data_1P13 # _model_server_result.job_id aKwT9QjSA6lPj8UsAq5rEw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 02:47:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1p13 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":352}' # _entry.id 1P13 # _exptl.entry_id 1P13 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 136.989 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CACODYLATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1P13 _cell.length_a 58.384 _cell.length_b 58.793 _cell.length_c 62.662 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1P13 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,E,F,I,L 1 1 B,C,G,H,J,K 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 F AS CAC . A CAC 351 1_555 A SG CYS 94 A CYS 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc2 E AS CAC . A CAC 398 1_555 A SG CYS 41 A CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? covale ? covale1 B SG CYS 41 B CYS 198 1_555 G O1 CAC . B CAC 399 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc3 G AS CAC . B CAC 399 1_555 B SG CYS 41 B CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? covale ? covale2 C O PTR 3 C PTR 3 1_555 C N ALA 4 C ALA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? covale ? covale3 D C ASP 2 D ASP 2 1_555 D N PTR 3 D PTR 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 As O2 -1' _chem_comp.formula_weight 136.989 _chem_comp.id CAC _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CACODYLATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms dimethylarsinate # _atom_sites.entry_id 1P13 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.017128 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.017009 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.015959 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CAC A 1 398 198 CAC CAC . F 3 CAC A 1 351 251 CAC CAC . G 3 CAC B 1 399 198 CAC CAC . H 3 CAC B 1 352 251 CAC CAC . I 4 HOH A 1 399 4 HOH WAT . I 4 HOH A 2 400 5 HOH WAT . I 4 HOH A 3 401 7 HOH WAT . I 4 HOH A 4 402 10 HOH WAT . I 4 HOH A 5 403 13 HOH WAT . I 4 HOH A 6 404 15 HOH WAT . I 4 HOH A 7 405 16 HOH WAT . I 4 HOH A 8 406 20 HOH WAT . I 4 HOH A 9 407 21 HOH WAT . I 4 HOH A 10 408 22 HOH WAT . I 4 HOH A 11 409 23 HOH WAT . I 4 HOH A 12 410 24 HOH WAT . I 4 HOH A 13 411 25 HOH WAT . I 4 HOH A 14 412 26 HOH WAT . I 4 HOH A 15 413 27 HOH WAT . I 4 HOH A 16 414 29 HOH WAT . I 4 HOH A 17 415 31 HOH WAT . I 4 HOH A 18 416 32 HOH WAT . I 4 HOH A 19 417 38 HOH WAT . I 4 HOH A 20 418 40 HOH WAT . I 4 HOH A 21 419 42 HOH WAT . I 4 HOH A 22 420 46 HOH WAT . I 4 HOH A 23 421 49 HOH WAT . I 4 HOH A 24 422 50 HOH WAT . I 4 HOH A 25 423 51 HOH WAT . I 4 