data_1QY7
#
_model_server_result.job_id            ZZlUEFvuQpkdSb1lSxbBGw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-13 17:20:27' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1qy7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":143}' 
#
_entry.id    1QY7 
#
_exptl.entry_id    1QY7 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              58.693 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'NICKEL (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1QY7 
_cell.length_a            109.7 
_cell.length_b            109.7 
_cell.length_c            109.68 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1QY7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        98 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 41 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 I N N 
? 3 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A N MET 1 A MET 1 1_555 F NI NI . A NI 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc2 A O MET 1 A MET 1 1_555 F NI NI . A NI 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc3 A O VAL 96 A VAL 96 1_555 F NI NI . A NI 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 110 A ASP 110 1_555 F NI NI . A NI 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc5 F NI NI . A NI 142 1_555 M O HOH . A HOH 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc6 F NI NI . A NI 142 1_555 M O HOH . A HOH 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc7 B N MET 1 B MET 1 1_555 I NI NI . B NI 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc8 B O MET 1 B MET 1 1_555 I NI NI . B NI 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
metalc ? metalc9 B O VAL 96 B VAL 96 1_555 I NI NI . B NI 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 110 B ASP 110 1_555 I NI NI . B NI 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
metalc ? metalc11 I NI NI . B NI 143 1_555 N O HOH . B HOH 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc12 I NI NI . B NI 143 1_555 N O HOH . B HOH 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? 
metalc ? metalc13 C N MET 1 C MET 1 1_555 L NI NI . C NI 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc14 C O MET 1 C MET 1 1_555 L NI NI . C NI 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
metalc ? metalc15 C O VAL 96 C VAL 96 1_555 L NI NI . C NI 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc16 C OD1 ASP 110 C ASP 110 1_555 L NI NI . C NI 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc17 L NI NI . C NI 141 1_555 O O HOH . C HOH 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc18 L NI NI . C NI 141 1_555 O O HOH . C HOH 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ni 2' 
_chem_comp.formula_weight    58.693 
_chem_comp.id                NI 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'NICKEL (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1QY7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009116 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009116 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009117 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 SO4 A 1 135 135 SO4 SO4 . 
E 2 SO4 A 1 140 140 SO4 SO4 . 
F 3 NI A 1 142 142 NI NI2 . 
G 2 SO4 B 1 136 136 SO4 SO4 . 
H 2 SO4 B 1 138 138 SO4 SO4 . 
I 3 NI B 1 143 143 NI NI2 . 
J 2 SO4 C 1 137 137 SO4 SO4 . 
K 2 SO4 C 1 139 139 SO4 SO4 . 
L 3 NI C 1 141 141 NI NI2 . 
M 4 HOH A 1 143 1 HOH WAT . 
M 4 HOH A 2 144 2 HOH WAT . 
M 4 HOH A 3 145 6 HOH WAT . 
M 4 HOH A 4 146 7 HOH WAT . 
M 4 HOH A 5 147 8 HOH WAT . 
M 4 HOH A 6 148 16 HOH WAT . 
M 4 HOH A 7 149 17 HOH WAT . 
M 4 HOH A 8 150 21 HOH WAT . 
M 4 HOH A 9 151 22 HOH WAT . 
M 4 HOH A 10 152 32 HOH WAT . 
M 4 HOH A 11 153 35 HOH WAT . 
M 4 HOH A 12 154 39 HOH WAT . 
M 4 HOH A 13 155 40 HOH WAT . 
M 4 HOH A 14 156 44 HOH WAT . 
M 4 HOH A 15 157 46 HOH WAT . 
M 4 HOH A 16 158 50 HOH WAT . 
M 4 HOH A 17 159 51 HOH WAT . 
M 4 HOH A 18 160 53 HOH WAT . 
M 4 HOH A 19 161 64 HOH WAT . 
M 4 HOH A 20 162 65 HOH WAT . 
M 4 HOH A 21 163 66 HOH WAT . 
M 4 HOH A 22 164 69 HOH WAT . 
M 4 HOH A 23 165 71 HOH WAT . 
M 4 HOH A 24 166 76 HOH WAT . 
M 4 HOH A 25 167 80 HOH WAT . 
M 4 HOH A 26 168 82 HOH WAT . 
M 4 HOH A 27 169 84 HOH WAT . 
M 4 HOH A 28 170 85 HOH WAT . 
M 4 HOH A 29 171 89 HOH WAT . 
M 4 HOH A 30 172 90 HOH WAT . 
M 4 HOH A 31 173 93 HOH WAT . 
M 4 HOH A 32 174 96 HOH WAT . 
M 4 HOH A 33 175 98 HOH WAT . 
M 4 HOH A 34 176 100 HOH WAT . 
M 4 HOH A 35 177 101 HOH WAT . 
M 4 HOH A 36 178 104 HOH WAT . 
M 4 HOH A 37 179 114 HOH WAT . 
M 4 HOH A 38 180 117 HOH WAT . 
M 4 HOH A 39 181 120 HOH WAT . 
M 4 HOH A 40 182 124 HOH WAT . 
M 4 HOH A 41 183 129 HOH WAT . 
M 4 HOH A 42 184 132 HOH WAT . 
N 4 HOH B 1 144 4 HOH WAT . 
N 4 HOH B 2 145 5 HOH WAT . 
N 4 HOH B 3 146 9 HOH WAT . 
N 4 HOH B 4 147 11 HOH WAT . 
N 4 HOH B 5 148 13 HOH WAT . 
