data_1OE0
#
_model_server_result.job_id            liY9oEzTlhoP3BZdCEKGog 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 14:04:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1oe0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":300}' 
#
_entry.id    1OE0 
#
_exptl.entry_id    1OE0 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          92.85 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1OE0 
_cell.length_a            67.078 
_cell.length_b            119.68 
_cell.length_c            69.512 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1OE0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PQS dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,M,N 1 1 
C,D,I,J,K,L,O,P 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 34 A THR 34 1_555 F MG MG . A MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 52 A GLU 52 1_555 F MG MG . A MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 104 A GLU 104 1_555 F MG MG . A MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? 
metalc ? metalc4 E O1B TTP . A TTP 300 1_555 F MG MG . A MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc5 E O3G TTP . A TTP 300 1_555 F MG MG . A MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 400 1_555 M O HOH . A HOH 2033 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc7 B OG1 THR 34 B THR 34 1_555 H MG MG . B MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc8 B OE2 GLU 52 B GLU 52 1_555 H MG MG . B MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? 
metalc ? metalc9 B OE2 GLU 104 B GLU 104 1_555 H MG MG . B MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? 
metalc ? metalc10 G O1B TTP . B TTP 300 1_555 H MG MG . B MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc11 G O3G TTP . B TTP 300 1_555 H MG MG . B MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc12 H MG MG . B MG 400 1_555 N O HOH . B HOH 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc13 C OG1 THR 34 C THR 34 1_555 J MG MG . C MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc14 C OE2 GLU 52 C GLU 52 1_555 J MG MG . C MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc15 C OE2 GLU 104 C GLU 104 1_555 J MG MG . C MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? 
metalc ? metalc16 I O1B TTP . C TTP 300 1_555 J MG MG . C MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
metalc ? metalc17 I O3G TTP . C TTP 300 1_555 J MG MG . C MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc18 J MG MG . C MG 400 1_555 O O HOH . C HOH 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc19 D OG1 THR 34 D THR 34 1_555 L MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
metalc ? metalc20 D OE2 GLU 52 D GLU 52 1_555 L MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc21 D OE2 GLU 104 D GLU 104 1_555 L MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc22 K O1B TTP . D TTP 300 1_555 L MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc23 K O3G TTP . D TTP 300 1_555 L MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 334 n n 
PA O2A TTP sing 335 n n 
PA O3A TTP sing 336 n n 
PA O5' TTP sing 337 n n 
O2A HOA2 TTP sing 338 n n 
O3A PB TTP sing 339 n n 
PB O1B TTP doub 340 n n 
PB O2B TTP sing 341 n n 
PB O3B TTP sing 342 n n 
O2B HOB2 TTP sing 343 n n 
O3B PG TTP sing 344 n n 
PG O1G TTP doub 345 n n 
PG O2G TTP sing 346 n n 
PG O3G TTP sing 347 n n 
O2G HOG2 TTP sing 348 n n 
O3G HOG3 TTP sing 349 n n 
O5' C5' TTP sing 350 n n 
C5' C4' TTP sing 351 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 352 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 353 n n 
C4' O4' TTP sing 354 n n 
C4' C3' TTP sing 355 n n 
C4' H4' TTP sing 356 n n 
O4' C1' TTP sing 357 n n 
C3' O3' TTP sing 358 n n 
C3' C2' TTP sing 359 n n 
C3' H3' TTP sing 360 n n 
O3' HO3' TTP sing 361 n n 
C2' C1' TTP sing 362 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 363 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 364 n n 
C1' N1 TTP sing 365 n n 
C1' H1' TTP sing 366 n n 
N1 C2 TTP sing 367 n n 
N1 C6 TTP sing 368 n n 
C2 O2 TTP doub 369 n n 
C2 N3 TTP sing 370 n n 
N3 C4 TTP sing 371 n n 
N3 HN3 TTP sing 372 n n 
C4 O4 TTP doub 373 n n 
C4 C5 TTP sing 374 n n 
C5 C5M TTP sing 375 n n 
C5 C6 TTP doub 376 n n 
C5M HM51 TTP sing 377 n n 
C5M HM52 TTP sing 378 n n 
C5M HM53 TTP sing 379 n n 
C6 H6 TTP sing 380 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1OE0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014908 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000742 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008356 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014404 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 TTP A 1 300 300 TTP TTP . 
F 3 MG A 1 400 400 MG MG . 
G 2 TTP B 1 300 300 TTP TTP . 
H 3 MG B 1 400 400 MG MG . 
I 2 TTP C 1 300 300 TTP TTP . 
J 3 MG C 1 400 400 MG MG . 
K 2 TTP D 1 300 300 TTP TTP . 
L 3 MG D 1 400 400 MG MG . 
M 4 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
M 4 HOH A 2 2002 2002 HOH HOH . 
M 4 HOH A 3 2003 2003 HOH HOH . 
M 4 HOH A 4 2004 2004 HOH HOH . 
M 4 HOH A 5 2005 2005 HOH HOH . 
M 4 HOH A 6 2006 2006 HOH HOH . 
M 4 HOH A 7 2007 2007 HOH HOH . 
M 4 HOH A 8 2008 2008 HOH HOH . 
M 4 HOH A 9 2009 2009 HOH HOH . 
M 4 HOH A 10 2010 2010 HOH HOH . 
M 4 HOH A 11 2011 2011 HOH HOH . 
M 4 HOH A 12 2012 2012 HOH HOH . 
