data_1PK6
#
_model_server_result.job_id            mKGc5E6I3zKYLg8Phak-nw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-06-26 23:55:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1pk6 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1}' 
#
_entry.id    1PK6 
#
_exptl.entry_id    1PK6 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          112.32 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1PK6 
_cell.length_a            80.182 
_cell.length_b            53.222 
_cell.length_c            90.88 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1PK6 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             D 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 61 A CYS 150 1_555 A SG CYS 79 A CYS 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 63 B CYS 154 1_555 B SG CYS 80 B CYS 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 63 C CYS 151 1_555 C SG CYS 77 C CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLN 88 A GLN 177 1_555 D CA CA . B CA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? 
metalc ? metalc2 D CA CA . B CA 1 1_555 B OD2 ASP 81 B ASP 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? 
metalc ? metalc3 D CA CA . B CA 1 1_555 B O TYR 82 B TYR 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? 
metalc ? metalc4 D CA CA . B CA 1 1_555 B OE1 GLN 88 B GLN 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc5 D CA CA . B CA 1 1_555 F O HOH . B HOH 244 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? 
metalc ? metalc6 D CA CA . B CA 1 1_555 G O HOH . C HOH 272 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1PK6 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012472 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00512 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.018789 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011895 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 CA B 1 1 1 CA CA . 
E 5 HOH A 1 223 4 HOH WAT . 
E 5 HOH A 2 224 5 HOH WAT . 
E 5 HOH A 3 225 8 HOH WAT . 
E 5 HOH A 4 226 11 HOH WAT . 
E 5 HOH A 5 227 14 HOH WAT . 
E 5 HOH A 6 228 20 HOH WAT . 
E 5 HOH A 7 229 25 HOH WAT . 
E 5 HOH A 8 230 29 HOH WAT . 
E 5 HOH A 9 231 35 HOH WAT . 
E 5 HOH A 10 232 37 HOH WAT . 
E 5 HOH A 11 233 38 HOH WAT . 
E 5 HOH A 12 234 43 HOH WAT . 
E 5 HOH A 13 235 45 HOH WAT . 
E 5 HOH A 14 236 49 HOH WAT . 
E 5 HOH A 15 237 50 HOH WAT . 
E 5 HOH A 16 238 51 HOH WAT . 
E 5 HOH A 17 239 53 HOH WAT . 
E 5 HOH A 18 240 59 HOH WAT . 
E 5 HOH A 19 241 66 HOH WAT . 
E 5 HOH A 20 242 79 HOH WAT . 
E 5 HOH A 21 243 111 HOH WAT . 
E 5 HOH A 22 244 115 HOH WAT . 
E 5 HOH A 23 245 116 HOH WAT . 
E 5 HOH A 24 246 124 HOH WAT . 
E 5 HOH A 25 247 125 HOH WAT . 
E 5 HOH A 26 248 130 HOH WAT . 
E 5 HOH A 27 249 133 HOH WAT . 
E 5 HOH A 28 250 135 HOH WAT . 
E 5 HOH A 29 251 144 HOH WAT . 
E 5 HOH A 30 252 146 HOH WAT . 
E 5 HOH A 31 253 148 HOH WAT . 
E 5 HOH A 32 254 150 HOH WAT . 
E 5 HOH A 33 255 152 HOH WAT . 
E 5 HOH A 34 256 153 HOH WAT . 
E 5 HOH A 35 257 154 HOH WAT . 
E 5 HOH A 36 258 163 HOH WAT . 
E 5 HOH A 37 259 164 HOH WAT . 
E 5 HOH A 38 260 165 HOH WAT . 
E 5 HOH A 39 261 167 HOH WAT . 
E 5 HOH A 40 262 169 HOH WAT . 
E 5 HOH A 41 263 170 HOH WAT . 
E 5 HOH A 42 264 171 HOH WAT . 
E 5 HOH A 43 265 173 HOH WAT . 
E 5 HOH A 44 266 174 HOH WAT . 
E 5 HOH A 45 267 176 HOH WAT . 
E 5 HOH A 46 268 179 HOH WAT . 
E 5 HOH A 47 269 184 HOH WAT . 
E 5 HOH A 48 270 186 HOH WAT . 
E 5 HOH A 49 271 187 HOH WAT . 
E 5 HOH A 50 272 189 HOH WAT . 
E 5 HOH A 51 273 192 HOH WAT . 
E 5 HOH A 52 274 196 HOH WAT . 
