data_1P7L
#
_model_server_result.job_id            I2Peblom6sfVN7f3N5mHOQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 13:56:27' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1p7l 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":685}' 
#
_entry.id    1P7L 
#
_exptl.entry_id    1P7L 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              398.437 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            S-ADENOSYLMETHIONINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1P7L 
_cell.length_a            225.82 
_cell.length_b            69.13 
_cell.length_c            118.23 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1P7L 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 R N N 
? 6 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 16 A ASP 16 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 42 A GLU 42 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.172 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 238 A ASP 238 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.275 ? 
metalc ? metalc4 A O CYS 239 A CYS 239 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.215 ? 
metalc ? metalc5 H O2B ANP . A ANP 384 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.004 ? 
metalc ? metalc6 H O1A ANP . A ANP 384 1_555 F MG MG . A MG 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc7 H O1G ANP . A ANP 384 1_555 F MG MG . A MG 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc8 H O2B ANP . A ANP 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? 
metalc ? metalc9 H O2A ANP . A ANP 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc10 H O2G ANP . A ANP 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc11 E K K . A K 386 1_555 B OE2 GLU 42 B GLU 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.156 ? 
metalc ? metalc12 B OD2 ASP 16 B ASP 16 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc13 B OD1 ASP 238 B ASP 238 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? 
metalc ? metalc14 B O CYS 239 B CYS 239 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.274 ? 
metalc ? metalc15 N O2B ANP . B ANP 484 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.107 ? 
metalc ? metalc16 N O1A ANP . B ANP 484 1_555 K MG MG . B MG 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? 
metalc ? metalc17 N O1G ANP . B ANP 484 1_555 K MG MG . B MG 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? 
metalc ? metalc18 N O2B ANP . B ANP 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc19 N O2G ANP . B ANP 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc20 N O2A ANP . B ANP 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc21 C OD1 ASP 16 C ASP 16 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? 
metalc ? metalc22 C OD2 ASP 16 C ASP 16 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 42 C GLU 42 1_555 V K K . D K 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.015 ? 
metalc ? metalc24 C OD1 ASP 238 C ASP 238 1_555 O K K . C K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? 
metalc ? metalc25 C O CYS 239 C CYS 239 1_555 O K K . C K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.143 ? 
metalc ? metalc26 C N CYS 239 C CYS 239 1_555 O K K . C K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.719 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 271 C ASP 271 1_555 Q MG MG . C MG 887 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? 
metalc ? metalc28 T O2B PPK . C PPK 684 1_555 O K K . C K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.287 ? 
metalc ? metalc29 T O2G PPK . C PPK 684 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc30 T O2B PPK . C PPK 684 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc31 T O2A PPK . C PPK 684 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? 
metalc ? metalc32 T O1G PPK . C PPK 684 1_555 U MG MG . D MG 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? 
metalc ? metalc33 T O1A PPK . C PPK 684 1_555 U MG MG . D MG 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc34 O K K . C K 686 1_555 D OE2 GLU 42 D GLU 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.039 ? 
metalc ? metalc35 Q MG MG . C MG 887 1_555 X O1G PPK . D PPK 884 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc36 Q MG MG . C MG 887 1_555 X O1A PPK . D PPK 884 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc37 D OD1 ASP 16 D ASP 16 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? 
metalc ? metalc38 D OD2 ASP 16 D ASP 16 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc39 D OD1 ASP 238 D ASP 238 1_555 V K K . D K 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.062 ? 
metalc ? metalc40 D O CYS 239 D CYS 239 1_555 V K K . D K 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.157 ? 
metalc ? metalc41 X O2B PPK . D PPK 884 1_555 V K K . D K 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.293 ? 
metalc ? metalc42 X O2A PPK . D PPK 884 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
metalc ? metalc43 X O2B PPK . D PPK 884 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc44 X O2G PPK . D PPK 884 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
#
_chem_comp.formula           'C15 H22 N6 O5 S' 
_chem_comp.formula_weight    398.437 
_chem_comp.id                SAM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              S-ADENOSYLMETHIONINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA SAM sing 345 n n 
N HN1 SAM sing 346 n n 
N HN2 SAM sing 347 n n 
CA C SAM sing 348 n n 
CA CB SAM sing 349 n n 
CA HA SAM sing 350 n n 
C O SAM doub 351 n n 
C OXT SAM sing 352 n n 
CB CG SAM sing 353 n n 
CB HB1 SAM sing 354 n n 
CB HB2 SAM sing 355 n n 
CG SD SAM sing 356 n n 
CG HG1 SAM sing 357 n n 
CG HG2 SAM sing 358 n n 
SD CE SAM sing 359 n n 
SD C5' SAM sing 360 n n 
CE HE1 SAM sing 361 n n 
CE HE2 SAM sing 362 n n 
CE HE3 SAM sing 363 n n 
C5' C4' SAM sing 364 n n 
C5' "H5'1" SAM sing 365 n n 
C5' "H5'2" SAM sing 366 n n 
C4' O4' SAM sing 367 n n 
C4' C3' SAM sing 368 n n 
C4' H4' SAM sing 369 n n 
O4' C1' SAM sing 370 n n 
C3' O3' SAM sing 371 n n 
C3' C2' SAM sing 372 n n 
C3' H3' SAM sing 373 n n 
O3' HO3' SAM sing 374 n n 
C2' O2' SAM sing 375 n n 
C2' C1' SAM sing 376 n n 
C2' H2' SAM sing 377 n n 
O2' HO2' SAM sing 378 n n 
C1' N9 SAM sing 379 n n 
C1' H1' SAM sing 380 n n 
N9 C8 SAM sing 381 n y 
N9 C4 SAM sing 382 n y 
C8 N7 SAM doub 383 n y 
C8 H8 SAM sing 384 n n 
N7 C5 SAM sing 385 n y 
C5 C6 SAM sing 386 n y 
C5 C4 SAM doub 387 n y 
C6 N6 SAM sing 388 n n 
C6 N1 SAM doub 389 n y 
N6 HN61 SAM sing 390 n n 
N6 HN62 SAM sing 391 n n 
N1 C2 SAM sing 392 n y 
C2 N3 SAM doub 393 n y 
C2 H2 SAM sing 394 n n 
N3 C4 SAM sing 395 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1P7L 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004428 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014465 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008458 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 K A 1 386 386 K K+ . 
F 3 MG A 1 387 387 MG MG+ . 
G 3 MG A 1 388 388 MG MG+ . 
H 4 ANP A 1 384 384 ANP ANP . 
I 5 MET A 1 485 385 MET MET . 
J 2 K B 1 486 386 K K+ . 
K 3 MG B 1 487 387 MG MG+ . 
L 3 MG B 1 488 388 MG MG+ . 
M 5 MET B 1 385 385 MET MET . 
N 4 ANP B 1 484 384 ANP ANP . 
O 2 K C 1 686 386 K K+ . 
P 3 MG C 1 688 388 MG MG+ . 
Q 3 MG C 1 887 387 MG MG+ . 
R 6 SAM C 1 685 385 SAM SAM . 
S 6 SAM C 1 885 385 SAM SAM . 
T 7 PPK C 1 684 384 PPK PPN . 
U 3 MG D 1 687 387 MG MG+ . 
V 2 K D 1 886 386 K K+ . 
W 3 MG D 1 888 388 MG MG+ . 
X 7 PPK D 1 884 384 PPK PPN . 
Y 8 HOH A 1 401 401 HOH H2O . 
Y 8 HOH A 2 411 411 HOH H2O . 
Y 8 HOH A 3 413 413 HOH H2O . 
Y 8 HOH A 4 500 400 HOH H2O . 
Y 8 HOH A 5 501 401 HOH H2O . 
Y 8 HOH A 6 530 430 HOH H2O . 
Z 8 HOH B 1 400 400 HOH H2O . 
Z 8 HOH B 2 513 413 HOH H2O . 
Z 8 HOH B 3 531 431 HOH H2O . 
AA 8 HOH C 1 700 400 HOH H2O . 
AA 8 HOH C 2 702 402 HOH H2O . 
AA 8 HOH C 3 711 411 HOH H2O . 
AA 8 HOH C 4 716 416 HOH H2O . 
AA 8 HOH C 5 731 431 HOH H2O . 
AA 8 HOH C 6 900 400 HOH H2O . 
AA 8 HOH C 7 902 402 HOH H2O . 
AA 8 HOH C 8 930 430 HOH H2O . 
BA 8 HOH D 1 911 411 HOH H2O . 
BA 8 HOH D 2 916 416 HOH H2O . 
BA 8 HOH D 3 931 431 HOH H2O . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N SAM . . . R 6 -36.053 -0.858 0.022 1 9.91 ? N SAM 685 C 1 
HETATM 2 C CA SAM . . . R 6 -36.603 -2.182 0.388 1 10.15 ? CA SAM 685 C 1 
HETATM 3 C C SAM . . . R 6 -36.261 -3.176 -0.699 1 13.84 ? C SAM 685 C 1 
HETATM 4 O O SAM . . . R 6 -37.155 -3.915 -1.108 1 15.32 ? O SAM 685 C 1 
HETATM 5 O OXT SAM . . . R 6 -35.04 -3.149 -1.125 1 16.39 ? OXT SAM 685 C 1 
HETATM 6 C CB SAM . . . R 6 -38.124 -2.079 0.569 1 7.58 ? CB SAM 685 C 1 
HETATM 7 C CG SAM . . . R 6 -38.486 -1.12 1.661 1 12.56 ? CG SAM 685 C 1 
HETATM 8 S SD SAM . . . R 6 -38.741 -1.781 3.347 1 11.48 ? SD SAM 685 C 1 
HETATM 9 C CE SAM . . . R 6 -39.985 -3.064 3.162 1 2.88 ? CE SAM 685 C 1 
HETATM 10 C C5' SAM . . . R 6 -39.544 -0.49 4.184 1 13.23 ? C5' SAM 685 C 1 
HETATM 11 C C4' SAM . . . R 6 -39.619 -0.588 5.674 1 18.53 ? C4' SAM 685 C 1 
HETATM 12 O O4' SAM . . . R 6 -39.991 -1.933 6.068 1 19.26 ? O4' SAM 685 C 1 
HETATM 13 C C3' SAM . . . R 6 -38.308 -0.346 6.387 1 20.98 ? C3' SAM 685 C 1 
HETATM 14 O O3' SAM . . . R 6 -38.193 1.094 6.536 1 17.12 ? O3' SAM 685 C 1 
HETATM 15 C C2' SAM . . . R 6 -38.544 -1.018 7.706 1 20.83 ? C2' SAM 685 C 1 
HETATM 16 O O2' SAM . . . R 6 -39.09 -0.267 8.783 1 23.08 ? O2' SAM 685 C 1 
HETATM 17 C C1' SAM . . . R 6 -39.372 -2.253 7.286 1 16.85 ? C1' SAM 685 C 1 
HETATM 18 N N9 SAM . . . R 6 -38.591 -3.481 7.125 1 15.24 ? N9 SAM 685 C 1 
HETATM 19 C C8 SAM . . . R 6 -37.278 -3.68 6.767 1 14.63 ? C8 SAM 685 C 1 
HETATM 20 N N7 SAM . . . R 6 -36.925 -4.938 6.729 1 15.83 ? N7 SAM 685 C 1 
HETATM 21 C C5 SAM . . . R 6 -38.08 -5.631 7.084 1 12.87 ? C5 SAM 685 C 1 
HETATM 22 C C6 SAM . . . R 6 -38.383 -7.035 7.24 1 13.46 ? C6 SAM 685 C 1 
HETATM 23 N N6 SAM . . . R 6 -37.473 -8.004 7.038 1 9.67 ? N6 SAM 685 C 1 
HETATM 24 N N1 SAM . . . R 6 -39.659 -7.411 7.613 1 13.43 ? N1 SAM 685 C 1 
HETATM 25 C C2 SAM . . . R 6 -40.582 -6.428 7.823 1 12.06 ? C2 SAM 685 C 1 
HETATM 26 N N3 SAM . . . R 6 -40.412 -5.085 7.709 1 10.02 ? N3 SAM 685 C 1 
HETATM 27 C C4 SAM . . . R 6 -39.12 -4.747 7.331 1 14.44 ? C4 SAM 685 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           6 
_model_server_stats.create_model_time_ms    10 
_model_server_stats.query_time_ms           244 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           27 
#