data_1QY0 # _model_server_result.job_id szB0MI0IsRsIy6JaqxNGMA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 10:45:49' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1qy0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":204}' # _entry.id 1QY0 # _exptl.entry_id 1QY0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1QY0 _cell.length_a 53.627 _cell.length_b 53.627 _cell.length_c 137.008 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1QY0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 76 A CYS 64 1_555 A SG CYS 169 A CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 25 A GLU 13 1_555 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 25 A GLU 13 1_555 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 30 A GLU 18 5_645 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 30 A GLU 18 5_645 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 42 A GLU 30 1_555 D NA NA . A NA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 42 A GLU 30 1_555 D NA NA . A NA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.945 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 122 A ASP 110 8_675 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 137 A ASP 125 1_555 F NA NA . A NA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 151 A GLU 139 1_555 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc10 A OE2 GLU 151 A GLU 139 1_555 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 152 A GLU 140 1_555 E NA NA . A NA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc12 B CD CD . A CD 200 1_555 H O HOH . A HOH 423 5_645 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc13 B CD CD . A CD 200 1_555 H O HOH . A HOH 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc14 B CD CD . A CD 200 1_555 H O HOH . A HOH 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc15 C CD CD . A CD 201 1_555 H O HOH . A HOH 438 8_675 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc16 C CD CD . A CD 201 1_555 H O HOH . A HOH 494 8_675 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.076 ? metalc ? metalc17 C CD CD . A CD 201 1_555 H O HOH . A HOH 517 8_675 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc18 E NA NA . A NA 203 1_555 H O HOH . A HOH 459 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc19 E NA NA . A NA 203 1_555 H O HOH . A HOH 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc20 E NA NA . A NA 203 1_555 H O HOH . A HOH 555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc21 F NA NA . A NA 204 1_555 H O HOH . A HOH 463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1QY0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.018647 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.018647 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007299 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CD A 1 200 200 CD CD . C 2 CD A 1 201 201 CD CD . D 3 NA A 1 202 202 NA NA . E 3 NA A 1 203 203 NA NA . F 3 NA A 1 204 204 NA NA . G 4 GOL A 1 300 300 GOL GOL . H 5 HOH A 1 405 405 HOH WAT . H 5 HOH A 2 406 406 HOH WAT . H 5 HOH A 3 407 407 HOH WAT . H 5 HOH A 4 408 408 HOH WAT . H 5 HOH A 5 409 409 HOH WAT . H 5 HOH A 6 410 410 HOH WAT . H 5 HOH A 7 411 411 HOH WAT . H 5 HOH A 8 412 412 HOH WAT . H 5 HOH A 9 413 413 HOH WAT . H 5 HOH A 10 414 414 HOH WAT . H 5 HOH A 11 415 415 HOH WAT . H 5 HOH A 12 416 416 HOH WAT . H 5 HOH A 13 417 417 HOH WAT . H 5 HOH A 14 418 418 HOH WAT . H 5 HOH A 15 419 419 HOH WAT . H 5 HOH A 16 420 420 HOH WAT . H 5 HOH A 17 421 421 HOH WAT . H 5 HOH A 18 422 422 HOH WAT . H 5 HOH A 19 423 423 HOH WAT . H 5 HOH A 20 424 424 HOH WAT . H 5 HOH A 21 425 425 HOH WAT . H 5 HOH A 22 426 426 HOH WAT . H 5 HOH A 23 427 427 HOH WAT . H 5 HOH A 24 428 428 HOH WAT . H 5 HOH A 25 429 429 HOH WAT . H 5 HOH A 26 430 430 HOH WAT . H 5 HOH A 27 431 431 HOH WAT . H 5 HOH A 28 432 432 HOH WAT . H 5 HOH A 29 433 433 HOH WAT . H 5 HOH A 30 434 434 HOH WAT . H 5 HOH A 31 435 435 HOH WAT . H 5 HOH A 32 436 436 HOH WAT . H 5 HOH A 33 437 437 HOH WAT . H 5 HOH A 34 438 438 HOH WAT . H 5 HOH A 35 439 439 HOH WAT . H 5 HOH A 36 440 440 HOH WAT . H 5 HOH A 37 441 441 HOH WAT . H 5 HOH A 38 442 442 HOH WAT . H 5 HOH A 39 443 443 HOH WAT . H 5 HOH A 40 444 444 HOH WAT . H 5 HOH A 41 445 445 HOH WAT . H 5 HOH A 42 446 446 HOH WAT . H 5 HOH A 43 447 447 HOH WAT . H 5 HOH A 44 448 448 HOH WAT . H 5 HOH A 45 449 449 HOH WAT . H 5 HOH A 46 450 450 HOH WAT . H 5 HOH A 47 451 451 HOH WAT . H 5 HOH A 48 452 452 HOH WAT . H 5 HOH A 49 453 453 HOH WAT . H 5 HOH A 50 454 454 HOH WAT . H 5 HOH A 51 455 455 HOH WAT . H 5 HOH A 52 456 456 HOH WAT . H 5 HOH A 53 457 457 HOH WAT . H 5 HOH A 54 458 458 HOH WAT . H 5 HOH A 55 459 459 HOH WAT . H 5 HOH A 56 460 460 HOH WAT . H 5 HOH A 57 461 461 HOH WAT . H 5 HOH A 58 462 462 HOH WAT . H 5 HOH A 59 463 463 HOH WAT . H 5 HOH A 60 464 464 HOH WAT . H 5 HOH A 61 465 465 HOH WAT . H 5 HOH A 62 466 466 HOH WAT . H 5 HOH A 63 467 467 HOH WAT . H 5 HOH A 64 468 468 HOH WAT . H 5 HOH A 65 469 469 HOH WAT . H 5 HOH A 66 470 470 HOH WAT . H 5 HOH A 67 471 471 HOH WAT . H 5 HOH A 68 472 472 HOH WAT . H 5 HOH A 69 473 473 HOH WAT . H 5 HOH A 70 474 474 HOH WAT . H 5 HOH A 71 475 475 HOH WAT . H 5 HOH A 72 476 476 HOH WAT . H 5 HOH A 73 477 477 HOH WAT . H 5 HOH A 74 478 478 HOH WAT . H 5 HOH A 75 479 479 HOH WAT . H 5 HOH A 76 480 480 HOH WAT . H 5 HOH A 77 481 481 HOH WAT . H 5 HOH A 78 482 482 HOH WAT . H 5 HOH A 79 483 483 HOH WAT . H 5 HOH A 80 484 484 HOH WAT . H 5 HOH A 81 485 485 HOH WAT . H 5 HOH A 82 486 486 HOH WAT . H 5 HOH A 83 487 487 HOH WAT . H 5 HOH A 84 488 488 HOH WAT . H 5 HOH A 85 489 489 HOH WAT . H 5 HOH A 86 490 490 HOH WAT . H 5 HOH A 87 491 491 HOH WAT . H 5 HOH A 88 492 492 HOH WAT . H 5 HOH A 89 493 493 HOH WAT . H 5 HOH A 90 494 494 HOH WAT . H 5 HOH A 91 495 495 HOH WAT . H 5 HOH A 92 496 496 HOH WAT . H 5 HOH A 93 497 497 HOH WAT . H 5 HOH A 94 498 498 HOH WAT . H 5 HOH A 95 499 499 HOH WAT . H 5 HOH A 96 500 500 HOH WAT . H 5 HOH A 97 501 501 HOH WAT . H 5 HOH A 98 502 502 HOH WAT . H 5 HOH A 99 503 503 HOH WAT . H 5 HOH A 100 504 504 HOH WAT . H 5 HOH A 101 505 505 HOH WAT . H 5 HOH A 102 506 506 HOH WAT . H 5 HOH A 103 507 507 HOH WAT . H 5 HOH A 104 508 508 HOH WAT . H 5 HOH A 105 509 509 HOH WAT . H 5 HOH A 106 510 510 HOH WAT . H 5 HOH A 107 511 511 HOH WAT . H 5 HOH A 108 512 512 HOH WAT . H 5 HOH A 109 513 513 HOH WAT . H 5 HOH A 110 514 514 HOH WAT . H 5 HOH A 111 515 515 HOH WAT . H 5 HOH A 112 516 516 HOH WAT . H 5 HOH A 113 517 517 HOH WAT . H 5 HOH A 114 518 518 HOH WAT . H 5 HOH A 115 519 519 HOH WAT . H 5 HOH A 116 520 520 HOH WAT . H 5 HOH A 117 521 521 HOH WAT . H 5 HOH A 118 522 522 HOH WAT . H 5 HOH A 119 523 523 HOH WAT . H 5 HOH A 120 524 524 HOH WAT . H 5 HOH A 121 525 525 HOH WAT . H 5 HOH A 122 526 526 HOH WAT . H 5 HOH A 123 527 527 HOH WAT . H 5 HOH A 124 528 528 HOH WAT . H 5 HOH A 125 529 529 HOH WAT . H 5 HOH A 126 530 530 HOH WAT . H 5 HOH A 127 531 531 HOH WAT . H 5 HOH A 128 532 532 HOH WAT . H 5 HOH A 129 533 533 HOH WAT . H 5 HOH A 130 534 534 HOH WAT . H 5 HOH A 131 535 535 HOH WAT . H 5 HOH A 132 536 536 HOH WAT . H 5 HOH A 133 537 537 HOH WAT . H 5 HOH A 134 538 538 HOH WAT . H 5 HOH A 135 539 539 HOH WAT . H 5 HOH A 136 540 540 HOH WAT . H 5 HOH A 137 541 541 HOH WAT . H 5 HOH A 138 542 542 HOH WAT . H 5 HOH A 139 543 543 HOH WAT . H 5 HOH A 140 544 544 HOH WAT . H 5 HOH A 141 545 545 HOH WAT . H 5 HOH A 142 546 546 HOH WAT . H 5 HOH A 143 547 547 HOH WAT . H 5 HOH A 144 548 548 HOH WAT . H 5 HOH A 145 549 549 HOH WAT . H 5 HOH A 146 550 550 HOH WAT . H 5 HOH A 147 551 551 HOH WAT . H 5 HOH A 148 552 552 HOH WAT . H 5 HOH A 149 553 553 HOH WAT . H 5 HOH A 150 554 554 HOH WAT . H 5 HOH A 151 555 555 HOH WAT . H 5 HOH A 152 556 556 HOH WAT . H 5 HOH A 153 557 557 HOH WAT . H 5 HOH A 154 558 558 HOH WAT . H 5 HOH A 155 559 559 HOH WAT . H 5 HOH A 156 560 560 HOH WAT . H 5 HOH A 157 561 561 HOH WAT . H 5 HOH A 158 562 562 HOH WAT . H 5 HOH A 159 563 563 HOH WAT . H 5 HOH A 160 564 564 HOH WAT . H 5 HOH A 161 565 565 HOH WAT . H 5 HOH A 162 566 566 HOH WAT . H 5 HOH A 163 567 567 HOH WAT . H 5 HOH A 164 568 568 HOH WAT . H 5 HOH A 165 569 569 HOH WAT . H 5 HOH A 166 570 570 HOH WAT . H 5 HOH A 167 571 571 HOH WAT . H 5 HOH A 168 572 572 HOH WAT . H 5 HOH A 169 573 573 HOH WAT . H 5 HOH A 170 574 574 HOH WAT . H 5 HOH A 171 575 575 HOH WAT . H 5 HOH A 172 576 576 HOH WAT . H 5 HOH A 173 577 577 HOH WAT . H 5 HOH A 174 578 578 HOH WAT . H 5 HOH A 175 579 579 HOH WAT . H 5 HOH A 176 580 580 HOH WAT . H 5 HOH A 177 581 581 HOH WAT . H 5 HOH A 178 582 582 HOH WAT . H 5 HOH A 179 583 583 HOH WAT . H 5 HOH A 180 584 584 HOH WAT . H 5 HOH A 181 585 585 HOH WAT . H 5 HOH A 182 586 586 HOH WAT . H 5 HOH A 183 587 587 HOH WAT . H 5 HOH A 184 588 588 HOH WAT . H 5 HOH A 185 589 589 HOH WAT . H 5 HOH A 186 590 590 HOH WAT . H 5 HOH A 187 591 591 HOH WAT . H 5 HOH A 188 592 592 HOH WAT . H 5 HOH A 189 593 593 HOH WAT . H 5 HOH A 190 594 594 HOH WAT . H 5 HOH A 191 595 595 HOH WAT . H 5 HOH A 192 596 596 HOH WAT . H 5 HOH A 193 597 597 HOH WAT . H 5 HOH A 194 598 598 HOH WAT . H 5 HOH A 195 599 599 HOH WAT . H 5 HOH A 196 600 600 HOH WAT . H 5 HOH A 197 601 601 HOH WAT . H 5 HOH A 198 602 602 HOH WAT . H 5 HOH A 199 603 603 HOH WAT . H 5 HOH A 200 604 604 HOH WAT . H 5 HOH A 201 605 605 HOH WAT . H 5 HOH A 202 606 606 HOH WAT . H 5 HOH A 203 607 607 HOH WAT . H 5 HOH A 204 608 608 HOH WAT . H 5 HOH A 205 609 609 HOH WAT . H 5 HOH A 206 610 610 HOH WAT . H 5 HOH A 207 611 611 HOH WAT . H 5 HOH A 208 612 612 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id F _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 45.275 _atom_site.Cartn_y 21.022 _atom_site.Cartn_z 61.482 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 25.37 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 204 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 310 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #