data_1QPK # _model_server_result.job_id O9iyoT1J0h1-4Vg_AazyGw _model_server_result.datetime_utc '2025-07-04 17:57:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1qpk # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":452}' # _entry.id 1QPK # _exptl.entry_id 1QPK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1QPK _cell.length_a 63.21 _cell.length_b 167.5 _cell.length_c 46.72 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1QPK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 2 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 2 2 1 GLC GLC C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 2 3 2 GLC GLC C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 2 4 3 GLC GLC C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n B GLC 1 B 1 GLC ? 460 MTT 2 n B GLC 2 B 2 GLC ? 460 MTT 2 n B GLC 3 B 3 GLC ? 460 MTT 2 n B GLC 4 B 4 GLC ? 460 MTT # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 140 A CYS 140 1_555 A SG CYS 150 A CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 216 A CYS 216 1_555 A SG CYS 251 A CYS 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 B O4 GLC . B GLC 1 1_555 B C1 GLC . B GLC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.383 sing covale ? covale2 B O4 GLC . B GLC 2 1_555 B C1 GLC . B GLC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.417 sing covale ? covale3 B O4 GLC . B GLC 3 1_555 B C1 GLC . B GLC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.419 sing metalc ? metalc1 A OD2 ASP 1 A ASP 1 1_555 D CA CA . A CA 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc2 A O GLN 2 A GLN 2 1_555 D CA CA . A CA 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc3 A O HIS 13 A HIS 13 1_555 D CA CA . A CA 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc4 A ND1 HIS 13 A HIS 13 1_555 D CA CA . A CA 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 16 A ASP 16 1_555 D CA CA . A CA 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 17 A GLU 17 1_555 D CA CA . A CA 452 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 116 A ASN 116 1_555 C CA CA . A CA 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 151 A ASP 151 1_555 C CA CA . A CA 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 151 A ASP 151 1_555 C CA CA . A CA 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? metalc ? metalc10 A O ASP 154 A ASP 154 1_555 C CA CA . A CA 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 162 A ASP 162 1_555 C CA CA . A CA 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc12 A O GLY 197 A GLY 197 1_555 C CA CA . A CA 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc13 C CA CA . A CA 451 1_555 E O HOH . A HOH 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1QPK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01582 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00597 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.021404 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 