data_1QVR
#
_model_server_result.job_id            Ssj5BWnpx5LbgKrYGfqcmg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-11 02:18:25' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1qvr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
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#
_entry.id    1QVR 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
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_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PLATINUM (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    23 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            1QVR 
_cell.length_a            107.747 
_cell.length_b            138.482 
_cell.length_c            212.215 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1QVR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 1 1 
A,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 2 2 
B,C,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 2 1 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 4_455 x-1/2,-y+1/2,-z 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 -53.8735 69.241 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 X N N 
? 2 Y N N 
? 2 Z N N 
? 2 AA N N 
? 2 BA N N 
? 2 CA N N 
? 2 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SD MET 24 A MET 24 1_555 E PT PT . A PT 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc2 A NZ LYS 73 A LYS 73 1_555 E PT PT . A PT 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.071 ? 
metalc ? metalc3 A NH2 ARG 188 A ARG 188 4_455 DA PT PT . C PT 861 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? 
metalc ? metalc4 A SD MET 234 A MET 234 1_555 G PT PT . A PT 858 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc5 A NH1 ARG 393 A ARG 393 1_555 J PT PT . A PT 861 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.921 ? 
metalc ? metalc6 A NH2 ARG 393 A ARG 393 1_555 J PT PT . A PT 861 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.464 ? 
metalc ? metalc7 A SD MET 394 A MET 394 1_555 I PT PT . A PT 860 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc8 A SD MET 619 A MET 619 1_555 D PT PT . A PT 855 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc9 A SD MET 624 A MET 624 1_555 K PT PT . A PT 862 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc10 A O MET 624 A MET 624 1_555 K PT PT . A PT 862 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.552 ? 
metalc ? metalc11 A O THR 625 A THR 625 1_555 H PT PT . A PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc12 A OG1 THR 625 A THR 625 1_555 H PT PT . A PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? 
metalc ? metalc13 A O TYR 627 A TYR 627 1_555 K PT PT . A PT 862 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? 
metalc ? metalc14 A SD MET 628 A MET 628 1_555 H PT PT . A PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc15 J PT PT . A PT 861 1_555 B NE2 GLN 184 B GLN 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc16 J PT PT . A PT 861 1_555 B OE1 GLN 184 B GLN 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.464 ? 
metalc ? metalc17 B SD MET 24 B MET 24 1_555 N PT PT . B PT 855 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc18 B SD MET 394 B MET 394 1_555 P PT PT . B PT 857 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc19 B SD MET 394 B MET 394 1_555 Q PT PT . B PT 858 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc20 B SD MET 619 B MET 619 1_555 O PT PT . B PT 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? 
metalc ? metalc21 B O MET 624 B MET 624 1_555 T PT PT . B PT 861 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.183 ? 
metalc ? metalc22 B SD MET 624 B MET 624 1_555 T PT PT . B PT 861 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? 
metalc ? metalc23 B O THR 625 B THR 625 1_555 R PT PT . B PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? 
metalc ? metalc24 B OG1 THR 625 B THR 625 1_555 R PT PT . B PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc25 B O TYR 627 B TYR 627 1_555 T PT PT . B PT 861 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.181 ? 
metalc ? metalc26 B N TYR 627 B TYR 627 1_555 T PT PT . B PT 861 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.475 ? 
metalc ? metalc27 B SD MET 628 B MET 628 1_555 R PT PT . B PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? 
metalc ? metalc28 P PT PT . B PT 857 1_555 C NH1 ARG 180 C ARG 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? 
metalc ? metalc29 P PT PT . B PT 857 1_555 C NH2 ARG 180 C ARG 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.434 ? 
metalc ? metalc30 Q PT PT . B PT 858 1_555 C NH2 ARG 180 C ARG 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc31 C SD MET 24 C MET 24 1_555 CA PT PT . C PT 860 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc32 C SD MET 234 C MET 234 1_555 AA PT PT . C PT 858 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc33 C NH1 ARG 391 C ARG 391 1_555 BA PT PT . C PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc34 C NE ARG 391 C ARG 391 1_555 BA PT PT . C PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.195 ? 
metalc ? metalc35 C SD MET 394 C MET 394 1_555 BA PT PT . C PT 859 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? 
metalc ? metalc36 C SD MET 394 C MET 394 1_555 DA PT PT . C PT 861 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.277 ? 
metalc ? metalc37 C SD MET 619 C MET 619 1_555 X PT PT . C PT 855 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc38 C SD MET 624 C MET 624 1_555 Y PT PT . C PT 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc39 C O MET 624 C MET 624 1_555 Y PT PT . C PT 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.183 ? 
metalc ? metalc40 C O THR 625 C THR 625 1_555 Z PT PT . C PT 857 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc41 C OG1 THR 625 C THR 625 1_555 Z PT PT . C PT 857 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? 
metalc ? metalc42 C N TYR 627 C TYR 627 1_555 Y PT PT . C PT 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.383 ? 
metalc ? metalc43 C O TYR 627 C TYR 627 1_555 Y PT PT . C PT 856 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.214 ? 
metalc ? metalc44 C SD MET 628 C MET 628 1_555 Z PT PT . C PT 857 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
#
_chem_comp.formula           'Pt 2' 
_chem_comp.formula_weight    195.078 
_chem_comp.id                PT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PLATINUM (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1QVR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009281 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007221 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004712 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 PT A 1 855 4 PT PT . 
E 2 PT A 1 856 7 PT PT . 
F 2 PT A 1 857 8 PT PT . 
G 2 PT A 1 858 12 PT PT . 
H 2 PT A 1 859 14 PT PT . 
I 2 PT A 1 860 15 PT PT . 
J 2 PT A 1 861 21 PT PT . 
K 2 PT A 1 862 22 PT PT . 
L 3 ANP A 1 901 901 ANP ANP . 
M 3 ANP A 1 911 911 ANP ANP . 
N 2 PT B 1 855 1 PT PT . 
O 2 PT B 1 856 2 PT PT . 
P 2 PT B 1 857 5 PT PT . 
Q 2 PT B 1 858 9 PT PT . 
R 2 PT B 1 859 10 PT PT . 
S 2 PT B 1 860 13 PT PT . 
T 2 PT B 1 861 18 PT PT . 
U 2 PT B 1 862 19 PT PT . 
V 3 ANP B 1 902 902 ANP ANP . 
W 3 ANP B 1 912 912 ANP ANP . 
X 2 PT C 1 855 3 PT PT . 
Y 2 PT C 1 856 6 PT PT . 
Z 2 PT C 1 857 11 PT PT . 
AA 2 PT C 1 858 16 PT PT . 
BA 2 PT C 1 859 17 PT PT . 
CA 2 PT C 1 860 20 PT PT . 
DA 2 PT C 1 861 23 PT PT . 
EA 3 ANP C 1 903 903 ANP ANP . 
FA 3 ANP C 1 913 913 ANP ANP . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           PT 
_atom_site.label_atom_id         PT 
_atom_site.label_comp_id         PT 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         Z 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               38.859 
_atom_site.Cartn_y               36.285 
_atom_site.Cartn_z               -13.065 
_atom_site.occupancy             0.13 
_atom_site.B_iso_or_equiv        41.42 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          PT 
_atom_site.auth_comp_id          PT 
_atom_site.auth_seq_id           857 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              15 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    220 
_model_server_stats.query_time_ms           353 
_model_server_stats.encode_time_ms          78 
_model_server_stats.element_count           1 
#