HOH A 26 424 52 HOH WAT . I 4 HOH A 27 425 55 HOH WAT . I 4 HOH A 28 426 61 HOH WAT . I 4 HOH A 29 427 65 HOH WAT . I 4 HOH A 30 428 67 HOH WAT . I 4 HOH A 31 429 68 HOH WAT . I 4 HOH A 32 430 69 HOH WAT . I 4 HOH A 33 431 70 HOH WAT . I 4 HOH A 34 432 71 HOH WAT . I 4 HOH A 35 433 72 HOH WAT . I 4 HOH A 36 434 73 HOH WAT . I 4 HOH A 37 435 75 HOH WAT . I 4 HOH A 38 436 76 HOH WAT . I 4 HOH A 39 437 81 HOH WAT . I 4 HOH A 40 438 85 HOH WAT . I 4 HOH A 41 439 91 HOH WAT . I 4 HOH A 42 440 92 HOH WAT . I 4 HOH A 43 441 93 HOH WAT . I 4 HOH A 44 442 94 HOH WAT . I 4 HOH A 45 443 96 HOH WAT . I 4 HOH A 46 444 98 HOH WAT . I 4 HOH A 47 445 103 HOH WAT . I 4 HOH A 48 446 108 HOH WAT . I 4 HOH A 49 447 112 HOH WAT . I 4 HOH A 50 448 113 HOH WAT . I 4 HOH A 51 449 114 HOH WAT . I 4 HOH A 52 450 123 HOH WAT . I 4 HOH A 53 451 128 HOH WAT . I 4 HOH A 54 452 130 HOH WAT . I 4 HOH A 55 453 134 HOH WAT . I 4 HOH A 56 454 135 HOH WAT . I 4 HOH A 57 455 136 HOH WAT . I 4 HOH A 58 456 138 HOH WAT . I 4 HOH A 59 457 140 HOH WAT . I 4 HOH A 60 458 143 HOH WAT . I 4 HOH A 61 459 145 HOH WAT . I 4 HOH A 62 460 147 HOH WAT . I 4 HOH A 63 461 149 HOH WAT . I 4 HOH A 64 462 150 HOH WAT . I 4 HOH A 65 463 152 HOH WAT . I 4 HOH A 66 464 153 HOH WAT . I 4 HOH A 67 465 154 HOH WAT . I 4 HOH A 68 466 155 HOH WAT . I 4 HOH A 69 467 158 HOH WAT . I 4 HOH A 70 468 159 HOH WAT . I 4 HOH A 71 469 164 HOH WAT . I 4 HOH A 72 470 165 HOH WAT . I 4 HOH A 73 471 168 HOH WAT . I 4 HOH A 74 472 169 HOH WAT . I 4 HOH A 75 473 170 HOH WAT . I 4 HOH A 76 474 172 HOH WAT . I 4 HOH A 77 475 173 HOH WAT . I 4 HOH A 78 476 176 HOH WAT . I 4 HOH A 79 477 177 HOH WAT . I 4 HOH A 80 478 178 HOH WAT . I 4 HOH A 81 479 180 HOH WAT . I 4 HOH A 82 480 183 HOH WAT . I 4 HOH A 83 481 184 HOH WAT . I 4 HOH A 84 482 185 HOH WAT . I 4 HOH A 85 483 189 HOH WAT . I 4 HOH A 86 484 191 HOH WAT . I 4 HOH A 87 485 193 HOH WAT . I 4 HOH A 88 486 194 HOH WAT . I 4 HOH A 89 487 201 HOH WAT . I 4 HOH A 90 488 211 HOH WAT . I 4 HOH A 91 489 212 HOH WAT . I 4 HOH A 92 490 214 HOH WAT . I 4 HOH A 93 491 216 HOH WAT . I 4 HOH A 94 492 217 HOH WAT . I 4 HOH A 95 493 220 HOH WAT . I 4 HOH A 96 494 222 HOH WAT . I 4 HOH A 97 495 223 HOH WAT . I 4 HOH A 98 496 230 HOH WAT . I 4 HOH A 99 497 233 HOH WAT . I 4 HOH A 100 498 234 HOH WAT . I 4 HOH A 101 499 236 HOH WAT . I 4 HOH A 102 500 239 HOH WAT . I 4 HOH A 103 501 241 HOH WAT . I 4 HOH A 104 502 242 HOH WAT . I 4 HOH A 105 503 246 HOH WAT . I 4 HOH A 106 504 247 HOH WAT . I 4 HOH A 107 505 250 HOH WAT . I 4 HOH A 108 506 256 HOH WAT . I 4 HOH A 109 507 258 HOH WAT . I 4 HOH A 110 508 259 HOH WAT . I 4 HOH A 111 509 261 HOH WAT . I 4 HOH A 112 510 264 