CA A 1 451 451 CA CA . D 3 CA A 1 452 452 CA CA . E 4 HOH A 1 501 501 HOH WAT . E 4 HOH A 2 502 502 HOH WAT . E 4 HOH A 3 503 503 HOH WAT . E 4 HOH A 4 504 504 HOH WAT . E 4 HOH A 5 505 505 HOH WAT . E 4 HOH A 6 506 506 HOH WAT . E 4 HOH A 7 507 507 HOH WAT . E 4 HOH A 8 508 508 HOH WAT . E 4 HOH A 9 509 509 HOH WAT . E 4 HOH A 10 510 510 HOH WAT . E 4 HOH A 11 511 511 HOH WAT . E 4 HOH A 12 512 512 HOH WAT . E 4 HOH A 13 513 513 HOH WAT . E 4 HOH A 14 514 514 HOH WAT . E 4 HOH A 15 515 515 HOH WAT . E 4 HOH A 16 516 516 HOH WAT . E 4 HOH A 17 517 517 HOH WAT . E 4 HOH A 18 518 518 HOH WAT . E 4 HOH A 19 519 519 HOH WAT . E 4 HOH A 20 520 520 HOH WAT . E 4 HOH A 21 521 521 HOH WAT . E 4 HOH A 22 522 522 HOH WAT . E 4 HOH A 23 523 523 HOH WAT . E 4 HOH A 24 524 524 HOH WAT . E 4 HOH A 25 525 525 HOH WAT . E 4 HOH A 26 526 526 HOH WAT . E 4 HOH A 27 527 527 HOH WAT . E 4 HOH A 28 528 528 HOH WAT . E 4 HOH A 29 529 529 HOH WAT . E 4 HOH A 30 530 530 HOH WAT . E 4 HOH A 31 531 531 HOH WAT . E 4 HOH A 32 532 532 HOH WAT . E 4 HOH A 33 533 533 HOH WAT . E 4 HOH A 34 534 534 HOH WAT . E 4 HOH A 35 535 535 HOH WAT . E 4 HOH A 36 538 538 HOH WAT . E 4 HOH A 37 540 540 HOH WAT . E 4 HOH A 38 541 541 HOH WAT . E 4 HOH A 39 542 542 HOH WAT . E 4 HOH A 40 543 543 HOH WAT . E 4 HOH A 41 544 544 HOH WAT . E 4 HOH A 42 546 546 HOH WAT . E 4 HOH A 43 547 547 HOH WAT . E 4 HOH A 44 548 548 HOH WAT . E 4 HOH A 45 549 549 HOH WAT . E 4 HOH A 46 550 550 HOH WAT . E 4 HOH A 47 551 551 HOH WAT . E 4 HOH A 48 552 552 HOH WAT . E 4 HOH A 49 553 553 HOH WAT . E 4 HOH A 50 554 554 HOH WAT . E 4 HOH A 51 557 557 HOH WAT . E 4 HOH A 52 558 558 HOH WAT . E 4 HOH A 53 559 559 HOH WAT . E 4 HOH A 54 561 561 HOH WAT . E 4 HOH A 55 564 564 HOH WAT . E 4 HOH A 56 565 565 HOH WAT . E 4 HOH A 57 566 566 HOH WAT . E 4 HOH A 58 569 569 HOH WAT . E 4 HOH A 59 570 570 HOH WAT . E 4 HOH A 60 572 572 HOH WAT . E 4 HOH A 61 575 575 HOH WAT . E 4 HOH A 62 576 576 HOH WAT . E 4 HOH A 63 577 577 HOH WAT . E 4 HOH A 64 578 578 HOH WAT . E 4 HOH A 65 579 579 HOH WAT . E 4 HOH A 66 580 580 HOH WAT . E 4 HOH A 67 582 582 HOH WAT . E 4 HOH A 68 584 584 HOH WAT . E 4 HOH A 69 588 588 HOH WAT . E 4 HOH A 70 590 590 HOH WAT . E 4 HOH A 71 591 591 HOH WAT . E 4 HOH A 72 592 592 HOH WAT . E 4 HOH A 73 596 596 HOH WAT . E 4 HOH A 74 597 597 HOH WAT . E 4 HOH A 75 599 599 HOH WAT . E 4 HOH A 76 603 603 HOH WAT . E 4 HOH A 77 604 604 HOH WAT . E 4 HOH A 78 605 605 HOH WAT . E 4 HOH A 79 608 608 HOH WAT . E 4 HOH A 80 610 610 HOH WAT . E 4 HOH A 81 613 613 HOH WAT . E 4 HOH A 82 629 629 HOH WAT . E 4 HOH A 83 631 631 HOH WAT . E 4 HOH A 84 635 635 HOH WAT . E 4 HOH A 85 662 662 HOH WAT . E 4 HOH A 86 665 665 HOH WAT . E 4 HOH A 87 666 666 HOH WAT . E 4 HOH A 88 667 667 HOH WAT . E 4 HOH A 89 668 668 HOH WAT . E 4 HOH A 90 680 680 HOH WAT . E 4 HOH A 91 682 682 HOH WAT . E 4 HOH A 92 688 688 HOH WAT . E 4 HOH A 93 694 694 HOH WAT . E 