data_1NYR
#
_model_server_result.job_id            Er2sAgtTN9iTiktbf-1qHw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-04-16 16:17:54' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1nyr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1002}' 
#
_entry.id    1NYR 
#
_exptl.entry_id    1NYR 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              65.409 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ZINC ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1NYR 
_cell.length_a            104.13 
_cell.length_b            122.521 
_cell.length_c            148.661 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1NYR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 G N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 75 A HIS 75 1_555 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc2 A NE2 HIS 79 A HIS 79 1_555 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 181 A CYS 181 1_555 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc4 A NE2 HIS 185 A HIS 185 1_555 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 336 A CYS 336 1_555 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc6 A NE2 HIS 387 A HIS 387 1_555 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
metalc ? metalc7 A ND1 HIS 517 A HIS 517 1_555 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.752 ? 
metalc ? metalc8 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 F N THR . A THR 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? 
metalc ? metalc9 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 F OG1 THR . A THR 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.776 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 336 B CYS 336 1_555 G ZN ZN . B ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? 
metalc ? metalc11 B NE2 HIS 387 B HIS 387 1_555 G ZN ZN . B ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc12 B ND1 HIS 517 B HIS 517 1_555 G ZN ZN . B ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc13 G ZN ZN . B ZN 2001 1_555 I OG1 THR . B THR 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc14 G ZN ZN . B ZN 2001 1_555 I N THR . B THR 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
#
_chem_comp.formula           'Zn 2' 
_chem_comp.formula_weight    65.409 
_chem_comp.id                ZN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ZINC ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1NYR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009603 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008162 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006727 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 ZN A 1 1001 1001 ZN ZN . 
D 2 ZN A 1 1002 1002 ZN ZN . 
E 3 ATP A 1 1003 2001 ATP ATP . 
F 4 THR A 1 1004 3001 THR THR . 
G 2 ZN B 1 2001 1001 ZN ZN . 
H 3 ATP B 1 2003 2001 ATP ATP . 
I 4 THR B 1 2004 3001 THR THR . 
J 5 HOH A 1 1005 2 HOH WAT . 
J 5 HOH A 2 1006 3 HOH WAT . 
J 5 HOH A 3 1007 4 HOH WAT . 
J 5 HOH A 4 1008 5 HOH WAT . 
J 5 HOH A 5 1009 9 HOH WAT . 
J 5 HOH A 6 1010 10 HOH WAT . 
J 5 HOH A 7 1011 12 HOH WAT . 
J 5 HOH A 8 1012 14 HOH WAT . 
J 5 HOH A 9 1013 15 HOH WAT . 
J 5 HOH A 10 1014 16 HOH WAT . 
J 5 HOH A 11 1015 17 HOH WAT . 
J 5 HOH A 12 1016 19 HOH WAT . 
J 5 HOH A 13 1017 20 HOH WAT . 
J 5 HOH A 14 1018 27 HOH WAT . 
J 5 HOH A 15 1019 28 HOH WAT . 
J 5 HOH A 16 1020 30 HOH WAT . 
J 5 HOH A 17 1021 31 HOH WAT . 
J 5 HOH A 18 1022 32 HOH WAT . 
J 5 HOH A 19 1023 33 HOH WAT . 
J 5 HOH A 20 1024 35 HOH WAT . 
J 5 HOH A 21 1025 36 HOH WAT . 
J 5 HOH A 22 1026 39 HOH WAT . 
J 5 HOH A 23 1027 41 HOH WAT . 
J 5 HOH A 24 1028 43 HOH WAT . 
J 5 HOH A 25 1029 44 HOH WAT . 
J 5 HOH A 26 1030 45 HOH WAT . 
J 5 HOH A 27 1031 46 HOH WAT . 
J 5 HOH A 28 1032 48 HOH WAT . 
J 5 HOH A 29 1033 49 HOH WAT . 
J 5 HOH A 30 1034 50 HOH WAT . 
J 5 HOH A 31 1035 53 HOH WAT . 
