data_1R0A # _model_server_result.job_id CAuLXd7xIBerbrw7GoCV2w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-25 01:57:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1r0a # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":3001}' # _entry.id 1R0A # _exptl.entry_id 1R0A _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1R0A _cell.length_a 165.82 _cell.length_b 165.82 _cell.length_c 220.72 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1R0A _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 153 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 1 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 G N N ? 7 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 23 L CYS 23 1_555 E SG CYS 88 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? disulf ? disulf2 E SG CYS 134 L CYS 134 1_555 E SG CYS 194 L CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf3 F SG CYS 22 H CYS 22 1_555 F SG CYS 97 H CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? disulf ? disulf4 F SG CYS 150 H CYS 150 1_555 F SG CYS 205 H CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? covale ? covale1 B O3' DG 20 P DG 821 1_555 B P 2DA 21 P 2DA 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? metalc ? metalc1 C OD1 ASP 443 A ASP 443 1_555 H MG MG . A MG 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? metalc ? metalc2 C OE1 GLU 478 A GLU 478 1_555 H MG MG . A MG 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc3 C OD2 ASP 498 A ASP 498 1_555 H MG MG . A MG 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DT 6 T DT 706 1_555 B N1 2DA 21 P 2DA 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A O4 DT 6 T DT 706 1_555 B N6 2DA 21 P 2DA 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N3 DC 7 T DC 707 1_555 B N1 DG 20 P DG 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N4 DC 7 T DC 707 1_555 B O6 DG 20 P DG 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O2 DC 7 T DC 707 1_555 B N2 DG 20 P DG 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 DG 8 T DG 708 1_555 B N3 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N2 DG 8 T DG 708 1_555 B O2 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O6 DG 8 T DG 708 1_555 B N4 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N1 DG 9 T DG 709 1_555 B N3 DC 18 P DC 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N2 DG 9 T DG 709 1_555 B O2 DC 18 P DC 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O6 DG 9 T DG 709 1_555 B N4 DC 18 P DC 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N3 DC 10 T DC 710 1_555 B N1 DG 17 P DG 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N4 DC 10 T DC 710 1_555 B O6 DG 17 P DG 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O2 DC 10 T DC 710 1_555 B N2 DG 17 P DG 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N1 DG 11 T DG 711 1_555 B N3 DC 16 P DC 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N2 DG 11 T DG 711 1_555 B O2 DC 16 P DC 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A O6 DG 11 T DG 711 1_555 B N4 DC 16 P DC 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N3 DC 12 T DC 712 1_555 B N1 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N4 DC 12 T DC 712 1_555 B O6 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A O2 DC 12 T DC 712 1_555 B N2 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N3 DT 13 T DT 713 1_555 B N1 DA 14 P DA 815 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O4 DT 13 T DT 713 1_555 B N6 DA 14 P DA 815 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 DC 14 T DC 714 1_555 B N1 DG 13 P DG 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N4 DC 14 T DC 714 1_555 B O6 DG 13 P DG 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O2 DC 14 T DC 714 1_555 B N2 DG 13 P DG 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N1 DG 15 T DG 715 1_555 B N3 DC 12 P DC 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N2 DG 15 T DG 715 1_555 B O2 DC 12 P DC 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A O6 DG 15 T DG 715 1_555 B N4 DC 12 P DC 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N1 DA 16 T DA 716 1_555 B N3 DT 11 P DT 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N6 DA 16 T DA 716 1_555 B O4 DT 11 P DT 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N1 DA 17 T DA 717 1_555 B N3 DT 10 P DT 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N6 