data_1PR2
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_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 08:28:20' 
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          1pr2 
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_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1247}' 
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#
_exptl.entry_id    1PR2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              250.254 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            9-(2-DEOXY-BETA-D-RIBOFURANOSYL)-6-METHYLPURINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         90 
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_cell.length_b            121.2 
_cell.length_c            240.8 
_cell.Z_PDB               36 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
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_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        178 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 61 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA,PQS 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
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_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 12_555 x,x-y,-z+1/6 0.5 0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 -1 0 0 40.133333 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 G N N 
? 3 I N N 
#
_chem_comp.formula           'C11 H14 N4 O3' 
_chem_comp.formula_weight    250.254 
_chem_comp.id                MDR 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              9-(2-DEOXY-BETA-D-RIBOFURANOSYL)-6-METHYLPURINE 
_chem_comp.type              'dna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C6' C6 MDR sing 218 n n 
C6' "H6'1" MDR sing 219 n n 
C6' "H6'2" MDR sing 220 n n 
C6' "H6'3" MDR sing 221 n n 
C6 N1 MDR doub 222 n y 
C6 C5 MDR sing 223 n y 
N1 C2 MDR sing 224 n y 
C2 N3 MDR doub 225 n y 
C2 H2 MDR sing 226 n n 
N3 C4 MDR sing 227 n y 
C4 C5 MDR doub 228 n y 
C4 N9 MDR sing 229 n y 
C5 N7 MDR sing 230 n y 
N7 C8 MDR doub 231 n y 
C8 N9 MDR sing 232 n y 
C8 H8 MDR sing 233 n n 
N9 C1' MDR sing 234 n n 
C1' C2' MDR sing 235 n n 
C1' O4' MDR sing 236 n n 
C1' H1' MDR sing 237 n n 
C2' C3' MDR sing 238 n n 
C2' "H2'1" MDR sing 239 n n 
C2' "H2'2" MDR sing 240 n n 
C3' O3' MDR sing 241 n n 
C3' C4' MDR sing 242 n n 
C3' H3' MDR sing 243 n n 
O3' H1 MDR sing 244 n n 
C4' C5' MDR sing 245 n n 
C4' O4' MDR sing 246 n n 
C4' H4' MDR sing 247 n n 
C5' O5' MDR sing 248 n n 
C5' "H5'1" MDR sing 249 n n 
C5' "H5'2" MDR sing 250 n n 
O5' H5' MDR sing 251 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1PR2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008251 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.004764 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009527 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004153 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
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loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 PO4 A 1 1248 247 PO4 PO4 . 
E 3 MDR A 1 1245 245 MDR MDR . 
F 2 PO4 B 1 1249 247 PO4 PO4 . 
G 3 MDR B 1 1246 245 MDR MDR . 
H 2 PO4 C 1 1250 247 PO4 PO4 . 
I 3 MDR C 1 1247 245 MDR MDR . 
J 4 HOH A 1 1249 2 HOH WAT . 
J 4 HOH A 2 1250 5 HOH WAT . 
J 4 HOH A 3 1251 8 HOH WAT . 
J 4 HOH A 4 1252 9 HOH WAT . 
J 4 HOH A 5 1253 12 HOH WAT . 
J 4 HOH A 6 1254 13 HOH WAT . 
J 4 HOH A 7 1255 17 HOH WAT . 
J 4 HOH A 8 1256 18 HOH WAT . 
J 4 HOH A 9 1257 19 HOH WAT . 
J 4 HOH A 10 1258 20 HOH WAT . 
J 4 HOH A 11 1259 24 HOH WAT . 
J 4 HOH A 12 1260 27 HOH WAT . 
J 4 HOH A 13 1261 29 HOH WAT . 
J 4 HOH A 14 1262 33 HOH WAT . 
J 4 HOH A 15 1263 34 HOH WAT . 
J 4 HOH A 16 1264 36 HOH WAT . 
J 4 HOH A 17 1265 39 HOH WAT . 
J 4 HOH A 18 1266 43 HOH WAT . 
J 4 HOH A 19 1267 48 HOH WAT . 
J 4 HOH A 20 1268 51 HOH WAT . 
J 4 HOH A 21 1269 58 HOH WAT . 
J 4 HOH A 22 1270 62 HOH WAT . 
J 4 HOH A 23 1271 69 HOH WAT . 
J 4 HOH A 24 1272 72 HOH WAT . 
J 4 HOH A 25 1273 73 HOH WAT . 
J 4 HOH A 26 1274 77 HOH WAT . 
J 4 HOH A 27 1275 79 HOH WAT . 
J 4 HOH A 28 1276 81 HOH WAT . 
J 4 HOH A 29 1277 85 HOH WAT . 
J 4 HOH A 30 1278 94 HOH WAT . 
J 4 HOH A 31 1279 96 HOH WAT . 
J 4 HOH A 32 1280 98 HOH WAT . 
J 4 HOH A 33 1281 103 HOH WAT . 
J 4 HOH A 34 1282 105 HOH WAT . 
J 4 HOH A 35 1283 106 HOH WAT . 
J 4 HOH A 36 1284 108 HOH WAT . 
J 4 HOH A 37 1285 112 HOH WAT . 
J 4 HOH A 38 1286 113 HOH WAT . 
J 4 HOH A 39 1287 118 HOH WAT . 
J 4 HOH A 40 1288 119 HOH WAT . 
J 4 HOH A 41 1289 124 HOH WAT . 
J 4 HOH A 42 1290 128 HOH WAT . 
J 4 HOH A 43 1291 129 HOH WAT . 
J 4 HOH A 44 1292 131 HOH WAT . 
J 4 HOH A 45 1293 133 HOH WAT . 
J 4 HOH A 46 1294 136 HOH WAT . 
J 4 HOH A 47 1295 142 HOH WAT . 
J 4 HOH A 48 1296 143 HOH WAT . 
J 4 HOH A 49 1297 144 HOH WAT . 
J 4 HOH A 50 1298 147 HOH WAT . 
J 4 HOH A 51 1299 150 HOH WAT . 
J 4 HOH A 52 1300 154 HOH WAT . 
J 4 HOH A 53 1301 155 HOH WAT . 
J 4 HOH A 54 1302 156 HOH WAT . 
J 4 HOH A 55 1303 163 HOH WAT . 
J 4 HOH A 56 1304 165 HOH WAT . 
J 4 HOH A 57 1305 167 HOH WAT . 
J 4 HOH A 58 1306 169 HOH WAT . 
J 4 HOH A 59 1307 172 HOH WAT . 
J 4 HOH A 60 1308 176 HOH WAT . 
J 4 HOH A 61 1309 180 HOH WAT . 
J 4 HOH A 62 1310 184 HOH WAT . 
J 4 HOH A 63 1311 186 HOH WAT . 
J 4 HOH A 64 1312 187 HOH WAT . 
J 4 HOH A 65 1313 192 HOH WAT . 
J 4 HOH A 66 1314 198 HOH WAT . 
J 4 HOH A 67 1315 199 HOH WAT . 
J 4 HOH A 68 1316 206 HOH WAT . 
J 4 HOH A 69 1317 210 HOH WAT . 
J 4 HOH A 70 1318 212 HOH WAT . 
J 4 HOH A 71 1319 213 HOH WAT . 
J 4 HOH A 72 1320 215 HOH WAT . 
J 4 HOH A 73 1321 217 HOH WAT . 
J 4 HOH A 74 1322 219 HOH WAT . 
J 4 HOH A 75 1323 227 HOH WAT . 
J 4 HOH A 76 1324 228 HOH WAT . 
J 4 HOH A 77 1325 229 HOH WAT . 