J 5 HOH A 32 1036 56 HOH WAT . 
J 5 HOH A 33 1037 58 HOH WAT . 
J 5 HOH A 34 1038 59 HOH WAT . 
J 5 HOH A 35 1039 62 HOH WAT . 
J 5 HOH A 36 1040 63 HOH WAT . 
J 5 HOH A 37 1041 66 HOH WAT . 
J 5 HOH A 38 1042 70 HOH WAT . 
J 5 HOH A 39 1043 72 HOH WAT . 
J 5 HOH A 40 1044 73 HOH WAT . 
J 5 HOH A 41 1045 74 HOH WAT . 
J 5 HOH A 42 1046 76 HOH WAT . 
J 5 HOH A 43 1047 78 HOH WAT . 
J 5 HOH A 44 1048 79 HOH WAT . 
J 5 HOH A 45 1049 82 HOH WAT . 
J 5 HOH A 46 1050 83 HOH WAT . 
J 5 HOH A 47 1051 85 HOH WAT . 
J 5 HOH A 48 1052 86 HOH WAT . 
J 5 HOH A 49 1053 90 HOH WAT . 
J 5 HOH A 50 1054 91 HOH WAT . 
J 5 HOH A 51 1055 93 HOH WAT . 
J 5 HOH A 52 1056 94 HOH WAT . 
J 5 HOH A 53 1057 96 HOH WAT . 
J 5 HOH A 54 1058 97 HOH WAT . 
J 5 HOH A 55 1059 98 HOH WAT . 
J 5 HOH A 56 1060 99 HOH WAT . 
J 5 HOH A 57 1061 100 HOH WAT . 
J 5 HOH A 58 1062 104 HOH WAT . 
J 5 HOH A 59 1063 105 HOH WAT . 
J 5 HOH A 60 1064 106 HOH WAT . 
J 5 HOH A 61 1065 107 HOH WAT . 
J 5 HOH A 62 1066 109 HOH WAT . 
J 5 HOH A 63 1067 110 HOH WAT . 
J 5 HOH A 64 1068 111 HOH WAT . 
J 5 HOH A 65 1069 112 HOH WAT . 
J 5 HOH A 66 1070 115 HOH WAT . 
J 5 HOH A 67 1071 116 HOH WAT . 
J 5 HOH A 68 1072 117 HOH WAT . 
J 5 HOH A 69 1073 119 HOH WAT . 
J 5 HOH A 70 1074 120 HOH WAT . 
J 5 HOH A 71 1075 121 HOH WAT . 
J 5 HOH A 72 1076 122 HOH WAT . 
J 5 HOH A 73 1077 125 HOH WAT . 
J 5 HOH A 74 1078 127 HOH WAT . 
J 5 HOH A 75 1079 128 HOH WAT . 
J 5 HOH A 76 1080 130 HOH WAT . 
J 5 HOH A 77 1081 132 HOH WAT . 
J 5 HOH A 78 1082 133 HOH WAT . 
J 5 HOH A 79 1083 135 HOH WAT . 
J 5 HOH A 80 1084 136 HOH WAT . 
J 5 HOH A 81 1085 138 HOH WAT . 
J 5 HOH A 82 1086 142 HOH WAT . 
J 5 HOH A 83 1087 145 HOH WAT . 
J 5 HOH A 84 1088 147 HOH WAT . 
J 5 HOH A 85 1089 148 HOH WAT . 
J 5 HOH A 86 1090 151 HOH WAT . 
J 5 HOH A 87 1091 152 HOH WAT . 
J 5 HOH A 88 1092 154 HOH WAT . 
J 5 HOH A 89 1093 155 HOH WAT . 
J 5 HOH A 90 1094 156 HOH WAT . 
J 5 HOH A 91 1095 160 HOH WAT . 
J 5 HOH A 92 1096 162 HOH WAT . 
J 5 HOH A 93 1097 165 HOH WAT . 
J 5 HOH A 94 1098 166 HOH WAT . 
J 5 HOH A 95 1099 171 HOH WAT . 