DA 17 T DA 717 1_555 B O4 DT 10 P DT 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N3 DC 18 T DC 718 1_555 B N1 DG 9 P DG 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N4 DC 18 T DC 718 1_555 B O6 DG 9 P DG 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O2 DC 18 T DC 718 1_555 B N2 DG 9 P DG 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N1 DA 19 T DA 719 1_555 B N3 DT 8 P DT 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N6 DA 19 T DA 719 1_555 B O4 DT 8 P DT 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N1 DG 20 T DG 720 1_555 B N3 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N2 DG 20 T DG 720 1_555 B O2 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O6 DG 20 T DG 720 1_555 B N4 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N1 DG 21 T DG 721 1_555 B N3 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N2 DG 21 T DG 721 1_555 B O2 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O6 DG 21 T DG 721 1_555 B N4 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N1 DG 22 T DG 722 1_555 B N3 DC 5 P DC 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N2 DG 22 T DG 722 1_555 B O2 DC 5 P DC 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A O6 DG 22 T DG 722 1_555 B N4 DC 5 P DC 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N1 DA 23 T DA 723 1_555 B N3 DT 4 P DT 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N6 DA 23 T DA 723 1_555 B O4 DT 4 P DT 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N3 DC 24 T DC 724 1_555 B N1 DG 3 P DG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N4 DC 24 T DC 724 1_555 B O6 DG 3 P DG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A O2 DC 24 T DC 724 1_555 B N2 DG 3 P DG 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N1 DG 25 T DG 725 1_555 B N3 DC 2 P DC 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N2 DG 25 T DG 725 1_555 B O2 DC 2 P DC 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O6 DG 25 T DG 725 1_555 B N4 DC 2 P DC 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 339 n n C1 C2 GOL sing 340 n n C1 H11 GOL sing 341 n n C1 H12 GOL sing 342 n n O1 HO1 GOL sing 343 n n C2 O2 GOL sing 344 n n C2 C3 GOL sing 345 n n C2 H2 GOL sing 346 n n O2 HO2 GOL sing 347 n n C3 O3 GOL sing 348 n n C3 H31 GOL sing 349 n n C3 H32 GOL sing 350 n n O3 HO3 GOL sing 351 n n # _atom_sites.entry_id 1R0A _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006031 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003482 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006964 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004531 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 7 GOL P 1 3002 3002 GOL GOL . H 8 MG A 1 559 1 MG MG . I 7 GOL B 1 3001 3001 GOL GOL . J 9 GLC H 1 1725 1725 GLC GLC . K 10 HOH T 1 29 29 HOH WAT . L 10 HOH A 1 560 8 HOH WAT . L 10 HOH A 2 561 15 HOH WAT . L 10 HOH A 3 562 22 HOH WAT . L 10 HOH A 4 563 24 HOH WAT . L 10 HOH A 5 564 25 HOH WAT . L 10 HOH A 6 565 31 HOH WAT . L 10 HOH A 7 566 37 HOH WAT . M 10 HOH B 1 3002 3 HOH WAT . M 10 HOH B 2 3003 4 HOH WAT . M 10 HOH B 3 3004 5 HOH WAT . M 10 HOH B 4 3005 6 HOH WAT . M 10 HOH B 5 3006 7 HOH WAT . M 10 HOH B 6 3007 9 HOH WAT . M 10 HOH B 7 3008 10 HOH WAT . M 10 HOH B 8 3009 12 HOH WAT . M 10 HOH B 9 3010 14 HOH WAT . M 10 HOH B 10 3011 16 HOH WAT . M 10 HOH B 11 3012 20 HOH WAT . M 10 HOH B 12 3013 23 HOH WAT . M 10 HOH B 13 3014 34 HOH WAT . M 10 HOH B 14 3015 35 HOH WAT . M 10 HOH B 15 3016 36 HOH WAT . N 10 HOH L 1 212 13 HOH WAT . N 10 HOH L 2 213 21 HOH WAT . O 10 HOH H 1 1726 2 HOH WAT . O 10 HOH H 2 1727 17 HOH WAT . O 10 HOH H 3 1728 30 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . I 7 -18.442 138.884 6.783 1 71.01 ? C1 GOL 3001 B 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . I 7 -17.05 138.88 7.613 1 69.36 ? O1 GOL 3001 B 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . I 7 -19.576 138.112 7.094 1 71.29 ? C2 GOL 3001 B 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . I 7 -19.829 138.117 8.433 1 72.42 ? O2 GOL 3001 B 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . I 7 -20.037 137.632 6.075 1 70.03 ? C3 GOL 3001 B 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . I 7 -20.22 137.283 4.562 1 67.75 ? O3 GOL 3001 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 278 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 6 #