data_1QD9
#
_model_server_result.job_id            I52qnkPWXaVJA5NkGBEg_Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-24 02:30:08' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1qd9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":505}' 
#
_entry.id    1QD9 
#
_exptl.entry_id    1QD9 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              60.052 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ACETIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            1QD9 
_cell.length_a            53.35 
_cell.length_b            53.35 
_cell.length_c            204.96 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1QD9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        170 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 65' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SD MET 80 A MET 81 1_555 D HG HG . A HG 126 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 3.107 ? 
metalc ? metalc2 A O CYS 103 A CYS 104 1_555 D HG HG . A HG 126 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 3.481 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 103 B CYS 104 1_555 G HG EMC . B EMC 500 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc4 B SG CYS 103 B CYS 104 1_555 G HG EMC . B EMC 500 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc5 C SG CYS 103 C CYS 104 1_555 K HG EMC . C EMC 501 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc6 C SG CYS 103 C CYS 104 1_555 K HG EMC . C EMC 501 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H4 O2' 
_chem_comp.formula_weight    60.052 
_chem_comp.id                ACY 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ACETIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C O ACY doub 1 n n 
C OXT ACY sing 2 n n 
C CH3 ACY sing 3 n n 
OXT HXT ACY sing 4 n n 
CH3 H1 ACY sing 5 n n 
CH3 H2 ACY sing 6 n n 
CH3 H3 ACY sing 7 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1QD9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.018744 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.010822 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.021644 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004879 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 HG A 1 126 1 HG HG . 
E 3 ACY A 1 503 2 ACY ACY . 
F 3 ACY A 1 505 4 ACY ACY . 
G 4 EMC B 1 500 2 EMC EMC . 
H 3 ACY B 1 502 1 ACY ACY . 
I 3 ACY B 1 504 3 ACY ACY . 
J 3 ACY B 1 506 5 ACY ACY . 
K 4 EMC C 1 501 3 EMC EMC . 
L 3 ACY C 1 507 6 ACY ACY . 
M 5 HOH A 1 506 4 HOH WAT . 
M 5 HOH A 2 507 5 HOH WAT . 
M 5 HOH A 3 508 10 HOH WAT . 
M 5 HOH A 4 509 12 HOH WAT . 
M 5 HOH A 5 510 20 HOH WAT . 
M 5 HOH A 6 511 26 HOH WAT . 
M 5 HOH A 7 512 27 HOH WAT . 
M 5 HOH A 8 513 31 HOH WAT . 
M 5 HOH A 9 514 35 HOH WAT . 
M 5 HOH A 10 515 40 HOH WAT . 
M 5 HOH A 11 516 43 HOH WAT . 
M 5 HOH A 12 517 44 HOH WAT . 
M 5 HOH A 13 518 46 HOH WAT . 
M 5 HOH A 14 519 50 HOH WAT . 
M 5 HOH A 15 520 55 HOH WAT . 
M 5 HOH A 16 521 56 HOH WAT . 
M 5 HOH A 17 522 59 HOH WAT . 
M 5 HOH A 18 523 60 HOH WAT . 
M 5 HOH A 19 524 63 HOH WAT . 
M 5 HOH A 20 525 64 HOH WAT . 
M 5 HOH A 21 526 69 HOH WAT . 
M 5 HOH A 22 527 74 HOH WAT . 
M 5 HOH A 23 528 77 HOH WAT . 
M 5 HOH A 24 529 79 HOH WAT . 
M 5 HOH A 25 530 83 HOH WAT . 
M 5 HOH A 26 531 85 HOH WAT . 
M 5 HOH A 27 532 86 HOH WAT . 
M 5 HOH A 28 533 93 HOH WAT . 
M 5 HOH A 29 534 95 HOH WAT . 
M 5 HOH A 30 535 98 HOH WAT . 
M 5 HOH A 31 536 102 HOH WAT . 
M 5 HOH A 32 537 103 HOH WAT . 
M 5 HOH A 33 538 106 HOH WAT . 
M 5 HOH A 34 539 108 HOH WAT . 
M 5 HOH A 35 540 109 HOH WAT . 
M 5 HOH A 36 541 112 HOH WAT . 
M 5 HOH A 37 542 113 HOH WAT . 
M 5 HOH A 38 543 114 HOH WAT . 
M 5 HOH A 39 544 117 HOH WAT . 