J 5 HOH A 96 1100 172 HOH WAT . 
J 5 HOH A 97 1101 175 HOH WAT . 
J 5 HOH A 98 1102 176 HOH WAT . 
J 5 HOH A 99 1103 177 HOH WAT . 
J 5 HOH A 100 1104 180 HOH WAT . 
J 5 HOH A 101 1105 181 HOH WAT . 
J 5 HOH A 102 1106 182 HOH WAT . 
J 5 HOH A 103 1107 183 HOH WAT . 
J 5 HOH A 104 1108 185 HOH WAT . 
J 5 HOH A 105 1109 190 HOH WAT . 
J 5 HOH A 106 1110 192 HOH WAT . 
J 5 HOH A 107 1111 193 HOH WAT . 
J 5 HOH A 108 1112 195 HOH WAT . 
J 5 HOH A 109 1113 198 HOH WAT . 
J 5 HOH A 110 1114 199 HOH WAT . 
J 5 HOH A 111 1115 200 HOH WAT . 
J 5 HOH A 112 1116 202 HOH WAT . 
J 5 HOH A 113 1117 204 HOH WAT . 
J 5 HOH A 114 1118 205 HOH WAT . 
J 5 HOH A 115 1119 208 HOH WAT . 
J 5 HOH A 116 1120 210 HOH WAT . 
J 5 HOH A 117 1121 211 HOH WAT . 
J 5 HOH A 118 1122 212 HOH WAT . 
J 5 HOH A 119 1123 216 HOH WAT . 
K 5 HOH B 1 2005 1 HOH WAT . 
K 5 HOH B 2 2006 6 HOH WAT . 
K 5 HOH B 3 2007 7 HOH WAT . 
K 5 HOH B 4 2008 8 HOH WAT . 
K 5 HOH B 5 2009 11 HOH WAT . 
K 5 HOH B 6 2010 13 HOH WAT . 
K 5 HOH B 7 2011 18 HOH WAT . 
K 5 HOH B 8 2012 21 HOH WAT . 
K 5 HOH B 9 2013 22 HOH WAT . 
K 5 HOH B 10 2014 23 HOH WAT . 
K 5 HOH B 11 2015 24 HOH WAT . 
K 5 HOH B 12 2016 25 HOH WAT . 
K 5 HOH B 13 2017 26 HOH WAT . 
K 5 HOH B 14 2018 29 HOH WAT . 
K 5 HOH B 15 2019 34 HOH WAT . 
K 5 HOH B 16 2020 37 HOH WAT . 
K 5 HOH B 17 2021 38 HOH WAT . 
K 5 HOH B 18 2022 40 HOH WAT . 
K 5 HOH B 19 2023 42 HOH WAT . 
K 5 HOH B 20 2024 47 HOH WAT . 
K 5 HOH B 21 2025 51 HOH WAT . 
K 5 HOH B 22 2026 52 HOH WAT . 
K 5 HOH B 23 2027 54 HOH WAT . 
K 5 HOH B 24 2028 55 HOH WAT . 
K 5 HOH B 25 2029 57 HOH WAT . 
K 5 HOH B 26 2030 60 HOH WAT . 
K 5 HOH B 27 2031 61 HOH WAT . 
K 5 HOH B 28 2032 64 HOH WAT . 
K 5 HOH B 29 2033 65 HOH WAT . 
K 5 HOH B 30 2034 67 HOH WAT . 
K 5 HOH B 31 2035 68 HOH WAT . 
K 5 HOH B 32 2036 69 HOH WAT . 
K 5 HOH B 33 2037 71 HOH WAT . 
K 5 HOH B 34 2038 75 HOH WAT . 
K 5 HOH B 35 2039 77 HOH WAT . 
K 5 HOH B 36 2040 80 HOH WAT . 
K 5 HOH B 37 2041 81 HOH WAT . 
K 5 HOH B 38 2042 84 HOH WAT . 
K 5 HOH B 39 2043 87 HOH WAT . 
K 5 HOH B 40 2044 88 HOH WAT . 
K 5 HOH B 41 2045 89 HOH WAT . 
K 5 HOH B 42 2046 92 HOH WAT . 
K 5 HOH B 43 2047 95 HOH WAT . 
K 5 HOH B 44 2048 101 HOH WAT . 
K 5 HOH B 45 2049 102 HOH WAT . 
K 5 HOH B 46 2050 103 HOH WAT . 
K 5 HOH B 47 2051 108 HOH WAT . 
K 5 HOH B 48 2052 113 HOH WAT . 
K 5 HOH B 49 2053 114 HOH WAT . 
K 5 HOH B 50 2054 118 HOH WAT . 
K 5 HOH B 51 2055 123 HOH WAT . 
K 5 HOH B 52 2056 124 HOH WAT . 
K 5 HOH B 53 2057 126 HOH WAT . 
K 5 HOH B 54 2058 129 HOH WAT . 
K 5 HOH B 55 2059 131 HOH WAT . 
K 5 HOH B 56 2060 134 HOH WAT . 
K 5 HOH B 57 2061 137 HOH WAT . 
K 5 HOH B 58 2062 139 HOH WAT . 
K 5 HOH B 59 2063 140 HOH WAT . 
K 5 HOH B 60 2064 141 HOH WAT . 
K 5 HOH B 61 2065 143 HOH WAT . 
K 5 HOH B 62 2066 144 HOH WAT . 
K 5 HOH B 63 2067 146 HOH WAT . 
K 5 HOH B 64 2068 149 HOH WAT . 
K 5 HOH B 65 2069 150 HOH WAT . 
K 5 HOH B 66 2070 153 HOH WAT . 
K 5 HOH B 67 2071 157 HOH WAT . 
K 5 HOH B 68 2072 158 HOH WAT . 
K 5 HOH B 69 2073 159 HOH WAT . 
K 5 HOH B 70 2074 161 HOH WAT . 
K 5 HOH B 71 2075 163 HOH WAT . 
K 5 HOH B 72 2076 164 HOH WAT . 
K 5 HOH B 73 2077 167 HOH WAT . 
K 5 HOH B 74 2078 168 HOH WAT . 
K 5 HOH B 75 2079 169 HOH WAT . 
K 5 HOH B 76 2080 170 HOH WAT . 
K 5 HOH B 77 2081 173 HOH WAT . 
K 5 HOH B 78 2082 174 HOH WAT . 
K 5 HOH B 79 2083 178 HOH WAT . 
K 5 HOH B 80 2084 179 HOH WAT . 
K 5 HOH B 81 2085 184 HOH WAT . 
K 5 HOH B 82 2086 186 HOH WAT . 
K 5 HOH B 83 2087 187 HOH WAT . 
K 5 HOH B 84 2088 188 HOH WAT . 
K 5 HOH B 85 2089 189 HOH WAT . 
K 5 HOH B 86 2090 191 HOH WAT . 
K 5 HOH B 87 2091 194 HOH WAT . 
K 5 HOH B 88 2092 196 HOH WAT . 
K 5 HOH B 89 2093 197 HOH WAT . 
K 5 HOH B 90 2094 201 HOH WAT . 
K 5 HOH B 91 2095 203 HOH WAT . 
K 5 HOH B 92 2096 206 HOH WAT . 
K 5 HOH B 93 2097 207 HOH WAT . 
K 5 HOH B 94 2098 209 HOH WAT . 
K 5 HOH B 95 2099 213 HOH WAT . 
K 5 HOH B 96 2100 214 HOH WAT . 
K 5 HOH B 97 2101 215 HOH WAT . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           ZN 
_atom_site.label_atom_id         ZN 
_atom_site.label_comp_id         ZN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         D 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -1.349 
_atom_site.Cartn_y               37.1 
_atom_site.Cartn_z               24.462 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        93.82 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          ZN 
_atom_site.auth_comp_id          ZN 
_atom_site.auth_seq_id           1002 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              10 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    30 
_model_server_stats.query_time_ms           317 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#