J 4 HOH A 78 1326 233 HOH WAT . 
J 4 HOH A 79 1327 235 HOH WAT . 
J 4 HOH A 80 1328 239 HOH WAT . 
J 4 HOH A 81 1329 249 HOH WAT . 
J 4 HOH A 82 1330 252 HOH WAT . 
J 4 HOH A 83 1331 253 HOH WAT . 
J 4 HOH A 84 1332 262 HOH WAT . 
J 4 HOH A 85 1333 264 HOH WAT . 
J 4 HOH A 86 1334 266 HOH WAT . 
J 4 HOH A 87 1335 267 HOH WAT . 
J 4 HOH A 88 1336 268 HOH WAT . 
J 4 HOH A 89 1337 271 HOH WAT . 
J 4 HOH A 90 1338 274 HOH WAT . 
J 4 HOH A 91 1339 275 HOH WAT . 
J 4 HOH A 92 1340 285 HOH WAT . 
J 4 HOH A 93 1341 288 HOH WAT . 
J 4 HOH A 94 1342 292 HOH WAT . 
J 4 HOH A 95 1343 297 HOH WAT . 
J 4 HOH A 96 1344 301 HOH WAT . 
J 4 HOH A 97 1345 316 HOH WAT . 
J 4 HOH A 98 1346 317 HOH WAT . 
J 4 HOH A 99 1347 319 HOH WAT . 
J 4 HOH A 100 1348 321 HOH WAT . 
J 4 HOH A 101 1349 331 HOH WAT . 
J 4 HOH A 102 1350 333 HOH WAT . 
J 4 HOH A 103 1351 334 HOH WAT . 
J 4 HOH A 104 1352 335 HOH WAT . 
J 4 HOH A 105 1353 340 HOH WAT . 
J 4 HOH A 106 1354 341 HOH WAT . 
J 4 HOH A 107 1355 343 HOH WAT . 
J 4 HOH A 108 1356 348 HOH WAT . 
J 4 HOH A 109 1357 353 HOH WAT . 
J 4 HOH A 110 1358 354 HOH WAT . 
K 4 HOH B 1 1250 3 HOH WAT . 
K 4 HOH B 2 1251 4 HOH WAT . 
K 4 HOH B 3 1252 7 HOH WAT . 
K 4 HOH B 4 1253 11 HOH WAT . 
K 4 HOH B 5 1254 14 HOH WAT . 
K 4 HOH B 6 1255 15 HOH WAT . 
K 4 HOH B 7 1256 22 HOH WAT . 
K 4 HOH B 8 1257 25 HOH WAT . 
K 4 HOH B 9 1258 28 HOH WAT . 
K 4 HOH B 10 1259 38 HOH WAT . 
K 4 HOH B 11 1260 41 HOH WAT . 
K 4 HOH B 12 1261 45 HOH WAT . 
K 4 HOH B 13 1262 46 HOH WAT . 
K 4 HOH B 14 1263 47 HOH WAT . 
K 4 HOH B 15 1264 49 HOH WAT . 
K 4 HOH B 16 1265 52 HOH WAT . 
K 4 HOH B 17 1266 53 HOH WAT . 
K 4 HOH B 18 1267 55 HOH WAT . 
K 4 HOH B 19 1268 56 HOH WAT . 
K 4 HOH B 20 1269 61 HOH WAT . 
K 4 HOH B 21 1270 64 HOH WAT . 
K 4 HOH B 22 1271 65 HOH WAT . 
K 4 HOH B 23 1272 70 HOH WAT . 
K 4 HOH B 24 1273 74 HOH WAT . 
K 4 HOH B 25 1274 75 HOH WAT . 
K 4 HOH B 26 1275 76 HOH WAT . 
K 4 HOH B 27 1276 80 HOH WAT . 
K 4 HOH B 28 1277 88 HOH WAT . 