4 HOH A 94 700 700 HOH WAT . E 4 HOH A 95 702 702 HOH WAT . E 4 HOH A 96 709 709 HOH WAT . E 4 HOH A 97 710 710 HOH WAT . E 4 HOH A 98 718 718 HOH WAT . E 4 HOH A 99 719 719 HOH WAT . E 4 HOH A 100 721 721 HOH WAT . E 4 HOH A 101 722 722 HOH WAT . E 4 HOH A 102 723 723 HOH WAT . E 4 HOH A 103 724 724 HOH WAT . E 4 HOH A 104 725 725 HOH WAT . E 4 HOH A 105 726 726 HOH WAT . E 4 HOH A 106 727 727 HOH WAT . E 4 HOH A 107 728 728 HOH WAT . E 4 HOH A 108 729 729 HOH WAT . E 4 HOH A 109 730 730 HOH WAT . E 4 HOH A 110 731 731 HOH WAT . E 4 HOH A 111 732 732 HOH WAT . E 4 HOH A 112 733 733 HOH WAT . E 4 HOH A 113 734 734 HOH WAT . E 4 HOH A 114 735 735 HOH WAT . E 4 HOH A 115 736 736 HOH WAT . E 4 HOH A 116 737 737 HOH WAT . E 4 HOH A 117 738 738 HOH WAT . E 4 HOH A 118 739 739 HOH WAT . E 4 HOH A 119 740 740 HOH WAT . E 4 HOH A 120 741 741 HOH WAT . E 4 HOH A 121 742 742 HOH WAT . E 4 HOH A 122 743 743 HOH WAT . E 4 HOH A 123 744 744 HOH WAT . E 4 HOH A 124 745 745 HOH WAT . E 4 HOH A 125 746 746 HOH WAT . E 4 HOH A 126 747 747 HOH WAT . E 4 HOH A 127 748 748 HOH WAT . E 4 HOH A 128 749 749 HOH WAT . E 4 HOH A 129 750 750 HOH WAT . E 4 HOH A 130 751 751 HOH WAT . E 4 HOH A 131 752 752 HOH WAT . E 4 HOH A 132 753 753 HOH WAT . E 4 HOH A 133 754 754 HOH WAT . E 4 HOH A 134 755 755 HOH WAT . E 4 HOH A 135 756 756 HOH WAT . E 4 HOH A 136 757 757 HOH WAT . E 4 HOH A 137 758 758 HOH WAT . E 4 HOH A 138 759 759 HOH WAT . E 4 HOH A 139 760 760 HOH WAT . E 4 HOH A 140 761 761 HOH WAT . E 4 HOH A 141 762 762 HOH WAT . E 4 HOH A 142 763 763 HOH WAT . E 4 HOH A 143 764 764 HOH WAT . E 4 HOH A 144 765 765 HOH WAT . E 4 HOH A 145 766 766 HOH WAT . E 4 HOH A 146 767 767 HOH WAT . E 4 HOH A 147 768 768 HOH WAT . E 4 HOH A 148 769 769 HOH WAT . E 4 HOH A 149 770 770 HOH WAT . E 4 HOH A 150 771 771 HOH WAT . E 4 HOH A 151 772 772 HOH WAT . E 4 HOH A 152 773 773 HOH WAT . E 4 HOH A 153 774 774 HOH WAT . E 4 HOH A 154 775 775 HOH WAT . E 4 HOH A 155 776 776 HOH WAT . E 4 HOH A 156 777 777 HOH WAT . E 4 HOH A 157 778 778 HOH WAT . E 4 HOH A 158 779 779 HOH WAT . E 4 HOH A 159 780 780 HOH WAT . E 4 HOH A 160 781 781 HOH WAT . E 4 HOH A 161 782 782 HOH WAT . E 4 HOH A 162 783 783 HOH WAT . E 4 HOH A 163 784 784 HOH WAT . E 4 HOH A 164 785 785 HOH WAT . E 4 HOH A 165 786 786 HOH WAT . E 4 HOH A 166 787 787 HOH WAT . E 4 HOH A 167 788 788 HOH WAT . E 4 HOH A 168 789 789 HOH WAT . E 4 HOH A 169 790 790 HOH WAT . E 4 HOH A 170 791 791 HOH WAT . E 4 HOH A 171 792 792 HOH WAT . E 4 HOH A 172 793 793 HOH WAT . E 4 HOH A 173 794 794 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 17.729 _atom_site.Cartn_y 118.417 _atom_site.Cartn_z 20.894 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 18.68 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 452 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 62 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 319 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #