data_1QJS
#
_model_server_result.job_id            HGXCUPMlwvz9nuQoAEVYmA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-30 16:49:01' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1qjs 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":522}' 
#
_entry.id    1QJS 
#
_exptl.entry_id    1QJS 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          108.16 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1QJS 
_cell.length_a            103.9 
_cell.length_b            69.9 
_cell.length_c            151.81 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1QJS 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PQS monomeric 1 software_defined_assembly 1 
PQS monomeric 1 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,I,J 1 1 
B,K,L,M,N,O,P,Q,R 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 F N N 
? 5 G N N 
? 5 I N N 
? 5 J N N 
? 5 N N N 
? 5 O N N 
? 5 Q N N 
? 5 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 52 A CYS 27 1_555 A SG CYS 233 A CYS 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 151 A CYS 126 1_555 A SG CYS 156 A CYS 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 190 A CYS 165 1_555 A SG CYS 202 A CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 255 A CYS 230 1_555 A SG CYS 458 A CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 364 A CYS 339 1_555 A SG CYS 406 A CYS 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? 
disulf ? disulf6 A SG CYS 416 A CYS 391 1_555 A SG CYS 433 A CYS 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf7 B SG CYS 52 B CYS 27 1_555 B SG CYS 233 B CYS 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf8 B SG CYS 151 B CYS 126 1_555 B SG CYS 156 B CYS 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
disulf ? disulf9 B SG CYS 190 B CYS 165 1_555 B SG CYS 202 B CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf10 B SG CYS 255 B CYS 230 1_555 B SG CYS 458 B CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
disulf ? disulf11 B SG CYS 364 B CYS 339 1_555 B SG CYS 406 B CYS 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
disulf ? disulf12 B SG CYS 416 B CYS 391 1_555 B SG CYS 433 B CYS 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
metalc ? metalc1 A O ASP 59 A ASP 34 1_555 F NA NA . A NA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc2 A O ALA 102 A ALA 77 1_555 G NA NA . A NA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc3 A O ASP 146 A ASP 121 1_555 F NA NA . A NA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc4 A O ALA 148 A ALA 123 1_555 G NA NA . A NA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc5 A O THR 191 A THR 166 1_555 F NA NA . A NA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc6 A O ALA 193 A ALA 168 1_555 G NA NA . A NA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? 
metalc ? metalc7 A NE2 HIS 238 A HIS 213 1_555 C FE HEM . A HEM 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc8 A O SER 262 A SER 237 1_555 J NA NA . A NA 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc9 A NE2 HIS 291 A HIS 266 1_555 C FE HEM . A HEM 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? 
metalc ? metalc10 A O ASP 307 A ASP 282 1_555 J NA NA . A NA 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc11 A O ALA 309 A ALA 284 1_555 I NA NA . A NA 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc12 A O ASP 359 A ASP 334 1_555 J NA NA . A NA 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
metalc ? metalc13 A O ALA 361 A ALA 336 1_555 I NA NA . A NA 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc14 A O ALA 404 A ALA 379 1_555 I NA NA . A NA 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? 
metalc ? metalc15 B O ASP 59 B ASP 34 1_555 N NA NA . B NA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc16 B O THR 61 B THR 36 1_555 O NA NA . B NA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? 
metalc ? metalc17 B O ALA 102 B ALA 77 1_555 O NA NA . B NA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc18 B O ASP 146 B ASP 121 1_555 N NA NA . B NA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? 
metalc ? metalc19 B O ALA 148 B ALA 123 1_555 O NA NA . B NA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc20 B O THR 191 B THR 166 1_555 N NA NA . B NA 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc21 B O ALA 193 B ALA 168 1_555 O NA NA . B NA 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc22 B NE2 HIS 238 B HIS 213 1_555 K FE HEM . B HEM 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.687 ? 
metalc ? metalc23 B O SER 262 B SER 237 1_555 R NA NA . B NA 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc24 B O ASP 307 B ASP 282 1_555 R NA NA . B NA 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? 
metalc ? metalc25 B O ALA 309 B ALA 284 1_555 Q NA NA . B NA 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc26 B O ASP 359 B ASP 334 1_555 R NA NA . B NA 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc27 B O ALA 361 B ALA 336 1_555 Q NA NA . B NA 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc28 B O ASP 402 B ASP 377 1_555 R NA NA . B NA 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc29 B O ALA 404 B ALA 379 1_555 Q NA NA . B NA 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1QJS 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009625 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003157 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014306 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006932 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 HEM A 1 500 500 HEM HEM . 
D 3 PO4 A 1 501 501 PO4 PO4 . 
E 4 CL A 1 511 511 CL CL . 
F 5 NA A 1 512 512 NA NA . 
G 5 NA A 1 513 513 NA NA . 
H 4 CL A 1 521 521 CL CL . 
I 5 NA A 1 522 522 NA NA . 
J 5 NA A 1 523 523 NA NA . 
K 2 HEM B 1 500 500 HEM HEM . 
L 3 PO4 B 1 501 501 PO4 PO4 . 
M 4 CL B 1 511 511 CL CL . 
N 5 NA B 1 512 512 NA NA . 
O 5 NA B 1 513 513 NA NA . 
P 4 CL B 1 521 521 CL CL . 
Q 5 NA B 1 522 522 NA NA . 
R 5 NA B 1 523 523 NA NA . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NA 
_atom_site.label_atom_id         NA 
_atom_site.label_comp_id         NA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         Q 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               21.742 
_atom_site.Cartn_y               -0.638 
_atom_site.Cartn_z               47.931 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        26.01 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NA 
_atom_site.auth_comp_id          NA 
_atom_site.auth_seq_id           522 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    40 
_model_server_stats.query_time_ms           392 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#