data_1P7L # _model_server_result.job_id 3mlyWmCz64o4LzGdETWi8w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-06 23:42:19' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1p7l # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":885}' # _entry.id 1P7L # _exptl.entry_id 1P7L _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 398.437 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description S-ADENOSYLMETHIONINE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1P7L _cell.length_a 225.82 _cell.length_b 69.13 _cell.length_c 118.23 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1P7L _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 R N N ? 6 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 16 A ASP 16 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 42 A GLU 42 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.172 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 238 A ASP 238 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.275 ? metalc ? metalc4 A O CYS 239 A CYS 239 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.215 ? metalc ? metalc5 H O2B ANP . A ANP 384 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.004 ? metalc ? metalc6 H O1A ANP . A ANP 384 1_555 F MG MG . A MG 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc7 H O1G ANP . A ANP 384 1_555 F MG MG . A MG 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc8 H O2B ANP . A ANP 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc9 H O2A ANP . A ANP 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc10 H O2G ANP . A ANP 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc11 E K K . A K 386 1_555 B OE2 GLU 42 B GLU 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.156 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 16 B ASP 16 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 238 B ASP 238 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? metalc ? metalc14 B O CYS 239 B CYS 239 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.274 ? metalc ? metalc15 N O2B ANP . B ANP 484 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.107 ? metalc ? metalc16 N O1A ANP . B ANP 484 1_555 K MG MG . B MG 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc17 N O1G ANP . B ANP 484 1_555 K MG MG . B MG 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc18 N O2B ANP . B ANP 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc19 N O2G ANP . B ANP 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc20 N O2A ANP . B ANP 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASP 16 C ASP 16 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc22 C OD2 ASP 16 C ASP 16 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc23 C OE2 GLU 42 C GLU 42 1_555 V K K . D K 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.015 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASP 238 C ASP 238 1_555 O K K . C K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? metalc ? metalc25 C O CYS 239 C CYS 239 1_555 O K K . C K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.143 ? metalc ? metalc26 C N CYS 239 C CYS 239 1_555 O K K . C K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.719 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 271 C ASP 271 1_555 Q MG MG . C MG 887 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc28 T O2B PPK . C PPK 684 1_555 O K K . C K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.287 ? metalc ? metalc29 T O2G PPK . C PPK 684 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? metalc ? metalc30 T O2B PPK . C PPK 684 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc31 T O2A PPK . C PPK 684 1_555 P MG MG . C MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc32 T O1G PPK . C PPK 684 1_555 U MG MG . D MG 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc33 T O1A PPK . C PPK 684 1_555 U MG MG . D MG 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc34 O K K . C K 686 1_555 D OE2 GLU 42 D GLU 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.039 ? metalc ? metalc35 Q MG MG . C MG 887 1_555 X O1G PPK . D PPK 884 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc36 Q MG MG . C MG 887 1_555 X O1A PPK . D PPK 884 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 16 D ASP 16 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 16 D ASP 16 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 238 D ASP 238 1_555 V K K . D K 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.062 ? metalc ? metalc40 D O CYS 239 D CYS 239 1_555 V K K . D K 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.157 ? metalc ? metalc41 X O2B PPK . D PPK 884 1_555 V K K . D K 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.293 ? metalc ? metalc42 X O2A PPK . D PPK 884 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? metalc ? metalc43 X O2B PPK . D PPK 884 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc44 X O2G PPK . D PPK 884 1_555 W MG MG . D MG 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? # _chem_comp.formula 'C15 H22 N6 O5 S' _chem_comp.formula_weight 398.437 _chem_comp.id SAM _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name S-ADENOSYLMETHIONINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SAM sing 345 n n N HN1 SAM sing 346 n n N HN2 SAM sing 347 n n CA C SAM sing 348 n n CA CB SAM sing 349 n n CA HA SAM sing 350 n n C O SAM doub 351 n n C OXT SAM sing 352 n n CB CG SAM sing 353 n n CB HB1 SAM sing 354 n n CB HB2 SAM sing 355 n n CG SD SAM sing 356 n n CG HG1 SAM sing 357 n n CG HG2 SAM sing 358 n n SD CE SAM sing 359 n n SD C5' SAM sing 360 n n CE HE1 SAM sing 361 n n CE HE2 SAM sing 362 n n CE HE3 SAM sing 363 n n C5' C4' SAM sing 364 n n C5' "H5'1" SAM sing 365 n n C5' "H5'2" SAM sing 366 n n C4' O4' SAM sing 367 n n C4' C3' SAM sing 368 n n C4' H4' SAM sing 369 n n O4' C1' SAM sing 370 n n C3' O3' SAM sing 371 n n C3' C2' SAM sing 372 n n C3' H3' SAM sing 373 n n O3' HO3' SAM sing 374 n n C2' O2' SAM sing 375 n n C2' C1' SAM sing 376 n n C2' H2' SAM sing 377 n n O2' HO2' SAM sing 378 n n C1' N9 SAM sing 379 n n C1' H1' SAM sing 380 n n N9 C8 SAM sing 381 n y N9 C4 SAM sing 382 n y C8 N7 SAM doub 383 n y C8 H8 SAM sing 384 n n N7 C5 SAM sing 385 n y C5 C6 SAM sing 386 n y C5 C4 SAM doub 387 n y C6 N6 SAM sing 388 n n C6 N1 SAM doub 389 n y N6 HN61 SAM sing 390 n n N6 HN62 SAM sing 391 n n N1 C2 SAM sing 392 n y C2 N3 SAM doub 393 n y C2 H2 SAM sing 394 n n N3 C4 SAM sing 395 n y # _atom_sites.entry_id 1P7L _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004428 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014465 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008458 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 K A 1 386 386 K K+ . F 3 MG A 1 387 387 MG MG+ . G 3 MG A 