E 5 HOH A 53 275 200 HOH WAT . 
E 5 HOH A 54 276 203 HOH WAT . 
E 5 HOH A 55 277 204 HOH WAT . 
E 5 HOH A 56 278 207 HOH WAT . 
E 5 HOH A 57 279 208 HOH WAT . 
E 5 HOH A 58 280 209 HOH WAT . 
E 5 HOH A 59 281 211 HOH WAT . 
E 5 HOH A 60 282 213 HOH WAT . 
E 5 HOH A 61 283 215 HOH WAT . 
E 5 HOH A 62 284 217 HOH WAT . 
E 5 HOH A 63 285 218 HOH WAT . 
E 5 HOH A 64 286 220 HOH WAT . 
E 5 HOH A 65 287 221 HOH WAT . 
E 5 HOH A 66 288 228 HOH WAT . 
E 5 HOH A 67 289 231 HOH WAT . 
E 5 HOH A 68 290 233 HOH WAT . 
E 5 HOH A 69 291 234 HOH WAT . 
E 5 HOH A 70 292 236 HOH WAT . 
E 5 HOH A 71 293 240 HOH WAT . 
E 5 HOH A 72 294 241 HOH WAT . 
E 5 HOH A 73 295 251 HOH WAT . 
E 5 HOH A 74 296 254 HOH WAT . 
E 5 HOH A 75 297 255 HOH WAT . 
E 5 HOH A 76 298 256 HOH WAT . 
F 5 HOH B 1 224 13 HOH WAT . 
F 5 HOH B 2 225 22 HOH WAT . 
F 5 HOH B 3 226 23 HOH WAT . 
F 5 HOH B 4 227 24 HOH WAT . 
F 5 HOH B 5 228 34 HOH WAT . 
F 5 HOH B 6 229 39 HOH WAT . 
F 5 HOH B 7 230 40 HOH WAT . 
F 5 HOH B 8 231 55 HOH WAT . 
F 5 HOH B 9 232 67 HOH WAT . 
F 5 HOH B 10 233 118 HOH WAT . 
F 5 HOH B 11 234 119 HOH WAT . 
F 5 HOH B 12 235 123 HOH WAT . 
F 5 HOH B 13 236 127 HOH WAT . 
F 5 HOH B 14 237 131 HOH WAT . 
F 5 HOH B 15 238 132 HOH WAT . 
F 5 HOH B 16 239 141 HOH WAT . 
F 5 HOH B 17 240 149 HOH WAT . 
F 5 HOH B 18 241 158 HOH WAT . 
F 5 HOH B 19 242 162 HOH WAT . 
F 5 HOH B 20 243 178 HOH WAT . 
F 5 HOH B 21 244 180 HOH WAT . 
F 5 HOH B 22 245 190 HOH WAT . 
F 5 HOH B 23 246 194 HOH WAT . 
F 5 HOH B 24 247 197 HOH WAT . 
F 5 HOH B 25 248 202 HOH WAT . 
F 5 HOH B 26 249 214 HOH WAT . 
F 5 HOH B 27 250 216 HOH WAT . 
F 5 HOH B 28 251 219 HOH WAT . 
F 5 HOH B 29 252 222 HOH WAT . 
F 5 HOH B 30 253 224 HOH WAT . 
F 5 HOH B 31 254 225 HOH WAT . 
F 5 HOH B 32 255 226 HOH WAT . 
F 5 HOH B 33 256 232 HOH WAT . 
F 5 HOH B 34 257 235 HOH WAT . 
F 5 HOH B 35 258 237 HOH WAT . 
F 5 HOH B 36 259 238 HOH WAT . 
F 5 HOH B 37 260 242 HOH WAT . 
F 5 HOH B 38 261 243 HOH WAT . 
F 5 HOH B 39 262 244 HOH WAT . 
F 5 HOH B 40 263 245 HOH WAT . 
F 5 HOH B 41 264 246 HOH WAT . 
F 5 HOH B 42 265 247 HOH WAT . 
F 5 HOH B 43 266 248 HOH WAT . 
F 5 HOH B 44 267 249 HOH WAT . 
F 5 HOH B 45 268 252 HOH WAT . 
F 5 HOH B 46 269 253 HOH WAT . 
G 5 HOH C 1 218 1 HOH WAT . 
G 5 HOH C 2 219 2 HOH WAT . 
G 5 HOH C 3 220 3 HOH WAT . 
G 5 HOH C 4 221 6 HOH WAT . 
