data_1OD2
#
_model_server_result.job_id            Jx7UgJEXF0Fd3WrLfBjgvQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 03:16:13' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1od2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":3190}' 
#
_entry.id    1OD2 
#
_exptl.entry_id    1OD2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              135.127 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            ADENINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          114.42 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1OD2 
_cell.length_a            92.87 
_cell.length_b            138.13 
_cell.length_c            101.4 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1OD2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      3 
_struct_asym.id                             D 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C LEU 74 A LEU 1502 1_555 A N MSE 75 A MSE 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale2 A C MSE 75 A MSE 1503 1_555 A N GLY 76 A GLY 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale3 A C GLY 135 A GLY 1563 1_555 A N MSE 136 A MSE 1564 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale4 A C MSE 136 A MSE 1564 1_555 A N VAL 137 A VAL 1565 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale5 A C GLY 202 A GLY 1630 1_555 A N MSE 203 A MSE 1631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale6 A C MSE 203 A MSE 1631 1_555 A N ALA 204 A ALA 1632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale7 A C GLY 234 A GLY 1662 1_555 A N MSE 235 A MSE 1663 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale8 A C MSE 235 A MSE 1663 1_555 A N GLU 236 A GLU 1664 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale9 A C LYS 336 A LYS 1764 1_555 A N MSE 337 A MSE 1765 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale10 A C MSE 337 A MSE 1765 1_555 A N LEU 338 A LEU 1766 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale11 A C ILE 354 A ILE 1782 1_555 A N MSE 355 A MSE 1783 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale12 A C MSE 355 A MSE 1783 1_555 A N TYR 356 A TYR 1784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale13 A C TRP 378 A TRP 1806 1_555 A N MSE 379 A MSE 1807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale14 A C MSE 379 A MSE 1807 1_555 A N SER 380 A SER 1808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale15 A C ASN 387 A ASN 1815 1_555 A N MSE 388 A MSE 1816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale16 A C MSE 388 A MSE 1816 1_555 A N PRO 389 A PRO 1817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale17 A C TRP 417 A TRP 1845 1_555 A N MSE 418 A MSE 1846 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale18 A C MSE 418 A MSE 1846 1_555 A N ILE 419 A ILE 1847 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale19 A C PRO 518 A PRO 1946 1_555 A N MSE 519 A MSE 1947 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale20 A C MSE 519 A MSE 1947 1_555 A N MSE 520 A MSE 1948 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale21 A C MSE 520 A MSE 1948 1_555 A N ILE 521 A ILE 1949 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale22 A C ASP 534 A ASP 1962 1_555 A N MSE 535 A MSE 1963 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale23 A C MSE 535 A MSE 1963 1_555 A N PHE 536 A PHE 1964 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale24 A C GLN 583 A GLN 2011 1_555 A N MSE 584 A MSE 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale25 A C MSE 584 A MSE 2012 1_555 A N GLU 585 A GLU 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale26 A C GLU 585 A GLU 2013 1_555 A N MSE 586 A MSE 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale27 A C MSE 586 A MSE 2014 1_555 A N TYR 587 A TYR 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale28 A C GLY 601 A GLY 2029 1_555 A N MSE 602 A MSE 2030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale29 A C MSE 602 A MSE 2030 1_555 A N VAL 603 A VAL 2031 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale30 A C THR 615 A THR 2043 1_555 A N MSE 616 A MSE 2044 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale31 A C MSE 616 A MSE 2044 1_555 A N ASN 617 A ASN 2045 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale32 A C ARG 674 A ARG 2102 1_555 A N MSE 675 A MSE 2103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale33 A C MSE 675 A MSE 2103 1_555 A N VAL 676 A VAL 2104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale34 B C LEU 74 B LEU 1502 1_555 B N MSE 75 B MSE 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale35 B C MSE 75 B MSE 1503 1_555 B N GLY 76 B GLY 