1 388 388 MG MG+ . H 4 ANP A 1 384 384 ANP ANP . I 5 MET A 1 485 385 MET MET . J 2 K B 1 486 386 K K+ . K 3 MG B 1 487 387 MG MG+ . L 3 MG B 1 488 388 MG MG+ . M 5 MET B 1 385 385 MET MET . N 4 ANP B 1 484 384 ANP ANP . O 2 K C 1 686 386 K K+ . P 3 MG C 1 688 388 MG MG+ . Q 3 MG C 1 887 387 MG MG+ . R 6 SAM C 1 685 385 SAM SAM . S 6 SAM C 1 885 385 SAM SAM . T 7 PPK C 1 684 384 PPK PPN . U 3 MG D 1 687 387 MG MG+ . V 2 K D 1 886 386 K K+ . W 3 MG D 1 888 388 MG MG+ . X 7 PPK D 1 884 384 PPK PPN . Y 8 HOH A 1 401 401 HOH H2O . Y 8 HOH A 2 411 411 HOH H2O . Y 8 HOH A 3 413 413 HOH H2O . Y 8 HOH A 4 500 400 HOH H2O . Y 8 HOH A 5 501 401 HOH H2O . Y 8 HOH A 6 530 430 HOH H2O . Z 8 HOH B 1 400 400 HOH H2O . Z 8 HOH B 2 513 413 HOH H2O . Z 8 HOH B 3 531 431 HOH H2O . AA 8 HOH C 1 700 400 HOH H2O . AA 8 HOH C 2 702 402 HOH H2O . AA 8 HOH C 3 711 411 HOH H2O . AA 8 HOH C 4 716 416 HOH H2O . AA 8 HOH C 5 731 431 HOH H2O . AA 8 HOH C 6 900 400 HOH H2O . AA 8 HOH C 7 902 402 HOH H2O . AA 8 HOH C 8 930 430 HOH H2O . BA 8 HOH D 1 911 411 HOH H2O . BA 8 HOH D 2 916 416 HOH H2O . BA 8 HOH D 3 931 431 HOH H2O . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SAM . . . S 6 -36.303 26.157 -0.07 1 17.96 ? N SAM 885 C 1 HETATM 2 C CA SAM . . . S 6 -36.964 27.465 -0.359 1 19.45 ? CA SAM 885 C 1 HETATM 3 C C SAM . . . S 6 -36.695 28.452 0.763 1 19.31 ? C SAM 885 C 1 HETATM 4 O O SAM . . . S 6 -37.645 29.118 1.197 1 18.87 ? O SAM 885 C 1 HETATM 5 O OXT SAM . . . S 6 -35.479 28.502 1.177 1 20.93 ? OXT SAM 885 C 1 HETATM 6 C CB SAM . . . S 6 -38.475 27.257 -0.528 1 14.46 ? CB SAM 885 C 1 HETATM 7 C CG SAM . . . S 6 -38.775 26.266 -1.604 1 15.06 ? CG SAM 885 C 1 HETATM 8 S SD SAM . . . S 6 -39.079 26.92 -3.259 1 14.69 ? SD SAM 885 C 1 HETATM 9 C CE SAM . . . S 6 -40.347 28.182 -3.043 1 9.26 ? CE SAM 885 C 1 HETATM 10 C C5' SAM . . . S 6 -39.879 25.644 -4.128 1 11.39 ? C5' SAM 885 C 1 HETATM 11 C C4' SAM . . . S 6 -39.916 25.775 -5.629 1 12.94 ? C4' SAM 885 C 1 HETATM 12 O O4' SAM . . . S 6 -40.32 27.127 -6.011 1 14.23 ? O4' SAM 885 C 1 HETATM 13 C C3' SAM . . . S 6 -38.573 25.601 -6.323 1 10.14 ? C3' SAM 885 C 1 HETATM 14 O O3' SAM . . . S 6 -38.361 24.183 -6.482 1 12.73 ? O3' SAM 885 C 1 HETATM 15 C C2' SAM . . . S 6 -38.81 26.272 -7.643 1 12.12 ? C2' SAM 885 C 1 HETATM 16 O O2' SAM . . . S 6 -39.303 25.516 -8.746 1 12.67 ? O2' SAM 885 C 1 HETATM 17 C C1' SAM . . . S 6 -39.687 27.483 -7.221 1 10.84 ? C1' SAM 885 C 1 HETATM 18 N N9 SAM . . . S 6 -38.94 28.727 -7.026 1 8.6 ? N9 SAM 885 C 1 HETATM 19 C C8 SAM . . . S 6 -37.633 28.957 -6.636 1 11.56 ? C8 SAM 885 C 1 HETATM 20 N N7 SAM . . . S 6 -37.308 30.22 -6.566 1 8.07 ? N7 SAM 885 C 1 HETATM 21 C C5 SAM . . . S 6 -38.469 30.883 -6.933 1 13.29 ? C5 SAM 885 C 1 HETATM 22 C C6 SAM . . . S 6 -38.808 32.276 -7.063 1 15.7 ? C6 SAM 885 C 1 HETATM 23 N N6 SAM . . . S 6 -37.923 33.262 -6.815 1 14.18 ? N6 SAM 885 C 1 HETATM 24 N N1 SAM . . . S 6 -40.089 32.627 -7.462 1 18.08 ? N1 SAM 885 C 1 HETATM 25 C C2 SAM . . . S 6 -40.976 31.625 -7.711 1 16.99 ? C2 SAM 885 C 1 HETATM 26 N N3 SAM . . . S 6 -40.772 30.281 -7.618 1 15.59 ? N3 SAM 885 C 1 HETATM 27 C C4 SAM . . . S 6 -39.487 29.973 -7.218 1 15.74 ? C4 SAM 885 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 20 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 236 _model_server_stats.encode_time_ms 14 _model_server_stats.element_count 27 #