data_1PYF # _model_server_result.job_id 6yrMPkdj5JlaDAVDLwtoAA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-18 11:55:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1pyf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":313}' # _entry.id 1PYF # _exptl.entry_id 1PYF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1PYF _cell.length_a 46.277 _cell.length_b 88.101 _cell.length_c 94.566 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1PYF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C THR 50 A THR 50 1_555 A N MSE 51 A MSE 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C MSE 51 A MSE 51 1_555 A N LEU 52 A LEU 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale3 A C GLU 142 A GLU 142 1_555 A N MSE 143 A MSE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale4 A C MSE 143 A MSE 143 1_555 A N LYS 144 A LYS 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? metalc ? metalc1 A O LEU 268 A LEU 268 1_555 B NA NA . A NA 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc2 A O ARG 270 A ARG 270 1_555 B NA NA . A NA 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc3 A O ILE 273 A ILE 273 1_555 B NA NA . A NA 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc4 B NA NA . A NA 315 1_555 E O HOH . A HOH 343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc5 B NA NA . A NA 315 1_555 E O HOH . A HOH 396 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc6 B NA NA . A NA 315 1_555 E O HOH . A HOH 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 70 n n C1 C2 EDO sing 71 n n C1 H11 EDO sing 72 n n C1 H12 EDO sing 73 n n O1 HO1 EDO sing 74 n n C2 O2 EDO sing 75 n n C2 H21 EDO sing 76 n n C2 H22 EDO sing 77 n n O2 HO2 EDO sing 78 n n # _atom_sites.entry_id 1PYF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021609 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011351 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010575 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NA A 1 315 315 NA NA . C 3 EDO A 1 313 313 EDO EGL . D 3 EDO A 1 314 314 EDO EGL . E 4 HOH A 1 316 1 HOH WAT . E 4 HOH A 2 317 2 HOH WAT . E 4 HOH A 3 318 3 HOH WAT . E 4 HOH A 4 319 4 HOH WAT . E 4 HOH A 5 320 5 HOH WAT . E 4 HOH A 6 321 6 HOH WAT . E 4 HOH A 7 322 7 HOH WAT . E 4 HOH A 8 323 8 HOH WAT . E 4 HOH A 9 324 9 HOH WAT . E 4 HOH A 10 325 10 HOH WAT . E 4 HOH A 11 326 11 HOH WAT . E 4 HOH A 12 327 12 HOH WAT . E 4 HOH A 13 328 13 HOH WAT . E 4 HOH A 14 329 14 HOH WAT . E 4 HOH A 15 330 15 HOH WAT . E 4 HOH A 16 331 16 HOH WAT . E 4 HOH A 17 332 17 HOH WAT . E 4 HOH A 18 333 18 HOH WAT . E 4 HOH A 19 334 19 HOH WAT . E 4 HOH A 20 335 20 HOH WAT . E 4 HOH A 21 336 21 HOH WAT . E 4 HOH A 22 337 22 HOH WAT . E 4 HOH A 23 338 23 HOH WAT . E 4 HOH A 24 339 24 HOH WAT . E 4 HOH A 25 340 25 HOH WAT . E 4 HOH A 26 341 26 HOH WAT . E 4 HOH A 27 342 27 HOH WAT . E 4 HOH A 28 343 28 HOH WAT . E 4 HOH A 29 344 29 HOH WAT . E 4 HOH A 30 345 30 HOH WAT . E 4 HOH A 31 346 31 HOH WAT . E 4 HOH A 32 347 32 HOH WAT . E 4 HOH A 33 348 33 HOH WAT . E 4 HOH A 34 349 34 HOH WAT . E 4 HOH A 35 350 35 HOH WAT . E 4 HOH A 36 351 36 HOH WAT . E 4 HOH A 37 352 37 HOH WAT . E 4 HOH A 38 353 38 HOH WAT . E 4 HOH A 39 354 39 HOH WAT . E 4 HOH A 40 355 40 HOH WAT . E 4 HOH A 41 356 41 HOH WAT . E 4 HOH A 42 357 42 HOH WAT . E 4 HOH A 43 358 43 HOH WAT . E 4 HOH A 44 359 44 HOH WAT . E 4 HOH A 45 360 45 HOH WAT . E 4 HOH A 46 361 46 HOH WAT . E 4 HOH A 47 362 47 HOH WAT . E 4 HOH A 48 363 48 HOH WAT . E 4 HOH A 49 364 49 HOH WAT . E 4 HOH A 50 365 50 HOH WAT . E 4 HOH A 51 366 51 HOH WAT . E 4 HOH A 52 367 52 HOH WAT . E 4 HOH A 53 368 53 HOH WAT . E 4 HOH A 54 369 54 HOH WAT . E 4 HOH A 55 370 55 HOH WAT . E 4 HOH A 56 371 56 HOH WAT . E 4 HOH A 57 372 57 HOH WAT . E 4 HOH A 58 373 58 HOH WAT . E 4 HOH A 59 374 59 HOH WAT . E 4 HOH A 60 375 60 HOH WAT . E 4 HOH A 61 376 61 HOH WAT . E 4 HOH A 62 377 62 HOH WAT . E 4 HOH A 63 378 63 HOH WAT . E 4 HOH A 64 379 64 HOH WAT . E 4 HOH A 65 380 65 HOH WAT . E 4 HOH A 66 381 66 HOH WAT . E 4 HOH A 67 382 67 HOH WAT . E 4 HOH A 68 383 68 HOH WAT . E 4 HOH A 69 384 69 HOH WAT . E 4 HOH A 70 385 70 HOH WAT . E 4 HOH A 71 386 71 HOH WAT . E 4 HOH A 72 387 72 HOH WAT . E 4 HOH A 73 388 73 HOH WAT . E 4 HOH A 74 389 74 HOH WAT . E 4 HOH A 75 390 75 HOH WAT . E 4 HOH A 76 391 76 HOH WAT . E 4 HOH A 77 392 77 HOH WAT . E 4 HOH A 78 393 78 HOH WAT . E 4 HOH A 79 394 79 HOH WAT . E 4 HOH A 80 395 80 HOH WAT . E 4 HOH A 81 396 81 HOH WAT . E 4 HOH A 82 397 82 HOH WAT . E 4 HOH A 83 398 83 HOH WAT . E 4 HOH A 84 399 84 HOH WAT . E 4 HOH A 85 400 85 HOH WAT . E 4 HOH A 86 401 86 HOH WAT . E 4 HOH A 87 402 87 HOH WAT . E 4 HOH A 88 403 88 HOH WAT . E 4 HOH A 89 404 89 HOH WAT . E 4 HOH A 90 405 90 HOH WAT . E 4 HOH A 91 406 91 HOH WAT . E 4 HOH A 92 407 92 HOH WAT . E 4 HOH A 93 408 93 HOH WAT . E 4 HOH A 94 409 94 HOH WAT . E 4 HOH A 95 410 95 HOH WAT . E 4 HOH A 96 411 96 HOH WAT . E 4 HOH A 97 412 97 HOH WAT . E 4 HOH A 98 413 98 HOH WAT . E 4 HOH A 99 414 99 HOH WAT . E 4 HOH A 100 415 100 HOH WAT . E 4 HOH A 101 416 101 HOH WAT . E 4 HOH A 102 417 102 HOH WAT . E 4 HOH A 103 418 103 HOH WAT . E 4 HOH A 104 419 104 HOH WAT . E 4 HOH A 105 420 105 HOH WAT . E 4 HOH A 106 421 106 HOH WAT . E 4 HOH A 107 422 107 HOH WAT . E 4 HOH A 108 423 108 HOH WAT . E 4 HOH A 109 424 109 HOH WAT . E 4 HOH A 110 425 110 HOH WAT . E 4 HOH A 111 426 111 HOH WAT . E 4 HOH A 112 427 112 HOH WAT . E 4 HOH A 113 428 113 HOH WAT . E 4 HOH A 114 429 114 HOH WAT . E 4 HOH A 115 430 115 HOH WAT . E 4 HOH A 116 431 116 HOH WAT . E 4 HOH A 117 432 117 HOH WAT . E 4 HOH A 118 433 118 HOH WAT . E 4 HOH A 119 434 119 HOH WAT . E 4 HOH A 120 435 120 HOH WAT . E 4 HOH A 121 436 121 HOH WAT . E 4 HOH A 122 437 122 HOH WAT . E 4 HOH A 123 438 123 HOH WAT . E 4 HOH A 124 439 124 HOH WAT . E 4 HOH A 125 440 125 HOH WAT . E 4 HOH A 126 441 126 HOH WAT . E 4 HOH A 127 442 127 HOH WAT . E 4 HOH A 128 443 128 HOH WAT . E 4 HOH A 129 444 129 HOH WAT . E 4 HOH A 130 445 130 HOH WAT . E 4 HOH A 131 446 131 HOH WAT . E 4 HOH A 132 447 132 HOH WAT . E 4 HOH A 133 448 133 HOH WAT . E 4 HOH A 134 449 134 HOH WAT . E 4 HOH A 135 450 135 HOH WAT . E 4 HOH A 136 451 136 HOH WAT . E 4 HOH A 137 452 137 HOH WAT . E 4 HOH A 138 453 138 HOH WAT . E 4 HOH A 139 454 139 HOH WAT . E 4 HOH A 140 455 140 HOH WAT . E 4 HOH A 141 456 141 HOH WAT . E 4 HOH A 142 457 142 HOH WAT . E 4 HOH A 143 458 143 HOH WAT . E 4 HOH A 144 459 144 HOH WAT . E 4 HOH A 145 460 145 HOH WAT . E 4 HOH A 146 461 146 HOH WAT . E 4 HOH A 147 462 147 HOH WAT . E 4 HOH A 148 463 148 HOH WAT . E 4 HOH A 149 464 149 HOH WAT . E 4 HOH A 150 465 150 HOH WAT . E 4 HOH A 151 466 151 HOH WAT . E 4 HOH A 152 467 152 HOH WAT . E 4 