K 4 HOH B 29 1278 89 HOH WAT . 
K 4 HOH B 30 1279 92 HOH WAT . 
K 4 HOH B 31 1280 93 HOH WAT . 
K 4 HOH B 32 1281 97 HOH WAT . 
K 4 HOH B 33 1282 102 HOH WAT . 
K 4 HOH B 34 1283 104 HOH WAT . 
K 4 HOH B 35 1284 109 HOH WAT . 
K 4 HOH B 36 1285 110 HOH WAT . 
K 4 HOH B 37 1286 111 HOH WAT . 
K 4 HOH B 38 1287 115 HOH WAT . 
K 4 HOH B 39 1288 117 HOH WAT . 
K 4 HOH B 40 1289 123 HOH WAT . 
K 4 HOH B 41 1290 125 HOH WAT . 
K 4 HOH B 42 1291 127 HOH WAT . 
K 4 HOH B 43 1292 139 HOH WAT . 
K 4 HOH B 44 1293 152 HOH WAT . 
K 4 HOH B 45 1294 160 HOH WAT . 
K 4 HOH B 46 1295 166 HOH WAT . 
K 4 HOH B 47 1296 170 HOH WAT . 
K 4 HOH B 48 1297 171 HOH WAT . 
K 4 HOH B 49 1298 173 HOH WAT . 
K 4 HOH B 50 1299 174 HOH WAT . 
K 4 HOH B 51 1300 175 HOH WAT . 
K 4 HOH B 52 1301 177 HOH WAT . 
K 4 HOH B 53 1302 179 HOH WAT . 
K 4 HOH B 54 1303 188 HOH WAT . 
K 4 HOH B 55 1304 189 HOH WAT . 
K 4 HOH B 56 1305 193 HOH WAT . 
K 4 HOH B 57 1306 197 HOH WAT . 
K 4 HOH B 58 1307 201 HOH WAT . 
K 4 HOH B 59 1308 202 HOH WAT . 
K 4 HOH B 60 1309 204 HOH WAT . 
K 4 HOH B 61 1310 205 HOH WAT . 
K 4 HOH B 62 1311 208 HOH WAT . 
K 4 HOH B 63 1312 218 HOH WAT . 
K 4 HOH B 64 1313 231 HOH WAT . 
K 4 HOH B 65 1314 232 HOH WAT . 
K 4 HOH B 66 1315 234 HOH WAT . 
K 4 HOH B 67 1316 236 HOH WAT . 
K 4 HOH B 68 1317 243 HOH WAT . 
K 4 HOH B 69 1318 247 HOH WAT . 
K 4 HOH B 70 1319 251 HOH WAT . 
K 4 HOH B 71 1320 257 HOH WAT . 
K 4 HOH B 72 1321 259 HOH WAT . 
K 4 HOH B 73 1322 261 HOH WAT . 
K 4 HOH B 74 1323 263 HOH WAT . 
K 4 HOH B 75 1324 265 HOH WAT . 
K 4 HOH B 76 1325 269 HOH WAT . 
K 4 HOH B 77 1326 270 HOH WAT . 
K 4 HOH B 78 1327 272 HOH WAT . 
K 4 HOH B 79 1328 277 HOH WAT . 
K 4 HOH B 80 1329 281 HOH WAT . 
K 4 HOH B 81 1330 282 HOH WAT . 
K 4 HOH B 82 1331 283 HOH WAT . 
K 4 HOH B 83 1332 284 HOH WAT . 
K 4 HOH B 84 1333 286 HOH WAT . 
K 4 HOH B 85 1334 291 HOH WAT . 
K 4 HOH B 86 1335 293 HOH WAT . 
K 4 HOH B 87 1336 295 HOH WAT . 
K 4 HOH B 88 1337 298 HOH WAT . 
K 4 HOH B 89 1338 303 HOH WAT . 
K 4 HOH B 90 1339 304 HOH WAT . 
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