HOH WAT . I 4 HOH A 113 511 265 HOH WAT . I 4 HOH A 114 512 268 HOH WAT . I 4 HOH A 115 513 269 HOH WAT . I 4 HOH A 116 514 270 HOH WAT . I 4 HOH A 117 515 278 HOH WAT . I 4 HOH A 118 516 280 HOH WAT . I 4 HOH A 119 517 281 HOH WAT . J 4 HOH B 1 400 1 HOH WAT . J 4 HOH B 2 401 2 HOH WAT . J 4 HOH B 3 402 6 HOH WAT . J 4 HOH B 4 403 8 HOH WAT . J 4 HOH B 5 404 9 HOH WAT . J 4 HOH B 6 405 12 HOH WAT . J 4 HOH B 7 406 14 HOH WAT . J 4 HOH B 8 407 17 HOH WAT . J 4 HOH B 9 408 18 HOH WAT . J 4 HOH B 10 409 19 HOH WAT . J 4 HOH B 11 410 28 HOH WAT . J 4 HOH B 12 411 30 HOH WAT . J 4 HOH B 13 412 33 HOH WAT . J 4 HOH B 14 413 34 HOH WAT . J 4 HOH B 15 414 37 HOH WAT . J 4 HOH B 16 415 39 HOH WAT . J 4 HOH B 17 416 41 HOH WAT . J 4 HOH B 18 417 43 HOH WAT . J 4 HOH B 19 418 44 HOH WAT . J 4 HOH B 20 419 45 HOH WAT . J 4 HOH B 21 420 47 HOH WAT . J 4 HOH B 22 421 48 HOH WAT . J 4 HOH B 23 422 53 HOH WAT . J 4 HOH B 24 423 54 HOH WAT . J 4 HOH B 25 424 56 HOH WAT . J 4 HOH B 26 425 57 HOH WAT . J 4 HOH B 27 426 58 HOH WAT . J 4 HOH B 28 427 59 HOH WAT . J 4 HOH B 29 428 60 HOH WAT . J 4 HOH B 30 429 62 HOH WAT . J 4 HOH B 31 430 63 HOH WAT . J 4 HOH B 32 431 64 HOH WAT . J 4 HOH B 33 432 66 HOH WAT . J 4 HOH B 34 433 74 HOH WAT . J 4 HOH B 35 434 78 HOH WAT . J 4 HOH B 36 435 79 HOH WAT . J 4 HOH B 37 436 80 HOH WAT . J 4 HOH B 38 437 82 HOH WAT . J 4 HOH B 39 438 83 HOH WAT . J 4 HOH B 40 439 84 HOH WAT . J 4 HOH B 41 440 86 HOH WAT . J 4 HOH B 42 441 88 HOH WAT . J 4 HOH B 43 442 90 HOH WAT . J 4 HOH B 44 443 99 HOH WAT . J 4 HOH B 45 444 100 HOH WAT . J 4 HOH B 46 445 101 HOH WAT . J 4 HOH B 47 446 102 HOH WAT . J 4 HOH B 48 447 104 HOH WAT . J 4 HOH B 49 448 105 HOH WAT . J 4 HOH B 50 449 107 HOH WAT . J 4 HOH B 51 450 109 HOH WAT . J 4 HOH B 52 451 115 HOH WAT . J 4 HOH B 53 452 116 HOH WAT . J 4 HOH B 54 453 117 HOH WAT . J 4 HOH B 55 454 118 HOH WAT . J 4 HOH B 56 455 119 HOH WAT . J 4 HOH B 57 456 121 HOH WAT . J 4 HOH B 58 457 122 HOH WAT . J 4 HOH B 59 458 125 HOH WAT . J 4 HOH B 60 459 127 HOH WAT . J 4 HOH B 61 460 131 HOH WAT . J 4 HOH B 62 461 139 HOH WAT . J 4 HOH B 63 462 141 HOH WAT . J 4 HOH B 64 463 142 HOH WAT . J 4 HOH B 65 464 144 HOH WAT . J 4 HOH B 66 465 146 HOH WAT . J 4 HOH B 67 466 148 HOH WAT . J 4 HOH B 68 467 151 HOH WAT . J 4 HOH B 69 468 156 HOH WAT . J 4 HOH B 70 469 157 HOH WAT . J 4 HOH B 71 470 162 HOH WAT . J 4 HOH B 72 471 171 HOH WAT . J 4 HOH B 73 472 174 HOH WAT . J 4 HOH B 74 473 179 HOH WAT . J 4 HOH B 75 474 181 HOH WAT . J 4 HOH B 76 475 186 HOH WAT . J 4 HOH B 77 476 187 HOH WAT . J 4 HOH B 78 477 188 HOH WAT . J 4 HOH B 79 478 192 HOH WAT . J 4 HOH B 80 479 195 HOH WAT . J 4 HOH B 81 480 197 HOH WAT . J 4 HOH B 82 481 198 HOH WAT . J 4 HOH B 83 482 199 HOH WAT . J 4 HOH B 84 483 200 HOH WAT . J 4 HOH B 85 484 202 HOH WAT . J 4 HOH B 86 485 204 HOH WAT . J 4 HOH B 87 486 205 HOH WAT . J 4 HOH B 88 487 207 HOH WAT . J 4 HOH B 89 488 208 HOH WAT . J 4 HOH B 90 489 209 HOH WAT . J 4 HOH B 91 490 219 HOH WAT . J 4 HOH B 92 491 224 HOH WAT . J 4 HOH B 93 492 227 HOH WAT . J 4 HOH B 94 493 228 HOH WAT . J 4 HOH B 95 494 229 HOH WAT . J 4 HOH B 96 495 231 HOH WAT . J 4 HOH B 97 496 232 HOH WAT . J 4 HOH B 98 497 235 HOH WAT . J 4 HOH B 99 498 237 HOH WAT . J 4 HOH B 100 499 238 HOH WAT . J 4 HOH B 101 500 240 HOH WAT . J 4 HOH B 102 501 243 HOH WAT . J 4 HOH B 103 502 244 HOH WAT . J 4 HOH B 104 503 248 HOH WAT . J 4 HOH B 105 504 249 HOH WAT . J 4 HOH B 106 505 251 HOH WAT . J 4 HOH B 107 506 252 HOH WAT . J 4 HOH B 108 507 253 HOH WAT . J 4 HOH B 109 508 255 HOH WAT . J 4 HOH B 110 509 260 HOH WAT . J 4 HOH B 111 510 263 HOH WAT . J 4 HOH B 112 511 266 HOH WAT . J 4 HOH B 113 512 267 HOH WAT . J 4 HOH B 114 513 272 HOH WAT . J 4 HOH B 115 514 273 HOH WAT . J 4 HOH B 116 515 274 HOH WAT . J 4 HOH B 117 516 275 HOH WAT . K 4 HOH C 1 11 11 HOH WAT . K 4 HOH C 2 35 35 HOH WAT . K 4 HOH C 3 77 77 HOH WAT . K 4 HOH C 4 87 87 HOH WAT . K 4 HOH C 5 89 89 HOH WAT . K 4 HOH C 6 95 95 HOH WAT . K 4 HOH C 7 97 97 HOH WAT . K 4 HOH C 8 120 120 HOH WAT . K 4 HOH C 9 124 124 HOH WAT . K 4 HOH C 10 133 133 HOH WAT . K 4 HOH C 11 137 137 HOH WAT . K 4 HOH C 12 163 163 HOH WAT . K 4 HOH C 13 167 167 HOH WAT . K 4 HOH C 14 182 182 HOH WAT . K 4 HOH C 15 190 190 HOH WAT . K 4 HOH C 16 196 196 HOH WAT . K 4 HOH C 17 203 203 HOH WAT . K 4 HOH C 18 225 225 HOH WAT . K 4 HOH C 19 254 254 HOH WAT . K 4 HOH C 20 257 257 HOH WAT . L 4 HOH D 1 8 3 HOH WAT . L 4 HOH D 2 9 36 HOH WAT . L 4 HOH D 3 10 110 HOH WAT . L 4 HOH D 4 11 111 HOH WAT . L 4 HOH D 5 12 126 HOH WAT . L 4 HOH D 6 13 129 HOH WAT . L 4 HOH D 7 14 132 HOH WAT . L 4 HOH D 8 15 160 HOH WAT . L 4 HOH D 9 16 161 HOH WAT . L 4 HOH D 10 17 166 HOH WAT . L 4 HOH D 11 18 175 HOH WAT . L 4 HOH D 12 19 206 HOH WAT . L 4 HOH D 13 20 213 HOH WAT . L 4 HOH D 14 21 215 HOH WAT . L 4 HOH D 15 22 218 HOH WAT . L 4 HOH D 16 23 221 HOH WAT . L 4 HOH D 17 24 262 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 AS AS CAC . . . H 3 34.729 48.472 40.402 1 92.13 ? AS CAC 352 B 1 HETATM 2 O O1 CAC . . . H 3 33.377 48.368 41.562 1 88.74 ? O1 CAC 352 B 1 HETATM 3 C C1 CAC . . . H 3 36.345 47.748 41.054 1 87.15 ? C1 CAC 352 B 1 HETATM 4 C C2 CAC . . . H 3 34.363 47.701 38.745 1 87.72 ? C2 CAC 352 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 318 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 4 #