N 4 HOH B 6 149 19 HOH WAT . 
N 4 HOH B 7 150 24 HOH WAT . 
N 4 HOH B 8 151 29 HOH WAT . 
N 4 HOH B 9 152 30 HOH WAT . 
N 4 HOH B 10 153 31 HOH WAT . 
N 4 HOH B 11 154 33 HOH WAT . 
N 4 HOH B 12 155 34 HOH WAT . 
N 4 HOH B 13 156 36 HOH WAT . 
N 4 HOH B 14 157 37 HOH WAT . 
N 4 HOH B 15 158 41 HOH WAT . 
N 4 HOH B 16 159 43 HOH WAT . 
N 4 HOH B 17 160 47 HOH WAT . 
N 4 HOH B 18 161 48 HOH WAT . 
N 4 HOH B 19 162 58 HOH WAT . 
N 4 HOH B 20 163 59 HOH WAT . 
N 4 HOH B 21 164 60 HOH WAT . 
N 4 HOH B 22 165 68 HOH WAT . 
N 4 HOH B 23 166 73 HOH WAT . 
N 4 HOH B 24 167 75 HOH WAT . 
N 4 HOH B 25 168 78 HOH WAT . 
N 4 HOH B 26 169 79 HOH WAT . 
N 4 HOH B 27 170 91 HOH WAT . 
N 4 HOH B 28 171 92 HOH WAT . 
N 4 HOH B 29 172 94 HOH WAT . 
N 4 HOH B 30 173 95 HOH WAT . 
N 4 HOH B 31 174 102 HOH WAT . 
N 4 HOH B 32 175 107 HOH WAT . 
N 4 HOH B 33 176 108 HOH WAT . 
N 4 HOH B 34 177 110 HOH WAT . 
N 4 HOH B 35 178 112 HOH WAT . 
N 4 HOH B 36 179 116 HOH WAT . 
N 4 HOH B 37 180 121 HOH WAT . 
N 4 HOH B 38 181 122 HOH WAT . 
N 4 HOH B 39 182 125 HOH WAT . 
N 4 HOH B 40 183 128 HOH WAT . 
O 4 HOH C 1 142 3 HOH WAT . 
O 4 HOH C 2 143 10 HOH WAT . 
O 4 HOH C 3 144 12 HOH WAT . 
O 4 HOH C 4 145 14 HOH WAT . 
O 4 HOH C 5 146 15 HOH WAT . 
O 4 HOH C 6 147 18 HOH WAT . 
O 4 HOH C 7 148 20 HOH WAT . 
O 4 HOH C 8 149 23 HOH WAT . 
O 4 HOH C 9 150 25 HOH WAT . 
O 4 HOH C 10 151 26 HOH WAT . 
O 4 HOH C 11 152 27 HOH WAT . 
O 4 HOH C 12 153 28 HOH WAT . 
O 4 HOH C 13 154 38 HOH WAT . 
O 4 HOH C 14 155 42 HOH WAT . 
O 4 HOH C 15 156 45 HOH WAT . 
O 4 HOH C 16 157 49 HOH WAT . 
O 4 HOH C 17 158 52 HOH WAT . 
O 4 HOH C 18 159 54 HOH WAT . 
O 4 HOH C 19 160 55 HOH WAT . 
O 4 HOH C 20 161 56 HOH WAT . 
O 4 HOH C 21 162 57 HOH WAT . 
O 4 HOH C 22 163 61 HOH WAT . 
O 4 HOH C 23 164 62 HOH WAT . 
O 4 HOH C 24 165 63 HOH WAT . 
O 4 HOH C 25 166 67 HOH WAT . 
O 4 HOH C 26 167 70 HOH WAT . 
O 4 HOH C 27 168 72 HOH WAT . 
O 4 HOH C 28 169 74 HOH WAT . 
O 4 HOH C 29 170 77 HOH WAT . 
O 4 HOH C 30 171 81 HOH WAT . 
O 4 HOH C 31 172 83 HOH WAT . 
O 4 HOH C 32 173 86 HOH WAT . 
O 4 HOH C 33 174 87 HOH WAT . 
O 4 HOH C 34 175 88 HOH WAT . 
O 4 HOH C 35 176 97 HOH WAT . 
O 4 HOH C 36 177 99 HOH WAT . 
O 4 HOH C 37 178 103 HOH WAT . 
O 4 HOH C 38 179 105 HOH WAT . 
O 4 HOH C 39 180 106 HOH WAT . 
O 4 HOH C 40 181 109 HOH WAT . 
O 4 HOH C 41 182 111 HOH WAT . 
O 4 HOH C 42 183 113 HOH WAT . 
O 4 HOH C 43 184 115 HOH WAT . 
O 4 HOH C 44 185 118 HOH WAT . 
O 4 HOH C 45 186 119 HOH WAT . 
O 4 HOH C 46 187 123 HOH WAT . 
O 4 HOH C 47 188 126 HOH WAT . 
O 4 HOH C 48 189 127 HOH WAT . 
O 4 HOH C 49 190 130 HOH WAT . 
O 4 HOH C 50 191 131 HOH WAT . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NI 
_atom_site.label_atom_id         NI 
_atom_site.label_comp_id         NI 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         I 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               57.968 
_atom_site.Cartn_y               38.512 
_atom_site.Cartn_z               55.658 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        23.66 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NI 
_atom_site.auth_comp_id          NI 
_atom_site.auth_seq_id           143 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           15 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           320 
_model_server_stats.encode_time_ms          11 
_model_server_stats.element_count           1 
#