data_1PK0
#
_model_server_result.job_id            0qfNykkEFoxAE8QedEMNpA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-30 12:08:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1pk0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":803}' 
#
_entry.id    1PK0 
#
_exptl.entry_id    1PK0 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1PK0 
_cell.length_a            116.263 
_cell.length_b            165.759 
_cell.length_c            342.409 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1PK0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        23 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 2 2 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? hexameric 6 author_defined_assembly 1 
PISA,PQS dimeric 2 software_defined_assembly 2 
PISA,PQS dimeric 2 software_defined_assembly 3 
PISA,PQS dimeric 2 software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 1 1 
C,F,K,L,Q,R,U 2 1 
A,D,G,H,M,N,S,V 3 1 
B,E,I,J,O,P,T 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 M N N 
? 5 N N N 
? 5 O N N 
? 5 P N N 
? 5 Q N N 
? 5 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 200 A ASP 491 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 200 A ASP 491 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 202 A ASP 493 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 202 A ASP 493 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc5 A NE2 HIS 286 A HIS 577 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? 
metalc ? metalc6 G YB YB . A YB 901 1_555 H O3A EMA . A EMA 1999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.431 ? 
metalc ? metalc7 G YB YB . A YB 901 1_555 H O5' EMA . A EMA 1999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.125 ? 
metalc ? metalc8 B OD1 ASP 200 B ASP 491 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.079 ? 
metalc ? metalc9 B OD2 ASP 200 B ASP 491 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 202 B ASP 493 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.09 ? 
metalc ? metalc11 B OD2 ASP 202 B ASP 493 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc12 B NE2 HIS 286 B HIS 577 1_555 I YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? 
metalc ? metalc13 I YB YB . B YB 902 1_555 J O5' EMA . B EMA 2999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.076 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASP 200 C ASP 491 1_555 K YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc15 C OD2 ASP 200 C ASP 491 1_555 K YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc16 C OD1 ASP 202 C ASP 493 1_555 K YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.151 ? 
metalc ? metalc17 C OD2 ASP 202 C ASP 493 1_555 K YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc18 C NE2 HIS 286 C HIS 577 1_555 K YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? 
metalc ? metalc19 K YB YB . C YB 903 1_555 L O1A EMA . C EMA 3999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.436 ? 
metalc ? metalc20 K YB YB . C YB 903 1_555 L O5' EMA . C EMA 3999 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.492 ? 
metalc ? metalc21 D OD1 ASP 93 D ASP 93 1_555 N CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.712 ? 
metalc ? metalc22 D OD1 ASP 95 D ASP 95 1_555 N CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc23 D O TYR 99 D TYR 99 1_555 N CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? 
metalc ? metalc24 D OE1 GLU 104 D GLU 104 1_555 N CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? 
metalc ? metalc25 D OE2 GLU 104 D GLU 104 1_555 N CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? 
metalc ? metalc26 D OD1 ASP 131 D ASP 131 1_555 M CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc27 D OD2 ASP 131 D ASP 131 1_555 M CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc28 D OD1 ASP 133 D ASP 133 1_555 M CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? 
metalc ? metalc29 D OD2 ASP 133 D ASP 133 1_555 M CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.013 ? 
metalc ? metalc30 D O GLN 135 D GLN 135 1_555 M CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc31 D OE1 GLU 140 D GLU 140 1_555 M CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc32 D OE2 GLU 140 D GLU 140 1_555 M CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? 
metalc ? metalc33 E OD1 ASP 93 E ASP 93 1_555 P CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? 
metalc ? metalc34 E OD1 ASP 95 E ASP 95 1_555 P CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc35 E OD1 ASN 97 E ASN 97 1_555 P CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? 
metalc ? metalc36 E O TYR 99 E TYR 99 1_555 P CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc37 E OE1 GLU 104 E GLU 104 1_555 P CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc38 E OE2 GLU 104 E GLU 104 1_555 P CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? 
metalc ? metalc39 E OD1 ASP 131 E ASP 131 1_555 O CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
metalc ? metalc40 E OD2 ASP 131 E ASP 131 1_555 O CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? 
metalc ? metalc41 E OD1 ASP 133 E ASP 133 1_555 O CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? 
metalc ? metalc42 E OD2 ASP 133 E ASP 133 1_555 O CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc43 E O GLN 135 E GLN 135 1_555 O CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc44 E OE1 GLU 140 E GLU 140 1_555 O CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? 
metalc ? metalc45 E OE2 GLU 140 E GLU 140 1_555 O CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? 
metalc ? metalc46 F OD1 ASP 93 F ASP 93 1_555 R CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? 
metalc ? metalc47 F OD1 ASP 95 F ASP 95 1_555 R CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc48 F O TYR 99 F TYR 99 1_555 R CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.981 ? 
metalc ? metalc49 F OE1 GLU 104 F GLU 104 1_555 R CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc50 F OE2 GLU 104 F GLU 104 1_555 R CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.028 ? 
metalc ? metalc51 F OD1 ASP 131 F ASP 131 1_555 Q CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc52 F OD2 ASP 131 F ASP 131 1_555 Q CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.044 ? 
metalc ? metalc53 F OD1 ASP 133 F ASP 133 1_555 Q CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
metalc ? metalc54 F O GLN 135 F GLN 135 1_555 Q CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc55 F OE1 GLU 140 F GLU 140 1_555 Q CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc56 F OE2 GLU 140 F GLU 140 1_555 Q CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1PK0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008601 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006033 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00292 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 YB A 1 901 901 YB YB3 . 
H 4 EMA A 1 1999 999 EMA PMP . 
I 3 YB B 1 902 902 YB YB3 . 
J 4 EMA B 1 2999 999 EMA PMP . 
K 3 YB C 1 903 903 YB YB3 . 
L 4 EMA C 1 3999 999 EMA PMP . 
M 5 CA D 1 800 800 CA CA2 . 
N 5 CA D 1 801 801 CA CA2 . 
O 5 CA E 1 802 802 CA CA2 . 
P 5 CA E 1 803 803 CA CA2 . 
Q 5 CA F 1 804 804 CA CA2 . 
R 5 CA F 1 805 805 CA CA2 . 
S 6 HOH A 1 2 2 HOH HOH . 
S 6 HOH A 2 3 3 HOH HOH . 
S 6 HOH A 3 4 4 HOH HOH . 
S 6 HOH A 4 5 5 HOH HOH . 
S 6 HOH A 5 7 7 HOH HOH . 
S 6 HOH A 6 16 16 HOH HOH . 
T 6 HOH B 1 1 1 HOH HOH . 
T 6 HOH B 2 8 8 HOH HOH . 
T 6 HOH B 3 9 9 HOH HOH . 
T 6 HOH B 4 10 10 HOH HOH . 
T 6 HOH B 5 11 11 HOH HOH . 
T 6 HOH B 6 12 12 HOH HOH . 
U 6 HOH C 1 6 6 HOH HOH . 
U 6 HOH C 2 13 13 HOH HOH . 
U 6 HOH C 3 14 14 HOH HOH . 
U 6 HOH C 4 15 15 HOH HOH . 
V 6 HOH D 1 802 17 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         P 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               -17.433 
_atom_site.Cartn_y               26.569 
_atom_site.Cartn_z               33.957 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        47 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           803 
_atom_site.auth_asym_id          E 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           11 
_model_server_stats.create_model_time_ms    44 
_model_server_stats.query_time_ms           441 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#