M 4 HOH A 13 2013 2013 HOH HOH . 
M 4 HOH A 14 2014 2014 HOH HOH . 
M 4 HOH A 15 2015 2015 HOH HOH . 
M 4 HOH A 16 2016 2016 HOH HOH . 
M 4 HOH A 17 2017 2017 HOH HOH . 
M 4 HOH A 18 2018 2018 HOH HOH . 
M 4 HOH A 19 2019 2019 HOH HOH . 
M 4 HOH A 20 2020 2020 HOH HOH . 
M 4 HOH A 21 2021 2021 HOH HOH . 
M 4 HOH A 22 2022 2022 HOH HOH . 
M 4 HOH A 23 2023 2023 HOH HOH . 
M 4 HOH A 24 2024 2024 HOH HOH . 
M 4 HOH A 25 2025 2025 HOH HOH . 
M 4 HOH A 26 2026 2026 HOH HOH . 
M 4 HOH A 27 2027 2027 HOH HOH . 
M 4 HOH A 28 2028 2028 HOH HOH . 
M 4 HOH A 29 2029 2029 HOH HOH . 
M 4 HOH A 30 2030 2030 HOH HOH . 
M 4 HOH A 31 2031 2031 HOH HOH . 
M 4 HOH A 32 2032 2032 HOH HOH . 
M 4 HOH A 33 2033 2033 HOH HOH . 
M 4 HOH A 34 2034 2034 HOH HOH . 
N 4 HOH B 1 2001 2001 HOH HOH . 
N 4 HOH B 2 2002 2002 HOH HOH . 
N 4 HOH B 3 2003 2003 HOH HOH . 
N 4 HOH B 4 2004 2004 HOH HOH . 
N 4 HOH B 5 2005 2005 HOH HOH . 
N 4 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . 
N 4 HOH B 7 2007 2007 HOH HOH . 
N 4 HOH B 8 2008 2008 HOH HOH . 
N 4 HOH B 9 2009 2009 HOH HOH . 
N 4 HOH B 10 2010 2010 HOH HOH . 
N 4 HOH B 11 2011 2011 HOH HOH . 
N 4 HOH B 12 2012 2012 HOH HOH . 
N 4 HOH B 13 2013 2013 HOH HOH . 
N 4 HOH B 14 2014 2014 HOH HOH . 
N 4 HOH B 15 2015 2015 HOH HOH . 
N 4 HOH B 16 2016 2016 HOH HOH . 
N 4 HOH B 17 2017 2017 HOH HOH . 
N 4 HOH B 18 2018 2018 HOH HOH . 
N 4 HOH B 19 2019 2019 HOH HOH . 
N 4 HOH B 20 2020 2020 HOH HOH . 
N 4 HOH B 21 2021 2021 HOH HOH . 
N 4 HOH B 22 2022 2022 HOH HOH . 
N 4 HOH B 23 2023 2023 HOH HOH . 
N 4 HOH B 24 2024 2024 HOH HOH . 
N 4 HOH B 25 2025 2025 HOH HOH . 
N 4 HOH B 26 2026 2026 HOH HOH . 
N 4 HOH B 27 2027 2027 HOH HOH . 
N 4 HOH B 28 2028 2028 HOH HOH . 
N 4 HOH B 29 2029 2029 HOH HOH . 
N 4 HOH B 30 2030 2030 HOH HOH . 
N 4 HOH B 31 2031 2031 HOH HOH . 
N 4 HOH B 32 2032 2032 HOH HOH . 
N 4 HOH B 33 2033 2033 HOH HOH . 
N 4 HOH B 34 2034 2034 HOH HOH . 
N 4 HOH B 35 2035 2035 HOH HOH . 
N 4 HOH B 36 2036 2036 HOH HOH . 
N 4 HOH B 37 2037 2037 HOH HOH . 
N 4 HOH B 38 2038 2038 HOH HOH . 
N 4 HOH B 39 2039 2039 HOH HOH . 
N 4 HOH B 40 2040 2040 HOH HOH . 
N 4 HOH B 41 2041 2041 HOH HOH . 
N 4 HOH B 42 2042 2042 HOH HOH . 
N 4 HOH B 43 2043 2043 HOH HOH . 
N 4 HOH B 44 2044 2044 HOH HOH . 
N 4 HOH B 45 2045 2045 HOH HOH . 
N 4 HOH B 46 2046 2046 HOH HOH . 
N 4 HOH B 47 2047 2047 HOH HOH . 
N 4 HOH B 48 2048 2048 HOH HOH . 
O 4 HOH C 1 2001 2001 HOH HOH . 
O 4 HOH C 2 2002 2002 HOH HOH . 
O 4 HOH C 3 2003 2003 HOH HOH . 
O 4 HOH C 4 2004 2004 HOH HOH . 
O 4 HOH C 5 2005 2005 HOH HOH . 
O 4 HOH C 6 2006 2006 HOH HOH . 
O 4 HOH C 7 2007 2007 HOH HOH . 
O 4 HOH C 8 2008 2008 HOH HOH . 
O 4 HOH C 9 2009 2009 HOH HOH . 
O 4 HOH C 10 2010 2010 HOH HOH . 
O 4 HOH C 11 2011 2011 HOH HOH . 
O 4 HOH C 12 2012 2012 HOH HOH . 
O 4 HOH C 13 2013 2013 HOH HOH . 
O 4 HOH C 14 2014 2014 HOH HOH . 
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