1504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale36 B C GLY 135 B GLY 1563 1_555 B N MSE 136 B MSE 1564 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale37 B C MSE 136 B MSE 1564 1_555 B N VAL 137 B VAL 1565 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale38 B C GLY 202 B GLY 1630 1_555 B N MSE 203 B MSE 1631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale39 B C MSE 203 B MSE 1631 1_555 B N ALA 204 B ALA 1632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale40 B C GLY 234 B GLY 1662 1_555 B N MSE 235 B MSE 1663 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale41 B C MSE 235 B MSE 1663 1_555 B N GLU 236 B GLU 1664 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale42 B C LYS 336 B LYS 1764 1_555 B N MSE 337 B MSE 1765 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale43 B C MSE 337 B MSE 1765 1_555 B N LEU 338 B LEU 1766 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale44 B C ILE 354 B ILE 1782 1_555 B N MSE 355 B MSE 1783 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale45 B C MSE 355 B MSE 1783 1_555 B N TYR 356 B TYR 1784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale46 B C TRP 378 B TRP 1806 1_555 B N MSE 379 B MSE 1807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale47 B C MSE 379 B MSE 1807 1_555 B N SER 380 B SER 1808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale48 B C ASN 387 B ASN 1815 1_555 B N MSE 388 B MSE 1816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale49 B C MSE 388 B MSE 1816 1_555 B N PRO 389 B PRO 1817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale50 B C TRP 417 B TRP 1845 1_555 B N MSE 418 B MSE 1846 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale51 B C MSE 418 B MSE 1846 1_555 B N ILE 419 B ILE 1847 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale52 B C PRO 518 B PRO 1946 1_555 B N MSE 519 B MSE 1947 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale53 B C MSE 519 B MSE 1947 1_555 B N MSE 520 B MSE 1948 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale54 B C MSE 520 B MSE 1948 1_555 B N ILE 521 B ILE 1949 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale55 B C ASP 534 B ASP 1962 1_555 B N MSE 535 B MSE 1963 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale56 B C MSE 535 B MSE 1963 1_555 B N PHE 536 B PHE 1964 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale57 B C GLN 583 B GLN 2011 1_555 B N MSE 584 B MSE 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale58 B C MSE 584 B MSE 2012 1_555 B N GLU 585 B GLU 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale59 B C GLU 585 B GLU 2013 1_555 B N MSE 586 B MSE 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale60 B C MSE 586 B MSE 2014 1_555 B N TYR 587 B TYR 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale61 B C GLY 601 B GLY 2029 1_555 B N MSE 602 B MSE 2030 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale62 B C MSE 602 B MSE 2030 1_555 B N VAL 603 B VAL 2031 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale63 B C THR 615 B THR 2043 1_555 B N MSE 616 B MSE 2044 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale64 B C MSE 616 B MSE 2044 1_555 B N ASN 617 B ASN 2045 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale65 B C ARG 674 B ARG 2102 1_555 B N MSE 675 B MSE 2103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale66 B C MSE 675 B MSE 2103 1_555 B N VAL 676 B VAL 2104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
#
_chem_comp.formula           'C5 H5 N5' 
_chem_comp.formula_weight    135.127 
_chem_comp.id                ADE 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              ADENINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N9 C8 ADE sing 92 n y 
N9 C4 ADE sing 93 n y 
N9 HN9 ADE sing 94 n n 
C8 N7 ADE doub 95 n y 
C8 H8 ADE sing 96 n n 
N7 C5 ADE sing 97 n y 
C5 C6 ADE sing 98 n y 
C5 C4 ADE doub 99 n y 
C6 N6 ADE sing 100 n n 
C6 N1 ADE doub 101 n y 
N6 HN61 ADE sing 102 n n 
N6 HN62 ADE sing 103 n n 
N1 C2 ADE sing 104 n y 
C2 N3 ADE doub 105 n y 
C2 H2 ADE sing 106 n n 
N3 C4 ADE sing 107 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1OD2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010768 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004889 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007239 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010831 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 ACO A 1 3203 3203 ACO ACO . 
D 3 ADE B 1 3190 3190 ADE ADE . 
E 4 HOH A 1 5001 5001 HOH HOH . 
E 4 HOH A 2 5002 5002 HOH HOH . 
E 4 HOH A 3 5003 5003 HOH HOH . 
E 4 HOH A 4 5004 5004 HOH HOH . 
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