 HOH WAT . 
L 6 HOH A 125 729 188 HOH WAT . 
L 6 HOH A 126 730 189 HOH WAT . 
L 6 HOH A 127 731 190 HOH WAT . 
L 6 HOH A 128 732 192 HOH WAT . 
L 6 HOH A 129 733 195 HOH WAT . 
L 6 HOH A 130 734 198 HOH WAT . 
L 6 HOH A 131 735 199 HOH WAT . 
L 6 HOH A 132 736 200 HOH WAT . 
L 6 HOH A 133 737 201 HOH WAT . 
L 6 HOH A 134 738 203 HOH WAT . 
L 6 HOH A 135 739 204 HOH WAT . 
L 6 HOH A 136 740 205 HOH WAT . 
L 6 HOH A 137 741 206 HOH WAT . 
L 6 HOH A 138 742 207 HOH WAT . 
L 6 HOH A 139 743 208 HOH WAT . 
L 6 HOH A 140 744 210 HOH WAT . 
L 6 HOH A 141 745 211 HOH WAT . 
L 6 HOH A 142 746 212 HOH WAT . 
L 6 HOH A 143 747 214 HOH WAT . 
L 6 HOH A 144 748 217 HOH WAT . 
L 6 HOH A 145 749 218 HOH WAT . 
L 6 HOH A 146 750 219 HOH WAT . 
L 6 HOH A 147 751 220 HOH WAT . 
L 6 HOH A 148 752 222 HOH WAT . 
L 6 HOH A 149 753 225 HOH WAT . 
L 6 HOH A 150 754 226 HOH WAT . 
L 6 HOH A 151 755 229 HOH WAT . 
L 6 HOH A 152 756 231 HOH WAT . 
L 6 HOH A 153 757 233 HOH WAT . 
L 6 HOH A 154 758 235 HOH WAT . 
L 6 HOH A 155 759 237 HOH WAT . 
L 6 HOH A 156 760 238 HOH WAT . 
L 6 HOH A 157 761 239 HOH WAT . 
L 6 HOH A 158 762 240 HOH WAT . 
L 6 HOH A 159 763 243 HOH WAT . 
L 6 HOH A 160 764 244 HOH WAT . 
L 6 HOH A 161 765 245 HOH WAT . 
L 6 HOH A 162 766 247 HOH WAT . 
L 6 HOH A 163 767 248 HOH WAT . 
L 6 HOH A 164 768 249 HOH WAT . 
L 6 HOH A 165 769 251 HOH WAT . 
L 6 HOH A 166 770 253 HOH WAT . 
L 6 HOH A 167 771 254 HOH WAT . 
L 6 HOH A 168 772 256 HOH WAT . 
L 6 HOH A 169 773 257 HOH WAT . 
L 6 HOH A 170 774 260 HOH WAT . 
L 6 HOH A 171 775 262 HOH WAT . 
L 6 HOH A 172 776 267 HOH WAT . 
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