M 5 HOH A 40 545 120 HOH WAT . 
M 5 HOH A 41 546 128 HOH WAT . 
M 5 HOH A 42 547 130 HOH WAT . 
M 5 HOH A 43 548 131 HOH WAT . 
M 5 HOH A 44 549 132 HOH WAT . 
M 5 HOH A 45 550 133 HOH WAT . 
M 5 HOH A 46 551 137 HOH WAT . 
M 5 HOH A 47 552 142 HOH WAT . 
M 5 HOH A 48 553 145 HOH WAT . 
M 5 HOH A 49 554 147 HOH WAT . 
M 5 HOH A 50 555 151 HOH WAT . 
M 5 HOH A 51 556 154 HOH WAT . 
M 5 HOH A 52 557 158 HOH WAT . 
M 5 HOH A 53 558 159 HOH WAT . 
M 5 HOH A 54 559 162 HOH WAT . 
M 5 HOH A 55 560 163 HOH WAT . 
M 5 HOH A 56 561 171 HOH WAT . 
M 5 HOH A 57 562 172 HOH WAT . 
M 5 HOH A 58 563 174 HOH WAT . 
M 5 HOH A 59 564 175 HOH WAT . 
M 5 HOH A 60 565 177 HOH WAT . 
M 5 HOH A 61 566 179 HOH WAT . 
M 5 HOH A 62 567 181 HOH WAT . 
M 5 HOH A 63 568 183 HOH WAT . 
M 5 HOH A 64 569 185 HOH WAT . 
M 5 HOH A 65 570 186 HOH WAT . 
M 5 HOH A 66 571 191 HOH WAT . 
M 5 HOH A 67 572 204 HOH WAT . 
M 5 HOH A 68 573 205 HOH WAT . 
M 5 HOH A 69 574 207 HOH WAT . 
M 5 HOH A 70 575 211 HOH WAT . 
M 5 HOH A 71 576 217 HOH WAT . 
M 5 HOH A 72 577 218 HOH WAT . 
M 5 HOH A 73 578 224 HOH WAT . 
M 5 HOH A 74 579 226 HOH WAT . 
M 5 HOH A 75 580 227 HOH WAT . 
M 5 HOH A 76 581 229 HOH WAT . 
M 5 HOH A 77 582 230 HOH WAT . 
M 5 HOH A 78 583 234 HOH WAT . 
M 5 HOH A 79 584 237 HOH WAT . 
M 5 HOH A 80 585 241 HOH WAT . 
M 5 HOH A 81 586 248 HOH WAT . 
M 5 HOH A 82 587 249 HOH WAT . 
M 5 HOH A 83 588 250 HOH WAT . 
M 5 HOH A 84 589 252 HOH WAT . 
M 5 HOH A 85 590 253 HOH WAT . 
M 5 HOH A 86 591 256 HOH WAT . 
M 5 HOH A 87 592 257 HOH WAT . 
M 5 HOH A 88 593 258 HOH WAT . 
M 5 HOH A 89 594 259 HOH WAT . 
M 5 HOH A 90 595 260 HOH WAT . 
M 5 HOH A 91 596 261 HOH WAT . 
M 5 HOH A 92 597 268 HOH WAT . 
M 5 HOH A 93 598 269 HOH WAT . 
M 5 HOH A 94 599 277 HOH WAT . 
M 5 HOH A 95 600 281 HOH WAT . 
M 5 HOH A 96 601 282 HOH WAT . 
M 5 HOH A 97 602 283 HOH WAT . 
M 5 HOH A 98 603 292 HOH WAT . 
M 5 HOH A 99 604 295 HOH WAT . 
M 5 HOH A 100 605 297 HOH WAT . 
M 5 HOH A 101 606 299 HOH WAT . 
M 5 HOH A 102 607 303 HOH WAT . 
M 5 HOH A 103 608 305 HOH WAT . 
M 5 HOH A 104 609 308 HOH WAT . 
M 5 HOH A 105 610 313 HOH WAT . 
M 5 HOH A 106 611 316 HOH WAT . 
M 5 HOH A 107 612 317 HOH WAT . 
M 5 HOH A 108 613 319 HOH WAT . 
M 5 HOH A 109 614 321 HOH WAT . 
M 5 HOH A 110 615 322 HOH WAT . 
M 5 HOH A 111 616 323 HOH WAT . 
M 5 HOH A 112 617 324 HOH WAT . 
M 5 HOH A 113 618 326 HOH WAT . 
M 5 HOH A 114 619 330 HOH WAT . 
M 5 HOH A 115 620 331 HOH WAT . 
M 5 HOH A 116 621 334 HOH WAT . 
M 5 HOH A 117 622 335 HOH WAT . 
M 5 HOH A 118 623 338 HOH WAT . 
M 5 HOH A 119 624 345 HOH WAT . 
M 5 HOH A 120 625 346 HOH WAT . 
M 5 HOH A 121 626 352 HOH WAT . 
M 5 HOH A 122 627 359 HOH WAT . 
M 5 HOH A 123 628 361 HOH WAT . 
M 5 HOH A 124 629 364 HOH WAT . 
M 5 HOH A 125 630 367 HOH WAT . 
M 5 HOH A 126 631 370 HOH WAT . 
M 5 HOH A 127 632 383 HOH WAT . 
M 5 HOH A 128 633 387 HOH WAT . 
M 5 HOH A 129 634 389 HOH WAT . 
M 5 HOH A 130 635 390 HOH WAT . 
M 5 HOH A 131 636 393 HOH WAT . 
M 5 HOH A 132 637 394 HOH WAT . 
M 5 HOH A 133 638 395 HOH WAT . 
M 5 HOH A 134 639 399 HOH WAT . 
M 5 HOH A 135 640 402 HOH WAT . 
M 5 HOH A 136 641 405 HOH WAT . 
M 5 HOH A 137 642 406 HOH WAT . 
M 5 HOH A 138 643 408 HOH WAT . 
M 5 HOH A 139 644 409 HOH WAT . 
M 5 HOH A 140 645 410 HOH WAT . 
M 5 HOH A 141 646 413 HOH WAT . 
M 5 HOH A 142 647 417 HOH WAT . 
M 5 HOH A 143 648 418 HOH WAT . 
M 5 HOH A 144 649 419 HOH WAT . 
M 5 HOH A 145 650 422 HOH WAT . 
M 5 HOH A 146 651 428 HOH WAT . 
M 5 HOH A 147 652 429 HOH WAT . 
M 5 HOH A 148 653 435 HOH WAT . 
M 5 HOH A 149 654 436 HOH WAT . 
M 5 HOH A 150 655 437 HOH WAT . 
M 5 HOH A 151 656 438 HOH WAT . 
M 5 HOH A 152 657 440 HOH WAT . 
M 5 HOH A 153 658 443 HOH WAT . 
M 5 HOH A 154 659 444 HOH WAT . 
M 5 HOH A 155 660 447 HOH WAT . 
M 5 HOH A 156 661 449 HOH WAT . 
M 5 HOH A 157 662 454 HOH WAT . 
M 5 HOH A 158 663 459 HOH WAT . 
M 5 HOH A 159 664 460 HOH WAT . 
M 5 HOH A 160 665 463 HOH WAT . 
M 5 HOH A 161 666 465 HOH WAT . 
M 5 HOH A 162 667 467 HOH WAT . 
M 5 HOH A 163 668 469 HOH WAT . 
M 5 HOH A 164 669 474 HOH WAT . 
N 5 HOH B 1 507 2 HOH WAT . 
N 5 HOH B 2 508 7 HOH WAT . 
N 5 HOH B 3 509 13 HOH WAT . 
N 5 HOH B 4 510 14 HOH WAT . 
N 5 HOH B 5 511 15 HOH WAT . 
N 5 HOH B 6 512 17 HOH WAT . 
N 5 HOH B 7 513 18 HOH WAT . 
N 5 HOH B 8 514 19 HOH WAT . 
N 5 HOH B 9 515 21 HOH WAT . 
N 5 HOH B 10 516 23 HOH WAT . 
N 5 HOH B 11 517 24 HOH WAT . 
N 5 HOH B 12 518 25 HOH WAT . 
N 5 HOH B 13 519 28 HOH WAT . 
N 5 HOH B 14 520 33 HOH WAT . 
N 5 HOH B 15 521 36 HOH WAT . 
N 5 HOH B 16 522 42 HOH WAT . 
N 5 HOH B 17 523 45 HOH WAT . 
N 5 HOH B 18 524 47 HOH WAT . 
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