data_1Q19
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_model_server_params.name     atom_site 
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            'DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER' 
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_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
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_cell.Z_PDB               8 
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_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
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_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
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_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
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_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 I N N 
? 3 L N N 
? 3 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O ILE 444 A ILE 444 1_555 E MG MG . A MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? 
metalc ? metalc2 E MG MG . A MG 504 1_555 F O3G APC . A APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc3 E MG MG . A MG 504 1_555 F O3B APC . A APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
metalc ? metalc4 E MG MG . A MG 504 1_555 F O2A APC . A APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc5 E MG MG . A MG 504 1_555 Q O HOH . A HOH 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc6 B O ILE 444 B ILE 444 1_555 H MG MG . B MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc7 H MG MG . B MG 504 1_555 I O3G APC . B APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc8 H MG MG . B MG 504 1_555 I O3B APC . B APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc9 H MG MG . B MG 504 1_555 I O2A APC . B APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . B MG 504 1_555 R O HOH . B HOH 548 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc11 C O ILE 444 C ILE 444 1_555 K MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . C MG 504 1_555 L O3G APC . C APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc13 K MG MG . C MG 504 1_555 L O2A APC . C APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? 
metalc ? metalc14 D O ILE 444 D ILE 444 1_555 N MG MG . D MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc15 N MG MG . D MG 504 1_555 O O3G APC . D APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc16 N MG MG . D MG 504 1_555 O O2A APC . D APC 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? 
metalc ? metalc17 N MG MG . D MG 504 1_555 T O HOH . D HOH 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H18 N5 O12 P3' 
_chem_comp.formula_weight    505.208 
_chem_comp.id                APC 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G APC doub 13 n n 
PG O2G APC sing 14 n n 
PG O3G APC sing 15 n n 
PG O3B APC sing 16 n n 
O2G HOG2 APC sing 17 n n 
O3G HOG3 APC sing 18 n n 
PB O1B APC doub 19 n n 
PB O2B APC sing 20 n n 
PB O3B APC sing 21 n n 
PB C3A APC sing 22 n n 
O2B HOB2 APC sing 23 n n 
PA O1A APC doub 24 n n 
PA O2A APC sing 25 n n 
PA C3A APC sing 26 n n 
PA O5' APC sing 27 n n 
O2A HOA2 APC sing 28 n n 
C3A H3A1 APC sing 29 n n 
C3A H3A2 APC sing 30 n n 
O5' C5' APC sing 31 n n 
C5' C4' APC sing 32 n n 
C5' "H5'1" APC sing 33 n n 
C5' "H5'2" APC sing 34 n n 
C4' O4' APC sing 35 n n 
C4' C3' APC sing 36 n n 
C4' H4' APC sing 37 n n 
O4' C1' APC sing 38 n n 
C3' O3' APC sing 39 n n 
C3' C2' APC sing 40 n n 
C3' H3' APC sing 41 n n 
O3' HO3' APC sing 42 n n 
C2' O2' APC sing 43 n n 
C2' C1' APC sing 44 n n 
C2' H2' APC sing 45 n n 
O2' HO2' APC sing 46 n n 
C1' N9 APC sing 47 n n 
C1' H1' APC sing 48 n n 
N9 C8 APC sing 49 n y 
N9 C4 APC sing 50 n y 
C8 N7 APC doub 51 n y 
C8 H8 APC sing 52 n n 
N7 C5 APC sing 53 n y 
C5 C6 APC sing 54 n y 
C5 C4 APC doub 55 n y 
C6 N6 APC sing 56 n n 
C6 N1 APC doub 57 n y 
N6 HN61 APC sing 58 n n 
N6 HN62 APC sing 59 n n 
N1 C2 APC sing 60 n y 
C2 N3 APC doub 61 n y 
C2 H2 APC sing 62 n n 
N3 C4 APC sing 63 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1Q19 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009705 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001193 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.016142 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005729 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
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loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 504 409 MG MG . 
F 3 APC A 1 505 401 APC APC . 
G 4 SSC A 1 506 405 SSC SSC . 
H 2 MG B 1 504 411 MG MG . 