HOH A 153 468 153 HOH WAT . E 4 HOH A 154 469 154 HOH WAT . E 4 HOH A 155 470 155 HOH WAT . E 4 HOH A 156 471 156 HOH WAT . E 4 HOH A 157 472 157 HOH WAT . E 4 HOH A 158 473 158 HOH WAT . E 4 HOH A 159 474 159 HOH WAT . E 4 HOH A 160 475 160 HOH WAT . E 4 HOH A 161 476 161 HOH WAT . E 4 HOH A 162 477 162 HOH WAT . E 4 HOH A 163 478 163 HOH WAT . E 4 HOH A 164 479 164 HOH WAT . E 4 HOH A 165 480 165 HOH WAT . E 4 HOH A 166 481 166 HOH WAT . E 4 HOH A 167 482 167 HOH WAT . E 4 HOH A 168 483 168 HOH WAT . E 4 HOH A 169 484 169 HOH WAT . E 4 HOH A 170 485 170 HOH WAT . E 4 HOH A 171 486 171 HOH WAT . E 4 HOH A 172 487 172 HOH WAT . E 4 HOH A 173 488 173 HOH WAT . E 4 HOH A 174 489 174 HOH WAT . E 4 HOH A 175 490 175 HOH WAT . E 4 HOH A 176 491 176 HOH WAT . E 4 HOH A 177 492 177 HOH WAT . E 4 HOH A 178 493 178 HOH WAT . E 4 HOH A 179 494 179 HOH WAT . E 4 HOH A 180 495 180 HOH WAT . E 4 HOH A 181 496 181 HOH WAT . E 4 HOH A 182 497 182 HOH WAT . E 4 HOH A 183 498 183 HOH WAT . E 4 HOH A 184 499 184 HOH WAT . E 4 HOH A 185 500 185 HOH WAT . E 4 HOH A 186 501 186 HOH WAT . E 4 HOH A 187 502 187 HOH WAT . E 4 HOH A 188 503 188 HOH WAT . E 4 HOH A 189 504 189 HOH WAT . E 4 HOH A 190 505 190 HOH WAT . E 4 HOH A 191 506 191 HOH WAT . E 4 HOH A 192 507 192 HOH WAT . E 4 HOH A 193 508 193 HOH WAT . E 4 HOH A 194 509 194 HOH WAT . E 4 HOH A 195 510 195 HOH WAT . E 4 HOH A 196 511 196 HOH WAT . E 4 HOH A 197 512 197 HOH WAT . E 4 HOH A 198 513 198 HOH WAT . E 4 HOH A 199 514 199 HOH WAT . E 4 HOH A 200 515 200 HOH WAT . E 4 HOH A 201 516 201 HOH WAT . E 4 HOH A 202 517 202 HOH WAT . E 4 HOH A 203 518 203 HOH WAT . E 4 HOH A 204 519 204 HOH WAT . E 4 HOH A 205 520 205 HOH WAT . E 4 HOH A 206 521 206 HOH WAT . E 4 HOH A 207 522 207 HOH WAT . E 4 HOH A 208 523 208 HOH WAT . E 4 HOH A 209 524 209 HOH WAT . E 4 HOH A 210 525 210 HOH WAT . E 4 HOH A 211 526 211 HOH WAT . E 4 HOH A 212 527 212 HOH WAT . E 4 HOH A 213 528 213 HOH WAT . E 4 HOH A 214 529 214 HOH WAT . E 4 HOH A 215 530 215 HOH WAT . E 4 HOH A 216 531 216 HOH WAT . E 4 HOH A 217 532 217 HOH WAT . E 4 HOH A 218 533 218 HOH WAT . E 4 HOH A 219 534 219 HOH WAT . E 4 HOH A 220 535 220 HOH WAT . E 4 HOH A 221 536 221 HOH WAT . E 4 HOH A 222 537 222 HOH WAT . E 4 HOH A 223 538 223 HOH WAT . E 4 HOH A 224 539 224 HOH WAT . E 4 HOH A 225 540 225 HOH WAT . E 4 HOH A 226 541 226 HOH WAT . E 4 HOH A 227 542 227 HOH WAT . E 4 HOH A 228 543 228 HOH WAT . E 4 HOH A 229 544 229 HOH WAT . E 4 HOH A 230 545 230 HOH WAT . E 4 HOH A 231 546 231 HOH WAT . E 4 HOH A 232 547 232 HOH WAT . E 4 HOH A 233 548 233 HOH WAT . E 4 HOH A 234 549 234 HOH WAT . E 4 HOH A 235 550 235 HOH WAT . E 4 HOH A 236 551 236 HOH WAT . E 4 HOH A 237 552 237 HOH WAT . E 4 HOH A 238 553 238 HOH WAT . E 4 HOH A 239 554 239 HOH WAT . E 4 HOH A 240 555 240 HOH WAT . E 4 HOH A 241 556 241 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . C 3 20.764 29.89 32.428 1 27.91 ? C1 EDO 313 A 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . C 3 21.458 29.716 31.188 1 25.44 ? O1 EDO 313 A 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . C 3 21.617 29.574 33.7 1 28.86 ? C2 EDO 313 A 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . C 3 22.979 29.196 33.421 1 28.59 ? O2 EDO 313 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 320 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 4 #