G 5 HOH C 5 222 7 HOH WAT . 
G 5 HOH C 6 223 9 HOH WAT . 
G 5 HOH C 7 224 10 HOH WAT . 
G 5 HOH C 8 225 12 HOH WAT . 
G 5 HOH C 9 226 16 HOH WAT . 
G 5 HOH C 10 227 18 HOH WAT . 
G 5 HOH C 11 228 19 HOH WAT . 
G 5 HOH C 12 229 27 HOH WAT . 
G 5 HOH C 13 230 28 HOH WAT . 
G 5 HOH C 14 231 30 HOH WAT . 
G 5 HOH C 15 232 31 HOH WAT . 
G 5 HOH C 16 233 32 HOH WAT . 
G 5 HOH C 17 234 33 HOH WAT . 
G 5 HOH C 18 235 56 HOH WAT . 
G 5 HOH C 19 236 68 HOH WAT . 
G 5 HOH C 20 237 105 HOH WAT . 
G 5 HOH C 21 238 107 HOH WAT . 
G 5 HOH C 22 239 108 HOH WAT . 
G 5 HOH C 23 240 109 HOH WAT . 
G 5 HOH C 24 241 110 HOH WAT . 
G 5 HOH C 25 242 114 HOH WAT . 
G 5 HOH C 26 243 117 HOH WAT . 
G 5 HOH C 27 244 120 HOH WAT . 
G 5 HOH C 28 245 121 HOH WAT . 
G 5 HOH C 29 246 122 HOH WAT . 
G 5 HOH C 30 247 126 HOH WAT . 
G 5 HOH C 31 248 128 HOH WAT . 
G 5 HOH C 32 249 129 HOH WAT . 
G 5 HOH C 33 250 134 HOH WAT . 
G 5 HOH C 34 251 136 HOH WAT . 
G 5 HOH C 35 252 137 HOH WAT . 
G 5 HOH C 36 253 138 HOH WAT . 
G 5 HOH C 37 254 139 HOH WAT . 
G 5 HOH C 38 255 140 HOH WAT . 
G 5 HOH C 39 256 142 HOH WAT . 
G 5 HOH C 40 257 143 HOH WAT . 
G 5 HOH C 41 258 145 HOH WAT . 
G 5 HOH C 42 259 147 HOH WAT . 
G 5 HOH C 43 260 151 HOH WAT . 
G 5 HOH C 44 261 155 HOH WAT . 
G 5 HOH C 45 262 156 HOH WAT . 
G 5 HOH C 46 263 157 HOH WAT . 
G 5 HOH C 47 264 159 HOH WAT . 
G 5 HOH C 48 265 160 HOH WAT . 
G 5 HOH C 49 266 161 HOH WAT . 
G 5 HOH C 50 267 166 HOH WAT . 
G 5 HOH C 51 268 168 HOH WAT . 
G 5 HOH C 52 269 172 HOH WAT . 
G 5 HOH C 53 270 175 HOH WAT . 
G 5 HOH C 54 271 177 HOH WAT . 
G 5 HOH C 55 272 181 HOH WAT . 
G 5 HOH C 56 273 182 HOH WAT . 
G 5 HOH C 57 274 183 HOH WAT . 
G 5 HOH C 58 275 185 HOH WAT . 
G 5 HOH C 59 276 188 HOH WAT . 
G 5 HOH C 60 277 191 HOH WAT . 
G 5 HOH C 61 278 193 HOH WAT . 
G 5 HOH C 62 279 195 HOH WAT . 
G 5 HOH C 63 280 198 HOH WAT . 
G 5 HOH C 64 281 199 HOH WAT . 
G 5 HOH C 65 282 201 HOH WAT . 
G 5 HOH C 66 283 205 HOH WAT . 
G 5 HOH C 67 284 206 HOH WAT . 
G 5 HOH C 68 285 210 HOH WAT . 
G 5 HOH C 69 286 212 HOH WAT . 
G 5 HOH C 70 287 223 HOH WAT . 
G 5 HOH C 71 288 229 HOH WAT . 
G 5 HOH C 72 289 230 HOH WAT . 
G 5 HOH C 73 290 239 HOH WAT . 
G 5 HOH C 74 291 250 HOH WAT . 
G 5 HOH C 75 292 257 HOH WAT . 
G 5 HOH C 76 293 258 HOH WAT . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         D 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               31.458 
_atom_site.Cartn_y               47.638 
_atom_site.Cartn_z               20.022 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        27.37 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              66 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           603 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#