I 3 APC B 1 505 402 APC APC . 
J 4 SSC B 1 506 406 SSC SSC . 
K 2 MG C 1 504 412 MG MG . 
L 3 APC C 1 505 403 APC APC . 
M 4 SSC C 1 506 408 SSC SSC . 
N 2 MG D 1 504 410 MG MG . 
O 3 APC D 1 505 404 APC APC . 
P 4 SSC D 1 506 407 SSC SSC . 
Q 5 HOH A 1 507 2 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 2 508 5 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 3 509 6 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 4 510 14 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 5 511 15 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 6 512 16 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 7 513 17 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 8 514 19 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 9 515 23 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 10 516 37 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 11 517 41 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 12 518 42 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 13 519 44 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 14 520 48 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 15 521 51 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 16 522 55 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 17 523 57 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 18 524 67 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 19 525 73 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 20 526 74 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 21 527 78 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 22 528 79 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 23 529 80 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 24 530 89 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 25 531 90 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 26 532 93 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 27 533 96 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 28 534 106 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 29 535 115 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 30 536 116 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 31 537 117 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 32 538 118 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 33 539 119 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 34 540 120 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 35 541 121 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 36 542 124 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 37 543 127 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 38 544 128 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 39 545 129 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 40 546 132 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 41 547 133 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 42 548 137 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 43 549 143 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 44 550 146 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 45 551 147 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 46 552 148 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 47 553 150 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 48 554 158 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 49 555 160 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 50 556 164 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 51 557 166 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 52 558 169 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 53 559 170 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 54 560 173 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 55 561 174 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 56 562 178 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 57 563 179 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 58 564 181 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 59 565 182 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 60 566 185 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 61 567 186 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 62 568 188 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 63 569 194 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 64 570 197 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 65 571 198 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 66 572 199 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 67 573 200 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 68 574 207 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 69 575 209 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 70 576 212 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 71 577 227 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 72 578 228 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 73 579 229 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 74 580 236 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 75 581 241 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 76 582 245 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 77 583 248 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 78 584 250 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 79 585 253 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 80 586 260 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 81 587 263 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 82 588 264 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 83 589 276 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 84 590 277 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 85 591 283 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 86 592 285 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 87 593 287 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 88 594 289 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 89 595 290 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 90 596 291 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 91 597 292 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 92 598 296 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 93 599 300 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 94 600 304 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 95 601 306 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 96 602 307 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 97 603 330 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 98 604 331 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 99 605 336 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 100 606 343 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 101 607 347 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 102 608 348 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 103 609 350 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 104 610 355 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 105 611 358 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 106 612 361 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 107 613 362 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 108 614 363 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 109 615 365 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 110 616 366 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 111 617 372 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 112 618 377 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 113 619 379 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 114 620 387 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 115 621 394 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 116 622 395 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 117 623 397 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 118 624 399 HOH WAT . 
R 5 HOH B 1 507 1 HOH WAT . 
R 5 HOH B 2 508 24 HOH WAT . 
R 5 HOH B 3 509 28 HOH WAT . 
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HETATM 24 N N7 APC . . . O 3 -19.214 -3.299 14.816 1 40.49 ? N7 APC 505 D 1 
HETATM 25 C C5 APC . . . O 3 -20.431 -2.671 14.942 1 40.56 ? C5 APC 505 D 1 
HETATM 26 C C6 APC . . . O 3 -21.668 -2.683 14.088 1 41.2 ? C6 APC 505 D 1 
HETATM 27 N N6 APC . . . O 3 -21.757 -3.321 13.049 1 42.76 ? N6 APC 505 D 1 
HETATM 28 N N1 APC . . . O 3 -22.734 -1.859 14.603 1 40.86 ? N1 APC 505 D 1 
HETATM 29 C C2 APC . . . O 3 -22.698 -1.073 15.829 1 41.41 ? C2 APC 505 D 1 
HETATM 30 N N3 APC . . . O 3 -21.577 -1.063 16.614 1 40.77 ? N3 APC 505 D 1 
HETATM 31 C C4 APC . . . O 3 -20.467 -1.862 16.164 1 39.53 ? C4 APC 505 D 1 
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